另外，专制制度说到底还是一种人治的政治，这决定了它的任何具体制度都具有弹性或伸缩性，至多都只能是一种礼法或习惯法，而缺乏现代法律制度的刚性。从这一意义上说，专制君主往往既是制度的创制者或推行者，同时又是制度的规避者与破坏者。具体说，君主对太子好恶往往是影响嫡长制能否实行的重要因素。如汉武帝晚年喜爱少子刘弗陵，常常对人夸他“类我”，后来果然将其立为太子。后世君主也常常以此为理由废嫡立爱。另外，皇帝对于太子生母的感情变化，也是其中的一个重要变数。因此，嫡长制下的继承人资格最终是根据生母的身份贵贱确定的，一旦皇位继承人的生母因失宠而动摇皇后地位，势必连带危及太子的地位。而在皇帝多内宠的情况下，受宠对象往往随时而变，必然使嫡长制不断遭到破坏。如汉武帝时卫后宠衰，太子刘据于是不保；光武帝刘秀由郭氏而移宠张丽华，太子刘强只有惶恐让位与阴氏之子（明帝刘庄），都是著名的事例。
最后，各种权贵势力如干政的宦官、外戚后妃集团常常出于各自的利益，干扰嫡长制的实行。如东汉时期一些外戚后妃为了把持朝政，乃至故意“贪立幼主以久其政”；唐代中后期，宦官不仅把持朝政，甚至出于政治斗争的需要而对皇帝废立生杀，当然也就谈不上严格实行嫡长子继承制了。在这种情况下，势必出现嫡长制的某些变通或变态的情况：其一是兄弟相及。如唐敬宗无子传位于其弟文宗，文宗无嗣传位于另一皇弟武宗，宋哲宗无嗣传位于徽宗。其二是选择宗室子弟入继。通常是在皇帝无嗣的情况下，从皇室近亲子弟中过继一人，以填补皇位继承人的真空。如西汉宣帝、哀帝，东汉的安、质、桓、灵诸帝，宋代的英宗、孝宗、理宗，明代世宗等等，都属于这种情况。
应当说，仅就皇位嫡长制本身来说，其弊端也是显而易见的。在这种继承制度下，无论是“立嫡”还是“立长”，都公开放弃了才德方面的要求。可以说，它是一种典型的非智能型的皇位继承方式，势必在嫡长制的“产出”与君主专制政体的需求之间造成严重的脱节：一方面，君主专制制度毕竟是一种人治形式，在制度的设计上，君主被赋予了至高无上、不受法律限制的绝对权力，被摆在“一言以兴邦，一言以丧邦”的位置，这要求君主必须是至圣至明、至善至美的全能人物；然而嫡长制恰恰是立嫡、立长而“不以贤”，从而在君主所拥有的制度化权力与其实际的政治能力之间发生了严重的冲突或不对称问题。历史上幼童、白痴、昏庸之徒不断登位的事实，在很大程度上就说明了这一点。至于嫡长制实行中的一些变通和变态方式，有的原本就是君主个人好恶或者权贵势力争权夺利的产物，当然也不可能解决君主权力与能力不平衡问题。
既然嫡长制存在着十分明显的弊端，且又在实际操作中面临诸多问题，为什么又能够为历代封建专制王朝所继承，并被奉为“正法”、奉为皇位继承制度的基本形式？这首先是因为，秦汉以后的封建君主专制制度是在先秦基础上发展而来的，是先秦君主制度发展演变的必然结果和更高阶段。虽然在春秋战国时期也发生了剧烈的社会变动和频繁的、大规模的兼并战争，但它们所导致的文化交流基本上属于华夏各民族内部的同质文化的交流，并未遭到异质文化的大规模冲击与挑战，因而不会打断中国文明发展的连续性过程，使得传统的东西更容易继承和保存。西周以来的宗法制度虽然也在“礼崩乐坏”的历史动荡中遭到很大冲击，但其观念和基本原则却以新的形式保存下来。
特别是，君主专制制度本身就是一种讲求君尊臣卑的体制，宗法制所体现的嫡长尊卑等级观念，恰恰适应了日趋强化的君主集权运动的客观需要；君主专制制度肯定国家最高权力由一人私有独占，表现出前所未有的“私”的性格，它似乎比任何政治制度都强调对政治权力、政治职位的排他性与独占性，而作为西周宗法制度集中体现的嫡长制，则为满足这类需要提供了现成的法宝。嫡长制之所以被历代专制王朝奉为正法，还因为它比较能够减少争夺皇位的冲突，对于政治秩序的稳定最为有利。
在皇帝多妻多子的情况下，除嫡长制之外，选择继承人的可能方式理论上还有“选贤”与兄弟相继。但贤与不贤本身就是一个主观评价的问题，标准不容易把握，实际上等于无标准。而在私有观念深入人心的情况下，采用兄弟相继的方式也缺乏硬性的约束力。因为“兄弟之亲本不如父子，而兄之尊又不如父，故兄弟之间常不免有争位之事”，兄终弟及的原则事实上无法抵挡住权力私有欲、独占欲的冲击。只有根据“嫡、长”这些先赋的或“天定”的条件，把皇位继承资格最大限度地限制在一个人身上，才能确立起比较明确的、可操作性的标准，才可能杜绝其他皇子的非分之想，较好地避免诸子争位、骨肉相残的局面。
