按《佛性论》之说，佛性即如来性，是如来藏的内核，杂染不净则是如来藏的外壳。如前所说，两者是缠与被缠的关系，但净与不净，互不相干。为了把这个问题讲得更清楚些，论文又将如来性之“通相”及其处于不净位时的状况，作了总结性的概括：是如来性，明一切法如如清净，是其通相，如《般若》等经中所说。关于此话，论文逐词解释：一切法者，即三性法。如来性贯彻在“一切法”中，瑜伽行派即以分别、依他、圆成等“三自性”为之分类。如如者，俗如即真如，真如即俗如，真俗二如，无别异故。“如如”是“真如”和“俗如”。瑜伽行派往往用“如”取代“谛”，故不讲“二谛”，而讲“二如”。“如”是“如实”之意，“谛”是正确的认识，一个强调“实”，一个强调认识之正确，侧重点有所不同。中观学派依旧讲“二谛”，瑜伽行派以“三自性”予以修正，从而也以“二如”涵盖“三自性”。事涉大乘这两大哲学派系的异同，此处从略。清净者，有二种：一者因中如如，未得无垢；果地如如，无复垢秽故。二者因果俱净，因中是无染清净，至果无垢清净故。“清净”即是“如如”，“如如”即是“清净”。其中“因中如如”，即如来性处不净位的名称；“因果具净”，处染而不染是谓“因清净”；至果位而染除，即是“无垢清净”。其所以突出因果清净，在于说明，凡、圣、如来三者的因果位次虽然不同，但如如无异，如来性是一。如此等义，是佛性通相。为显此义故，佛说般若波罗蜜等诸经。此说表示，《佛性论》以如来藏解佛性说，是有经典依据的，其中特指《般若》“等诸经”，也就是特别要与《般若经》会同；它实际引用的，则是《如来藏》、《胜鬘经》等小经，修正的是《大般涅槃经》。据此观察众生：是佛性中分别众生，自有三种：一者不证见佛性，名为凡夫；二者能证见佛性，名为圣人；三者证至此理，究竟清净，说名如来。此处把“证理“作为成佛的根本动因，反映了比般若中观学派还要浓重的理性主义倾向。最后小结：净位中，常乐我净四德及如来恒沙功德，恒相应故，故说如来性前后无变异。至于如来性在“不净位中，有九种客尘”，即：“一者随眠贪欲烦恼，二随眠瞋，三随眠痴，四贪瞋痴等极重上心惑，五无明住地，六见谛所灭，七修习所灭，八不净地，九净地惑。”这些烦恼是依三界凡夫、阿罗汉以至大菩萨的修习次第和得果高下来分类的。它们的性质及其与“如来法身”的关系，全依《如来藏经》之“九喻”进行解说，在枯燥的论议中，平添了几分生动情趣：一为显贪欲烦恼故，立莲花化佛譬。譬如莲花初开之时，甚可爱乐，后时萎悴，人厌恶之。贪欲亦尔：初依尘成，后依尘坏，故以华譬贪，而华坏时，化佛出世，如贪覆法身。
二为瞋烦恼故以蜂为譬者，如蜂若为他所触，放毒螫人。瞋亦如是，若心起瞋，即能自害，复能害他，而有甘蜜，即譬法身，为瞋所覆故。
三为无明惑故，立谷中粳粮譬。譬如白米，为糠所覆，不得受用。法身亦尔，为无明壳所隐覆，故不得现。
四为上心三种烦恼，立金堕不净譬。譬如净洁金宝，为粪所涂，违逆人心。离欲之人亦复如是，为上心烦恼违逆其意，故说此譬。法身本净，为上心惑所覆，故言不净。
五为显无明住地故，立贫女宝藏譬。譬如贫女宅中地下有金宝藏，为地覆故，受贫穷苦。二乘亦尔，为无明所覆，不见佛果故，受四种生死之苦。
六为显见谛惑，立庵罗树子譬。譬如庵罗子生芽之时，必破其皮，然后得出。皮譬见谛，芽譬法身；见谛亦尔，初见真理，即破此惑，法身显现故。
七为显思唯惑故，立弊帛裹金宝譬。譬如败衣，不堪服用，身见真实，先来已破。圣道对治，数数习故，思唯烦恼无复势力，譬彼败衣；金如法身，为思惑所障。
