清末，清政府在新政推行过程中，也没有放弃对《圣谕广训》的宣扬。光绪二十八年（1902），政务处鉴于风教日下，特上奏恳准申明旧章，“饬下各省督抚、学政，认真督饬各教官随时亲历城乡，传集绅庶，详细讲解，并将近年叠次所奉谕旨凡有关民教者，切实开导”，“如有奉行不力者，随时查参，用示惩儆”。次年，清政府下令将原安徽繁昌知县梁延年所编《圣谕像解》一书刊刻石印，“分送各省，由督抚分发各厅、州、县各学堂，俾资观感，以端风化”。
除按旧制宣讲外，清政府还要求新式教育机构定期举行宣讲。光绪二十九年十一月（1904年1月）颁行的《奏定各学堂管理通则》“讲堂规条”规定：“教习学生，一律遵奉《圣谕广训》，照学政岁科试下学讲书，宣讲《御制训饬士子文》例，每月朔由监督教员传集学生，在礼堂敬谨宣读《圣谕广训》一条。”光绪三十二年（1906年），学部奏定颁布的《劝学所章程》明文规定，各厅、州、县劝学所负有宣讲之责，宜遵照从前宣讲《圣谕广训》章程，延聘专员，随时宣讲；其村镇地方，亦应按集市日期，派员宣讲；一切章程规则，统归劝学所总董经理，受地方官及巡警监督。新式教育机构也担当起道德教化的重任。
二、士大夫的道、学、政
晚清时期，程朱理学在士大夫中影响广泛，宗奉理学的士人仍有一定规模。他们在思想信仰、学术研究、治身行政等方面遵守程朱之道，是程朱理学在晚清时期赖以延续的中坚。
首先，士大夫中宗奉理学者人数众多，出现了一些较为活跃的学术群体，理学声势一度有所壮大。
道光朝以后，伴随汉学式微，理学宗奉者活跃起来。尤其是在宋代理学家周、程、张、朱等人昔日讲学的湖南、河南、陕西、安徽、福建等地区，宗理学者声气相通，结成群体，其规模和声势明显超过乾嘉年间。湖南地区在清代受汉学影响较小，多数士大夫奉理学为尊，诸如陶澍、贺长龄、贺熙龄、唐鉴、胡达源、罗泽南、曾国藩、左宗棠、胡林翼等，均好理学。河南地区以理学知名者有刘廷诏、苏源生、李棠阶、王检心、王涤心等。关中地区自宋代以来就有讲求理学的传统，晚清时期，朝邑的李元春、周至的路德、三原的贺瑞麟等人尊奉理学，又通过讲课授徒，培养了大批理学后进。安徽地区以桐城为中心，拥有方东树、姚莹、方宗诚、方潜等一批笃守程朱之道的学者，而霍山的吴廷栋、六安的涂宗瀛、当涂的夏炘和夏炯兄弟等，也以理学闻名。继清初理学家李光地、蔡世远之后，福建的刘存仁、林春溥、郑星驷等人在学术上也首重程朱理学。
从时间上讲，道光二十年（1840），唐鉴“再官京师，倡导正学”，可视作理学复兴的重要标志。顾云《盋山文录》说：“道光之末世，儒讲汉学者浸微，于是唐确慎公鉴、文端公倭仁、吴侍郎廷栋诸人起而讲宋学，曾文正公国藩亦会焉。”这一年，唐鉴奉旨内转太常寺卿，在他周围聚集了倭仁、吴廷栋、曾国藩、何桂珍、吕贤基、窦垿等一批理学名士，从而在京师结成一个以唐鉴为核心、讲究程朱理学的学术群体。
唐鉴是理学复兴的宗主，倭仁、吴廷栋、曾国藩等则是理学复兴的主将。同治年间，倭仁、吴廷栋、李棠阶以正学立朝，他们身边聚集了一群讲究程朱理学的人士。在地方，以曾国藩为首的湘军集团也纠集了大批理学人士，除湘军首领左宗棠、胡林翼外，罗泽南、刘蓉、李元度、郭嵩焘、刘长佑、丁善庆、王錱、李续宾、李续宜、蒋益澧、贺兴范、钟近衡、刘典、涂宗瀛、方宗诚、杨德亨、程鸿诏、洪汝奎、倪文蔚、何慎修、甘绍盘等，或为湘军成员，或一度为曾国藩幕僚，均有理学背景。从一定意义上说，湘军集团就是一个理学大本营。
具体而言，他们对程朱理学的尊奉与笃诚，由其舍弃举业，专事理学，可见一斑。从理论上说，八股制艺以程朱理学为灵魂，又是后者的制度保证，二者是相互依存关系。但在现实生活中，八股制艺的程式化、功利化一定程度上却背离了程朱理学“实体实行”的宗旨。晚清时期，从追逐科举利禄改而致力于程朱理学者，不乏其人。潘德舆26岁弃科举之学，转以诚敬为本，笃好宋五子之书。山西薛于瑛亦视科举为俗学，弃而不就。丁光斗，字济阳，三赴乡试不第，遂弃举子业，以理学自任，著有《四书旁通录》等。江苏万斛泉年轻时读《性理精义》后遂不复事科举，转而恪守身心性命之学，精研《大学衍义》及性理诸书。他主持书院数十年，以理学造士，影响遐迩。吴县吴大澂、元和王朴臣、吉林于荫霖、平定李用清等或亲炙门下，或投书问学。安徽黟县胡元吉追陪左右达27年，湖广、江浙地区前来就学者更不在少数。
