经文讲了一个菩萨化作虫身为肉，以疗众人疾患的故事：世尊当尔时作天帝释，名曰善自。在于天上遥见众人得若干病，困厄难言，以天耳闻众人厄困，呻呼悲嗟。见闻如是，兴大悲哀，心自念言：今此众人，委厄甚困，无所归依，今吾应宜，济众困厄，其无救者为立善救，无所依者为设众依，无所归者为造受归。尔时天下阎浮利中，有一大国城名具留，彼时天帝菩萨去国不远，化作一虫名曰仁良，自然化生在其国界。时天帝释往在虚空以偶，告语天下阎浮利人，去此国土不大远，而有一虫名仁良。其有服食此虫肉，则得免，济一切厄。汝等勿恐莫怀惧，睹其虫身恣取肉，终不抱瞋。于是国城郡县村落诸疾病人，咸到虫所，取其肌肉各赍来归，以救疗病，各得除愈，其虫身肉如故不减：是则菩萨所修密行，护身清净，不惜身命，以己用施，开化救济无数众生，使至大道。这是获得“身密”菩萨应有作为的示范——不惜身命，以身布施，而不是《般若》的仅限于认识和空谈。它所表现的精神，与其主张天葬是相同的。
（2） 菩萨“口密”，亦称“言密”，指菩萨之语言音声秘密。其所以称为秘密，在理论上与身密同，均可从“般若”和“方便”两方面解释。口密的自身特点，是随顺众生的语言音声、风俗习惯和喜爱好乐而言说，同时熟悉三界五趣一切众生的语言音声，由此令菩萨所演言教，得以普及一切众生而无遗漏。经云：何谓言密？其言清净，随众生类，堕畜生中，多少限数，菩萨亦现若干音响言语，其察音响，现若干辞。顺其众生章句言语而演言教……其菩萨音，一切普入，靡所不达。或有歌戏，幻化瞋喜，演其音句。随其众生言辞音响而入训诲。因其一切身意所信，心所好乐，菩萨悉解而分别之，各使闻了。又，菩萨音所顺无限，犹如众生所生之处心念各异，五趣音辞各各不同，不可称计。菩萨如是各从音辞，亦无言辞，是则名曰随众生音。无不达之，晓无所有……菩萨所化随时，不可喻尽。自恣颁宣，不可计响。或演释梵、四天王音，或复恣宣诸天龙神……随众生音，上中下声，麤细好丑，而演音响，喜悦一切。规范言说的礼仪和内容，也属于“口密”范围。经云：菩萨所说，口未曾宣污染、恶言不仁之辞，瞋恚痴言……无刚结言、崎岖之语、调戏俳说、无益之文语。不妄笑……不失仪节志，亦无结心……谨慎守节，不轻慢人，不说非宜；不毁有宜，不诽密言，常随时护……菩萨言行相应。（《大宝积经》卷九，下同）（3） 菩萨“心密”，亦称“意密”，指菩萨之内在精神和意识秘密。菩萨“心密”有两个特点：一是突出“神通”，自由示现；一是突出智能认识，得“无生法忍”。经云：何谓心密？心行清净，不失神通，造立慧业。神通自娱，在所示现；正住神通，建立大哀无极之业。以神通化，无央数变，一切普显。以诚谛通，智能为室。如此，则表现为：慧通无极普御一切……独步三界不以为拘……开化一切十方众生，使入法律……是为菩萨心密之业，心行清净。这些话很通俗，不必多解。继之则说，心若真的清净，性即安调和顺，随行极良，处于普慧三昧，“不永灭度，不厌欲界。设生其中，无所系着，不为所缚……由是之故，得脱生老病死”，是谓“心密”。
“心密”还包括“其心行密”。经云：斯行慈愍，不计吾我故。其行悲哀，无有众生故。以行欢喜，则无命故，以能济护，乃达无寿故……其神足飞，心广无际故……其智能根，心无想故。其势力者，顺流心本故……其寂然者，淡泊静思故。此说又回到了般若方便。因为本经在理论上始终没有超出《般若》经类，所以它把心密的获得，归功于“无生法忍”——即这里的“不起法忍”。经云：菩萨若得“不起法忍”，心则甚密，心亦清净。心已清净，便解一切众生；心净，普无不入，其众生心，入于道心。一切众生，心趣道心而被照明，犹如虚空普悉平等，遍入一切有形无形道心。如是一切皆入众生心行。这段话颇为晦涩，大意是：心密是菩萨获得“无生法忍”的结果；心密的标志则是“心清净”，把这种清净心深入到众生中去，就是“道心”。就是说，“心清净”不是众生先天具有的，而是接受菩萨言教之所得。这种说法，也是本经的一个特点。
2． “如来三密”
