船队在风平浪静的太平洋上航行，船舱里的粮食越来越少，处境十分困难。1521年1月24日和2月4日，船队虽然先后发现两个岛屿（即圣巴夫拉岛和鲨鱼岛），但却荒无人烟，无法补充食物。因此，麦哲伦把这些岛屿合称为“不幸群岛”。
司务长每天给舰队发放的食物，早已霉变而且发出臭味，酒也喝光了，就是淡水，由于储存的时间过长，日光曝晒，早已腐败发黄发臭了。即使这样，一天每人也只能摊上一杯水。面包干和船队在途中捕获的鱼，是他们唯一的食物。然而，面包干早已变成灰色的腐渣，其中蛆虫密集，还掺杂着老鼠屎。为了填满饥肠，水手们把锯木面掺在面包干碎屑中吃。最后，饥饿到了严重程度，把保护缆绳的牛皮也煮来吃，还有吃老鼠的。在比加费德的札记中，可以看到饥饿的船员们如何迫不得已吃牛皮的记载。
“最后，为了不致饿死，我们不得不吃牛皮。这些牛皮原来是包在外面防止缆绳磨损用的。经过年深日久的风吹、雨打、日晒，这些牛皮已经硬得像石头一样，我们只好把一块块的牛皮挂在船舷外面泡上四五天，使它多少柔软一些之后，再把它放在煤火上烤熟，拿来充饥。”
由于长期缺乏新鲜食物，缺乏含维生素的食物，船员中间患坏血病的人日益增加。患坏血病者首先是牙床肿，然后开始出血，牙齿活动、脱落、嘴里长满疮，最后嘴肿得即使有食物，也无法吞咽，最后悲惨地死去。就是那些没有患坏血病的人，也是双腿水肿、麻木、勉强维持生存，拄着拐棍像魔影一样在船上走动，有的人甚至卧床不起了。船员中至少有19人饿死，这个数目是剩下人数的十分之一。第一个饿死的是巴塔哥尼亚人，即胡安巨人。因为他们平时吃得多，喝的多，一旦粮食紧张，他们就首当其冲被活活地饿死了。
在这饥肠辘辘的日子里，个个虚弱不堪，3艘舰船都无法抗拒暴风骤雨的袭击。正如比加费德所说：
“如果不是上帝和圣母赐予我们如此美好的天气，我们一定会饿死在这一望无际的大海上，而无一幸免。”
船队在茫茫大海上漂泊了3个月零20天，人们在饥饿中度日，在死亡线上挣扎，还经受着失望的痛苦。船员渴望大陆，犹如旅行者在沙漠中盼望绿洲一样。一天，清晨桅楼上传来一声嘶哑的欢呼：巡逻兵发现陆地了，海岛到了！于是船员们涌向甲板，向海岛上的树荫和晶莹清澈的山泉投以渴望的目光。小船很快驶近海岛，他们才发现原来是光秃秃的，荒无人烟的礁石，岛上人兽绝迹，寸草不生。小船又失望地返回舰船，大家都失望了。
1521年3月的一个清晨，旗舰“特里尼达”号上的二级水手纳华罗，在桅楼上又发出了欢呼声：
“陆地！陆地！”
这是一个有人烟的陆地。当舰队刚一靠近海湾，未等降下船帆，已经有许多“卡奴”（涂着五颜六色的小船，船帆是用椰子树叶编成的）迅速向大船划了过来。一群赤身裸体、纯朴天真的大自然之子，顿时爬上了船舷。他们根本不懂得什么交往中的礼节和原则，看到什么拿什么。转眼间船上的东西被一扫而光。甚至“特里尼达”号上的小船也被砍断了缆绳不翼而飞了。这些无知识的土著人，把那些闪闪发光的小玩意儿别在头发上，感到很漂亮。
这是一场无情的抢劫，特别是把大船上的小艇抢走，这是麦哲伦所不能容忍的。第二天，他派了40名武装水兵上岸抢回小艇，并对岛上的土著人狠狠地教训了一番。水兵们烧毁了几处茅屋，但未发生战斗。岛上的土著居民，对厮杀技术一无所知。甚至当西班牙船员的箭头射入他们的肉体时，鲜血直流，但不知道这些带着羽毛的箭头是怎么回事，他们用手摇了摇杆，想把它拔出来，可是又办不到，于是带着箭头仓皇逃进密林。在岛上船员们尽情地喝着清澈的山泉，吃着香甜的水果，他们闯入土茅草屋，把粮食和牲畜（猪、鸡、牛、羊等）抢劫一空，都搬到船上。西班牙人称土著人是野蛮的强盗，其实西班牙人才是个文明强盗，然而文明强盗诽谤当地土著人，给这个岛取名叫“强盗群岛”（即拉行郎半岛，1668年起改称为“马里西纳群岛”，麦哲伦发现的是群岛中最大的一个岛——古阿穆岛）。
无论如何，这次在“强盗群岛”的抢劫中，把大量的粮食、牛、羊、猪、鸡，抢上舰船，对所有船员来说，可算解围了。使长期处于饥饿状态下的官兵们可以大饱口福，不再受饥挨饿。吃饱了，吃好了，从而全体船员的体力得到了恢复，精神逐渐振作起来了。但是有几个病情严重、虚弱已极的人相继去世。其中有一个是英国人。此外，还有数十个船员仍然病势严重，他们整天卧床不起。总之，不管怎样，灾难已经过去，前程透出了一丝光明，人们的精神状态已经好转多了。
舰队一直向西驶去，3艘船漂泊在一望无际的海洋上，天空是蓝湛湛的，万里无云，一轮红日挂在蓝天之上，照得船板暖洋洋的，舰队昼夜兼程。行驶一周过后，在3月7日这天，远处又出现了一座岛屿，它的旁边还有一个小岛，这时麦哲伦已经明白，命运不会再来捉弄他们了。麦哲伦把这些岛称为“圣拉萨尔群岛”。16世纪40年代为纪念菲律普王子，即后来的西班牙国王菲律普二世，改为“菲律宾群岛”。这里生长着东方的各种香料，热带的水果，如香蕉、椰子之类，每当海风吹来，飘香阵阵。因此，麦哲伦决定让患病的海员在这里做短期疗养。命令船员在附近的胡穆奴小岛登陆。海员们用树干和风帆布置了营地，把患者都移到这里。当晚杀了一头猪，让海员们饱餐了一顿。
当时的麦哲伦把这个群岛误认为是马鲁古群岛，即“香料群岛”了。他叫大家欢呼吧！狂欢吧！目的地已经到了！实际上这是一个毫无根据的臆测。其实，现在所在岛屿的位置已经超过了马鲁古群岛，由于他们的航向偏北了一些，船队是从马鲁古群岛的东北方向驶过来的。
