后不久，为赤眉所败的延岑整顿兵马，收集散卒，卷土重来，与赤眉军大战。由于更始降将李宝从赤眉内部倒戈，里应外合，赤眉遂大败，部众被杀数十万。时值“三辅大饥，人相食，城郭皆空，白骨蔽野”，粮草问题再次凸显。此外，又有汉军和地方豪强的袭击，关中难以立足，樊崇只得率部东归。刘秀令冯异等先行占据华阴、新安（今河南渑池东），宜阳（今河南宜阳西北），堵住赤眉军东归要道。若赤眉东撤，则以宜阳之兵向新安聚集；若南撤，则以新安之兵向宜阳聚集，互相增援，共同夹击。
建武三年正月，赤眉军东归至华阴与冯异军相遇。双方对峙六十余日，交锋大小十余次。虽是强弩之末，赤眉军仍如困兽做最后挣扎，冯异虽尽力而战，也只降服了刘始、王宣等五千余人。正当此时，被赤眉军打败的邓禹不顾东守宜阳的命令，也赶到华阴，要求和冯异一起攻打赤眉军。冯异认为赤眉军主力势强，只靠武力难以击破。应当遵从皇上旨意，邓禹等在东阻击，而他自己从西面进攻，双方夹击，一举而定，这才是上策。可是，邓禹及其部将邓弘，急于挽回面子，要求击败赤眉军。他们拒绝了冯异的好意，一意孤行，率军同赤眉军展开交战。
赤眉军佯装败退，丢弃不少辎重。汉军一见，以为又有财物可捞，于是不顾战况，争相抢夺。哪晓得掀开覆盖物一看，竟是些豆子。再一戳，更失望，原来这些车上装的都是泥土，只是表面覆盖了一层豆子。众人方知中计，正欲撤退。赤眉军已乘势发起反击，邓弘大溃。多亏冯异和邓禹及时援助，赤眉军才稍稍后却。冯异认为士兵受挫，军心动摇，宜择日再战。哪知邓禹求胜心切，不听苦劝，又与赤眉军展开大战。结果被败，死伤三千余人。颜面尽扫的邓禹与随从24骑还诣宜阳，献上大司徒、梁侯印绶，引咎辞职。冯异却并不气馁，整顿兵马，坚竖营垒后又与赤眉军约期再战，一决雌雄。为了确保会战的胜利，冯异作了精心筹划。决战头晚，他选派一些精壮士兵穿上赤眉军服，乔装成赤眉军，埋伏在道路两旁。天亮时，两军交战，赤眉军先派一万多人进攻冯异军的前部，冯异故意以少数兵力应战。赤眉军见汉军势弱，于是悉众而出，冯异当即纵兵大战。双方激战一天，太阳偏西时分，赤眉军已气衰力竭了。在这种情况下，冯异命令预先埋伏在道路两旁，养精蓄锐的士兵奋起袭击。因为伏兵的服装同赤眉军相同，赤眉军无法识别，仓促间不知如何还击，立刻惊骇得全面崩溃。冯异乘胜追击，大破赤眉于崤底，收降士卒及家属八万余众。樊崇率领部队，且战且退，到达洛阳西面的宜阳时，仅剩十万余众。然而他们面临的却是刘秀亲率的御林军，在此以逸待劳多时。转战千里，疲惫不堪的赤眉军早已军心涣散、兵无斗志，只得乞降。刘秀答应不杀刘盆子等赤眉军首领，接受了他们的投降请求。建武三年（公元27年），刘盆子率领樊崇、丞相徐宣等干将三十余人肉袒而降，并向刘秀呈上了汉朝传国玉玺，更始帝刘玄的七尺宝剑和玉璧。
自此，更始、赤眉两大农民起义集团均以失败而告终。历史证明文化落后，政治经验缺乏的农民起义军根本不能克服他们流寇主义、无组织、无纪律的先天局限性。每次生机勃勃的兴起，最后却以失败而告终，他们只是封建王朝迭替更新的奠基石。历经苦难，献出生命所换来的只是一个新的主人，一套新的政府，自己却一无所获。历史就是这样的残酷无情。
