麦哲伦也是一个细心和谨慎的人。他在检查完各种装备、弹药武器、粮食、食品之后，再来看一看全体船员的情况。当他看到各种肤色、穿着各种服装的船员时，他联想到这批船员实在来之不易。差不多都是从茶馆、酒店、大街小巷里招募来的。船员中语言杂乱，有讲西班牙语、意大利语、法语、德语、葡萄牙语和希腊语的等等，他们互相打着手势交换意见。要想使这群乌合之众变成可以依赖、团结一致、胜任工作的一支坚强队伍，还需要长时间的培养和训练。然而麦哲伦只用了几周的时间就把他们控制到手，而成为一个战斗队，可以初步开展工作了。
但是，从船上的官员来说，情况可就复杂多了。有3只船的指挥官是西班牙人，这是国王派来监督的。代替法利罗指挥“圣安东尼奥”号的指挥官，是卡尔塔海纳，此人对麦哲伦极其冷淡和傲慢，表现出不屑一顾的轻蔑态度。虽然卡尔塔海纳是一个经验丰富的、有功绩的航海家，但他领受了国王“舰队督察”的任务，而成为麦哲伦的对手。“维多利亚”号的船长缅多萨对麦哲伦也心怀敌意。过去，在塞维利亚时，他就有蛮横不服从命令的举动，他是国王派来主管财务的官员，也是监督麦哲伦的奸细。所有这些西班牙军官，他们在“圣玛丽亚”大教堂拓展的御旗庇护下，曾向麦哲伦宣誓效忠，服从命令，但这都是伪装姿态，而不是内心支配的行为。他们对麦哲伦仍是心怀仇恨和妒忌。因此，麦哲伦对这些世袭名门的西班牙人，不得不倍加警惕。
麦哲伦不顾国王和“印度院”的反对，悄悄招来30名葡萄牙船员做舵手。其中有几位是麦哲伦的挚友和近亲，对他帮助很大。首先是麦哲伦的内弟，杜亚脱·巴尔波查。他虽然年轻，但却是一个经受过远航考验的海员；其次是阿里瓦洛、麦斯基塔，也是麦哲伦的近亲；还有伊什提万·哥素什，这是一个杰出的葡萄牙舵手，此外，还有茹安·谢兰，他虽然在船员名册上登记的是西班牙人，曾随西班牙探险队到过金色的卡斯提利亚（16世纪的巴拿马海峡），但他是麦哲伦的结义兄弟法朗西斯库·谢兰的亲戚，也是支持麦哲伦的。茹安·卡尔瓦里奥也是一个重要人物，许多年前，他访问过巴西，现在随身带着他的儿子，是他和一个黑皮肤的巴西女人姘居生下的。他们父子熟悉当地语言和情况，因此，是出色的向导和翻译；麦哲伦的奴仆亨利，已跟随麦哲伦多年，可当马亚亚语的翻译，也是个得力可靠的助手。
总而言之，麦哲伦在265名同路人中，仅有5—10人是可以完全信赖的，其余的人都或多或少的存在着反对、逃跑和敌意，这不能不使麦哲伦必须提高警惕，慎之又慎。
麦哲伦在列成横队的全体船员面前走过，全神贯注地观察每一个人，暗自盘算着：在关键时刻，谁能拥护我，谁会反对我？巡视中，他发现了一个重要人物，那就是最后一分钟上船的意大利维琴察人，名叫安东尼奥·比加费德。此人性格温和，待人谦虚，与麦哲伦同岁，出生于古老的贵族家庭，他原是一个年轻的骑士，随教皇侍队来到巴塞罗那查理五世宫廷前，听说有一支神秘的探险队，要沿着未经考察的航线驶往人所不知的地方，他便加入了这个冒险家的队伍。后来比加费德成为麦哲伦探险队中最主要的成员，由于他细心而生动的记录下探险队的所有事件，才使得麦哲伦流芳百世。莎士比亚在《暴风雨》一剧中，曾引用过比加费德旅行札记中的情节。说明它的影响是很深远的。
麦哲伦巡视完毕后，回到房间里，一个人静静地推想看：这次远航探险的结局会怎样呢？去而不返！胜利抵达目的地？前程难测，所以他在诸事停当之后，于起航前的两天，写好一份遗嘱，留给妻子和后辈。
他的遗嘱首先是从一个虔诚的天主教徒说起，其次是从贵族身份说起，最后才以丈夫和父亲的身份出现。
遗嘱开头写道：“万能的上帝，我们的权力无边的主宰……我在世间的生命一旦结束，我的永恒生活便要开始，但愿我能葬在塞维利亚圣玛丽亚教堂的单独墓穴内。如果在途中死去，不能将遗体运回祖国，那么也请看在最神圣的圣母面上，在最近的教堂内给我的遗骸准备一块最后安息之地。”
遗嘱吩咐，按协议规定，你得到的全部利润的百分之二十，可将其中的百分之十平均分给“圣玛丽亚”修道院，另外分1 000马拉维季给塞维利亚教堂。拨一列阿利银子供十字军远征用，拨一列阿利用作赎金，从异教徒手中赎回被俘天主教教徒，拨一列阿利给麻风病人救济院，拨一列阿利给鼠疫病院和圣谢巴斯季场孤儿院，让每个得到这一捐助的人，为拯救我的灵魂而祈祷上帝。
遗嘱要求安葬时，在他的遗体旁作30次安灵弥撒，安葬30天后再在“圣玛丽亚”、维多利亚教堂作30次弥撒，接着希望每年“在我安葬日那天把衣服发给3个穷人，每人一件灰色呢坎肩，一顶帽子，一件衬衣和一双鞋子，让他们为拯救我的灵魂而祈祷。我想要在这天不仅叫这3个穷人吃饱，而且还叫另外12个人也吃饱，让他们为我的灵魂祈祷上帝，还请花费一杜卡特金币放粥施舍，为拯救在炼狱中受苦的灵魂。”
接着，在遗嘱中吩咐说：“我死后，我的俘虏和奴仆，26岁的马来西亚人亨利，应当获得完全自由，可根据他自己的意愿行事。另外，我想从遗产中拿出一万马拉维季作为他的生活补助费。我所以给他这笔钱，是因为他已经成为天主教徒，他将为拯救我的灵魂而祈祷上帝。”
随后是对家人的遗言，他首先写道：保留他的徽章和贵族称号直到第二代人、第三代人，如果万一其子在他生前夭折，应由谁来继承其徽号，他不仅想以一名天主教徒的身份，而且想以一个侍从武官的身份流芳百世。然后，把不可估计的财产分给妻子和儿女。最后签上了这位海军上将费迪南德·麦哲利扬什的大名和年月日。
麦哲伦在简陋的圣路卡尔教堂先做过忏悔，然后又和全体船员共进圣餐。
起航前的最后一刻到来了。麦哲伦的妻子巴尔波查抱着刚出生不久的儿子，泣不成声地站立在他的面前，她已经再次怀孕了，他们最后一次拥抱着。麦哲伦从巴尔波查怀中接过他们的儿子，吻了又吻。为了不使妻子过于悲伤，麦哲伦急忙登上小船，顺流而下，向圣路卡尔港驶去，舰队正在那里等待他起航。
1519年9月20日，远航探险队的篷帆鼓满了风，炮声轰鸣。人类历史上第一次环球航行开始了。
