蒋介石原计划1929年1月1日召开国民党第三次代表大会。可是，刚刚成立的“空前统一与团结”的国民政府，就显出了很不团结、不统一。编遣会议不但未达预期效果，反而激化了各派系间的矛盾。桂系已经在暗中进行武力倒蒋行动。蒋介石在这种情况下，要通过召开全国代表大会的形式，达到独揽党权的目的，不但困难重重，也将促使矛盾更进一步激化。
这时的国民党已呈现出四分五裂的状态。以汪精卫、陈公博为首领的“改组派”，其基本队伍是大革命时期一部分国民党左派，及其他出身于中小资产阶级的知识分子。它的全称是“中国国民党改组同志会”，是反蒋派中人数最多、成份复杂、但影响也是最大的一个派别。他们拥护汪精卫为领袖，鼓吹再次改组国民党。在连年不断的混战和国民党内部几次大规模的反蒋风潮中，都没有离开改组派的魔影。以孙科为靠山，以钟天心、湛小岑等为发起人，由中产阶级知识分子出身的国民党员组成的“再造派”，认为国民党已经处在危机之中，必须“再造一番”。他们反对改组派，拥护胡汉民为国民党领袖。此外，国民党内的老右派集团——西山派，也一直在进行活动。以上这些派别的共同特点是：拥护蒋介石的“清党”反共，反对蒋介石的独裁。说穿了就是要争得国民党的领导席位。还有一些小组织，也在与蒋介石作争权的斗争。
蒋介石欲独揽政权、军权，必须独揽党权。因为国民党“统一”全国之后，即为训政时期开始，《训政大纲》规定：在训政时期，“由中国国民党全国代表大会代表国民大会，领导国民行使政权”。国民党中央执行委员会政治会议，“指导监督国民政府重大国务之施行”，修改及解释国民政府组织法。这就是“以党治国”，也就是党权是至高无上的权力。召开第三次全国代表大会，是蒋介石夺取党权的关键步骤，欲独揽党权，必须由蒋介石一手包办国民党三大。但国民党派系林立，使他不能为所欲为。因而蒋介石又使出浑身解数，开始扫除障碍。
国民党内追随蒋介石的基本队伍，是国民党右派。蒋介石的亲信，是出自同乡、同事、同族、同学、同门这五种人之中。蒋介石利用师生关系建立自己的黄埔军人嫡系，以控制军队；利用同乡、同门的关系，建立以陈果夫、陈立夫为首领的CC系，以控制党权。在筹备召开三大的过程中，蒋介石依靠、指挥他这支基本队伍，开始了一系列扫除、打击反对派的活动。
蒋介石对争夺党权是很有经验的。1926年5月他制造《整理党务案》，打击共产党，借机窃取了一部分党权。1927年4月他提出“清党”，屠杀共产党人并从他控制的地区把共产党员全部驱逐出国民党。这次他故伎重演，又提出《整理各地党务案》，以达到夺取国民党全部党权的目的。不过他这次打击的对象不是共产党，而是国民党内的反对派。
蒋介石与陈果夫掌握国民党中央的组织部，在整理各地党部时，派去建立党部的工作人员大多是CC系分子。在进行党员重新登记时，凡不是拥蒋分子，便以“共产党嫌疑”之名不给登记，凡愿跟随蒋介石，不问其是否有党籍或被开除党籍者，均授意他们到指定地点去登记。企图用这种办法，把国民党变为清一色的拥蒋派。
为了操纵国民党第三次代表大会，国民党中央第一八七次常务会通过决议，出席三大的代表不用选举办法产生，而一律采取圈定与指派的方式。
蒋介石以上这些活动，引起国民党内其他派系的强烈不满。1929年3月14日，在改组派的组织策动下，南京市召开了讨论出席三全大会代表问题的会议。全市十一个区党部，除第六区党部外，全部参加了这次活动，声势很浩大。会议通过了一项《反对非法的第三次全国代表大会案》。混在会场里的蒋派分子竟大打出手，随后蒋介石派来的打手队也冲进会场，抛砖飞石，抢夺文件，打落孙中山遗像，多人受伤。这就是轰动一时的“三·一四”事件。
当时，由于国民党内部矛盾激化，没有召开全国代表大会的基础：桂系已经与蒋介石闹翻，正酝酿大战一场。李宗仁躲在上海，蒋介石派人去上海诱劝李宗仁赴宁，李不肯上当，潜回广西；白崇禧从北平电告南京，请求辞职；汪派中央委员公开反对召开由蒋介石一手包办的大会；李济深本无意到南京开会，但蒋介石特派吴稚晖、张人杰、蔡元培、李石曾四人请李济深“调停”，李才来到南京；甚至保持中庸之道的于右任也躲在上海，谢绝了蒋介石派去的邵力子之请，不到南京开会；冯玉祥不仅不到南京开会，反而于3月12日发表通电，辞去军政部长职务。国民党正面临一场更大的分裂。
虽然出现这样严重的不正常情况，蒋介石还是要坚持召开三大。他说：“全国代表大会实在是再不能延期了，如果再延期，不独本党的基础将要动摇，本党的生命将要断绝……”何至于如此严重？原因是：反蒋派的反抗活动迅速扩大，再拖下去必将危害蒋介石的统治地位；各实力派的军心不稳，桂系与蒋系已在调兵遣将，摆好了阵势，一触即发。蒋介石要充分地利用这暂短的形式上的统一时期，赶紧将最高的党权抓到手，以便用中央的名义去镇压反对派。
1929年3月15日，国民党三全大会开幕。主席团九人，即：蒋介石、胡汉民、谭延闿、孙科、朱永晔、古应芬、陈果夫、陈耀垣及实际未参加大会的于右任。主席团人员组成说明，蒋、胡包办了大会。
国民党的三全大会，有两个主要的内容：
一、三全大会的宣言违背了国民党第一、第二次全国代表大会的纲领。公开指责孙中山先生的三大政策。把苏联称为“赤色帝国主义”。把孙中山先生称之为朋友，把在北伐大革命中起先锋作用、浴血奋战的中国共产党人，说成与军阀、帝国主义同样是北阀革命的对象。
二、三全大会不仅宣布开除国民党二大中央执监委员中的中国共产党人的国民党党籍，而且对真诚执行三大政策的国民党人士也分别予以开除或停止党籍的处分。如邓演达、彭泽如、路友于、徐谦、陈其援等人。相反，公然分裂国民党而被开除的西山会议派，却由大会作出决议，宣称：“因反共而开除党籍的同志，林森、张继、谢持、居正、邹鲁、沈定一等十一人先行恢复党籍。”大会于3月21日通过一项《奖慰蒋介石同志案》宣扬蒋介石的“功绩”。在国民党三全大会之前，国民党的公开文件中，从未称蒋介石是全党领袖。这是第一次把蒋介石树为全党的最高领袖。
蒋介石继开编遣会之后，又急于开党国民党的三全大会，好似连续点燃了两只火药桶，国民党军事集团的混战立即爆发了。
