（一）法律问题
巴曙松认为，在建设多层次的资本市场方面，现行的《证券法》是存在很多缺陷的，需要根据新的市场发展需要进行调整。例如，现行《证券法》规定股票、公司债券及其他证券只能在证券交易所挂牌交易（第三十二条），其调整范围仅限于以深沪交易所为基础的集中交易市场，因而仅仅是针对主板市场的，而缺乏对于层次较低的场外交易市场等的约束，在证券交易所市场、场外交易市场、产权交易市场和代办股份转让市场等多元化的市场中，《证券法》目前仅仅覆盖证券交易所这一个市场，因此需要进行调整。①
唐青生认为，目前虽然我国建立多层次资本市场的条件已经基本具备，但制约的因素还有很多，诸如制度上、观念上和监管上等，但他认为最根本的是法律方面。现行《证券法》对多层次资本市场的制约较多，如《证券法》规定，股票、公司债券及其他证券只能在证券交易所挂牌交易，其调整范围仅限于深沪交易所为基础的集中交易市场。故现行法律关于发行、上市和交易等方面的规定实际上仅适合一个高层次市场，对于层次较低的场外交易市场等，不仅缺乏明确的法律支持，而且为法律所禁止。②
（二）信息披露问题
吴晓求认为，建立在“公开、公平、公正”原则基础上的市场透明度是资本市场的生命力所在，信息披露制度则是为实现市场透明度最重要的制度设计。以中小企业板信息披露为例，与主板市场相比，中小企业板的各类相关利益主体，如控股股东、实际控制人等等在上市、交易上具有更加突出的直接利益动机，加上现有的法律监管体系还存在一些漏洞，因此其履行诚信义务的可信性较主板市场可能会更弱，因此客观上需要较主板市场更为严格的信息披露制度规定以及责任约束机制来保证其履行应尽的信息披露义务，确保市场的透明度。③
（三）金融监管问题
巴曙松认为，从现实市场运行看，在一定程度上可以说，目前行政管制下的单一市场，是造成当前证券市场监管效率难以提高的重要体制性原因。就一些上市公司的欺诈行为而言，单一市场结构在一定程度上起到了诱导作用。单一层次证券市场的融资和资源配置功能总体上非常有限，而且将不同风险偏好的企业集中在一个较高标准的主板市场上市、而缺乏其他可供选择的直接融资渠道，这种单一市场不仅不能满足各个层次的融资者和投资者的需求，而且还会导致资本市场金融资源的错位配置，助长投机行为。随着多层次资本市场的构建，将对监管提出更大的挑战。①
（四）资本市场结构问题
曹凤歧认为，长期以来，我国资本市场结构很不合理。我国经济发展过程中，重间接融资，轻直接融资；重银行融资，轻证券市场融投资；在资本市场上“重股市，轻债市，重国债，轻企债”。这种发展思路严重导致了整个社会资金分配运用的结构畸形和低效率，严重影响到市场风险的有效分散和金融资源的合理配置，也将不利于多层次资本市场体系的构建与发展。②
王开国认为，当前我国资本市场结构品种非常单一，缺乏必要的风险对冲机制和工具，难以满足多元化的投融资需求。我国证券市场投资品种十分有限，不仅使投资者投资渠道狭窄，而且还使我国资本市场的定价机制受到扭曲，特别是由于缺乏风险对冲机制，资本市场系统性风险不能有效地得到释放，导致市场风险不断累积，阻碍了理性的机构投资者入市的步伐。③
（五）上市公司质量问题
刘鸿儒认为，提高上市公司整体素质是资本市场稳定发展的基石，也是对投资者合法权益的最好保护。上市公司整体素质的好坏左右着资本市场的发展，一旦出现虚假现象或者公司业绩长期下滑，就会使投资者失去信心。万丈高楼如果基础不牢，总有一天要倒塌的。中国的上市公司大部分是从国有企业转化过来的。挂了“股份公司”的牌子，仍然延续了国有企业的机制。民营企业的上市公司也延续了家族式的管理方式，股份公司的治理结构没有落到实处。在有关部门的推动下，近几年逐步在转变，但是存在的问题仍然很多，有待解决。①