威加海内在赤眉军投降后，刘秀命令征西大将军冯异继续向关中进军。这时，关中地区的形势仍非常混乱。延岑盘踞陇西，王歆占据下邽，芳丹据有新丰，蒋震据霸陵，张邯据长安等等，大小军阀十多余人。各自号称将军，拥兵多则万余，少则数千。经过冯异这位文武全才的天才军事家和政治家的长达两年的苦心经营，才逐一消除这些武装割据，牢牢占据关中，只剩隗嚣这个劲敌。
在东方群雄之中，刘永构成的威胁最大。刘永是西汉梁孝王八世孙，传国至其父。王莽乱政，其父被诛，封爵被夺。更始即位，刘永先诣洛阳，上表归附，遂封梁王，都睢阳城。后更始政乱，刘永趁机据国起兵，先后攻占济阴、山阳、淮扬、汝南等，共得28城，即今日之河南东部、安徽北部，并与山东的张步、江苏的董宪、庐江的李宪连成一片，结成强大的军事同盟。这些地方在当时不仅富庶，而且是战略要地，基本控制了东方、南方进入关中的孔道。要征服东方，首先得消灭刘永。
建武二年三月，刘秀以虎牙大将军盖延率军五万东攻刘永，先后攻占敖仓（今河南荥阳北黄河中）、酸枣（今河南延津西南）、封丘（今河南封丘西南）。随后，分兵两路，从东西两个方向夹击刘永的根据地睢阳。八月，汉军乘夜袭破睢阳，刘永逃往虞县（今河南虞县北）。虞县百姓奋起反抗，刘永母亲、妻儿被杀。刘永与麾下数十人再逃至谯县（今安徽亳州）。汉军乘胜追击，攻占沛、楚、临淮三郡国大部。时铜马、青犊、尤来农民义军余部复起于轵（今河南济原东南）西，威胁洛阳。刘秀征调盖延，协同大司马吴汉击败农民军余部。是时，故更始将苏茂反叛，与刘永的将领佼强、周建合率3万人进攻盖延于沛西，企图解救刘永。可是，又被盖延击败。苏茂逃回广乐，佼强、周建随从刘永逃奔湖陵。睢阳人又反叛汉军，归附刘永，刘永乘机复据睢阳。
为了对汉军作殊死抵抗，刘永继续加强同张步和董宪的联盟，加封张步为齐王，董宪为海西王。尽管刘永在军事和外交上努力巨大，在强大的汉军面前，一切都是徒劳。汉军为了尽快地消灭刘永，对刘永的势力采取各个击破的战术。吴汉等先后击败苏茂、周建等主力军，进而与盖延围攻睢阳。城中粮绝，刘永与苏茂、周建突围，为其部将所杀。苏茂、周建逃至垂惠（今安徽蒙城西北），立刘永之子刘纡为梁王。建武五年，吴汉率军破刘纡于垂惠，周建死，苏茂、刘纡逃奔董宪。关东最大割据势力刘永集团被消灭，巩固了刘秀在洛阳的统治。
在讨伐刘永集团的同时，刘秀命征南大将军岑彭率军南下进攻起兵于育阳（今河南南阳市南）的邓奉和起兵于堵阳（今河南方城东）的董沂。建武三年三月，董沂投降。四月，岑彭攻破育阳，邓奉被斩。五年，被汉军围困于黎丘达三年之久的南郡秦丰集团，主力损失殆尽，被迫投降。至此，刘秀势力发展到荆襄一带，控制了江淮战略要地。
建武五年二月，割据渔阳（郡治渔阳，今北京密云西南）、广阳（郡治平刚，今辽宁凌源西南）的彭宠被其奴仆谋杀，其国师韩利斩杀宠子彭午，汉军趁乱占领渔阳，统一了燕、蓟地区。刘秀在荡平上述各部割据势力的同时，亦基本消灭了活动于黄河南北的农民义军余部。
