1645年，清朝豫亲王多铎率领大军渡江南下。明朝弘光小朝廷的君臣逃走，多铎派遣贝勒博洛和其他将领攻打江南一带府县。明朝的地方官吏有的投降，有的逃亡；有的经不起清军攻打，镇江以南，一个月工夫，上百座名城大县相继失守，可是江阴一个小小县城，竟能死守了八十天才被攻破，这主要是得力于典史阎应元。
起初，清政府下“剃发令”。江阴秀才许用德，把明太祖像挂在学宫大堂上，边拜边哭，顿时聚集一万多人，推举新任县尉陈明遇领导守城。陈明遇说：“我的机智勇敢比不上阎君，守城大事，必须请他来主持。”派人骑马迎接居住乡间、为母亲守孝的阎应元。
阎应元连夜赶到城里。城里的士兵不到一千名，居民也只有一万户光景，粮饷又无法筹措。阎应元一到，立刻清点簿册，修建防御工事，命令每户出一个壮丁登城防守，其余的壮丁轮流送饭。他命人取出火药和武器，放在城楼上，又劝有钱人家踊跃捐献，捐献不限定钱财，愿出米、豆、绸、布等都可以。监生程璧带头捐献两万五千两银子。捐献的人争先恐后，不多时就拥有一批火药，铅弹、铁子、大炮、鸟嘴铳，钱好几千万吊，米、麦、豆一万石，其他像酒、盐、铁、草料也很多。做好物质准备之后，阎应元又把江阴城划分为几个区域，陈明遇守西门，阎应元自己守北门，兼带巡查四门。刚刚布置停当，敌人已经把城团团包围住了。
清军开到江阴城外的达十万，扎营盘一百多座，四面包围圈几十道。城上守军居高临下，使用礧炮、弩机一类武器，矢石交下，杀伤大量敌军。清军架起大炮轰城，城墙被轰塌了，阎应元叫人用铁皮把门板包裹起来，用铁链缚牢，保护城墙；又叫人取来空棺材，装满沙土，堵塞住倒塌的地方。清军猛攻北城，北城被攻破了。阎应元立即下令：用大块石头连夜再筑起一道坚固的堡垒。城里的箭不多了，阎应元设计，趁黑夜扎了许多草人，每个草人身上插一枝竹竿，上面挂一盏灯，把草人竖在城头。守城的兵士埋伏在城垛后面，金鼓齐鸣，喊声四起，佯装将坠城去袭击敌营。清军震惊，纷纷向城上射箭。第二天清晨，从草人身上取出的箭数也数不清。阎应元又将计就计，派遣精壮兵士，从城头用绳吊下，偷袭敌营，趁风放火。敌军大乱，自相践踏砍杀，死了好几千人，被迫后撤，在离城三里的地方扎下营来。清军统帅刘良佐到城下，大声叫道：“我与阎君是老朋友，替我告诉他，我要跟他会会面。”阎应元站到城头上跟刘良佐接谈。刘良佐本是弘光帝时镇守江北的四员大将之一，封为广昌伯，清军南下时，他投降了。此刻，他远远地朝着阎应元喊道：“弘光帝早已逃跑，江南无君主，你识时务趁早投降，可保荣华富贵！”阎应元回答道：“我姓阎的只不过是明朝的一个小小的典史，还懂得大义。你身为明朝大将，竟给敌人充当开路的走狗，你拿什么脸来见我们县里的志士义民呢？”刘良佐听了，羞愧难当，溜了回去。
阎应元身材高大，面色苍黑，嘴上边有些短须，性情刚直坚强，带兵军纪严明，违犯纪律者一律严惩不贷。他把钱财看得很轻，将士们立了战功，总是重重奖赏，毫不吝惜。将士受伤，他亲自替他们包扎伤口；有战死的，就给他们料理丧事，亲临哭祭；跟兵丁们说话，称呼“好兄弟”，不喊他们的名字。陈明遇为人宽厚和蔼，每次巡城，总是关切地慰问兵丁，因此，深得人心，大家都乐意听他的号令，不怕牺牲。
在这以前，贝勒博洛所部接连攻下几座大城，增援江阴。博洛捆绑了明朝的两个降将，叫他们跪在江阴城下，劝说阎应元投降。阎应元在城上大骂道：“败军之将，被俘后不赶快死！”博洛又派人对阎应元说：“只要把四门为首抗清的人各杀一个，我军立即撤退。”阎应元严正地大声说：“情愿砍掉我的头，也不能杀一个老百姓！”
博洛见江阴城毫无投降的意思，就加紧攻打。清军架起云梯，敢死队披戴着铁甲铁盔，猛冲城墙，轰城的炮声昼夜不停，百里以内地都被震动了。城里死伤的人越来越多，阎应元慷慨激昂地登上城墙，神情镇定，指挥作战。第二天，下起倾盆大雨。到了中午，一道红光从土桥阵地冲起，一直落到城西。城墙很快就被轰破，清兵冒着火烟雨雾，蜂拥地冲了上来。阎应元率领百把名无畏的战士，肉搏冲锋，和敌人进行了八次巷战，杀伤的敌人以千计，再次突围，冲不出去。阎应元纵身投入前湖，自杀殉国，湖水很浅，没有淹死。刘良佐命令士兵，一定要活捉阎应元，因而被俘。
阎应元被押去见博洛，挺胸直立，坚决不跪。敌兵拿枪向阎应元的小腿刺去，肉穿骨折，扑倒在地。黄昏时分，阎应元被解到栖霞禅院。寺僧夜里听到阎应元不断大声喊道：“快杀我！快杀我！”不多会儿，声音消失了，阎应元壮烈牺牲！
江阴城坚守了八十天，围城的清兵二十四万人，战死六万七千人，进城后巷战死七千人，清军被歼共达七万四千多名。城中军民牺牲的不下五六万人，尸骸塞满街巷，但无一人投降。城破时，陈明遇用刀与敌人肉搏，受重伤，死后手里还握刀，身体靠壁，直立不倒。
“位卑未敢忘忧国”（陆游语），阎应元与陈明遇地位在七品芝麻官的县令之下。明朝的封疆大吏、总兵大将纷纷投降，给清军前驱开道，而阎应元不过一介小吏，却以大无畏精神，坚守孤城，敌人为之胆寒，百姓为之效命，全城军民宁死不屈，铮铮铁骨，凛凛气节，可歌可泣。
明末誓死抗清的，还有一个少年英雄夏完淳。他是江苏省松江府人，父亲当过福建长乐县令。他聪明异常，七岁能诗文，有神童之誉。他自福建长乐返回家乡后，十四岁那年就参加抗清义军，参赞军谋，经过三年艰苦、曲折的斗争，不幸被捕，押送到南京，审讯他的是大汉奸洪承畴。夏完淳明知却故意反讽：“洪先生早为国死了，天下人没有不知道的，皇上还御祭七天。你竟敢冒名污辱忠魂。”弄得洪承畴狼狈不堪。夏完淳壮烈牺牲，年仅十七岁。他的诗文造诣相当高，有《夏完淳集》传世。郭沫若根据其事迹，写成剧本《南冠草》。
