中期的明朝，早已度过了它的“黄金时代”，而呈现出一派衰微的景象：政治上吏治腐败，弊端丛生；经济上财政拮据，捉襟见肘；内部阶级矛盾尖锐，农民的反抗斗争此伏彼起；边患云起，险象迭至，南有倭寇肆虐，北有蒙古逞威。鉴于此，张居正在入阁的第二年，就上了洋洋几千言的《陈六事疏》，从省议论、振纪纲、重诏令、核名实、固邦本、饬武备等六个方面全面地提出了整顿朝政的政治主张。这些主张既切中时弊，也切实可行。但穆宗毕竟不是明君英主，你言之谆谆，他听之藐藐，并不准备付诸实施。穆宗的冷漠，并没有熄灭张居正的热情，他在力所能及的范围内继续推行自己的政治主张。
隆庆四年（1570年）十月，鞑靼首领俺答的孙子把汉那吉由于家庭纠纷，率众请求内附，大同巡抚和宣大总督王崇古决定收留他们。张居正得知后立即写信给王崇古，指授方略，妥善安置把汉那吉，然后要王崇古、方逢时联名上疏，请求朝廷受降。疏稿至朝，朝议大哗，很多人以“敌情叵测”为借口，反对纳降。张居正力排众议，和内阁首辅高拱极力主张受降，终于说动穆宗，对把汉那吉授官赐衣，后来又应俺答的请求，礼送把汉那吉回归故乡。
由于对把汉那吉处置得当，终于感动了俺答。俺答不仅把先前背叛明朝、扰乱边疆的叛臣缚送明朝，还请求封贡、互市，愿意和明朝和平相处。这本来是有利双方的好事，可朝廷又是物议纷然，有人甚至攻击王崇古“邀近功，忽远虑”（《明史·王崇古传》）。张居正认为“封贡”、“互市”是争取边境安宁的“大机大略”，决不能放过这个机会。他一方面在朝廷力争，申说贡、市之利，批驳各种谬论；另一方面又致书王崇古，希望他不要顾虑朝廷中的流言浮议。在张居正等人的力争下，隆庆五年（1571年）终于诏封俺答为顺义王，并在沿边三镇开设马市，与俺答进行贸易。从此，东起延、永，西抵嘉峪，数千里边防线上，干戈化为玉帛，炊烟代替硝烟，明朝赢得了二十余年的边境安宁，开创了蒙汉人民和平交往的新局面。
隆庆六年（1572年）五月，穆宗去世，神宗即位。张居正和司礼太监冯保密谋罢免内阁首辅高拱，他一跃而为首辅，总揽大政。
六年的阁臣生涯，锻炼了张居正的政治才干，也加深了他对国家积重之势的认识。但是困难并没有使他退却，反而激起了他的勃勃雄心。这时的万历皇帝只是一个十岁的小孩，权力和重担实际上都落在张居正一人身上，他可以一展自己的抱负了。为了实现自己“富国强兵”的理想，他义无反顾地开始了大规模的改革。
体制性的大变革
改革首先从整顿吏治开始。吏治的好坏，直接影响到国家机器能否正常运转。因此，他执政伊始，就奏请神宗实行考成法。
考成法规定，六部及都察院对于皇帝批准的各项奏章，应立即转发各有关衙门执行。转发前，应先酌道里远近，事情缓急，立定程限，置立一式三本文簿。一本留底，月终注销；一本送达六科备案，实行一件，注销一件，半年将文簿上交一次。另一本送交内阁查考。这样，对于要办的事情，从内阁到六科，从六部到各衙门，都做到心中有数，层层考成。
考成法收到了显著成效，原来那种崇尚空谈、不务实事、互相推诿、公文旅行的现象在很大程度上得到了克服。
另外，他针对当时在用人问题上的各种弊端，大声疾呼：要“为国家爱养人才”，并提出了今后用人，“但问功能，不可拘资格”、“随才任使”、“信而任之”的用人之道大胆选拔了一些各有专长的人充实到各个部门，使其扬长避短、人尽其才。
