营利性专业技术企业孵化器应该采用公司制形式。公司具有一般企业所不具备的特点：第一，公司是投资者所有的企业，具有合资性质；第二，投资者或者说股东仅以拥有的股权或者投资额为限承担有限责任；第三，公司具有所有权与经营权相分离的性质；第四，产权明晰；第五，同股同权。经过近百年的发展，公司已经成为现代企业制度最典型的形式。许多发达国家和地区经济发展的经验已经表明，公司制是目前为止被一致公认的最符合现代生产力发展要求的企业制度形式。我国营利性专业技术企业孵化器应该顺应这一时代潮流，采用公司制形式，充分吸收和借鉴发达国家公司治理的经验，并且结合我国实际情况，找到一条合适的公司制企业化运行模式。
根据比较优势原理和规模经济理论，公司制专业技术企业孵化器应该采用市场化运行模式。按照比较优势原理，新创企业和创业者的优势在于拥有具有发展潜力的科技项目或者新的创意，以及实施这些科技项目或创意的技术能力和对市场的敏感。但是，创业者往往缺乏资金、管理经验、社会影响，企业信用度较低，开拓市场比较困难。而专业技术企业孵化器是专门培育和孵化新创企业的组织，正好可以弥补新创企业和创业者的不足。专业技术企业孵化器与新创企业、创业者的合作，符合比较优势原理，可以使创业者集中精力从事产品的研制、技术开发、市场开拓等创业活动，使专业技术企业孵化器集中精力营造培育和孵化环境，为在孵企业提供所需要的各种优质服务，提高新创企业的成功率和成活率，促进社会创业，共享创业成果。根据规模经济理论，新创企业特别是科技型新创企业一般规模很小，人均行政、人事、财务、后勤等管理费用较高。对于专业技术企业孵化器来说，各个新创企业的行政、人事、财务、后勤等管理工作大同小异。如果新创企业能够把这些管理工作部分或全部委托给专业技术企业孵化器，由专业技术企业孵化器进行代理，则可以形成规模效益，降低新创企业的管理费用，提高新创企业的管理效率，提高专业技术企业孵化器的资源利用效率，对新创企业和专业技术企业孵化器都是非常有利的。专业技术企业孵化器必须面向市场，以市场为导向，利用市场机制配置新创企业所需的各种资源，按照市场化运行，在市场竞争中谋求生存和发展。
公司制专业技术企业孵化器采用市场化运行，除了符合比较优势原理、具有规模效益外，还有其他原因。首先，许多专业技术企业孵化器经费紧张，资源匮乏，资金来源不足，并且没有保证，普遍面临财务危机；其次，专业技术企业孵化器应该是一个新创企业，而不应该是一个准政府机构。一个充满官僚习气的专业技术企业孵化器不可能为新创企业提供真正有价值的创业支持。专业技术企业孵化器的有效运行需要创业精神，专业技术企业孵化器的经营也必须由具有企业管理经验和创业经历的管理者来承担。专业技术企业孵化器既要向内部的新创企业提供服务，也要向外部的新创企业提供服务，并且其服务形式也要多样化。
通过多元化、社会化投资，成为营利性组织，实行公司制，组建公司制专业技术企业孵化器有限公司，明确产权，建立决策机构、监督机构和激励约束机制，完全按照市场化运行，自主经营，自负盈亏，变为公司制专业技术企业孵化器，采用公司制专业技术企业孵化器运行模式。这是我国专业技术企业孵化器改革的又一个重要方向，特别适合经济、科技比较发达地区的专业技术企业孵化器。
公司制专业技术企业孵化器开始对一些优质顾客（在孵企业）开展权益投资。公司制专业技术企业孵化器权益投资的方式既可以是以服务收入作价入股，也可以投入一定的资本，或者吸引风险投资进入，而公司制专业技术企业孵化器作为战略合作第三方（而不是一般中介）参与董事会或股东大会。这一阶段对公司制专业技术企业孵化器的体制和管理团队的要求发生了质的变化。专业技术企业孵化器的治理结构开始向多元化的股东会与职业化的管理团队转变。只有在治理结构上发生变化，才可能实现专业技术企业孵化器本身的升级，实施知识管理，采用专业化服务网络的运行方式，以满足在孵企业的服务需求，实现公司制专业技术企业孵化器收入水平的提高，进而短期实现收支平衡，长期实现盈利和增长目标。