同年，建威大将军耿弇击败了割据青州（治今山东淄博东北临淄故城）的张步。建武六年正月，扬武将军马成领军攻破了李宪的老巢舒城（今安徽庐江西南），斩杀李宪，六年二月，刘秀亲率军队消灭了割据东海（郡治郯县，今山东郯城西北）的董宪以及叛将庞萌，平定了关东最后一部割据势力。
虽然如此，在西南和西北却还有公孙述、隗嚣两个势力较强的割据集团。
公孙述曾在王莽天凤年间任导江卒正（蜀郡太守）。新莽政权覆灭以后，起兵入蜀，后逐渐占领益州全境，即今日之四川、重庆、贵州和云南大部分地方，还曾进据汉中（今陕西南郑东北），出陈仓（今陕西宝鸡东），图谋三辅。建武元年（公元25年）四月，自立为天子，建元龙兴元年。
盘踞陇西的隗嚣集团拥有安定、陇西、武都、金城、武威、张掖、酒泉、敦煌诸郡，大致于今日甘肃全境。其南连公孙述，北结卢芳，西通氐羌匈奴，粮草丰盛，兵马强壮，是一块难啃的硬骨头。
刘秀最初想通过和平诱降的办法解决公孙述和隗嚣，都未能成功。后又设计离间公、隗联盟，企图各个击破，此计也告失败。想除掉这两个集团，只得以武力解决。在此之前，刘秀成功地争取到了河西窦融窦氏集团。窦融的七世祖先是西汉文帝窦皇后的弟弟，算得上是皇亲国戚之后。窦融为人慷慨大气，喜交英雄豪杰，政治眼光敏锐，又行宽和之政，深得民心。因而历仕新莽、更始政权，得以据河西之地。刘秀称帝后，窦融就打算通款献城，归顺光武，但路途遥远又有隗嚣集团阻挠，未能成功。建武五年夏，窦融再派使者，历经辗转来到洛阳，受到刘秀接见。后刘秀委任窦融为凉州牧，窦融也再次致信光武帝，以表忠心。
建武九年（公元33年）正月，隗嚣死，其子隗纯为王，刘秀乃乘机出兵，亲征隗嚣。并联合窦融，两军夹击，终在建武十年十月大破隗纯军，陇右平。得陇既望蜀，刘秀遂挥兵入蜀，征讨公孙述。建武十二年（公元36年）十一月，吴汉、臧宫攻打成都，公孙述战死，益州平定。
东汉初年的统一战争至此基本结束，天下江山再归于汉。陇西羌族，依附匈奴、乌桓的卢芳集团，虽然时常骚扰，却如疥癣，不足为患。历经15年硝烟战火，历史又由纷乱转入和平。时势造英雄，英雄造时势。历史造就了刘秀，刘秀也以个人能力改变历史，开创了二百余年之基业，史称历代之中兴无过于光武者。王夫之在其著作《读通鉴论》中给予了光武帝高度评价：“自三代以下，唯光武允冠百王矣。……前而高帝，后而唐宋，皆未有如光武之世，胥天下以称兵，数盈千万折也。通其思，思其变……岂易言哉，岂易言哉！”
光武中兴爱好复古，喜欢改革的王莽终因朝令夕改、摇摆不定的政治以及沉重的赋税、残酷的刑罚，弄得民不聊生，群起暴动而亡国。半生戎马的刘秀又将怎样治理自己的江山呢？天下大定后，为了恢复封建秩序，巩固政权统治，光武帝决定去王莽之苛政，还汉家之轻法，宽仁爱民。政治上改革用人制度，加强中央集权；经济上减免田租赋税，鼓励经商；文化上恢复五经博士，重开太学，中兴之气遂成。此后明、章、和三帝在光武老臣的支持下尚能遵循刘秀之政，中兴气象得以延续。和帝不甘皇权旁落，借助阉宦之力，方能从外戚手中夺回权力，因此大封宦官，开启了日后宦官专权之祸端。
