1928年春，自魏野畴、南汉宸离开十军，特别是魏野畴领导的皖北暴动失败后，共产党的组织基本停止了在杨虎城部队的活动，当时仅存的地下党组织是在杨部在陕西的留守部队中。1930年，杨虎城在河南南阳举办教导队，招收了一批进步青年。这时共产党的组织随之又在杨虎城的队伍里建立了起来。
这一时期，杨虎城并没有真的向“右”转，他继续网罗与共产党有联系的青年人才。1930年4月29日，中共南阳中心县委在《关于政治形势、组织情形的报告》中称：“杨虎城部去年初到南阳即提出与以前军阀大不相同的欺骗的口号来欺骗群众，一时群众颇为之迷惑，抱一种幻想。”“他本身为扩充势力起见，不管、第三党、改组派、土匪、豪绅都拉拢利用。”“我们得到点政治活动机会，如公开的组织各群众团体斗争，经济上也稍能活动”，“再一点是同志们得到寻找职业的机会”，“《宛南日报》是我们利用杨，实际也是杨利用我们办的”。
1930年夏，南汉宸作为冯玉祥的代表来到了南阳，游说杨虎城附冯叛蒋。这是自1928年2月杨、南两人皖北分别后的再次重逢。经过蒋介石“清共”的腥风血雨，杨虎城看到老朋友南汉宸别来无恙，自不免感慨万千。如前所述，共产党的组织已基本停止了在杨虎城部队的活动，杨虎城自日本回国后也没有接触有身份的共产党人。
杨虎城见到南汉宸很高兴，他当时虽不同意南要他“附冯叛蒋”的意见，但他却十分希望南汉宸留下再次合作。而南是著名的共产党人，如何留？着实让他费了一番心思。
时任第七军交际处处长连瑞琦说：南汉宸是共产党员，也是杨的老部下，他代表冯来与杨联络，也表明西北党意在联冯倒蒋，而杨却决定附蒋倒冯。这又与杨一向联共主张不合，使杨很伤脑筋。杨最后决定，留南在十七路军工作，打败冯玉祥回到西北以后，政治方面交南负责。南也同意这个意见。但南是著名的共产党员，要留下工作必须做个过程。于是杨叫我把南“扣押”交际处，然后杨同何成浚商量，请何电蒋，说冯玉祥代表已被杨虎城扣押，现南与杨合作反冯，起用南助杨对于我军有益，蒋回电同意南留十七路军工作。这样一来，南汉宸就合法地留了下来。南汉宸的留下，也标志着杨虎城与共产党人的“重逢”。
1930年夏，南汉宸回到杨虎城身边，后随十七路军入陕并担任了省政府秘书长，进入了杨虎城的政治决策核心，这标志着杨与共产党人的合作进入了一个新的阶段。杨虎城运用共产党人的才智在陕西实行民主，发展经济建设地方，改造部队提高军事政治素质等方面，都取得了非常显著的成效。共产党人则利用杨虎城的支持与掩护，在十七路军和地方上恢复和建立起各级组织，发展了政治力量。
杨虎城对共产党人一直倚重保护，曾在他的队伍里任职的共产党人有许多。从1928年魏野畴发动皖北暴动到1933年王泰吉领导的耀县起义，共产党在杨虎城部队中先后组织大的兵变八次，小的达几十次。对这种兵变或起义，一般地方军阀是无法容忍的，而杨虎城则一贯采取既往不咎、宽容的态度，从未因此疏远共产党人。
1931年，刘志丹在陕西邠县被杨的部下逮捕，杨虎城闻报派人立即将刘接到西安，秘密释放，走时还送钱送枪。中共党员王泰吉先后组织过三次武装起义，1929年被关押在南京监狱。杨虎城从日本回国后将其保释出狱，先后委任王为副旅长、新兵训练处处长、骑兵团团长等要职。
米暂沉说，王曾多次劝杨虎城“打起革命红旗”，但杨虎城不同意贸然行事。王泰吉于1933年7月率骑兵团在耀县起义，部队改编为西北民众抗日义勇军，王任总司令，高岗任政委。起义后，王曾对何寓础（中共党员）讲：“我今日之所为，与杨先生的一贯革命主张是一致的。”杨虎城对王泰吉一事表示了宽容的态度，在部下请示对策时，他对孙友仁讲：“把他们逼走，不要打，都是自己的官兵。”
耀县起义很快就失败了，王泰吉带着仅剩的百十人参加了陕北红军。1934年1月，王泰吉在淳化县被人出卖被捕，当地政府立即报告了省主席邵力子，邵又立刻上报蒋介石。蒋很快复电：
邵主席力子兄：敬电悉，元密王逆泰吉解省即予就地正法可也。王泰吉被捕后，杨虎城仍设法营救。无奈邵力子瞒着他直接上报，蒋介石又电令就地正法，只好遵令枪毙了王泰吉。对此杨也十分痛心，他对崔仲远（中共地下党员）说：“王泰吉太混蛋，自己不小心，却回来死在我手里！”在关押期间，杨虎城下令给予特殊待遇，不准刑讯，允许自由会客。
