“可怜无补费精神”，在分寸的把握上，申时行要超过张居正，这跟他所处的时代和际遇有关，但也恰恰是这个机遇和时代，构成了他的以“回籍调养”为结束的从政经历的深层原因。
“王师未奏康居捷，农扈谁占大有年？衮职自惭无寸补，惟应投老赋归田！”这是他关于自己无能的谦虚表达，也是他的痛哭无奈的失意流露。只是他还有深深的困惑：“上下否鬲，中外睽携，自古国家未有如此而能长治久安者。”他对万历年代及其后的国家发展不放心啊！他多么渴望时局能够“永绥列圣之神灵，预卜万年之兆域”，“民众欢呼而趋事”，但世事偏偏不遂其愿，“寿终正寝”的他结局并不孤独，但无疑也不无遗憾，那时的明朝几乎无药可救了。
每况愈下的辽东防线
万历皇帝驾崩之前，后金首领努尔哈赤公布了“七大恨”，向明朝正式宣战。为什么努尔哈赤能够在明朝的辽东防卫下崛起，并且成为一支能够和明朝对抗的力量？说到这个问题，就不能不提明朝的辽东防线，更不能不提万历年间主要负责辽东防卫的大将李成梁。
万历前期，明朝在北部和辽东的边事都取得了很大成绩。北部的安定主要得益于俺答封贡和戚继光镇蓟，北部边陲在数十年里基本上没有战事发生。而辽东则几乎年年有战事，岁岁动刀兵。虽然战事频仍，但明朝在辽东取得了一系列军事胜利。取得这些胜利的最大功臣就是辽东总兵李成梁。
李成梁前后两次任辽东总兵，第一次22年，第二次8年，一共30年时间。《明史·李成梁传》里说李成梁“英毅骁健，有大将才”，李成梁镇辽期间，特别是万历十六年（1588年）以前，屡获战功，“师出必捷，威振绝域”。
自隆庆四年（1570年）任辽东总兵至万历十九年（1591年）由于御史弹劾而解任，前后共22年时间。在这22年中，李成梁率领明军，取得了一系列的胜利。
从李成梁的历次大捷来看，当时明军在辽东的主要敌人是鞑靼、土蛮各部和部分女真部落。虽有多次土蛮联军号称数万，甚至有时号称十万，但每次战斗的规模并不大，大都为歼敌一千以内。
歼敌一千以上的基本都是“捣巢”行动，即攻破城堡、山寨后取得的战果。这样就容易令人生疑，因为攻破对方大本营后，斩首的数目未必都是对方的兵将，也许包括不少非战斗人员。另外，土蛮部和早期的女真部落实际上由大大小小数十个部落构成，这些部落组成的联军，有时人数虽众，但战力却并不强。与后来的努尔哈赤的后金军是不可同日而语的。
关于李成梁的战绩，《明史》提出了这样的质疑，“其战功率在塞外，易为缘饰。若敌入内地，则以坚壁清野为词，拥兵观望；甚或掩败为功，杀良民冒级。”这就是说，他取得的一些战绩中可能有所欺瞒，胜仗有可能有所夸大，败绩则有时会“掩败为功”，甚至杀平民以冒充军功。
万历十六年（1588年）以后，李成梁在战场上基本上没有取得什么大的胜利，而且还屡遭败绩。如万历十七年（1589年）三月，女真部落进犯义州，攻入太平堡，自把总硃永寿以下全军尽没。同年九月，鞑靼东西二部侵犯辽东，李成梁率兵抵御，明军大败，备御李有年、把总冯文升皆战死，被歼八百人。
万历十九年（1591年）二月，鞑靼五万余骑再次入侵辽东，李成梁派兵出塞，遇伏死者千人。后来李成梁虚报军功，称斩首二百八十，获得了朝廷的赏赐。再后来土蛮十万骑深入海州。李成梁不敢出击，土蛮军掳掠数日而去。
万历十九年（1591年）三月，李成梁派副将李宁等出镇夷堡潜袭板升，杀二百八十人。大军回师时遇敌，大败，阵亡者达数千人。万历十九年（1591年）十一月，在御史的弹劾下，李成梁卸任辽东总兵，“以宁远伯回朝”。从所谓的百战百胜到渐尝败绩，李成梁这个辽东大帅是有责任的。李成梁在前期为了“封拜”之功，奋扬蹈厉，锐意进取。而在“位望日隆”后，耽于富贵，就“贵极而骄”了。“军赀、马价、盐课、市赏，岁干没不赀，全辽商民之利尽笼入己。以是灌输权门，结纳朝士，中外要人，无不饱其重赇，为之左右。”
如若督抚、监司都官员不合他的意，就会被排挤调走。此时，李成梁已经完全从一代名将转变为称霸辽东的“军阀”了。
万历二十九年（1601年）三月，在大学士沈一贯的建议下，李成梁老树开花，以75岁高龄，再次出任辽东总兵一职，在辽东又镇守了8年。此时，李成梁已经不复当年“英毅骁健”之勇，又治军乏术，已无力重振军威。
这一期间，李成梁在边事上以安抚为主，尽量避免与努尔哈赤的建州女真发生冲突，所以，边事一直较为“平稳”。而这一个时期，努尔哈赤已经统一了建州女真，正一步步蚕食海西女真，力量不断壮大起来。所以，李成梁的抚绥策略也被称为“养寇”。
