惠能发足南逃，走了约两个月，来到今广东与江西交界的大庾岭一带。这时后面有好几百人追来，其中一个叫陈惠明，原是个四品武官，比较粗鲁，也很有参禅求悟之心。他跑在众人前面，追上了惠能。
惠能把衣钵放在石上，说：“这衣是明心见性的信物，岂是蛮力所能夺取的？”然后藏到草丛中。惠明赶上来，想拿走衣钵，竟拿不动，便叫：“行者！我为法来，不为衣来！”惠能于是出来，为惠明说法。惠明开悟，礼辞而去。
第二天，数百人赶到岭上。惠明说，我先在此，不见那人来，询问岭南来的人，也不见那人。想来还没有来到这里。众人于是回原路细查。惠能得以逃归岭南。
惠能悄悄回到韶州曹侯村。当地有位儒士叫刘志略，对惠能十分礼遇。志略的姑姑是比丘尼，号无尽藏，常诵《大涅槃经》。惠能为她解说；无尽藏大感惊异，遍告乡中耆德：“此是有道之士，宜请供养。”于是乡民竞来瞻礼。
当时宝林寺（今南华寺前身）已废，人们重建梵宇，延请惠能说法。惠能在寺里住了九个多月，又遭恶人追杀，于是逃到寺前面的山中藏匿，恶人找不着，便纵火烧山。惠能隐身入石中，得以幸免。“石今有师趺坐膝痕及衣布之纹，因名避难石。”（《法宝坛经？机缘品第七》）
六祖避难石今存南华寺前山中。
逃过此劫后，惠能记得五祖“逢怀则止，遇会则藏”的嘱咐，遂“怀宝迷邦，销声异域”（唐？王维《六祖能禅师碑铭并序》）。继续南下，来到怀集，住了下来。柯杉岗相传是六祖在怀集的第一个落脚点。怀集县城里至今仍存一口六祖井和一座六祖庵，相传是惠能曾经驻足的地方。他藏匿过的怀集“六祖岩”现在是遐迩闻名的旅游地。
离开怀集，惠能沿绥江南下，来到四会，在今广宁县宾亨镇榕村一处茂林修竹中结庐构庵隐居（今广宁县地在明代嘉靖以前是四会县的一部分），后来邑人在庵址建了龙龛寺，为六祖又一遗迹。及后，惠能藏匿在四会县东面的扶卢山，后来邑人又在此建了六祖庵以奉祀。最后，六祖在猎人队里匿藏了15年，“时与猎人随宜说法”。猎人叫他守网，他就把落入网中的禽畜全放掉。吃饭时他不吃肉，“但吃肉边菜”。直到今天，怀集当地村民每逢年节，也会在家里做一桌“锅边菜”以纪念惠能。
惠能在岭南藏匿了十六年，“杂居止于编民，混劳倡于商农”。一边劳作，一边参悟天地，修禅悟道，践行佛禅理念，其南宗理论逐渐丰富发展，日渐臻于系统和完善，其“顿悟禅学”体系基本建构完成。清代四会人卢应中《重修六祖寺记》如此评说：“（惠能）卒遁于吾邑之扶卢峰，修真习净一十五年，得大解脱……六祖固为岭南佛法之始，而吾邑之‘扶卢’又为六祖成佛之所”。（扶卢，指六祖曾在那里藏匿的扶卢山。）
唐高宗仪凤元年（676），惠能觉得该是弘扬禅宗的时候了，便离开四会。正月八日，来到广州法性寺（今光孝寺）。当时寺中住持印宗法师正在给僧众讲《涅槃经》。一阵风吹来，把挂在旗杆上的幡吹动了，两个和尚为此辩论起来，一个说是“风动”，一个说是“幡动”，谁也未能说服谁。惠能走进来，妙言一句，令众僧皆惊。这便是著名的“风幡之论”。