类似的兵变一直延续到1935年春，直到时任中共陕西省委负责人的汪锋从上海带回了中共中央局关于在杨虎城部的共产党“在任何情况下，没有中央局的指示不能起义，留待将来红军攻打大城市时再行动。那时，搞里应外合，能起更大的作用”的指示后方才停止。
杨虎城虽然重用了许多中共党员，但一直没有建立起与共产党高层的正式联系，对这个问题他小心翼翼地试图突破。1932年11月26日，中国工农红军第四方面军进入陕西，抵达了长安县引驾回、子午镇一带。
连瑞琦后来回忆：
中国工农红军入陕到达距西安三十多里的引驾回时，杨虎城请我到他的家里密谈。杨问：“你看红军会不会进西安城？”我答：“不会。”他又问：“你得到情报吗？”我说：“没有。”杨说：“那你为什么知道它不会进城？”我说：“这是我的判断。”杨说：“你认识徐向前吗？”我说：“认识，但不熟悉。”杨说：“到引驾回的红军，就是徐率领的，其方向是向西安进军。我想把部队撤到渭河以北三原一带，西安只留少数军警，由你负责维持秩序，并请你带领西安市民欢迎徐向前。”我问杨：“我们在东京决定的反蒋计划，不是要同红军会合吗？现在正是好机会，为什么又要撤退呢？”杨说：“我们现在还不能同红军会合。第一，共产党的‘左倾’机会主义路线尚未根本改变，他们的口号还是要兵不要官，会合后势必被红军消灭。第二，我们队伍目前共有三万六千多人，内部意见还不一致，一旦公开与红军会合，红军是不会在西安久驻的，一定不能跟红军上山，势必投降蒋介石，结果也是被消灭。所以我认为目前不能会合。留你在西安欢迎红军，并和红军秘密谈判今后合作的具体办法。”
1933年初，红四方面军建立川西北根据地，迫近汉中。杨虎城不愿与红四方面军发生大规模战争，授意杜斌丞派当时在十七路军的中共党员张含初、武志平先后秘密前往川北与红四方面军取得了联系。
红四方面军派徐以新到汉中，经与孙蔚如（杨授权）商谈，6月24日双方达成互不侵犯协定：“第一，双方互不侵犯；第二，配合打胡宗南；第三，红军可建立交通线，三十八军提供一定的物资。”有了这个协定，两军在相当一段时间（到1935年初）都没有发生冲突，而且通过地下交通线为红四方面军运送了紧缺物资。但红四方面军负责人张国焘不珍视这一合作成果，先是将双方秘密协定的内容在红军宣传材料上透露出来，给十七路军方面造成很大被动；又于1935年2月单方撕毁协定，突然向汉中的十七路军发动进攻，这种背信弃义的行为使杨和部属都无法理解。
1934年底，红二十五军在吴焕先、戴季英、徐海东、程子华等的带领下，为策应中央红军长征进入陕西。蒋介石命令杨虎城率部围攻。杨采取了应付的办法，表面上调兵遣将，四处设防，暗地里交代部队只跟随其后，不要主动进攻。同时将张汉民的警备三旅调上，希望张能利用中共党员身份与红军建立联系，也定个互不侵犯协定。张汉民按照杨的意思派中共党员张明远等去红二十五军联系，双方商定互不侵犯，还规定了联络暗号：“瞄不准不打。”红二十五军要求提供军用地图、药品、电台的物品，张都认真办理。不料想，红二十五军当时的负责人根本不相信张汉民的诚意。1935年4月9日，红二十五军在蓝田县九间房设伏全歼张汉民旅五个营，张汉民被俘。
当时任红二十五军政治部主任的郑位三回忆说：
张汉民的警备旅和我们接近时，听说张是共产党员，部队里也有很多共产党员，但我们对他们不太相信，有怀疑，这是出于警惕，是对的。因此就给他们出难题，如向他们要机枪零件、情报、作战地图，并要求他们的部队和我们保持一定的距离。要的东西有些没送来，这就更加怀疑，再加上我们指挥他的军事行动没做到，逼我们紧了一些，这样我们就在九间房下决心打，因为他采取了使我们为难的态度。张汉民还是徐海东捉住的。
张汉民被俘后，再三说自己是共产党员，而且部队有党的组织，并叫俘虏中的党员都站出来，当场就有二十多个人站了出来，结果这二十多人和张本人都被红二十五军杀害了，而非党群众却都被释放。此事在杨虎城及部队中留下很大的阴影。
