对于阿梨耶识的这套说法，涉及世界观和宗教观的方方面面，相当重要，但与新译相比，差别极大。现在在这里介绍，便于我们对瑜伽行派有个全面认识，也有助于同新译的比较研究。
六、 通达“如来法身”的途径：“三自性”之成为思维方式
上文是说“离欲果”的。下文则解释“离欲因”：为得此法身，见谛道、修道所摄；由境界故，说无分别智，有三义与日相似：无流清净故，与日轮相似；能照了一切境界故，与日明相似；能对治一切真见暗障故，与日光相似。“如来法身”是由“见道”、“修道”所得；见修二道，贯彻的是“无分别智”。这一说法是大乘通论。问题是，既然“无分别”，又怎么会成为一种见知（智）的呢？在这个问题的讨论中，才显《佛性论》的特色。论云：如来法身离欲，云何见知？谓如实思量，不见想及不见境。境者名分别性，想名依他。不见分别依他二性故，名为真实见知一界。又想者人，境者法；不见此人法想境，故名二空。所谓“无分别智”，论文给出了一个明晰的解说，即“不见想”和“不见境”的“如实思量”；“想”的主体是“人”，“境”则是所想的“法”，所以不见“想”、“境”，即是人法二空——可“想”、“境”都不见了，还有什么“如实思量”？于是论文进一步解释：原来所谓“想”，不是指思量全体，而是特指依据因缘条件产生的所有现象。按“唯识无境”之说，此因缘条件所生之诸现象，说到底是“想”造就的；所谓“依他”，即“想”依以活动的因缘条件；“想”的产物是所谓“相”，在“三自性”中称做“依他起自性”。“境”也非指一切境界，而是指对“依他起自性”妄做“分别”，认为他们本身即具有真实自性的那类妄境，在“三自性”中称做“分别性”。“如实思量”即是去除“分别”、“依他”二性的思量，亦即“无分别智”；此智所思量之境，是离言的“真如理”，在“三自性”中即是“圆成实性”。
因此一句话，按“三自性”的思维方式去认识一切法，就是“如实思量”，如论谓：如是一切诸法，如来悉见悉知，由平等已通达如真实故。境、智等无增减，是名平等观。此观能除真实见暗障，是如来法身至得家因，见、修二道所摄故。以是义故，此离欲因，不离二修，而得成就。通过三自性，如来即能如实地通达一切法，何谓唯识现象，何谓妄执，何谓真实，都能按照他们的本来性质，平等地、无需主观增减地“悉见悉知”，由此就能回到如来法身之家，是谓“离欲因”。
由此说来，“无分别智”并非没有思量，而是要按“三自性”的思维方式去思量。这种思维方式可以通过两种修习方法去获得，所谓“如理修”、“如量修”，简称“二修”。论云：世间所知，唯有二种：一人、二法。若能通达此二空者，则为永得应如实际，是故名为如理；如量际者，穷源达性，究法界源，故名为际。这样，“如理修”是对“实际”的正确认识，此指对“二空”的把握；“如量修”是“如理智”的推广，令一切法悉合如理的认识，令一切众生悉能成就如理智。由此出发，论文对此“二修”又作了专门分析。
其一，“如理修”，即“如理智”。论云：不坏人法。何以故？如此人、法本来妙极，寂静为性故，无增无减，离有离无。寂静相者：自性清净，诸惑本来无生，见此二空名寂静相。自性清净心，名为道谛；惑本无生，净心不执，名为灭谛。这话讲得有些啰唆，但意思很简单：通达二空之理，并非是去破坏，亦即否认人、法的存在。因为从般若性空看来，人、法本来无生，寂静为性。如果达到这样的认识，就是自识“自性清净心”，也就是“道谛”；由此不生惑，不执净，即是“灭谛”。因此，“如理修”即是“人法”与“二空”的统一，就像“色即是空，空即是色”一样。