关于“如来三密”，卷三有颇细致的陈述，其与“菩萨三密”的重要差别，是如来之身口意为绝对的不动、遍在、永恒，但依众生之喜乐而示现，无有限涯。以下分述之：
（1） 如来“身密”。经云：何谓身密？如来于斯无所思想，亦不唯念，普现一切威仪礼节。或有诸天人民自喜经行，见睹如来经行之时……若诸天人喜坐，见如来坐；若诸天人喜卧，见如来卧。若喜听经，见如来说经；若喜寂静，见如来默然……若意自在有喜光者，便见如来光无所阂……天人民心志无量品色各异，亦见如来若干品种功勋德色……如来至真，有以是缘，各于众生现如来像威仪礼节言行。（《大宝积经》卷一，下同）如来身与众生似乎存在互动关系，似真似幻，但细读可知，如来身本质上是被动的，随不同众生的不同喜乐而示现不同形象，因而可以多姿多彩，变化万端；实际表示，佛的形象是众生凭自己的喜乐塑造出来的，因为佛身既无思维，也无身形可觅。但从下文看，如来似乎又是有意识的实体，因为他之示现色相有确定的目的，即取悦众生：如来至真乃能可悦一切众生，以悦众生，显示色像；威仪礼节言行亦然。但接下去举例，更清楚地表明，如来不过是众生的自我反馈：（犹如）清净明镜，随其色貌以往照之，则现其像，不失本类。等示无异，未曾变改；明镜照形，亦无想念。如来如是，虽以法济一切众生，无有想念，无利养心，可悦一切众生心行，随上中下深浅之法，开化度脱三界迷惑。是为如来身行秘要。如来身究竟是客观实体，还是众生自相的影像，只得交给读者自己去判断了。总而言之，如经云：佛身则是法身，身无有色……所现色相，为贪慕好、求豪尊位众生之故，而示形相令目睹矣……如来身者，不可限取，无若干像……无所不遍……普照众生，靡所不遍。犹如虚空，皆长一切百谷草木，如来若斯，至真之体，长育德本。可以把这段话作“如来身密”的定论：此身即是法身与化身的统一——法身是派生一切化身的本体，化身则是法身的幻化。至于化身如何依据法身而化生，则有两种解释：第一，众生所见之三十二相、八十种好以及其他佛身偶像，是佛为了满足众生对于如来色相的贪求变现出来的；第二，佛身无思无想，亦无形象，众生所见，只是众生满足自身贪求的投影。这两种说法，对于把如来偶像化并盲目崇拜者显然都不太有利，但却符合本经的根本精神：前者是如来为了取悦众生，后者是众生满足了自己的贪欲。这与前述之菩萨必须无条件地满足索食索色者的贪欲，令众生娱乐，是同样性质的“秘密”。
（2） 如来口密。经云：“何谓为如来口秘要？”从“如来逮无上正真道，成最正觉，至无余泥洹”之日，于其中间，一切文字颁宣，“一一分别，无数亿载，讲演布散，无限义理”，均属如来口密范围。如此说来，凡世上流通的佛经教理，都是如来的口密了。那怎么宣示呢？“虽口所宣，无想无行”。无想无行而有所宣，并且“皆以文字而分别说”，这确实不可思议。下文则说，“如来口永无所说”，众生误以为“如来为我讲说经法”，其实那只是众生自己的念想。
这一解释与对身密的释义完全相同，但反映了一个新的问题：同样的文字音声，为什么不同的听众会有非常不同的理解？这个问题至今还为哲学界所关切。由于译文错乱，很难细评下去。
陈述口密的例证和譬喻很多，也可以看做上述法身与化身统一为“身密”的演绎。例如：若有想知如来至真，闻其音响，随其所好诸根厚薄，从其应度而开化之。演斯音训，悉使入律。虽尔，如来所观开化，亦无相念……譬如伎乐以调其音，以手鼓之，其声悲和，无有在彼作是声者，皆由方便缘合，而有殊特悲和之音。如是……如来言辞，化众生心，缘其畅教。如来在彼，有所演说，无有偏党，皆是宿缘，所造立行，而有殊特……各使开解。虽显是教，亦无想念，是则如来所宣秘要。这个譬喻原出《般若》经类，此处谓之“演有为之门，而如来法悉是无为”，也就是化身与法身在“口密”上的反映。