万历二年（1574年），为了纠正当时存在着的“官不久任，事不责成，更调太繁，迁转太骤”的情况，张居正又推行内外官久任法。规定：知府、知县六年一迁，其间如发现某人不宜任某官、某官不宜在某地的，抚、按官可量行更替；各省布政使、按察使三年一迁；中央科、道、部、曹六年一迁。这样，“藩（布政使）、臬（按察使）、守、令皆得自展”，能尽心本职工作。他还裁减冗官，罢黜贪官，请皇帝召见各地廉官，以资奖励。
张居正认为：“致治之道，莫要于安民。安民之法，莫重于守令。”因此，他对地方官考察很严，规定能够“安静宜民”者列为上考，如果“虚文骄饰”，即使平日浮誉素隆，也列下考。经过这一番整顿，万历初年吏治的情况大为改善。中央政令一经发出，“虽万里外，朝下而夕奉行”。
明朝中期的衰败，当然不仅仅是吏治的腐朽，也有其他弊政的原因。张居正的可贵之处就在于他是实干家，对于各种弊政，他总是一桩桩地去厘革。
如“核驿递”就是其中一项重要改革。明朝在全国各地交通干线上都有驿站，专为公差人员提供食宿和旅途方便。驿站开支主要由沿途百姓负担。明初规定，只有军国大事，才能凭“勘合”（凭据）使用驿站。但后来，这一规定渐成具文，有的甚至在驿站恣意追逼勒索。凡此种种，致使驿递“困敝至极”，人民也不堪负担。张居正决心对此加以整顿。
万历三年（1575年），他对驿递的使用制度，作了详尽严格的规定，并由考成法来监督执行，违者重罪。规定颁布后，凡有以身试法者，均受到严惩。如甘肃巡抚的儿子擅用驿递，被革去官荫。甚至皇亲去武当山祈嗣，也不敢使用驿递。
张居正自己更是身体力行，以身作则。他吩咐儿子自己雇车回乡应考；命令仆人骑驴返里为父祝寿；后来他弟弟病重，回家调治，保定巡抚张卤例外发给勘合，张居正立即交还，并致函表示自己身为执政大臣，“欲为朝廷行法，不敢不以身先之。”经过这样一番整治，驿递状况一反旧观，“公卿群吏不得乘传，与商旅无别”。百姓负担也减轻不少。
接着，张居正又开始了对财政的初步整顿。自正德、嘉靖以来，明朝在财政上陷于困境，各地积欠赋税越来越多，国家收入逐年锐减。神宗初年，曾诏许隆庆元年（1567年）以前的积欠，悉行蠲免，隆庆四年（1570年）以前的积欠，免去百分之三十，其余一律在交纳本年赋税时带征。
为了切实执行这一诏令，张居正用考成法严加督查，完不成任务的，抚、按官听纠，郡县官听调。结果国家的岁入逐年增多。他还采纳户部尚书的建议，地方收入除必需开支外，一律上缴中央充作军费，这又使军费逐渐充裕。又由于和俺答互市，获得大批马匹，就将原来太仆寺所养的种马卖给民间，从而开辟了财源。
在开源的同时，张居正也不忘记节流。作为首辅，他没有迎合神宗的侈靡，而是循循善诱，劝导神宗节俭。在他的坚持下，宫中很多奢侈的开支或罢或减，一些锦上添花的工程也被停止，节省了大量开支。这些措施，终于使明朝初步改变了长期以来入不敷出的窘况。
不善谋身的政治家
张居正既有“富国”的理想，也有“强兵”的决心。他在全力整顿内部的同时，并没有忘记对边防的关注。自从俺答封贡以后，西部北部边境，烽火寂然。但鞑靼的另一首领土蛮却常在东北边境入犯，他们还和名义上归顺明朝的兀良哈部时相联合，构成东北边患。这样，蓟州、辽东二镇又首当其冲。“居正用李成梁镇辽，戚继光镇蓟门”，加强防御。为了充分发挥戚继光的作用，张居正信任他、支持他、苦心维护他，使继光动无掣肘。
为了肃清东南倭寇的骚扰，张居正在沿海分段设寨，加强戒备。同时整修兵船，巡弋近海，一旦倭寇来犯，便歼敌于海上，不使他们登陆。