本来，在儒家的理想中，一直把“传贤”奉为圭臬。然而嫡长制恰恰就是一种家天下的“传子”制，它显然不符合儒家“传贤”的理想。但在事实上，嫡长制却又是得到了儒家肯定的。
从儒家所预设的社会政治发展模式来看，嫡长制虽是“家天下”的传子之法，却是通往“官天下”的现实起点。如儒家公羊“三世说”就认为，在孔子的意识中，人类社会将依次经过三个发展阶段，即：由据乱世到升平世（小康世），再到太平世（大同世），在孔子所处的春秋时代，由于周政不行，周礼崩坏，各立嗣者也有之。王位继承方式的混乱加剧了臣弑君、子歉父、父杀子的政治动荡，使父子、君臣等“亲亲”、“尊尊”关系受到严重破坏。因此，孔子所面临的当务之急是恢复周礼，重建起码的社会政治秩序，其中就包括恢复周代的王位嫡长子继承制，减少由立嗣所引起的纷争，而非空想地、不切实际地急于实现大同社会的“立贤”之制。所以，在坚持公羊学派立场的学者看来，嫡长制虽然不甚理想，不甚美善，但这在“小康之世人性尚欠完满的情况下则是不得已的事，因而也是必要的制度”。
孔子也曾说过，夏商周三代是“大人世及以为礼”。按照当代新儒家的代表人物牟宗三先生的解释，这句话就是在谈“家天下之意”：大人即指天子诸侯，世及即子孙世袭相承也。传子曰世，传弟曰及。就此而言，则是说政权在私，三代只能为小康之局。
可见，在孔子的思想中，确实存在着一种由低到高、由小康到大同的社会发展模式，只不过他将大同理想社会置于三代以前的历史开端而已。在这样的发展思路下，嫡长制的世袭制虽属小康之制，但具有“息争”、“笃亲”之功，是由乱返治的起点。先圣周公已经通过这类制度建立过统治秩序，为后圣孔子树立了榜样。所以，在“从周”与“复礼”的大前提下，儒家肯定嫡长制恰恰反映出其对大同世界的理想寄托。
总之，就儒家的立场上看，嫡长制符合家族本位的伦理要求，也具有“成仁”的道义基础，是孔子“王心”、“王义”和政治理想所托。从而，作为一种政治继承制度同时也是一种政治传统，嫡长制在历史中获得了“百王不易之制”和“万世正法”的地位，具有了神圣的合法性。这样一来，本来只是基于利弊权衡、适应统治者私利最大化需求、最大限度实现权力独占的嫡长制，便在儒家政治文化的“磁化”作用下，点铁成金，化腐朽为神奇般地获得了文化上的意义。
不难看出，嫡长制确实为专制政体的皇位继承提供了起码的、基本的规则与秩序，也在一定程度上减少了皇位继承方面的政治动荡，发挥了维护政治稳定的功能。同时，它也是在充分权衡各种继承制度利弊优劣的基础上，所采取的一种不失明智冷静的选择，表现了我国传统政治文化中的较高理性成分。
嫡长子继承制对于中国君主专制政体的具体运行方式更具有无比深远的影响。
无论是嫡长制本身还是它的各种变态形式，在专制政治这一大前提下，都只能流于一种非智能的选择方式，都必然导致君主在权力和实际能力之间发生严重的脱节和矛盾。因此，现实中根本就找不出全智全能、三头六臂式的人物来胜任君主所拥有的无限权力。人类的无数经验业已证明，面对无限繁重的政治事务和无限复杂的政治世界，任何君主个人都注定不能胜任，都注定是“无能”的，只有合理的法律制度设计“才是最优良的统治者”。更何况在嫡长制为主干的皇位继承制度下，经常会把幼儿、白痴、昏庸者乃至性格变态者推上皇位，这与专制政体所要求的全智全能君主、伟人政治更是相距甚远。
在这种情况下，客观上势必需要某种机制，以便对君主制度的这种内在矛盾和缺陷加以适当调节和弥补，如利用儒家伦理规范对君主加以熏陶约束，同时借助组织和制度的力量，即利用官僚制度的理性和智能因素弥补君主才智上的不足。这样就造成了中国君主制度的一个奇特现象：在制度的规定层面上，君主被赋予无限的权力，并且随着中国历史的延续，这种“制度化”的权力似有不断加强之势；而在制度的运行层面上，则往往由于君主事实上的“无能”而使君主的专制权力流于“象征化”的状态。从中，正可以看出中国君主专制政体的复杂性格和内部矛盾运动的轨迹。同时，也正是这种矛盾运动，使专制君权有可能突破“家天下”的、“私”的格局，在客观上成为一种代表统治阶级整体利益的“公共权力”。
