惠能在广州光孝寺首演“禅宗妙义”后翌年（677），北上韶州曹溪宝林寺（今曲江南华寺）任住持，升堂说法。
宝林寺是那位在光孝寺种下菩提树的智药禅师创建的。他于梁武帝天监三年（504）来到韶州曹溪水口（在今广东曲江马坝河），闻到水香，掬而尝之，说上游必有胜地，便沿流上溯，来到今天南华寺这地方，开山立石，创建了宝林寺，并勒石预记一百七十年后有肉身菩萨来此演法。六祖惠能果然在一百七十五年后来到这宝林寺传教，这个预言又应验了。
惠能在宝林寺传教36年，弘扬顿悟成佛的宗旨、在世修持的佛法、观照万物的态度和为人处世的智慧。相传神龙也来听惠能说法：“殿前有潭，龙常出没，能摄受归钵中。为龙说法，龙蜕骨去”，那留下的龙骨首尾俱在，长七寸，在至元十六年（1279）时“兵火失去”。
虎豹则远遁而去。这是正史《旧唐书？列传？方伎》记载的：“弘忍卒后，惠能住韶州广果寺。韶州山中，旧多虎豹，一朝尽去，远近惊叹，咸归伏焉（都归附于他）。”可谓神乎其神。
惠能说法，徒众如云，弟子“三五千人，说不可尽”，使南派禅宗在岭南大地上大为发展、广泛传播，声名上达皇室朝廷，下至黎民百姓，连北方各地的僧侣也南下求法，四方辐辏，“往来学者尝逾千数”，如日之方东，光芒万丈，其教义直达边远北地。《全辽文》录辽穆宗应历二年（951）张明所撰《感化寺智辛禅师塔记》载：“粤惟开示悟人，四义昭然。达此真垂深信禅理……禅师洎传六祖之衣。将付一真之理。”云云。
六祖生活俭朴，不奉权贵，不畏天子，十足一个圣僧形象，这亦令他广受尊崇。
唐万岁通天元年（696），女皇武则天曾为“表朕之精诚”，特地遣中书舍人给惠能赐送水晶钵盂，磨衲袈裟、白毡等礼物，其诏书对惠能表达了十分尊崇的心情：“恨不赵陪下位，侧奉聆音，倾求出离之源，高步妙峰之顶。”
唐神龙元年（705）四月，武则天和唐中宗遣使往曹溪召惠能入京。六祖面对这“敕书劝谕，征赴京城”，却以久处山林，年迈风疾为由，辞却不去。当年皇权至高无上，宗教实际上并无权势，若激起龙颜大怒，一纸诏书把你这南蛮子老和尚逮上京来也不是没有可能。六祖这“竟不奉诏”是需要相当勇气的。幸好太后、皇帝也没有相强，还“遂送百衲袈裟及钱帛等供养”；十二月，敕改宝林寺为中兴寺。由韶州刺史重修，并赐“法泉寺”额。神龙三年（707），唐中宗又赐六祖故居为国恩寺（在今广东新兴县）。
惠能如何说法，说了什么，主要就记载在《坛经》这部“宗经”里。
惠能的南宗顿教与神秀在北方倡行“渐悟”教旨的北宗渐教相对应，历史上称为“南能北秀”、“南顿北渐”。
“顿”是顿悟，“渐”是渐进。这是禅宗传道的两种方法。正所北宋《景德传灯录？弘辩禅师》所说：惠能、神秀“其所得法虽一，而开导发悟，有顿渐之异，故曰南顿北渐，非禅宗本有南北之号也”。
南派禅宗还有很多其他的称谓，诸如佛教南宗、禅宗顿教、南宗顿教、禅宗教南派、南宗法门等等，说的都是惠能所创立的这个教派。
佛教宗派繁杂，唐代时已有天台宗、法相唯识宗、华严宗、禅宗、净土宗、密宗、律宗等等。据宗密《禅源诸诠集都序》的记载，唐代时全国有禅宗学派近百家之多，主要流派分为十室；十室之中，按其学说的宗旨又可分为三大宗。在这形形式式的派别中，惠能创立的这个教派先是流行于今广东、湖南、湖北一带。惠能身后，有弟子神会、行思、怀让等40余人，大多各化一方，使南派禅宗流布全国各地。宋？道原《景德传灯录》则记为：“得法者除印宗等三十三人各化一方标为正嗣。其外藏名匿迹者不可胜纪。”
唐会昌五年（845）四月，发生“唐武宗灭佛”的“会昌法难”（翌年武宗死，朝廷又复兴佛教），各宗派遭沉重打击，只有禅宗一枝独秀。后来相继形成河北临济、湖南沩仰、江西曹洞、广东云门、南京法眼等五宗，此所谓“一花五叶”。临济宗后来又分为黄龙、杨歧两派，与上述五宗并称“七宗”。史称“五家七宗”。到唐末、五代时期，南派禅宗已遍及全国，到北宋初年，达至极盛。今广东乳源瑶族自治县城外六公里，有著名古迹云门寺，便是广东云门宗的发祥地，由惠能弟子灵树的传法和尚文偃在后唐同光元年（923）开山建寺，创立宗派。此派曾大行于岭南，并传播至湖南、江西、江淮等地，留下著名的“云门三句”：函盖乾坤、截断众流、随波逐流。
南宋以后，惠能门下的五宗只有临济、曹洞两宗盛行，余均不传。
在禅宗诸多学派里，惠能创立的南宗顿教影响最广，信奉者最多，超过北宗及其他学派。直到今天，仍是如此。中国人信佛，其中大多数人在信佛的实践上都大致是六祖的门徒；人们所信奉的佛教，基本上就是这南宗顿教。尽管他们之中没有多少人会去研究玄奥的佛理，也不知道这个派那个派。
