对于多层次资本市场的架构，吴晓求认为：层次“太多不好，管不过来，市场要求高度的透明度，实际上有两、三个就够了。一个主板，一个中小企业，最多有个产权交易市场，当然，还有三板市场，但三板市场是为了处理遗留问题，不能成为主流。”刘纪鹏主张发展“两大、一小和七个场外”的解决方案。“两大”是上海证券交易所是以内资大盘蓝筹股为主，香港联交所以境内企业在海外筹集资金的外资大盘蓝筹股为主；“一小”是深圳为中小企业上市发展提供平台的资本市场。他认为目前深交所和上交所已经拉开层次了，不是同构的。至于“七个场外”就是大力建立各地方的产权交易中心，或者称为三板市场，来进行股权转让。在他看来，这样的发展模式已经是大势所趋了。大量的没有上市机会的中小企业可以到各地的柜台交易、产权中心交易、产权中心转让，这才能构成完整的资本市场。张卫星认为，我们需要的是搭建金字塔型的多层次的资本市场，而绝非是新加坡、新西兰和丹麦那样的单一的多层次资本市场。②
张文路和赵雪芹认为，我国证券市场多层次构架至少应包含三个层次的市场：（1）建立地方性发行和交易市场。地方性证券发行和交易市场，也称为三板市场，是证券市场中最基础的、最低层次的市场，该市场可以地域型为主，面向当地中小企业的发展提供融资场所。（2）建立中小科技创业企业为主体的创办市场。（3）建立以沪深交易所为核心的主板市场。③
徐洪才在借鉴国际经验的基础上，并结合具体国情，综合考虑到各种利益矛盾和影响因素，提出了我国多层次资本市场体系的“9 1 l”模式。所谓“1”，一是指上海证券交易所，作为全国性的主板资本市场；另一是指深圳创业板市场，即全国性的创业板资本市场；所谓“9”是指9个区域性的柜台交易资本市场。在全国范围内，选择北京、上海、天津、西安、武汉、重庆、广州、济南、沈阳等9个地理条件优越、股票交易方便、基础设施先进、中小企业发展快的典型地区，优先发展区域性资本市场。特别是地处西部中心位置的武汉、西安和重庆，不仅高新技术开发区发展较快，风险投资也有较大进展，而且交通运输方便，地域环境优越，自然资源丰富，科技人才集中，证券市场硬件基础好，具有独特的资本市场发展条件。同时，使这些处于西部经济中心城市，与北京、上海、深圳等城市南北呼应、东西承接，可推动西部地区经济发展，并可辐射全国，形成合理的网络格局。在这一体系中，OTC市场主要为中小企业提供直接融资场所，为深圳创业板培育合格企业，同时为风险投资提供退出渠道。①
