非营利性专业技术企业孵化器具有比较强大的政府投资与管理背景，一般又处于经济比较落后，管理、技术、人才、资金比较短缺的中西部地区，应该充分利用各种社会资源，采用虚拟化运行模式。虚拟化运行就是在非营利性专业技术企业孵化器中引入虚拟化孵化系统，使非营利性专业技术企业孵化器逐步成为一个“虚拟组织”。虚拟组织具有开放的组织结构，运行的关键是掌握企业的核心功能，充分利用自身的有限资源，实现资源的最优配置和最优利用，不断增强竞争优势。
我们长期受计划经济体制的束缚，强调“独立自主、自力更生”，喜欢单位内部的“完整、配套”，自觉不自觉地追求“大而全”、“小而全”的经营模式，什么东西都喜欢自己做，什么事情都喜欢自己办，使许多单位都成了功能“齐全”的小社会，缺乏特色，缺乏优势，缺乏竞争能力。虚拟组织的理念对我国非营利性专业技术企业孵化器具有重要的借鉴意义。
第一，我国非营利性专业技术企业孵化器需要加强自身核心竞争能力的培养和提高。虚拟组织需要一个“核心”。这个“核心”是由企业的核心能力决定的。对于虚拟化的非营利性专业技术企业孵化器来说，这个“虚拟组织”的“核心”应该是非营利性专业技术企业孵化器，而不是与此相关的其他单位或组织。非营利性专业技术企业孵化器要想成为这个“虚拟组织”的“核心”，必须具备核心竞争能力，而这种核心竞争能力是参与这个“虚拟组织”的其他单位或组织所不具备的。非营利性专业技术企业孵化器的核心能力主要体现在专业化服务和孵化环境上。
第二，重视非营利性专业技术企业孵化器外部资源的利用。任何企业或其他组织都不可能拥有生产经营所需要的全部资源。作为按照“虚拟组织”模式运行的非营利性专业技术企业孵化器，所拥有的资源更是非常有限。非营利性专业技术企业孵化器必须充分利用各种社会资源，借助于“虚拟组织”的形式，通过业务外包或战略联盟，使各种社会资源为我所用，形成合作竞争优势。
第三，树立合作竞争的新理念。现代竞争已经不再是单纯的竞争，而是既合作又竞争，或者说是合作竞争。竞争优势并不是完全取决于企业或其他组织自身是否具有优势，而是取决于企业或其他组织价值链系统是否具有整体优势。这就要求非营利性专业技术企业孵化器树立合作竞争的观念，加强与价值链上相关成员组织的合作，共同营造具有竞争优势的价值链系统，提高价值链系统的整体优势，实现“双赢”、“多赢”的目的。
第四，非营利性专业技术企业孵化器的规模不是越大越好。目前，我国非营利性专业技术企业孵化器的建设和发展仍然存在着盲目的规模扩张，认为规模越大越好，而实际上并不是这样。规模与实力是两个完全不同的概念。规模大，并不一定实力强；实力强，也并不一定要求规模大。非营利性专业技术企业孵化器的规模应该适度，需要的是实力强，而不是规模大。
第五，非营利性专业技术企业孵化器按照“虚拟组织”的模式运行需要一些基本条件。这些基本条件包括：非营利性专业技术企业孵化器及其合作成员必须具备自己的核心功能或核心能力；各个成员之间具有互补性的相对优势；具有高效、安全的信息网络系统；具有广泛承认的虚拟组织协议等。没有这些基本条件，非营利性专业技术企业孵化器很难进行成功的虚拟化运行。
第六，选择合适的合作伙伴。非营利性专业技术企业孵化器在采用“虚拟组织”的运行模式时，需要客观、细致地分析自己的内外环境，明确自己的优势和劣势。然后，根据自己的情况，选择适当的合作伙伴。这些合作伙伴必须具有虚拟组织的相关知识，具有合作的愿望和条件，符合非营利性专业技术企业孵化器业务发展的需要，能够帮助非营利性专业技术企业孵化器做好对在孵企业的培育和孵化。
第七，加强与合作伙伴的沟通与协调，做好对合作伙伴的监督、考核、分析和评价，确保非营利性专业技术企业孵化器对在孵企业各种服务业务的正常进行。
非营利性专业技术企业孵化器可以通过选择不同的合作伙伴，与合作伙伴进行业务合作或战略联盟，利用虚拟组织的形式，利用合作伙伴的各种资源和优势，做好在孵企业的培育和孵化。虚拟化运行模式是我国非营利性专业技术企业孵化器的一种理想的运行模式，也是一种可行的运行模式。虚拟化运行模式可以解决我国非营利性专业技术企业孵化器存在的人才、技术、资金、管理等问题，比较迅速地提高非营利性专业技术企业孵化器的服务能力和服务水平，扩大非营利性专业技术企业孵化器的服务对象和服务范围，增强非营利性专业技术企业孵化器的实力。同时，非营利性专业技术企业孵化器的虚拟化运行便于在孵企业的孵化和培育，便于在孵企业的成长壮大。
需要说明的是，我国非营利组织出现的时间比较短，发展也相对较慢，政府相应的政策和措施还比较缺乏，极不完善。因此，我国非营利性专业技术企业孵化器目前也很不规范。这些因素影响了我国非营利性专业技术企业孵化器的发展。