对于般若学的这一回答，《佛性论》似乎并不满意。它对“如理修”作了合乎“如来藏”的解释：是心有自性清净及有烦恼惑障。如此两法，无流界中善心、恶心独自行故，于一念中两心不相应故，此两法难可通达。如《胜鬘经》说：世尊，善心念念灭不住，诸惑不能染；恶心念念灭，诸惑亦不染。世尊，烦恼不触心，心不触烦恼，云何无触法而能得染心？如此而知名如理智。此说叫染、净不能互熏说：自性清净与烦恼惑障，性质完全相反，互不干涉。只有认识到这一点，才叫“如理智”。染、净同处于一心，两者是否互相作用，以至所谓“互熏”，在中国佛教义学界意见不完全一致；此处又将善恶各自独行，限制在“无流界”范围，也很特别，遗憾的是没有作进一步解释。
其二，“如量智”，即“如量修”。论云：究竟穷知一切境名如量智。若见一切众生乖如境智，则成生死；若扶从（如）境智，则得涅槃。一切如来法，以是义故，名为如量。“一切境”本质“二空”，亦即是“如”；究竟穷知一切境的“二空”本质，就叫“如量智”；这个道理也应该推向一切众生，令其知道：违背此智的就流于生死；服从此智的就得涅槃。
关于此二智的性质，论文还有这样的发挥：此二智有二种相：一者无著，二者无碍。言无著者，见众生界自性清净，名为无著，是如理智相；无碍者，能通达观无量无边界故，是名无碍，是如量智相。此“如理智”，关键一环是承认“众生界自性清净”；“如量智”即是以此如理通达无量界。就此而言，“此二智有二义：如理智为因，如量智为果。言如理为因者，能作生死及涅槃因；如量为果者，由此理故，知于如来真俗等法具足成就”。如理智是对真如的体认，如量智是对真俗诸法的丰富和无完备。
七、 “法身”证明中的认识论和方法论
这个体现着常乐我净、神妙莫测的“如来法身”，是《佛性论》所持如来藏观念的最终目标。但它是否真的存在，如何证实它的存在，是一个理论难题。论文以“外”论置难、“内”学作答的方式，进行辩护。外曰：如汝所立，法身应决定是无，不可执故。若物非六识所得，决定是无，如兔角。兔角者，非六识所得，定是无故。法身亦尔，是故法身决定是无。答曰：汝言非六识所见故法身无者，是义不然。何以故？以由方便能证涅槃故。“想”称正行，是名方便；由此方便，是故法身可知可见。譬如由他心通故，则能得见出世圣心。“六识”是凡圣三乘共许的认识主体。凡存在的实在事物，六识都应该认识得到；反之，凡六识认识不到的，就是不存在的，故曰“若非六识所得，决定是无”。这个判断过于抽象和绝对，很难成立。反驳的理由是“想”；“想”在一定条件下，即“想称正行”时成为“方便”，就会变成另一种认识途径，并且譬喻说，“他心通”能见到“出世圣心”。这等于在六识之外给认识又开辟了一条渠道，所以颇值得考察。
先看它的这个譬喻：他心通者，有三种因缘所得：两是方便，一是正道。方便二者：一因天耳，二由天眼。因天耳故，闻觉、观声；由此声故，得知他心。依天眼能见他肉心孔中有水；水相若黑则知痴，生黄则知贪，赤则知瞋，青白则知善，见缥色时知是无记。因于耳目方便故，比知他心。次正道者：若欲得他心通，须缘自心，先修观行——不用现在心观现世心，自体不得一时见故；以现在心能观过去心。何以故？可追缘故。从远至近，次第向后。初则观无量念，如是渐渐至一刹那，乃至灭一刹那，于自心观中而得自在。然后取前人心作自境界以修观行——初入观时，须作愿心，起要期意。先须假想观前人身，身相具足；如是遣析，除皮肉骨，三相都尽，唯余心在，细细修习。缘前人心，随其利钝、远近、奢促，自能彻见。如彼所缘，我皆能见种种诸心故。