此处经文，记载了当时佛音传播的范围，或有历史价值，备存如下：如来圣慧，从其音响随时而入，皆悉化之，立正真业。各有种号：释种、安息、月支、大秦、剑浮、扰动、丘慈、于阗、沙勒、禅善、乌耆。前后诸国，匈奴鲜卑，吴蜀秦地，诸幺夷狄，他罗多，愚民野人，及诸须曼耶咒，女人处国、牟兜咤国、因缘国、波罗奈国、数树国、金本国、脾罗本国、倚脾沙国、益本国、上本国、他谈国，北方异国，西方所持国……如斯千国，周围充满。于阎浮利天下，各自异居。又，是诸人及非人类，言语各异，志操不同，音声各别，如来至真随其言音而入其中，因开化之，立于正真。这其中的许多地名国名，是我们熟悉的，这是否意味着，本经也是在这些地区流通过的，或即在这些地区形成的呢？值得研究。
（3） 如来心密。经云：“何谓为如来心秘要？”（《大宝积经》卷一一，下同）卷四集中讲了两点：
第一，“以一识慧，寿八万四千劫。又，其神识不转不变，以为余识乃至定意，还得寿命，从彼终没，因其所行，受身而生”。
如来亦有寿命，决定这寿命的是“一识慧”，而“其识神”始终不变。“识神”是永在的心本体，“识慧”是心本体示现出来的有限的灵魂。如来的这一寿命，从其作为菩萨投生至于成佛灭度计算，其间的一切活动，都是他的“识慧”起作用，作为心本体的“识神”则无思无行、无合无散、无乱无护，亦不造作罪福之业。就是说，如来的寿命及其一生的活动，只是“心”的方便示现。
第二，心本体清净，亦非不见，只是所见等于不见：“如来所见，不肉眼视，不天眼睹，不慧眼察，不法眼看，不佛眼观”，更“不依神足而为变化”；“无心意识、身口意”，“于一切法悉无合会”，“永无所行”。所以这“见”只是绝对孤立的自在，与“不见”同。“其慧所住，犹若本无”，但其“应于诸法，无所挂碍”，“皆知一切众生心行”，“普造一切诸佛道事”。
这样，“如来心密”也有两重性：一是不变的“清净心”，即“如来至真”；二是“识慧”，亦称“道心”。此“至真”能“化如来像。其化如来，其行所在，至真示现，随时能作佛事”。故“至真”相当于法身，“至真”所化如来像即是化身；法身虽然无思无形，但随化身而示现，作佛事。
据此可以得出两个结论：第一，《密迹经》中的“至真”指谓的“法身”，并非一般佛经所谓的“以佛法为身”。第二，此至真法身不是超越众生别有的客体，而是众生皆有的“清净心”；此“清净心”亦非对染污心的否定，而是实实在在永恒不灭的“识神”。
把“识神”作为“清净心”的同位语，互相界定，是《般若》经类中不会有的，也不应该有的。但在密乘中，至少从本经开始，已经成了当然的前提。密乘的这一观念，也打通了佛教与道教的隔膜，标志着中国佛教由被讥为“修死之术”开始向“求不死”之术转变——尽管“识神”一词，在鸠摩罗什之前的译籍中屡见不鲜，但都没有本经表达得这样明晰。
经文继之说：“如来至真，处于一切众生志性，显仁慈慧。”这段话很重要，意思是：处于一切众生志性中的“如来至真”，就显示在众生之具有“仁慈”智慧上。此论无疑可以把孟子的性善说，所谓“恻隐之心”、“不忍人之心”，引为同道。但是，本经关于如来的陈述与《华严经》相似，总是把“至真”描绘得像是外在于一般众生的客体，所以这段话也可以理解成：是“如来至真”的遍在化，体现在众生的“志性”中，表现为“仁慈”上。卷五记密迹金刚力士与佛的一番对话，就是这么讲的：唯然大圣，我向所宣如来秘要，将无违失毀谤如来，傥不顺法？如来秘要，甚为玄妙，广大无际，一切世间所不能信。下劣虽说如来秘要，心自忆之，如来至慧入我身中，非我威势圣猛之力。佛言如是，如密迹，如来道慧所入至处，莫不蒙安，敢佛弟子班宣经典，皆承如来威神圣旨，以入如来空法之身，道慧玄妙，靡不通达……卿审真谛，承如来慧，得无所畏。今演斯法所云真谛，正谓此法。（《大宝积经》卷一二）意谓，密迹说法，是佛“威势圣猛”加持的作用；这种加持的途径，是“如来至慧”入其身中。由此推出具有一般意义的结论：如来道慧所至处，即得蒙安，敢于班宣经典而无所畏惧。
这样，本经的最高本体“如来心密”就有两个：一个是外在于众生的至真客体；一个是内在于众生的清净心性。“如来心密”的心体，也有两个：一名“识神”，永存而不动；一名“识慧”，尽管长寿，但有生死。这“如来心密”的外在化和内在性的统一，永恒不动和变化无常的统一，已经蕴含着密乘的根本世界观，只是表达模糊，语言不很清楚罢了。