万历五年（1577年）九月，正当张居正拨乱反正、初见成效的时候，他的父亲去世了。在封建社会，政府官员父母去世，一定要离职守制三年。除非皇帝特许，才能丧服视事，谓之“夺情”。张居正回顾入阁以来，揽政五年，致力改革，国家刚刚由乱归治，中兴在望，如今一旦撒手，改革很可能半途而废，前功尽弃。
为了自己的事业，为了明朝的中兴，在皇帝诏许下，他置封建孝道于不顾，决定“夺情”视事。消息传出，立即引起一场轩然大波。反对派交章弹劾，攻击张居正“忘亲贪位”。张居正承受着极大的压力。后来在神宗的干涉下，才制止了这场风波。
张居正在料理好父亲的丧事后，又全身心地投入到国事中来。为了从根本上整顿国家的赋役，万历六年（1578年），张居正奏请“天下田亩通行丈量，限三载竣事”。明初全国纳税土地共有八百五十万顷，由于剧烈的土地兼并，官僚地主乡绅巧取豪夺，占有大量土地，他们又千方百计逃避国家赋税，以致出现“豪民有田不赋，贫民摊派为累，民穷逃亡，故额顿减”的状况，到了弘治年间，全国纳税土地竟只有四百二十万顷，使国家财源面临枯竭的危险。
为此，张居正以“苟利社稷，死生以之”的无畏气概，冒着得罪豪强巨室的危险，重新清丈土地，经过三年的大清查，查得天下土田七百余万顷，比弘治时超出三百万顷。这是一个惊人的成绩。在查清了田亩数字以后，为了均平赋役，张居正又改革了赋役制度，于万历九年（1581年）在全国推广“一条鞭法”，把部分丁役摊到土地上征收，赋役一概征银。一条鞭法既保证了国家的税收，又在一定程度上减轻了人民的负担，也有利于资本主义萌芽的发展，是我国赋役制度史上的重大改革。史载：“自正、嘉虚耗后，至万历十年间，最称富庶。”
多年紧张、繁重的国务，终于使张居正心力交瘁。万历十年（1582年）六月，张居正病逝，终年58岁。
在他去世前9天，他成了明朝历史上唯一的太师，可他已经没有时间来凭借这个职位做更多的工作了。未到长寿之年便辞世的他一定是抱恨终天的，却并不妨碍很多人额手称庆。
张居正入阁以来，十年揆度，治绩炳然。他的改革促进了社会的安定，推动了经济的发展，缓和了阶级矛盾，是值得肯定的。
张居正为国家赢得了富强，却为自己带来了祸殃。他身死未几，尸骨未寒，便遭到一些人的肆意攻击。来自多方面的检举揭发使他获得了欺君害民、卖官鬻爵、结党营私、居心叵测、企图篡位等罪名，而神宗也早已耿耿于张居正的震主之威，于是下诏尽削张居正官秩，追夺以前所赐玺书、四代诰命，以罪状示天下，差点儿剖棺戮尸。张居正家乡荆州地方官也抄其家、封其门，他的家属饿死者竟达十余人，他的弟弟、儿子也被流放。
在遭到抄家的同时，其长子因为遭到“追赃”而自杀，他的其余两个儿子也被充军，张居正身后的劫难，引起了人们的深切同情。
海瑞曾说张居正“工于谋国，拙于谋身”。事实正是这样。唯其如此，他才是值得肯定的大政治家。他的改革在某些方面同至高无上的皇权发生了矛盾。必然会招来不测之祸。这一切都决定了张居正改革最终必将陷于失败。这是张居正的悲剧所在，也是封建社会后期一切改革家的悲剧所在。
万历病灶：积重难返的衰败定局
很多有识之士都认为，明朝虽然在崇祯时代亡国，但亡国的病灶实际是在万历时期。万历皇帝自暴自弃的“罢工”行为，万历朝臣浑浑噩噩的无能举动，万历时代对精英和真正读书人的排斥，都为明朝的破败打下了伏笔。
不成器的宰臣