如他圣心，虽过六根境，亦能得见，如来法身亦复如是，虽非六识所见，由方便正行，所以能见。故知是有，不得同无。此处把“天眼天耳”抬出来，毫无意义，因为它们得不到普遍的承认。即使得到承认，眼耳仍属六识凭借的器官，与“想”没有直接关系。但此处提出的其他三点，就有普遍性了：一、 “因于耳目方便故，比知他心”；二、 “以现在心能观过去心”；三、 假想他人身，“遣析”而知他人心。
此中“耳目方便”，“耳目”是经验，“方便”是“称正行”之“想”，此“正行”指正确推理和思维，“想”即表象概念。此话意指，由耳目经验上升为概念性认识；又，通过概念推理，可以得到“比量”知识，即所谓“比知”，这也是“想称正行”的认识活动——如是，在六识之外，确乎存在另一类认识机能，而这种机能又确乎是凭六识所不能见的。因此，所谓“非六识所得决定是无”，不能成立。至于二，那是用现在回想过去；三，以观自身方法——“遣析”，用于假想他身。这既包括推理，也包括想象，都是正确认识的方法，也都不是用“六识”可以概括的。
附带说明，从部派佛教到瑜伽行派，都是把六识作为“心王”即认识主体来看的；至于“想”，理应附属于心王而被列入“心所”，正行的“行”，既不属于“心”也不属于“心所”，从这个意义上说，此处肯定“方便”为六识之外的另一认识渠道，可以成立，对于佛教认识论也是一种丰富。但这与我们一般所讲的认识论，大不一样；上述所举的例证大约来自禅定想象，没有普遍意义。
关于“法身是有”还有许多论证，主要是针对小乘和般若家提出的。论文的正面说法是：若法身无者，则诸正行皆应空失，以正见为先行，摄戒定慧等善法故，所修正行不空无果。由此正行能得果故，故知法身非无。正行是因，必得相应之果，此果即是法身。但这个结论在佛教内部行不通，因为占统治地位的意见是，“正行”的结果是“五阴灭尽”，并非成就法身。于是论文驳道：若汝说法身定无，而正行能令至五阴入等灭尽故，当知正行不无果者，是义不然。何以故？涅槃不有故。若五阴等无是涅槃者，则去来二世阴等并无，应是涅槃，而此二世阴等无处既非涅槃，故知不取阴无之处名为涅槃。结论是：“烦恼灭处不名涅槃”。
按二乘理解，涅槃是五阴无处，或烦恼灭处；论文意见，涅槃不是止于“灭”，而是实在的“有”，是成就法身。
此类论辩还有很多，其中之一，是把“无生”作为涅槃的内涵。为了更具体地了解瑜伽行派的论辩方法，不妨再作些观察。论文曰： 汝立无生，其义云何？为是有惑故无生，为是无惑故无生？若烦恼有则无无生。何以故？有无二法不得一时同处故……烦恼在时，则不得立以无生故。若无烦恼，立无生者，是时烦恼既无，约谁而辩无生耶？这是用揭示“无生”这一概念的矛盾令“无生”不得成立，以驳斥把涅槃解做“无生”的主张。这种方法，在般若中观学派中运用最多。复次，汝立烦恼无生者为是物有，为非物有？是物有者，如四大等有实法、有假名，此等是有物。非物有者，如空花兔角等，了自无故，故言非物有。若言是有物者，则由四缘所成；四缘所成故，无生义则不立，以是义故，有为无为则无差别。若汝说是物有不为四缘成者，即同邪见外道所执自性、隣虚、我、时、方等故。若非有物是涅槃者，但有名字，便如人说兔角尖利。若尔即同前破，则修道无用。这是设定两个对立判断，置论敌于两难推理中：不论肯定或否定，使“烦恼无生”的命题皆难成立。这种论辩方法，般若中观学派也很常用。
那么，“若不取无生为涅槃者，云何佛说无生灭尽为涅槃耶？”“答曰：‘道’依涅槃，能使烦恼未来不生，现在者灭。因中说果故，名涅槃为无生灭尽。”由此带来的论辩依旧很多，且多与“外道”的思想有关，恐繁且止。
八、 如来性及其不净位：如来藏的内在规定