更换“反面”教材首先，释放和禁止虐杀奴婢。王莽时期也曾下过诏令禁止奴婢买卖，但因地主、官僚和工商业主的反对而失败。西汉末年，动荡的社会使得农民大量破产，不得不卖身为奴，奴婢数量急剧增加。经久不绝的天灾战祸，又使得人口骤减，土地荒芜。释放奴婢不仅可以发展农业，稳定民心，同时把豪强士族控制下的奴婢转为农民，由中央政府直接统治，增加了政府的赋税收入。
刘秀在紧张、繁忙地进行统一战争的过程中，仍然根据不同情况，坚持不懈地解决奴婢问题，先后六次下令释放奴婢，三次下令禁止虐杀奴婢。如建武二年（公元26年），刘秀下令：“凡是百姓有嫁妻子卖子女，沦为奴婢的，只要本人要求返回父母家中，就要还其自由身；主人胆敢拘执不放，则依法论处。”又如公元31年，一平定东部地区后，刘秀就下令释放青、徐地区的因饥饿战乱以及被义军所掠为奴婢的吏人，稳定政局，若有人不听命令擅自拘禁奴婢，以卖人罪严惩。建武十一年（公元35年），刘秀认为“天地之性人为贵”，一连三次下令禁止虐杀奴婢。规定凡杀死奴婢者不能减罪；灸灼奴婢者依法论罪，被灸灼的奴婢则免为庶人；废除奴婢射伤人则处以弃市死罪的法律。解放被地主豪强、官绅吏卒所占有的奴婢，提高他们的社会地位，激发他们的生产积极性，对东汉王朝农业基础的建立起了巨大的推动作用；同时也顺应了历史发展潮流，为彻底铲除长期存在的奴隶制残余打下了坚实的基础。
其次，减省刑法。王莽篡位，行之不正，为了维持统治，法令烦琐，刑法严峻。这非但没有奏效，反而激起了百姓义愤和反抗，以至亡国。这给了刘秀深刻地教训，对他所实施的法律政策有重大影响。早在光武二年三月，刘秀就宣布大赦天下，下诏谴责“狱多冤人，用刑深刻”的现象，要求诸大夫、博士、议郎商讨减省刑法之法。这也宣布了在他执政期间，减少法令，减轻量刑是法律工作的基调。对老人、小孩、妇女等触犯刑律者更要从宽处罚，不得上刑具。建武二年（公元27年），刘秀就下诏说：“吏不满六百石，下至墨绶长、相，有罪先请。男子八十以上，十岁以下，及妇人从坐者，自非不道、诏所名捕，皆不得系。”（《后汉书·光武帝纪》）建武五年，许多地方久旱不雨、蝗虫满天，百姓颗粒无收，刘秀认为这是由于酷吏太多，冤狱泛滥，才导致上天震怒，降灾警示。于是下令京城、三辅地区、各郡国仔细审核在押囚犯，除了死刑犯以外，一律释放；有爵位的，则免为庶人。各地官吏要选用宽厚贤德的人担任，辞退贪官酷吏。刑法的减省对于调整阶级关系，稳定社会秩序有着重大的意义。
再次，减免田赋。田赋征收事关国计民生，征收过度将打击农民生产积极性，甚至引发动乱；征收过少，又难以保障国家机器的正常运转，因此，如何把握这个度就非常关键。新莽后期，污吏横行，再加军费剧增，因此百姓赋税苛刻繁重。东汉建国，对百姓疾苦生活体会颇深的刘秀把减轻赋税征发作为恢复生产，发展经济的一项重要措施。建武六年十二月，北方大部才得平定，刘秀就下诏曰：“此前由于战事未停，军费用度不足，故采取十一之税。现在军士屯田，粮储有所积蓄，天下郡国田租当采取三十税一，以如西汉景帝旧制。”（《后汉书·光武帝纪》）复次，改行五铢钱。