专业合作社与原集体经济基本没有关系，可以按照通行的合作制原则和法律规定进行组建，尽量避免向传统集体经济的妥协与回归，应当成为当前发展合作经济组织的主流形式。在建设社会主义新农村的背景下，农民将成为新农村建设的主体，农民根据自愿原则建立的各类专业合作经济组织必将成为新农村建设的重要力量。（1）合作社的财产独立于原集体经济之外，属于入社社员按股份占有。产权明晰化是农民专业合作社有别于传统集体经济组织的一个重要分水岭，是其取得竞争优势和较高绩效的制度基础。只有在产权明晰的情况下，资源的优化配置才能得到最大程度的实现，才能保障农民的生产行为有稳定的收益和收益预期。（2）专业合作社有明确的市场主体地位，按照市场规律进行运作，有利于发挥资源配置、激励约束、收入分配和保障功能。（3）合作社根据专业生产要求组建，其成员可以打破原村组社区界限，生产经营范围可以超越社区限制，在更广阔范围进行生产联合和市场开拓。（4）按照民主管理原则建立起来的合作社组织制度与治理结构，一定程度上有利于摆脱乡村政治格局的干预和束缚。
从我国农村发展的实际来看，农民专业合作社发展的根基还比较薄弱，与合作社的通行原则和法律规定有相当的差距，制约了合作经济组织的健康发展。从各地调查情况来看，由于受旧体制的影响，农村合作经济组织发展的空间虽大，但发挥作用尚不够充分。
（1）法律滞后形成的地位和性质混乱，制度安排不够规范。按照经典的合作社理论，合作经济组织具有公益性，有别于一般意义上的企业法人。我国合作社法的制定严重滞后于合作经济实践，农村合作组织大多是在自发状态下产生的，大多数还只具有合作社的某些因素，一些制度规定甚至不符合合作社基本原则。合作组织成立之初一般挂靠在有关部门，登记注册十分混乱，有些没有进行任何登记，不仅使对农村合作经济组织“身份”（性质）的认定产生歧义，享受不到应有的优惠扶持政策，而且使合作经济组织制度安排不够规范，甚至导致一些合作经济组织寻求政府或其他社会力量的庇护，一定程度上背离了合作社的原则。一些合作组织没有制定相应的规章制度，甚至连起码的章程都没有，凡事凭主管人员决断。有的虽然制定了规章却束之高阁，也有的实际运行另一套办法。这种影响需要相当长的时间才能消除。
（2）一些农村合作经济组织“政社不分”现象严重，民办、民管、民受益的原则难以落实。据对全国312个村庄7012个样本农户的调查，约有42.7%的农户反映生产上仍有种种行政干预。从总体上讲，目前我国各地各级政府或多或少地表现出行政介入不当与制度供给不足的不协调状况。各级基层政府组织和社区合作经济组织的刚性作用依然存在，这主要表现为行政组织对合作组织的过分干预，行政组织委派或委托人员到合作组织担任主要管理人员，或通过带有强制色彩的有偿服务影响合作组织，或通过入股形式从股权上控制组织，农民真正得到的实惠不多。政府或者职能部门往往成为农村合作经济组织的“上级”，农民主体虚置，农民社员参与管理和监督形同虚设，导致许多合作社经营对政府的依赖性过强，失去了合作组织的原来性质和意义。一些合作经济组织对社员主体资格的认定，偏离了以农民为主体的基本原则。龙头企业、农村能人、种养大户、政府所属的农技或供销部门是主要投入者，普通会员在全部股金中占有比例很低，这种产权结构的集中化必然表现为决策权的集中化。一些合作经济组织不实行“一人一票”的原则，经营管理和决策完全由领导者进行，普通社员只是摆设。有的合作组织设置了会员大会或股东大会，却长期不召开，剥夺了会员或股东对组织的监督管理和决策权。
（3）相当多的合作社产权仍较模糊，利益联结机制比较脆弱。不少合作社在成立初期，合作组织内部个人之间、普通会员与所依托的投资主体之间，由于投入资金量少，会员人数少，可能产权边界是清晰的，但随着会员的增多， 组织盈利水平的提高，合作组织剩余财产的增加，会员加入有先有后，由于缺乏对原始资产的明确界定，很难对新增资产进行准确分割，也会使本来明晰的产权变得模糊起来，常常会出现投资主体如龙头企业、供销社、农村能人等侵占国家和个人产权及其收益的情形。许多农村合作社内部的利益联结关系比较松散，实际上是简单的买卖关系或者合作互助关，合作双方并未以产权为纽带，形成利益共享、风险共担的利益共同体，难以抗拒较大的自然和市场风险。不少建立了股份联结机制的合作组织，也只是半紧密的利益联结关系，特别是以龙头企业为主体的合作组织，企业主很难与参股份额很小的社员具有一致的利益目标。有学者对河北省农民合作经济组织的调查表明，合作社的产权结构以松散型联合为主，约占67.6%。不少合作经济组织不对社员进行利润返还和完全实行股份分红，一些实行利润返还与股金分红相结合的合作经济组织股金分红比例偏大，没有坚持合作社资本报酬有限的原则。