万历时代，已经容不下张居正那样的大人物，因此，继任者自然应该是不成器的老成者，而不是锐意进取的改革家。
申时行的发迹属于封建知识分子仰慕的标本，他是明朝殿试的状元，一直在中央机关工作。大概是海瑞、张居正等人的认真态度所致，他的处事也一丝不苟，比如说要求君臣保持早朝的传统。尽管有很多人抱怨说，早朝实在是某种折磨。白色脸孔的冻成大红；红色脸孔的冻成漆黑，但他的逻辑是，这样的锻炼大有好处，还能促进政治清明，何乐而不为呢？
申时行成为首辅，似是意料之外的机缘促成的，张居正的继任者张四维因父亲去世而离职丁忧，在即将回朝的时候又一病不起，当时的资深重臣马自强和吕调阳都已病死，担子就落在申时行身上。
申时行的从政态度较为温和，既没有高拱的飞扬跋扈，也没有张居正的“自由”，他的谦和是很有名的。因为他看到张居正的失败在于忽略了政策的最重要之处在于实施，如果在实施过程中屡遭艰难，就要考虑调整的问题，否则再完美也只是空中楼阁。
在其就任首辅的岁月，全国官吏达两万余人，官吏的团结与否直接影响到国家的发展速度。不损害自己利益之时，能够帮帮忙说说话的场合总有他的身影，这也为他的正义感的张扬提供了舞台。当死后的张居正遭到“万人唾骂”时，他没有加入“唾骂”的队伍，而是提议实事求是地对张居正的功过加以评价。这个建议的意义更多地在于提升百姓对于朝廷的信心，也尽可能放松官僚之间的紧张空气，可在当时提出来是要有几分勇敢的，尽管此举也有报恩于当年栽培的含义。
他的高明之处还在于看到了人性的“阴”“阳”两面，也即私人的谋算和公认的追求。将“阴”完全剔除是不可能的事情。因为当时的很多士人都不能摆脱做官而赢利的打算，而当务之急并不是改变士人的追求目标，而在于竭力地帮助年轻的神宗创建出一番大业。与其严厉地甚至不近人情地揭露、批判、处理人们的“阴”，不如更多地让他们展露自己的美好的“阳”，这样还会造成阳盛阴衰的感觉，也给很多人提供了名垂青史的机会，应该能够得到所有官吏的欢迎。
事情却并非如此，他的这种很有诚意的处事方式竟然被指责为“首鼠两端”和“左顾右盼”，甚至干脆不抬眼皮地说他的办法跟张居正如出一辙。更有人说他曾经营私舞弊，理由是张居正的4个儿子中有3人入了翰林院，而申时行是当时的会试主考官之一。进而还弹劾他的近臣，礼部尚书徐学谟就是因为和他是亲家而被迫去职。
或者是海瑞、张居正等营造的罢官风尚所致，感到疲惫的申时行也曾经有过11次罢官的经历，万历皇帝的态度也非常明确，首辅对于时政有重要的意义，参劾者全部遭到审查。这时的申时行又表现出自己的首辅风度，他建议不要过于追究提出批评意见的官吏，还曾建议将其中的能臣晋级。此举再次稳定了时局，官吏各安其位，也都交口称赞首辅的老成持重。
稳定和波折永远是矛盾的两个方面，始终存在于封建官场。尽管他尽力在官吏之间以及官吏与皇帝之间作出必要的调和，而且还有客观的成绩，但是诚意并不是攻讦结束的理由。而神宗经由张居正，已经“吃一堑长一智”，不会给申时行过大的自由度，他在等待时机的好转，以真正让所谓的“万历之治”在历史的河流中光照后世，但漫长的等待并没有告慰他。
在万历立储的问题上，申时行让很多渴望动荡的士人找到了极好的口实，他真的感到安度晚年的必要了。事实上，他已经没有能力影响当时的舆论，直至被迫去职的时候，舆论也没对他产生某种同情，长江后浪推前浪，似乎没有哪位官吏愿意把推荐太子的功劳放在他这个老臣身上，他的威信已经随着事态的发展而成过眼烟云。