王莽篡位后，废除从刘邦时期就开始通行的五铢钱，反复改革币制，把钱币称为“宝货”，分为金、银、龟、贝、钱、布六名二十八类。并强行规定以小钱顶大钱，还使用早被淘汰的原始货币，使得币制混乱，阻碍了货币的流通，工商业经济遭到严重破坏。东汉初年，货币仍未统一，杂用布、帛、金、粟之类，这与社会经济发展形势极不协调，百姓日用相当不便，都想复用五铢钱，故有民谣曰：“黄牛百腹，五铢当复。”建武十六年（公元40年）刘秀下令恢复旧制，统一货币，沿用五铢钱。五铢钱的恢复改变了王莽货币改制失败后，在交换领域中所造成的混乱状况，由此促进了当时商业经济的发展和繁荣。
为了恢复、发展经济，稳定社会，刘秀还注意选派清正有才、守法循理的官员，就是所谓的“循吏”担任地方长官，他们廉洁奉公，政绩卓著，成为中兴大业的中流砥柱。邓晨为汝南（今河南平舆北）太守，兴修水利工程鸿郤坡，灌溉良田数千顷，汝南于是鱼游稻丰，富足殷盛，甚至惠及他郡。南阳太守杜诗，性好节俭，为政清平，“善于计略，省爱民役”。他组织百姓修建水排，制造农器，修治坡池，广拓田土，每项工程都取得了事半功倍的效果。在他的治理下，南阳百姓生活提高，民风淳厚。渔阳（郡治在今北京密云西南）太守张堪捕奸击盗，赏罚必信，得到了吏民的信赖和支持，击退匈奴入侵，安定边境；又开稻田八千余顷，劝民耕桑，由是百姓富裕，歌曰：“张君为政，乐不可支。”（《后汉书·张堪传》）李忠任丹阳（郡治今安徽宣城）太守，兴修学校，传授礼仪，教习儒学，民众拥护，垦田日增，三年间人口增加五万多。桂阳（郡治在今湖南郴州）太守卫飒兴办教育，改革婚俗；设置铁官，禁止私铸，使得当地民风转换，经济发展。总之，建武时期的这些“循吏”多能因势利导，依据本地实际情况，组织当地人民进行生产。这样，东汉初年，从北部边郡到江南各地，社会经济迅速恢复、发展，循吏无疑起了重要的作用。
西汉末年，土地兼并严重，导致民怨四起。为了解决这一问题，王莽改天下田地为“王田”，参照孟子所说的“井田制”，授田给天下百姓。本身就是在豪强地主的支持下才得以上台的王莽现在又为了获得下层民众的支持而改革田制，这自然引起了地主官吏的抵制，因而“井田制”遂不得行。王莽后期，政府腐败，农民起义，豪强大吏趁机掠夺了更多的土地，他们隐瞒土地、户口，逃避赋税征收。建武十五年（公元39年），刘秀下令各州郡核查田土户口，即开展以“度田”为中心的一系列措施。度田就是清丈土地，包括核实户口。通过度田，既确实了全国的人口和田数，增加国家的赋税收入；又通过检核户口，控制和解散豪强武装。因而“度田”令侵犯了那些广占土地和人口的豪强地主的利益，遭到他们的强烈反对。由于这些豪强地主势强力大，地方官员非常惧怕他们，不敢对他们如实度田，而是广开绿灯并不实查；尤其是帝乡南阳，帝城河南住的都是皇亲国戚，勋贵权臣，下层官吏更不敢查。为了交差，这群欺善怕恶的可耻之徒就把百姓赶出家门，把他们的房屋院落都作为田亩丈量。最后引得百姓嗟怨，哀嚎四起。这些把戏怎能逃出刘秀法眼，第二年，他就处死了河南尹张伋及十余名度田不实的郡守，甚至连功臣南阳太守刘隆都因度田不实而遭罪下狱，引起朝野不小震惊。