1519年9月20日，麦哲伦率领的远航探险舰队，起航离开大陆，直向加那利群岛。船队行驶了6天，腾涅立夫山已出现在眼前。船队驶进加那利群岛的特约里费港，在这里逗留3天，补充了不少淡水、木材、沥青和肉食之类。
舰队正待拔锚起航时，突然远处有一艘西班牙轻快小艇向舰队发出信号。这时麦哲伦的岳父迪奥古·巴尔波查送来秘密信函：搞阴谋的头子是布尔里斯主教的表弟卡尔塔海纳。麦哲伦相信他岳父警告的真实性，因此他想到：这和密探阿尔瓦利什含沙射影的威胁言词非常吻合，即“别人接受密令，等他知道内情，已无法挽回名声”了。麦哲伦复函塞维利亚，骄傲地回答说：不论发生什么事情，他将誓死效忠皇上。他只字未提这封信给人带来的不愉快。
这封信，对于远离亲人，而又担负着重任的麦哲伦，无疑是个忠告，起到了提高警惕的作用。
船队离开加那利群岛，继续向西南的佛得角群岛前进。麦哲伦要求船队成单行纵队行进，保持各船只之间经常联系的特别制度。因为，只要有一艘船离开舰队，它就会在茫茫无际的大洋上失去航向，失散掉队。航行中旗舰“特里尼达”号领航，其他舰船成单行纵队跟随行进。白天执行这一命令毫无困难，只要用旗语联系就可以了。但夜里的联络则比较困难，每当黑夜来临，船员们就在“特里尼达”号船的船尾掌上一盏松脂火炬的吊灯，让尾随在后面的4艘舰船跟着火炬行进。如果“特里尼达”号上除松脂火炬外，又点起了两盏灯，那就说明风向不利前行，应减速行驶；如果除松脂火炬外，另有3盏灯火，就表示风暴即将来临，应升起辅助帆；如果燃起4盏灯火，就应该降下所有的船帆，停止前进；如果许多灯火忽明忽暗，或发射火炮，那表明前面有浅滩或暗礁，应注意行驶。
另外，每天天黑以前，其余4艘舰船都要驶近旗舰，向上将致意，表示“愿上帝保佑您，上将先生，保佑舵手和最尊敬的全体船员。”同时听取上将对夜间航行的指示意见。
1519年10月3日，这天天气逐渐恶劣起来，在惊涛骇浪中，船队领导当中的反对分子也开始活动起来了。几天来西班牙军官们跟着麦哲伦的旗舰航行，整天忍受着他那固执的沉默，干着不动脑筋的活，于是报怨情绪开始膨胀。这时旗舰本应直接进入大西洋，向西南航行，驶往南美的巴西海岸，但上将却改变原来的航向，沿着非洲海岸往南到佛得角群岛，再向西稍偏南横渡大西洋前进。从这条线上航行，看起来好像走了弯路，至少会延误两周时间。其实，航海经验丰富的麦哲伦，正是为了利用赤道洋流和东北信风等有利条件，才选择这条航线的。1500年，由卡布拉尔率领去印度的葡萄牙船队，就是沿这条航线，而被大风吹送到巴西去的。此后，有些驶向印度的葡萄牙船只，也是利用这一带有利的条件，先从佛得角群岛到巴西，然后，再折转去印度的。然而，此时此刻，却遭到了卡尔塔海纳的反对。在傍晚的例行报告中，卡尔塔海纳便开门见山地问道：“为什么违背原来的指令，改变航向！”
面对卡尔塔海纳提出的问题，麦哲伦想了很多。如果船上真有像他岳父说的那样，他愿意马上短兵相接。卡尔塔海纳与他是平起平坐抑或是上下级关系？起初卡尔塔海纳是作为稽查长被派来舰队的，这个官衔就同“圣安东尼奥”号船长的职位一样，他必须绝对服从上将，既没有发表意见的权利，也没有要求上将作解释的权利。但是后来被任命为舰队的督察，根据国王的“补足诏书”：“如发现有疏忽大意情况，或其他官员缺乏应有的远见或谨慎时，应特别注意监督。”
麦哲伦将卡尔塔海纳是否有权要求上将作解释置之一旁，就粗暴地回答说：“大家都应该跟随我前进，谁也无权要求我解释。”
显然麦哲伦缺乏商量、议事的态度，他与周围同事之间，一开始就造成了一种紧张、敌视、怨恨的气氛。大家一致地看到麦哲伦对卡尔塔海纳的粗暴行为，因此，在军官中已潜藏着愤怒的情绪。在此期间，舰队没有赶上信风，从而在汪洋大海中耽搁了两周，不久又驶进强烈的风暴地带。据此加费德的浪漫主义描述：多亏晶莹发光的“圣体”，海员的庇护者——圣埃利姆、圣尼科莱和圣克莱拉（即“圣埃利姆”火光）的出现，他们才得以脱险。
卡尔塔海纳终于忍无可忍了，在当晚“圣安东尼奥”号船驶近“特里尼达”号作报告时，他破例没有登上甲板，按规定致祝词。他派了水手长去当代表，改变常规致词的内容道：“愿上帝保佑您，船长先生。”
麦哲伦顿时意识到，祝词中只称船长，不称上将，这不是偶然的，而是督察卡尔塔海纳不承认他是上司的表现。因此他立即下令转告卡尔塔海纳，希望他以后注意致词人的身份和言词。这时，卡尔塔海纳也公然站了出来，傲慢地回答说。
“这次派去致祝词的是我最亲近的助手，下次可能派任何一个见习水手去。”
连续3天“圣安东尼奥”号没有参加向旗舰上的上将致祝词和作报告的仪式，公开向麦哲伦发出挑战。
麦哲伦对“圣安东尼奥”号拒不执行晚报告的命令一事，表面上没有任何反映，使船长们都感到奇怪。因为他从来没有过这样的宽宏大度。
一天，卡尔塔海纳来到旗舰上，一则因为很久没有同上将议事了，二则顺便询问为什么要改变航向。他们长时间坐在甲板上，麦哲伦泰然自若地一言不发，使卡尔塔海纳怒发冲冠。他认为国王给了他批评麦哲伦的权力，而麦哲伦过于武断专横，不接受批评，知错不改。因此断然拒绝了麦哲伦的指挥。麦哲伦在两人的公开对抗中，巧妙地运用了查理五世给予他的行驶司法权，抓住卡尔塔海纳的肩膀说了声：“您已经是我的俘虏了。”
下令司务员和警察逮捕了这个叛乱分子。
卡尔塔海纳被逮捕，使得所有船长面面相觑，惊慌失措，但却没有一个人敢出面说情。在卫兵把卡尔塔海纳送进囚室的途中，一位船长转身向麦哲伦恭恭敬敬地请求道：“鉴于卡尔塔海纳出身于贵族，不要给他带上镣铐，只要把他看管起来就是了。”
麦哲伦采纳了这个建议，但附带条件是看管人必须保证，卡尔塔海纳必须随传随到，看守人缅多萨向上将保证：一旦需要，能立即将他带来呈交上将。事情就这样结束了。
一个小时以后，“圣安东尼奥”号的指挥官已换成了另一个西班牙军官——安东尼奥德 · 科卡。傍晚，上将又开始接受所有舰船对他的祝词和报告。舰队继续航行。