陕西名儒贺瑞麟的事例颇具典型性。他认为，八股制艺无益于修道明德，“《四书》非八比所能助也。自有朱子《章句集注》以来，《四书》不患不明，患不行耳。即或有所阐明，亦非大有关于身心，裨于世教。”甚而有非圣无法之害，“然其弊也，与空言等。其甚弊则空言之中，又为剽窃庸滥、诡狂侮圣而愈不可问矣。”因此，他决然割弃科举，转修实学。他在与刘蓉的书信中曾述及这一历程：
年二十四，始登桐阁先生（即李元春）之门，得闻圣学之大略，窃有意焉，而未知所入。既泛滥于有明以来诸讲学之书，书愈多讲愈烦而心愈无主，乃取《小学》、《近思录》稍稍读之，始微窥其门庭户牖之所在，诸家之说遂屏不事，然尚未离乎科举之业也。至是乃厌弃之，兄弟亲戚大不以为然，朋友书来又多见攻心，又窃疑前辈讲学亦有应举者，此或未害为学，终身穷饿都不计，恐学稍涉偏僻。痛思此理，经七昼夜，知学断当为己，无他计较。闻朋友中如此者，辄往正之，又反复程、朱说科举处，而志乃毅然不可易，然年且二十八矣。
清代书院多以时文课士，贺瑞麟在陕西讲学，则以讲求实学、不事制艺闻名。他为学古书院所定学约规定：“凡学于此者，一以圣贤之学为宗，世俗记诵词章、功名利禄之说务使扫除净尽，不以干其胸中，然后趋向专一，功夫纯笃，方有可冀。”学生段子絅年逾三十，从其问学后，自动放弃举业，专心圣贤之学。生员许思慎闻贺瑞麟之说，幡然变计，“夜即焚旧所业”，一意心性之学。张立基，字荩臣，“读书不屑治章句业，后因礼园以交于三原贺复斋先生，遂屏去帖括之旨，欲一一见诸行事”。
从那些所谓的顽固守旧分子身上，也可看出他们对程朱之道的笃诚。倭仁在思想上以恪守程朱理学自任，声称：“孔门大路，经程、朱辨明后，惟有敛心逊志，亦趋亦步，去知一字行一字，知一理行一理，是要务。”他对程朱理学的尊奉，并未停留在理论认识层面，而是在日用伦常中身体力行，将思想信仰与道德实践切实结合起来。他经常“端居深念，看圣人是如何，自己是如何，圣人何以为圣，自己何以为愚，朝夕以思之，饥渴以求之，弃旧图新，必期至于圣人而后已”。从修养过程看，倭仁相当谨严。理学家的道德修养工夫不是一朝一夕能够完成的，而是穷其一生持之以恒的追求。倭仁坚持不懈地做省身日课，便是他蹈行理学修养的一个例证。倭仁做省身日课约始于道光十三年（1833）与李棠阶等人的“会课”活动。李棠阶在日记中多次表示：“宝儒、艮峰工夫皆严密”，“艮峰尤精严”。吴廷栋则称：
其人笃实力行，专以慎独为工夫。有日记，一念之发，必时检点，是私则克去，是善则扩充，有过则内自讼而必改，一念不整肃则以为放心。自朝至暮，内而念虑，外而言动，及应事接物，并夜而考之，梦寐皆不放过，而一一记出以自责。
据曾国藩日记，唐鉴对倭仁的修身工夫十分赏识，称倭仁“用功最笃实，每日自朝至寝，一言一动，坐作饮食，皆有札记。或心有私欲不克，外有不及检者，皆记出”。曾国藩在家书中也予以称许：
倭艮峰先生则诚意工夫极严，每日有日课册，一日之中一念之差，一事之失，一言一默，皆笔之于书。书皆楷字，三月则订一本。自乙未年起，今三十本矣。盖其慎独之严，虽妄念偶动，必即时克治，而著之于书。
李棠阶、吴廷栋等皆为倭仁的至交，上述文字或出自日记，或源于家书，夸大其词的可能性不大。以程朱理学家的标准衡量，晚清时期，口是心非、言行不一的“假道学”大有人在，但如倭仁这样笃信理学的“正人君子”也不乏其人。
其次，宗理学的士大夫为维护程朱道统，传继正学，撰写了一批学术著作。