（4）许多合作经济组织运行活力不足，覆盖的地域范围还比较小。相当数量的合作经济组织内部联合松散，很少开展实质性的活动，对农民群众缺乏吸引力和凝聚力，一些甚至名存实亡。合作经济组织大多以开展技术信息交流、普及和推广服务为主业，也有一些向农民提供生产资料，只是价格略有优惠，真正进行农产品加工和营销的极少。由于还不是一个经济实体，没有实质性的经营业务，因而也没有资金开展活动。农民加入合作经济组织通常是缴纳少量会费，入股金额也不高，致使农村合作经济组织普遍资本规模过小、经费短缺，无力开展更多的服务。据孔祥智、郭艳芹（2006）的调查结果，合作社成员是本地农民的份额最大，完全是本地农民的就占了35.8%，而成员中既有本地农民又有乡镇干部的占了23.3%，有外地农民、公司或其他组织的所占比例较少，表明这些合作社覆盖的地域范围还是比较小，合作社尚未超越出集体经济组织的范围。
从以上问题来看，农村专业合作社必须建立以社员为主体的明晰的产权制度，完善组织内部机构以及财务管理公开制度，规范农村合作经济组织的运作，增强农村合作经济组织的凝聚力。坚持社员民主控制和经济参与的基本原则，在民主管理中有效推进农村合作经济组织健康发展，使其真正成为新农村建设的助推器。
农村合作经济组织的兴起和发展，就整体而言既非政府强制性制度创新，也不是农民在逐利动机驱使下自发行动所能实现的诱致性创新，而是一条以农民自愿为基础、政府主导、资本诱导型的农村合作化道路。我国农村小农经济、政府控制和资本缺乏的实际状况，使得小农总是处于被政府和资本重重控制的经济社会链条的最末端。在政府和小农的矛盾中，政府居于矛盾的主要方面；在资本和小农的矛盾中，资本居于矛盾的主要方面，由此决定了合作制度创新的关键，在于维护弱势农民的主体地位。从现实看，在集体经济制度基础上建立合作经济组织，完全依靠农民自发组建是十分困难的，确实需要政府推动。以往的研究表明，政府在农民合作经济组织发展的初期起着很大的作用。在法律保护没有到位的条件下，多数农民合作经济组织在开办之初，都希望与基层政府有良好的关系，取得政府的认可和支持，也有的合作经济组织干脆走民办官助的路子。同时，由于路径依赖的作用，农民对原有的村党支部、村委会、供销社等组织资源一般也容易接受，许多合作经济组织就在这些组织资源的基础上改造兴办起来。但由于农村经济发展水平、集体主义与合作传统、农民文化素质等内在因素，以及法律环境、管理体制和政策导向等外在环境的制约，使得政府及其控制的强势组织对合作经济组织干预过多，合作经济组织在发育过程中仍然存在异化现象。虽然发起方式上有以农民为主体的特征，但在很大程度上依赖区域行政力量、龙头企业、工商业资本的介入，而介入动机大都是利用和享受财政税收等支持和优惠政策，目前法律和政策还难以合理引导。在相当多的合作社财产中，政府投资或供销社、社区组织、龙头企业投资占据主体地位，而农民社员的股金却极为有限，使得农民在合作社中的所有者主体地位受到挑战。从合作社资金来源看，农民自筹为主占38.13%，各种形式混合出资为主占32.58%，其他为政府拨款为主、部门拨款为主和实体支付为主，分别为7.13%、7.05%、15%。合作社的产权安排是相关主体的不同利益诉求和要素能力达成的均衡，在资金、信息和专业化程度等因素的制约下，纯粹的农民合作组织只占小部分，更多的合作经济组织依赖于政府、企业和其他组织在资金、技术、组织力量的支持，这使得合作经济组织的产权制度呈现复杂化。合作社的剩余索取权和剩余控制权格局必然是倾斜的，换言之，产权安排必定是偏于资本的，或偏于企业和大户，或由外部组织主导的，而且在较长一段时间里，这种制度状态难以发生根本性改变（徐旭初，2005）。不仅如此，政府、供销社、社区组织的投资主体无法实现人格化的产权，未来发展存在着很大的隐患（苑鹏，2004）。随着市场化程度的不断加深，农村合作经济组织在发展过程中，越来越受制于这些居于强势地位的利益相关者，或者说受制于政府和资本。
