由于麦哲伦在太平洋上行驶的航线比应走的航线偏北了10°，所以没有找到马鲁古群岛（即香料群岛），但是却发现了一群无人知道的岛屿，这就是现在的菲律宾群岛。从而麦哲伦为查理国王开辟了一个新的地盘，也为自己获得一块新的领地。因为，在与西班牙国王的协议书上明文规定，如果能发现6个以上的岛屿，其中两个归麦哲伦和法利罗所有。
3月7日至3月16日，在菲律宾群岛停泊了9天。舰队停泊的岛是一个无人居住的小岛。比加费德称之为“胡穆奴岛”，它的周围还有许多岛屿，其中苏鲁安岛（现在称为萨马岛）是两个大岛之一。每天土著人从苏鲁安岛给住在“胡穆奴岛”上的船员送来丰富而新鲜的食物，全体船员在这个静谧的热带海岛上，经过休整，恢复健康，舰队又起锚出航。
1521年3月25日，船队取道西南方向前进，于28日，即复活节前的星期日，舰队在菲律宾群岛的马索华岛抛锚下碇，做最后一次途中休息，然后便驶往目的地。马索华岛是一个很小的岛屿，在地图上要用放大镜才能看到。麦哲伦在这里又经历了一个富于戏剧性的时候，3艘大船刚一驶近马索华岛，就有许多土著居民成群结队地跑到岸上，好奇地等待着新来的客人，麦哲伦本人没有上岸，而是先把奴仆亨利作为联络员派上岸去。因为，这里是亨利本民族的语言区。由他去联系事情一定要好办得多，顺利得多。
这时的亨利有说不出的激动。12年以前，还是麦哲伦上将从这里往西行的时候，把他买来当奴仆的。跟随主人到过印度、非洲、里斯本、欧洲，又经过巴西、巴塔哥尼亚，漂洋过海，现在又回到他的故土。世界上破天荒绕地球环行一周的黑人奴仆，恐怕就是亨利了。几十年来，许多科学家推论，地球是圆的，不论是朝着太阳航行，还是背着太阳航行，都可以绕地球走一圈，最后回到原地。这个说法已被勇敢者所证实。亨利就是首先回到故乡的勇敢探险者。
亨利用马来西亚语和这些土著居民说话，土著人能够听懂亨利的语言，并且可以对答，说得十分投机。这时，麦哲伦恍然大悟，他从西方绕到东方来的设想已经实现了。早在12年以前，他从东方回到西方，现在又从西方绕到东方，他的远航事业已基本上完成。他用实践证实了地球是圆形的。
菲律宾群岛非常富裕，美味佳肴十分丰富，再加上土著居民的热情款待，船员抑制不住这新鲜味美的食物的诱惑，连最虔诚的比加费德也从来不忘记感谢圣母圣灵，然而在这里也犯了破坏教规罪。
复活节前的星期五，天主教徒在这一天是必须吃素的，麦哲伦派比加费德到岛上的土王那里去。土王卡兰布隆重迎接他，把他接到自己家的竹棚底下，那里的一口大锅里正在炖猪肉，发出浓浓的香味。比加费德见了垂涎三尺，他经不住扑鼻香味的诱惑，竟在这个最严格、最神圣的斋戒日饱餐了一顿香喷喷的猪肉，开怀畅饮了一通椰子酒。酒饭刚罢，土王又请他们到自己的茅舍赴宴，比加费德写道：“客人们盘腿而坐，就像裁缝做活时的姿势。”这第二次酒宴他们已是酩酊大醉，土王的儿子又来欢迎，为不失礼貌，他们又参加了第三次宴会。
土著居民十分欣赏西班牙人带来的各式各样的礼物，例如，闪光的镜子、锃亮的小刀、沉甸甸的斧子、火红的帽子、土耳其服装、刀枪不入的铠甲等等。土著居民对比加费德手中拿的一根羽毛也很感兴趣，当同他谈话时，他总是在白色的纸上划上许多圈圈道道，数天后可把当时说的话重复一遍。在复活节的那天，白色皮肤的人举行的仪式多么奇妙，在海岸上垒起祭坛，上面竖了一个大十字架，在阳光下闪光。然后两人一排，跪倒在祭坛前面，土著居民感到异常新鲜，于是他们模仿这些白人的举动，吻十字架，跪在地上，同时要求舰队给他们竖一个大的十字架。麦哲伦答应了这个要求，土著居民高兴极了。在马索华岛上西班牙人取得了辉煌的成就。土王成为西班牙国王的同盟者，成为他的教徒，成为西班牙国王的新领地，信奉耶稣基督。