由于努尔哈赤的势力越来越大，李成梁决定放弃毗邻建州女真的宽甸六堡所辖区域，使得六堡成为孤城。早在万历元年（1573年），由于建州女真不断侵犯，明朝为了加强对建州女真的控制和防御，除继续修筑辽东边墙外，并采纳李成梁、汪道昆的建议，开始修筑宽甸六堡。
六堡位于鸭绿江以西，毗连建州女真，是防御女真的前哨，战略地位十分重要。放弃六堡区域是一个严重的决策失误，明朝三十多年的苦心经营，废于一旦。李成梁的这个错误决定所带来的后果，就是努尔哈赤逐渐聚集力量，等待着可以揭竿而起的那一天。
三大案：华丽登场的闹剧
在万历时代，如果说有一件事情能够让“罢工”的皇帝和“怠工”的朝廷都兴奋起来，那么这件事一定就是立谁为太子的事情了。一个倔犟的皇帝，一群偏执的大臣，联袂上演了这场闹剧，而这场闹剧的最后，则是中国历史上最为滑稽的一页：三大案。
坐不稳的太子位
万历皇帝由于宠信郑贵妃，想立郑贵妃所生的皇三子朱常洵为皇储，不愿意册立王恭妃所生的皇长子朱常洛为太子。这一事件，在外廷大臣看来是不合祖宗法度的，因此屡屡向皇帝谏诤，尽快册立皇长子为太子，称为“争国本”。
皇帝却寻找种种借口拖延，借口之一，皇长子的生母是宫女出身。当外廷对此事议论得沸沸扬扬之时，宫中的慈圣皇太后李氏（万历皇帝的生母）也有所闻，她是喜欢恭妃王氏的，也心疼她的长孙。有一天，万历到慈宁宫向母亲请安，母子之间发生了这样一场对话：太后对儿子说：“外廷诸臣多说该早定长哥（宫中称呼太子为长哥），如何打发他？”
儿子回答：“他是都人（宫中称呼宫女为都人）的儿子。”
太后听了心中不快，正色训斥道：“母以子贵，宁分差等？你也是都人的儿子。”
这一下点到了要害。原来万历的生母李氏，也是宫女出身，早年以宫女身份为隆庆皇帝生下了朱翊钧（即后来的万历皇帝），才进封为贵妃。万历自知理亏，如果因为宫女所生不能册立为太子，那么他本人根本就不可能当上皇帝。听了母亲的训示，他惶恐万状，伏地请罪不已。太后训示的压力超过了外廷大臣的千言万语，以后皇长子朱常洛之所以能有转机，郑贵妃欲立皇三子朱常洵的阴谋之所以不能得逞，这是一个不可忽视的因素。
皇长子朱常洛，生于万历十年（1582年），到万历二十二年（1594年）才出阁讲学（太子的豫教），已经13岁了，因为是“庶出”的关系，境遇很是坎坷。皇帝的一拖再拖，廷臣的一再谏诤，从批准出阁讲学，到4年后举行冠礼，再过3年册立为皇太子，这条路一波三折，过于颠沛。
朱常洛虽然成为皇太子，但日子并不好过。一方面父皇并不喜欢他，另一方面郑贵妃时时想造成“易储”（更换太子）的局面。皇太子朱常洛的处境岌岌可危，引起朝野上下忧心忡忡。
自导自演的闹剧：梃击案
政治场上的规则，就是谜底总是要保存完好，等到公布的那一天再展现出来。然而，怀疑这个谜底对自己不利的人，则千方百计想要提前知道结果，或者通过自己的行动，影响当权者的决策，让事情朝着对自己有利的方向发展。
要知道，如果一个本来不被支持的人，突然被袭击了，而袭击他的人，又是一个十分有希望成为下一任的当权者，那么，民众的心情会怎么样。人民都喜欢同情弱者，而且是一个处于劣势的弱者。万历四十三年（1615年）五月初四日的黄昏，一个陌生男子手持枣木棍，闯入太子居住的慈庆宫。这个陌生男子打伤了一个守门的老太监，直奔前殿檐下。太子内侍韩本用率七八名太监赶来，将凶犯擒获，押送东华门守门指挥朱雄处。
巡视皇城御史刘廷元立即对案犯进行初审，案犯供称：本名张差，蓟州井儿峪人。此人言语颠三倒四，好像疯子。再三严刑审讯，他的供词仍语无伦次，只是说些不着边际的话。消息很快传到宫外，北京城人情汹汹，纷纷揣测郑贵妃在背后捣鬼。
刑部郎中胡士相、岳骏声等奉旨审理此案。张差供称：被人烧毁供差柴草，气愤之余，从蓟州来到京城，要向朝廷伸冤，便在五月初四日手持枣木棍，从东华门直闯慈庆宫云云。胡、岳二人依照“宫殿前射箭放弹投砖石伤人律”，拟将张差判处死刑。这是一种简单化处理方式，仅仅以“疯癫闯宫”论处，不追究是否有幕后主使人，迎合朝廷希望大事化小小事化了的原则。然而外廷的一些正直官员对此抱怀疑态度，非要查个水落石出不可。
经过突击审讯，张差才招供。他供出了内中的隐情：他的舅舅马三道、外祖父李守才带来一个不知名的老太监，对他说：“事成，与你几亩地种，够你受用。”然后就跟随老太监来到京城，住在一个大宅子里，另一个老太监说：“你先撞一遭，撞着一个，打杀一个，打杀了，我们救得你。”
从张差的供词可知，他并非“疯癫闯宫”，而是被宫中太监收买，闯宫梃击的。这是重大线索。审讯官员立即报告皇上：“太子之势，危如累卵”，“臣看此犯，不癫不疯”，“中多疑似情节，臣不敢信，亦不敢言”。所谓“不敢信”“不敢言”的，居然是宫中太监策划的阴谋。