合作经济组织能否正常运转和有效率，是农民自发成立还是政府推动成立是一道分水岭。以江苏省为例，2003年江苏省有各类合作经济组织5218家，其中苏南占20％，而苏北的数量占61%。发达的苏南数量较少但质量较高，原因在于苏南地区的合作经济组织，大都以农民需求为动因，以农民为主体组建，较少行政干预，因而更加追求产权结构、民主管理、利润分配等的规范性。政府发挥促进作用的边界，应当以专业合作社法所确定的基本原则为限，在此前提下适当制定扶持的政策，既不能违背合作社的原则，也不能直接加以干预。从资本与合作经济组织的关系来看，近年来“公司＋农户”模式面临困境，力量相差悬殊的市场主体在博弈过程中形成了普遍的道德风险和逆向选择。公司利用其绝对优势地位剥夺农民，但从极低和缺乏保障的履约率来看，公司也往往是受害者。小农经济的分散状态，造成资本和农民交易中过高的流通费用和交易费用，而合作经济组织的出现，使资本产生了节约流通费用和交易费用的利润预期。资本需要组织起来的市场，农民也需要组织起来的市场，合作经济组织因此成为资本和农民的共同理性选择，进而形成了“公司＋合作社＋农户”的模式。合作经济组织在发展初期受到资本的剥夺是不可避免的，但随着合作经济组织市场主体地位的确立，资本量的逐步增加，逐步能够与资本进行讨价还价，进而逐步摆脱资本的剥夺。在农民专业合作社法的框架下，借助合作经济组织，农民可以在一定程度上摆脱政府的控制和资本的剥夺，在政府、资本和农民的博弈中，合作社有可能发挥平衡各种力量的特殊作用。政府在资本和农民的博弈中，通过制定合理的扶持政策，使利益适当倾向于农民一边，从而维持农民与资本在市场力量上的平衡。在新农村建设中，必须依据合作社法的规定，赋权于农民，组建满足市场需要、为农户的利益服务的农村合作经济组织，使其与资本共同进行农村市场资源的整合。
建设社会主义新农村是一个系统工程，发展合作经济组织对于新农村建设意义十分重要，必须从战略的高度重新审视农村合作经济组织的作用，从各地实际出发，借鉴发达国家经验，用建设新农村的标准有效推进合作经济组织健康发展。（1）政府要致力于构建一个较完善的法律、行政和政策框架，在确保相关利益主体都能实现自己目标的同时，保护生产者、消费者和投资人的利益。在专业合作社法的基础上，还应当加快构建包括专业合作社法实施细则，除专业合作社以外各类合作经济组织方面的法律，合作金融方面的法律，合作社促进方面的配套政策等在内的完整法律体系，为农村合作经济组织的健康发展提供法律保障。（2）政府应当自觉从直接介入微观经济活动中解脱出来，将村组织的经济功能从其社会和政治功能中分离出来，让出组织空间以扩展合作组织的选择机会，并为农民的组织建设与组织参与提供制度服务。（3）政府应当为农民提供较为便利的公共交易设施和信息服务，使农户既降低信息搜寻成本，减少农民的风险预期。尽快改变现有政府管理农业和农村经济的组织架构和制度安排，改变农产品销售与生产资料供应的部门垄断体制。（4）政府要把农民专业合作经济组织作为独立的市场主体对待，不仅在财政税收政策方面采取减税、低税、免税、补贴和项目扶持等方式来支持和引导其发展，还要根据农村经济发展的新情况、新要求，在金融保险政策方面鼓励和推动农民向金融、保险合作领域延伸，从而开辟为农户提供金融保险服务的稳定渠道（肖红叶、毕美家，2007）。（5）合作经济组织是农村市场经济发展过程中的一个新事物，要加强对农民合作组织知识的培训，使农民了解合作经济组织的基本原则、价值理念及管理方式，培养农民的合作意识，以提高其发展农村合作经济组织的业务能力。
结合我国农村发展与合作社发展根基比较薄弱的实际，要吸取上世纪50年代的经验教训，遵循合作社法所确定的原则和合作社自身发展规律，既不能急于求成，也不能降格以求，而是要循序渐进地发展合作经济组织，促进合作经济的健康发展，寻求适合我国的合作经济发展模式。未来可能的改变将取决于农户博弈能力的提高、合作组织之间以及与其它经营主体之间的竞争、政府的规制和导向、农村民主政治进程等。