土王告诉麦哲伦：菲律宾群岛中最大的岛屿是宿务（耶布）岛。因此，麦哲伦要求土王派一名领航员领路，到宿务岛上去考察，土王表示愿意亲自带领舰队前往。这样，舰队于4月4日出发。经过3天的顺利航行，于1521年4月7日驶近宿务岛。
宿务岛是一个理想的建立殖民地的地方，这里土地肥沃，物产丰富，岛上的小部落土邦很多，他们互不团结，彼此仇恨，互相打斗，这正好是可以利用的条件。麦哲伦研究过以往的对外扩张者，诸如亚尔美达、阿尔布凯尔基之辈的掠夺手法。他懂得如何利用当地土著居民的矛盾，来发动侵略战争。
当舰船驶近宿务岛时，麦哲伦举目往港内一看，沿岸村庄林立，岸边都市繁华，他立即意识到，这里的文化程度比较高，统治者的智慧高于其他的土王，土著居民的进化程度也是沿途罕见的。因为港内停泊着的小艇是土著人自己造的，而且还有外国的帆船停靠港内，说明岛上的居民不仅自己有创造能力，而且同国外已有了交往。因此，麦哲伦决定，必须首先给土著统治者和居民来个下马威，使他们知道舰队有雷霆万钧的神力。于是下令鸣炮致意。
一声霹雷划破了寂静的长空，惊飞了海鸟，惊动了土著人，他们被大炮的轰鸣声吓得狂喊尖叫，四散奔逃。麦哲伦在旗舰上坐视他策划闹剧的效应，见此状态他又惊又喜，马上派他的奴仆亨利上岸去执行外交使命，告诉岛上的居民和土王，这是西班牙海军上将鸣炮向宿务土王表示致敬，而绝非敌意，希望不要误会。亨利还表示：我的主人遵照世界主宰者的旨令，横渡地球上最大的海岸，驶往“香料群岛”。此次借路过贵岛的机会，对贵岛和土王进行一次友好访问。因为他在马索华岛上，早已耳闻宿务土王的聪明才智和殷勤好客。我们舰队不打算在岛上久留，在畅叙友谊之后，将立即离开岛屿，回到西班牙去，决不给土王增加麻烦。
宿务土王名叫谢布·胡马玻那，是位很有智慧的人，他深知钱的用途和价值，是一个讲求实际的经济学家，他从本质上与强盗群岛上的那些赤身裸体的原始野人不一样，同巴塔哥尼亚巨人也不一样，是一位黑皮肤的外交家。他规定：凡是在宿务岛内港口贸易的船只，必须纳税，然后平等交易。他对亨利说：他不拒绝外国人在这个港口停泊，甚至希望和外国船只建立贸易关系。但是每艘船必须交纳停泊费和贸易税。如果这三艘西班牙船的统帅愿意在这里停泊和贸易的话，那就请交纳停泊费和贸易税。
麦哲伦哪能向这小小的土王纳税呢？如果同意纳税岂不是承认岛上的独立和自主了吗？而且西班牙已根据罗马教皇的谕令，早已把该岛划为自己的领土了。亨利已跟随麦哲伦多年，深知主人的为人和主张，所以亨利一再劝说土王不要征税，免得触怒了他的主人。但是土王不肯退让，不能破例。土王把已经纳税的伊斯兰教商人请来作证，说明交纳税是非交不可的，不纳税就没有友谊可言。
伊斯兰教的摩尔商人闻讯赶来，看见这几艘鼓满风帆的大船，就知道事情不妙，大难临头，吓得面如土色，他感到这些白人强盗的魔手已经伸向这个幽静的角落了。这些杀人凶手，伊斯兰教的凶恶敌人，已经带着洋轮和大炮来了。和平贸易已无希望，于是他低声嘱咐土王说：千万要小心从事，不要同这些不速之客发生冲突，要知道这就是那些掠夺、占领卡利卡特、印度和马来西亚的人（其实那些是葡萄牙人，而不是西班牙人）。
