惠能道出的惊人之语是：“不是风动，不是幡动，仁者心动。”（仁者，对他人的尊称。）此言一出，众僧全都“骇然”。印宗即引惠能至上席，“征诘奥义”，惠能答得“言简理当”，印宗叹服：“行者定非常人。久闻黄梅衣法南来，莫是行者否？”请惠能取出传法衣钵，让僧众瞻礼。惠能取出衣钵，同时把“佛法是不二之法”的“奥义”阐述一番，听得印宗“欢喜合掌”，大赞“仁者论义，犹如真金”，向众僧说：“此肉身菩萨也。”当下就拜惠能为师。惠能于是就在寺中菩提树下削发剃度；智光律师为他受满分戒（一名具足戒，据说是佛家修炼之根本），法才和尚则把他的头发埋在地下，当年就在上面盖了一座塔，那就是瘗发塔（瘗，埋葬）。经历代重修，至今犹在，以石基灰沙砖筑成，高7.8米，共七层，八角形，每一立面设佛龛佛像，上作八角攒尖顶。塔形仿楼阁式，具唐宋风格，是寺中珍贵文物。
南朝宋元嘉十二年（435），天竺（古印度）高僧求那跋摩在王园寺（今光孝寺）中始创戒坛，设道场，并在寺中立了一块石碑，上面写上这么一句预言：“后当有肉身菩萨于此受戒。”250多年后，六祖惠能果然在此削发受戒，这个预言应验了。
南朝齐中兴二年（502），天竺国高僧智药禅师带着本国的菩提树来到王园寺，植于戒坛畔，并预言“后一百七十年，有肉身菩萨于此树下，开滨上乘，度无量众。真传佛心印之法主也。”尽管说早了几年，这个预言亦算应验了。
惠能以极之偶然的“风幡之论”作为契机，公开了自己的“六祖”身份。在宗印法师等高僧的支持下，当年二月为众人“初开法门”，演说其“般若三昧”（意为“格守空寂顿悟之佛性”），创立南派禅宗，奠定了自己作为禅宗第六代传人的“六祖”地位。这样，广州就不但是佛教禅宗的“西来初地”，更因惠能在此首演“禅宗妙义”而成为南派禅宗的发源地；南派禅宗后来成为中国禅宗的正统，光孝寺因而被尊为禅宗祖庭。
今光孝寺内，有六祖殿，原名“祖堂”，北宋大中祥符年间（1008—1016）始建，清康熙三十一年（1692）重建。供奉六祖。瘗发塔在大雄宝殿后面。过去寺院中有旗杆与幡，相传惠能就是在那里发其“风幡之论”的。另有睡佛阁，亦称风幡堂，始建于唐神龙年间（705—707），即为纪念此论而建。在寺院东廊壁上，有“五祖秘授惠能衣钵”及“惠能发风幡论”的绘画。都是六祖事迹的艺术再现。