从整个中国理学史看，程朱理学走到晚清，已是日暮穷途。当时富有影响的理学作品，诸如倭仁的《倭文端公日记》、曾国藩的《求阙斋日记》、吴廷栋的《拙修集》等，也不过是抱残守阙，并无多少理论创新。但仍有一批学者身与其事，热衷于理学撰述。光绪年间所刊方宗诚《柏堂遗书》达76册，其中仅《柏堂集》一书即有94卷。贺瑞麟著有《清麓文集》28卷、《清麓日记》4卷，还编校理学书籍上千卷，仅《清麓丛书》就收有宋、元、明、清理学书籍150余种。不过，更能体现时代特点的，则是理学学术史的编修。
编纂理学史，维护理学道统，是晚清醒目的学术现象，也是程朱理学复兴的重要标志。理学学术史著作无论是数量、规模，还是“醇正”性，都明显超过了乾嘉时期。为便于叙述，按照著述体例，大体分为道统史和辨学两种类型。
道统史著作以唐鉴《国朝学案小识》、何桂珍《续理学正宗》、黄嗣东《道学渊源录》为代表。
《国朝学案小识》是晚清时期最有影响的理学著作之一，道光二十五年（1843）刊行。全书凡15卷，分为5大学案，收录清代前中期约200年间学者凡256人。在各学案的次序排列、篇幅长短及传主详略等方面，均以程朱理学为中心，排斥异说，置汉学于程朱理学之次，置阳明心学于正文之外。传主选择亦不例外，如《经学学案》斥宗尚汉学、诋諆宋学的毛奇龄于不录，《心宗学案》斥宗尚心学的孙奇逢于不录。就学术宗旨而言，《学案小识》并非简单地对清代前中期理学作总结，而是通过修史续统，扬宋抑汉，尊朱黜王，强化理学的正统地位。沈维鐈在序中称，此书“盖纯从卫道辨学起见”，一语道破唐鉴的苦心。
《续理学正宗》凡4卷，成书于道光二十五年（1845），系何桂珍领唐鉴之命续柘城窦克勤《理学正宗》而成。按，窦克勤是清初理学名家，所著《理学正宗》“止录正宗，其他儒行驳而不纯者”一概不录，而他的“正宗”，仅限于濂、洛、关、闽诸理学大师，并不包括陆、王在内。《理学正宗》专门为理学“道统正宗”修史立传，实质是尊崇程、朱为正统，排斥陆、王。《续理学正宗》是续补《理学正宗》漏缺的道学传人。根据唐鉴的意见，在元代许衡、明初薛瑄之后续补胡居仁、罗钦顺，清初续补陆陇其、张履祥，从而使宋、元、明、清理学道统清晰可见，绵延不断，与周、程、张、朱、许、薛等一起构成程朱理学的道统史。何、唐二人希望通过续统明宗，进一步强化《理学正宗》已具有的理学宗派意识。
唐鉴的《国朝学案小识》与窦克勤的《理学正宗》、何桂珍的《续理学正宗》“相翼而行”，从而构成一部从宋至清代中叶道统完整的程朱学派“正学”体系。咸丰时期，吕贤基将何桂珍的《续理学正宗》与唐鉴的《学案小识》进呈朝廷，“藉为正学之助”。黄倬在跋中称《国朝学案小识》一书，“正洙泗之坛坫”，“严洛、闽之藩篱”，“为斯世扫榛莽，为后学正趋向，为希贤作圣者立一必可至之正鹄”。唐鉴等人的道统史编纂，对于当时程朱理学复兴无疑起了导向作用。
《道学渊源录》是清末学者黄嗣东为回应新思潮而纂辑的大型学术史，虽称不上集道学大成之作，但却是最后一部由道学中人编修的道学通史。《道学渊源录》凡100卷，光绪三十四年（1908）凤山学舍刊行。该书以李文炤《圣学渊源全录》为基础，辑录朱熹《伊洛渊源录》14卷，谢铎《续录》6卷、《补录》3卷、《洙泗录》4卷、《附录》2卷，参照熊赐履《学统》、张伯行《道统录》、黄宗羲《明儒学案》、黄宗羲和万斯同合著《宋元学案》等书，然后加以修订、增补、扩充，前后历20年编修而成。全书上起伏羲时代，下迄清末，按道学渊源流变分为八编（又称“八录”）。光绪后期，西学大量传播，民主思想渐成不可阻抑的潮流。在此背景下，黄嗣东编纂卷帙如此大的道学史，其用意相当明确，就是要卫道续统，以道学对抗新学。这一点，从辛亥革命前夕陈三立所作墓志铭可得以印证：
自变法之议起，新说溢言亦日滋蔓，后生学子剽袭口语，恣为披猖。君痛中国人伦道法之懿刮扫且绝，往官陕时故辑有《濂学编》，至是益广罗三代以来迄于今兹圣哲儒者之说，部列条举，为《道学渊源录》一百卷，于疾病呻吟中昕夕搜订，复下己意为序表。君盖私冀以所为书稍饷来者，渐渍人心，系輓什一于千百，虽势格时迕，取骂讥笑，侮厌憎而不悔。