摩尔商人对土王的警告是起作用的，土王马上放弃了自己的要求，并邀请麦哲伦的使者赴宴，以示友好。宴会是经过精心设计的，无论是丰盛的食物，还是盛食物的餐桌用具，都是特意安排的。例如装食物的盘子，既不是竹篮，也不是木盆，而是从中国买来的瓷器。麦哲伦看在眼里，心想：现在可以说马鲁古群岛和印度已近在咫尺，西班牙人已经接触到东方文化的边缘。哥伦布的幻想（由西路到达印度）终于成了现实。
目光远大，具有人道主义精神的麦哲伦，与过去那些掠夺者不一样，他不是到处屠杀土著人，奴役土著居民，而是采取和平渗透的方式去统治他发现的土地，把这些土地通过和平的途径划归西班牙所有。这样，麦哲伦从道德上就与同时代的其他征服者不同，他的声誉更高。与宿务土王的外交事宜办妥之后，便开始了正式的礼仪往来和商品交易。比加费德作为全权代表被派上岸去，土王宣称准备永远做威力无比的查理国王的盟友。麦哲伦也竭尽全力保持和平。
实物交易开始后，岛上的土著居民最感兴趣的是铁，因为它最适用于制造刀剑、枪矛和铁锹。在土著居民的眼里，那些柔软的黄金，都不如铁贵重。于是他们用黄金去换取铁，他们用大量的黄金去换取少量的铁。船员们看到有利可图，就把自己的衣服行李拿去换金子。但是，麦哲伦担忧，如果让居民们意识到了黄金的真正价值，从而会给欧洲人带来的商品贬值。
麦哲伦和土著居民的交往，表现出的高尚道德、忍让和人道主义精神，在比加费德的日札里均有记录。
“上将对他们说，不要因为慑服于我们的威力或讨好我们而加入基督教。如果他们想入教，只有自觉自愿，热爱上帝。但是如果他们不愿意改信基督教，也决不要加害于他们。当然入教的人就会受到更好的待遇。于是他们异口同声地喊道，他们入教并非慑于威力，也不是为逢迎献媚，完全是自愿的。他们把自己交给他，希望他像对待自己的下属一样对待他们。此后，上将两眼含着热泪，拥抱他们，并且握着王子和马索华岛土王的手说，他以笃信上帝、效忠国王的赤胆忠心发誓，将坚定不移地维护他们和西班牙国王间的永久和平，而他们也向他做了同样的保证。”
1521年4月17日，那是一个星期日，船员们在城里的市场上搭起了五彩缤纷的华盖，地上铺着船上拿下来的地毯。地毯上放了两把法蓝绒的椅子，麦哲伦和土王各分坐在一把椅子上，华盖前面搭了个祭坛，祭坛上灯火辉煌。祭坛四周熙熙攘攘地挤满了无数黑人。祭坛前面40名全副武装的士兵站岗，一名旗手高举起西班牙查理国王的丝绸旗。这是西班牙人祝贺他们的伟大胜利。
庆祝大会开始了，船上礼炮轰鸣，土王、王子和其他一些人，在巨大的十字架下面，垂头接受“神圣的洗礼”。麦哲伦以教父的身份给土王起了一个教名“查理罗斯”，给王后起名叫“胡安娜”，两位公主也起了西班牙的名字，叫“伊萨贝拉”和“卡达琳娜”。宿务岛上的其他权贵们也纷纷前来接受洗礼，舰队上的人一刻不停地忙到深夜，受洗礼的人数有数百人之多。
次日，其他岛上的土著居民也闻讯而来，几天后，群岛上所有土王都宣誓效忠西班牙国王，俯首称臣，受礼。
在宿务岛，麦哲伦事事顺利，没有流一滴血就得到了新的领地，得到了一个国家归顺西班牙国王。自从船队抵达宿务岛以来，他们在岛上一面做生意，用带来的各种小商品骗取土著居民的黄金、珠宝、肉类和粮食，另一方面依靠传播基督教，与当地的土王首长之一的胡马波纳建立关系。胡马波纳也有他的打算，他希望利用这些手段拥有枪炮火药，利用装备精良的白种人去反对自己的邻邦。胡马波纳殷勤地接待了麦哲伦，并策动他向邻近的马坦岛进发。
