“圣安东尼奥”号的叛逃，使麦哲伦陷入惶惶不安的深渊。然而麦哲伦已经意识到“圣安东尼奥”号上的官兵返回西班牙后，必然去国王那里把他说成是一个暴君，煽起西班牙人的民族感情，夸大事实，大肆渲染他把国王任命的官吏打入囚牢。将一些卡斯提利亚贵族砍去头颅和四肢，让另一些贵族活活饿死的行为，控告他在整个航行期间独断专行，压制军官们自由发表意见等等。麦哲伦决心反驳这些控诉，于是发布了一项非寻常的命令：
“11月21日于万圣海峡、群岛河对岸发布命令如下：我费迪南德·麦哲伦，圣地亚哥勋章获得者，舰队海军上将，获悉尔等均认为季节已晚，继续航行乃冒险之举。我从来将他人意见和劝告置若罔闻，与之相反，本人之一切计划均与全体船员共同磋商实施。”
麦哲伦虽然明知军官们不会忘记他用铁腕手段制止船长们的反抗，以及他铲除异己的无情打击，但仍然继续写道：“因此，望尔等勿受胡利安港事件影响，消除顾虑，对舰队能否继续航行一事，应大胆陈述己见。如若有意对我隐瞒观点，将视为背弃誓言，玩忽职守。”他要求每个人对是否继续航行一事，用书面形式阐明各自的观点，并详细说明对此问题的看法。
据后来历史学家分析，麦哲伦之所以要发布此命令，完全是出于他要一份证明文件，证明他曾经征询过军官们的意见。因为，他很清楚“圣安东尼奥”号上的叛乱分子回到西班牙后，马上就要诬告他，有了这份文件，就可以洗清他的污名，把罪责加在叛乱分子身上。
对麦哲伦的书面问答，只有天象学家马尔丁作了答复。由于马尔丁德高望重，他回答了一份模棱两可，闪烁其词的意见，他用最巧妙的手法，讲了些“一方面这是正确的”，“另一方面这是可以的”之类的话。他既怀疑通过“万圣”航道可能到达马鲁古群岛，又建议继续向前航行。因为，“我们掌握了春天的大好时光”。另一方面他又建议最好在1月中旬返航。因为，大家都已疲惫不堪，衰弱已极，也许往东行比往西行更加明智，不过还是让麦哲伦自行决定吧！上帝会给他指明方向等等。显而易见，麦哲伦征求军官们的意见，并不是真的要按他们的意见去办，而是为了以后怎样对付叛乱分子的控告，只是装装门面而已。
1520年11月28早日，3艘船只遵照麦哲伦的命令驶出沙丁鱼河口之后，在漫长的海峡中行驶了28天，船队终于走出了海峡的西口，浩瀚无边的“大南海”（太平洋）终于出现在眼前了。多么壮观的景色啊！在那遥远的西方，绵亘不断的地平线那边，将是“香料群岛”，万宝之岛；而在这些岛的那边，就是东方大国——中国、日本、印度；再过去，在一望无际的大海那边就是西班牙、欧洲！
当舰队走完海峡的尽头时，素来表现沉默的麦哲伦，这时也高兴得热泪盈眶。经过重重困难，克服了种种阻碍，沟通“大南海”（太平洋）与大西洋的通道终于找到了。这是西欧人花了20多年时间要寻找的地方。
1520年11月28日，舰队抛锚下碇，扬起旗帆，3艘孤独的舰船向这个陌生的海洋鸣炮致意。从这天起至1521年3月初，船队在“大南海”中一连持续航行了3个多月。可喜的是在这些日子里，船队竟一次也没有遭到暴风雨和巨浪的袭击。因此，麦哲伦和船员们把这个“大南海”称为太平洋。这个名称就这样一直沿用下来了。