尽管为了保证度田的公平、公正，对那些在度田中有徇私舞弊和贪赃枉法者，刘秀绝不姑息迁就。但是，度田法令毕竟触动了地主豪强们的根本利益，因而激化了他们同东汉政府的矛盾。一些地方豪强乘机公然举兵发动叛乱，尤其是青、徐、幽、冀四周最为严重。虽然经过努力，叛乱终被镇压，但度田行动也因此不了了之。这和王莽的结局是何其的相似。这不能怪罪王莽，也不能怪罪刘秀。作为贵族、豪强、官僚、地主中的一员，他不可能损害同阶级的根本利益来获取民心；即使想做，他也无能为力，因为连他自己荣登帝位都是在各方地主豪强的支持下才得以实现，他的存在就是为了保证这些人的利益。如果他继续激化政府和豪强地主间的矛盾，损害这些人的私人利益，这些世家就会广泛联系起来反抗刘秀，再支持其他的人来维护他们的利益。总之，为了维系世家地主的利益，也为了维护自己的权位，刘秀只能牺牲广大百姓的利益。
东汉建国后，国家财政收入困难，为了维持国家统治，除了采取恢复生产，增加国家财政收入措施外，也采取了节俭、节约的经济政策。刘秀裁减了大量官员，仅此一项节省的经费开支就是数以万计。刘秀本人不追求奢华的生活方式，穿着简朴，色无重彩，耳不听郑卫之音，手不贪珠玉之玩，后宫无私爱，臣子无偏恩。建武十三年，外国使臣贡奉了日行千里的骏马，削铁如泥的宝剑，价值千金，刘秀却下令骏马驾鼓车，宝剑赠英雄。此外他还诏令裁减皇家宫苑上林苑中的管理人员，废止戈射游猎之事。由于刘秀严于律己，使勤俭之风行于上下，宫廷开支大为缩小。对于民间，刘秀也提倡节俭精神。当时，厚葬之风盛行，刘秀提倡薄葬，既可移风易俗，又能节约开支，取得了一举两得的功效。
光武之政治除了经济方面政策的改善与提高，在政治制度方面，针对西汉末年皇帝失权，外戚强臣擅政的状况，刘秀也做了许多改革措施，加强中央集权，巩固统治。
开国功臣是刘秀夺取天下的主要依靠，没有他们的支持，刘秀是很难登上帝位的。因而在统一全国的过程中，刘秀赐予他们许多官爵名号和兵权，以换取他们的支持。建武十三年，割据巴蜀的公孙述也被铲除，全国战争基本停止，他就开始对功臣采取限制措施。当然，和文盲出身的汉高祖“飞鸟尽，良弓藏；狡兔死，走狗烹”，大肆杀戮功臣不同，文雅的光武帝则是以“柔道”方式剥夺功臣军权的。《后汉书·光武帝纪》记载：自平定陇、蜀后，非紧急情况，刘秀不再谈论军事上的事情。一天皇太子向他请教攻伐之事，刘秀意味深长地说：“古时卫灵公向孔子请教攻战之事，孔子并没有回答。率兵打仗不是你力所能及的。”这自然是对那些手握重兵的功臣们的一种暗示。那些开国元勋当然明白刘秀的用意，邓禹、贾复等皆“知帝欲偃干戈，修文德”，纷纷上缴兵权，转而学习儒学。刘秀不仅夺了功臣的兵权，还不令他们参与政事。对于一些中央的重要部门，更是不许这些功臣任职，而是任用一些文臣，只有邓禹、李通、贾复等少数人可参议国家大事。当然，不给点好处，怎能安抚功臣们的心。于是刘秀先后分封三百六十余人为列侯，给予他们优厚待遇，让他们与儿孙一起安享天伦之乐。