八为显不净地惑，立贫女怀王子譬。譬如转轮王子在贫女腹中，胎不能污。七地以还烦恼亦尔，虽名烦恼，而有三德：一者无染浊智慧，慈悲所含养故；二者无过失，以不损自他故；三者无量功德，能成熟佛法及众生故。若长烦恼即成凡夫，不能成熟佛法；若断烦恼，即成二乘，不能成熟众生。
九为显净地惑故，立模中金像譬。譬如铸金像，未开模时像已成熟，水等诸物不能破，唯斧等乃能破故。八地以上惑亦如是，唯金刚心能破究竟故。九、 从“如来性”到“三身”的形成
以上九譬易懂，无需再作解释。而经文的实际目的，是在于进一步揭示如来藏的内涵：因三种自性为显心清净界名如来藏，故说九种如莲花等譬。三种自性者：一者法身，二如如，三佛性。合此九譬为三：初三譬法身，次一譬如如，后五譬佛性。（《佛性论》卷四，下同）从“心”的“清净界”（即一切清净之总因）来命名“如来藏”，它由“三种自性”显示出来，所谓法身、如如、佛性。
（1） 关于“法身”，论文云：诸佛法身有二种：一正得，二正说。言正得法身者，最清净法界，是无分别智境，诸佛当体，是自所得法；二正说法身者，为得此法身清净法界正流，从如所化众生识生，名为正说法身。说得再清楚些，所谓“正得法身”，即是众生悉有而为尘垢所缠，诸佛自得之“法体”；此“体”即是“真如”，以“世间无物可为譬者，故还取花中佛像为譬”。所谓“正说法身”，是从在缠之法身中流出的“真如”，转化为众生的“识”，或者说，是“真如”转化为“俗如”，通过“识”所得之法身。同一法身，前者是先天的本然的，后者是后天的获得的。正因为“正说法身”是后天获得的，所以又有“深妙”和“粗浅”之分——目的是为了反映两种道理：一深妙者，为安大乘道理；二麁浅，为二乘人说此道理。复次，第一义谛，为安立菩萨甚深法藏；约真俗二谛，安立二乘十二部等种种法藏。相对于这两种“正说法身”，其深妙者，“以真如一味故，故取蜂家蜜为譬”；其粗浅者，“以显真俗种种义味故，故取糠中米为譬”。由是作结：是三法身遍满摄藏一切众生界无余故，故经说无一众生出如来法身外者，如无一色出虚空外者故。（2） 关于“如如”，论文云：如如有三义故，取金为譬。一者性无变异，二者功德无穷，三者清净无二。自性亦如，无变异故；功德亦如，无增减故；清净亦如，无染污故，故曰如如是真如。如在一切邪定聚及一阐提诸众生中本无差别，若至客尘灭后说名如来藏，故说一切众生为如来藏，能藏如来不得显现。为显此清净无二故，佛说此经……由此自性清净，应一切众生清净，是自性清净与众生清净无有二故。此处界定，“如如”即是“真如”。就其“自性”，永无变异，譬喻金性；因为“真如”之“功德”作用及其所处境地虽有种种不同，但不影响它的自性，始终清净。正是在“真如”的意义上，说“一切众生是如来藏”，“自性清净与众生清净”无二无别。
（3） 关于“佛性”，亦有两种，论文云：一者住自性性，二者引出性。诸佛三身，因此二性故得成就。先看“住自性性”：此住自性佛性者，有六种德，故如宝藏：一者最难得，佛性亦尔，于无数时节，起正勤心，因福德智慧满足庄严，方始显现故……二者清净无垢，由佛性与烦恼不相染故……三者威神无穷，明六神通等功德圆满故……四者能庄严一切世间功德善根，于一切处相称可故，如意宝亦尔，能为世间种种庄严具。五者最胜，于一切法中无与等故……六者八种世法中无有变异，为十种常住因故，真宝亦尔，虽烧打磨不能改其自性故。此“住自性佛性”，即普存于一切众生中先天本然的佛性，尽管众生皆有，但非常“难得”；尽管处烦恼之中，但“清净无垢”，这都不是新意。但说它“威神无穷”，具备“随意能办”的“六神通”，能为“世间功德善根”做装饰品，甚至经受“八种世法”等的“烧打磨不能改起自性”，并为“十种常住”作因，这就是新说：佛性，即使住“自性佛性”也不只是作消极的被认识、被显示的对象；它在如如不动中，仍然具有作用世间、随意成办善事佛事的潜在功能，尽管并不为一切众生所觉知——即使潜隐的存在，也能起现实的作用。