当然这些列侯的食封数量比起西汉要少很多，如邓禹、吴汉二人，仅食四县，其余为县侯、乡侯、亭侯，小的只食数百户，不足以构成威胁。刘秀不以功臣任职，其根本目的在于防止功臣（尤其是他们没有战功的子孙）势力膨胀，结党营私，犯上作乱。用刘秀冠冕堂皇的话说，这是“退功臣而进文吏”。对于外戚，刘秀不让他们参与政事，不给他们尊贵的地位。如阴丽华的哥哥阴乡侯阴识虽然在刘秀统一全国的战争中立下了汗马功劳，但由于是外戚，还不能增加食邑。
在中央行政制度上，刘秀虽然沿用西汉旧制，设置了太尉、司徒、司空“三公”任宰相之职，但却徒有其名，而无实权，只能做一些一般官员做的文案之类的工作。实际权力已转向中朝的尚书台。“尚书”原来是少府辖下的机构，汉武帝时以“尚书”为基础，选用一些中下级官吏，作为自己的侍从和助手，给他们以侍中、给事中、常侍等头衔，组成宫中决策机构，称为“内朝”或者“中朝”。原来的三公九卿等朝廷官员称为“外朝”。外朝无决策权，只是执行内朝命令。经过汉成帝改革，尚书职权、机构得到扩大。到了东汉刘秀时期，他更重用内朝官员，经过裁撤合并许多中朝官职后，尚书遂发展为总揽朝政的最高机构，正式称为尚书台。其长官称尚书令，秩禄一千石；副手为尚书仆射，秩禄六百石。尚书台下设有六曹分掌各类政事，曹的长官为尚书，每曹还置丞、郎若干人。尚书台任用之人多为皇帝挑选的亲信近臣，这样就更便于皇帝掌控尚书台，从而加强皇权，控制中央，削弱相权。自此以后，此种设置延续整个东汉王朝。无怪汉安帝时的官僚陈忠说：“今之三公，虽当其名而无其实，选举诛赏，一由尚书，尚书见任，重于三公，陵迟以来，其渐久矣。”（《后汉书·陈忠传》）光武帝除了通过尚书台独揽大权以外，还在宫廷内设置中常侍、黄门侍郎、小黄门、中黄门等宦官职务，由他们负责传达皇帝的旨令和诏书，阅览尚书进呈的奏章。光武帝通过贴身的阉臣掌管全国军政大事，这样就更保证了他的专权统治，但也埋下了东汉后期宦官专权的祸根。
在地方政权上，由于东汉初年人口大为减少，而郡县设置过多，不便于政令通达，提高行政效率，于是刘秀裁并了四百多个县。这样不仅节约了财政支出，同时也加强了对百姓的控制。同时刘秀承袭西汉旧制，把全国划分为十二个州和一个司隶（中央直辖区），向各州派遣刺史监察官吏。但其职权却比西汉加大许多，刺史除了监察二千石官吏以外，还可以荐举官员、复审案件，年终向皇帝报告，甚至可以直接参与地方行政的管理。为了削夺地方兵权，防止叛乱，光武帝对地方兵制也进行了改革。废除了内郡的轻车、骑士（骑兵）、材官（步兵）、楼船（水兵）等地方兵种；罢省郡都尉，其职由太守兼领；取消每年秋季地方征兵操练的都试。这些措施既节约了军费开支，增加了农村劳动力，又减轻了地方对中央的威胁。