再看“引出佛性”：从初发意，至金刚心，此中佛性名为引出。言引出者，凡有五位：一能出阐提位，二能出外道位，三出声闻位，四出独觉位，五出菩萨无明住地位。此法身能破烦恼壳，其体显现故。“住自性佛性”的潜在能力，终究会突破烦恼壳，由此导致发意修道，直到成佛之前的“金刚心”位，通名“引出佛性”。
由此两种佛性——成佛的内在根据及其相应的实践，就成了产生三种佛身的两大原因，所谓“为约此两因故，佛说三身果”，即“法身”、“应身”与“化身”。论云：一者，因住自性佛性故说法身。法身有四种功德……一自性有，如金本有，非所造作；二清净，如金本净，尘垢不能染污；三为一切功德所依处，如金能感种种贵物故；四平等所得，谓一切众生并同应得，如金无主，众人共有，随其功力修者即得。此中的“法身”即是“自性佛性”的别称，由于它能够为一切众生平等所得，只要如法修习，即能转而成身，故名“法身”。尽管它以佛性的形式存在于一切众生心内，但对于希求成佛者言，它仍然还是客体，需要修得。故论云：二者，因引出佛性故说应身。应身有四种功德……一依止，依止者，三十七道品是所依止；二者正生，谓欲得应得，即是未知、欲知根；三者正住，谓正得，即是知根；四正受用，即知已根。合此四义，名为应身。如胎中转轮王亦有四义：一以宿业为依止；二未得王位欲得，如初生；三正得王位，如住；四得已不失，如受用。是故应身以胎中转轮王为譬。“应身”之“四种功德”，可分两类：第一，“三十七道品”是此身得以生成的基本条件，这包括小乘的所有修习；第二，求得“知根”，即获得追求和成就一切智或无分别智的内在动力，包括“欲知”、“正知”和“知已”等得以增长成熟的根基。“一切智”或“无分别智”，以及“受用”这“智”及其营造的世界和对象，完全属于“应身”自身的，只有极少数能够达到同类功德智慧的大菩萨，或者能与之共享。论又说：此身本有三德：一大般若，二大禅定，三大慈悲。大般若者，无分别圣智是其体相；大禅定者，无作意是其体相，已离出入意故；大慈悲者，能拔能救，是其体相。如众生意令得圆满故须此三：一为法乐，二为六通，三为拔济。是故大悲为拔三恶道苦，安置人天；大定能显六通，令生信乐；般若为受法乐，能成熟解脱。是名应身。如此说来，“应身”又非限于佛之自我受用，对于三界人天依旧在起慈悲拔救的作用，尽管它无作意、无分别，但却有“神通”。由此论说：三者，因引出佛性复出化身。化身者有三事：一有相，如水中月，以影相为体故；二由功力，以宿愿所作故；三有始有终故，第九立模中佛像为譬。相对于“应身”完全属于成佛者本人所有，“化身”则完全是为他人存在的。它有“相貌”，大众可见，但此相犹如月在水中投影，并非实有；它由人工造作，宿愿所起；随缘变化，有始有终。这种“化身”，若作狭义的理解，像大乘后期称呼释迦牟尼，是在特定劫时、特定国度、面对特定众生，因而演说特定教义的觉者，即属“化佛”；若作广义解释，则佛教信众所建立供养之一切佛像，也都可以称为“化佛”。化佛之多，不可胜数，原因就在于此。