在削夺、辞退一大批功臣以后，为了维系机构运转，稳定社会，刘秀改革了人才选拔制度，以扩大阶级基础，吸纳更多优秀人才参与政事。一方面承袭西汉的察举制度、任子制度，另一方面，完善征辟制度，将其制度化。“征”就是皇帝下诏书特别征召地主阶级中的“名流”做官；“辟”就是公卿大臣以及郡守刺史自行聘请有能力的地主知识分子做下属。征辟由三公及郡守为之。光武帝对察举、征辟的实施情况非常重视，被录用的官吏必须要符合“德行高妙”、“明达法令”等标准，否则荐举者以及被荐举者都将治罪。然此两种途径终被政治、经济实力雄厚的豪强大族所操纵，他们并不看重被举者的品行才干，而以扩张自己的势力为目的。而一些士人为了跻身上层，也往往依附这些豪族，甘当“门生”。从而使得豪族士人之间互相勾结，庇护，结成庞大的门生故吏网，垄断察举、征辟。任人唯亲不唯贤，一味以权谋私，巩固集团势力造成“举秀才，不知书；察孝廉，父别居”的可笑现象，对东汉后期政治影响巨大。
刘秀曾游学长安，饱读诗书，深知思想文化教育对国家统治，政权稳定的重要性，因此特别尊崇儒学。四处求访儒雅之士，重礼征聘，许多“怀挟图书，遁逃林蔽”不仕王莽的儒生“莫不抱负策，云会京师”（《后汉书·儒林传》）。建武五年，在“宫室未饰，干戈未平”的困难局面下，刘秀就着手重建了国家官学——太学，并恢复设立五经博士，命令名儒各以“家法”传授诸经。其中《易》有施、孟、梁丘、京氏四家；《尚书》有欧阳、大、小夏侯氏三家；《诗》有齐、鲁、韩、毛；《礼》有大、小戴；《春秋》则为严、颜两家，共十四博士，由九卿之一的太常总领。儒学的弘扬，太学的设置对社会安定起到了积极的作用，也开始了东汉王朝从“马上”建国向文化治国的转变。
通过上述种种措施，确实使得百姓生活提高，经济发展，国家政权稳定，中兴之象成矣。然而这些措施终不能确保东汉江山永固，千秋万代，历史总是在发展的，这些初期对社会进步还能产生巨大推动作用的措施到最后竟成了障碍。皇权过度集中，无人加以限制，一旦出现昏君，或者皇权旁落为外戚宦者权臣所用，必将对政权产生毁灭性的打击。思想文化的专制，使得儒学为上层集团所垄断，他们世代相继，广收门徒，并利用当时的选举体制，结党营私，最终演化成政治集团，对学术和政治都产生了巨大影响。东汉后期，这些矛盾危机终于暴露无遗。
明章和三帝延续中兴气象自古创业艰难百战多，守江山更是何其之难。刘秀以后，明、章二帝尚能算得上是有为的守业之主，使光武中兴的局面得以延续，政通人和，经济、人口不断恢复、发展。自和帝开始，皇帝与外戚相斗，阉宦上台握权，政局混乱，东汉历史前进的车轮慢慢减速。
永平之政中元二年（公元57年）一代旷世明君光武大帝驾崩南宫，享年六十有二。皇太子刘庄即位，改元永平，是为汉明帝。在乱世中长大的汉明帝，深知百姓疾苦，加之刘秀的谆谆教诲，倍感守业艰难，处理朝政大事总是“业业兢兢，危心恭德”。对于光武所创立之制度，莫敢有违。政治上以刑理治国、法令分明，整肃吏治、严惩不法官吏。他严令后妃之家不得封侯干政，对贵戚功臣也多有防范。马援虽然在光武时期功勋卓绝，但其女儿为明帝皇后，也不得列入名臣光荣榜，即所谓的云台二十八将。他在位时，他的舅子马廖、马光、马防都位不过九卿。再如刘秀女儿陶馆公主，曾为自己儿子求为郎官，也遭到明帝拒绝。其理由为“郎官上应列宿，出宰百里，有非其人，则民受其殃，是以难之”。（《后汉书·明帝纪》）对于依仗权势，作威作福的外戚、大臣更是严惩不贷。如永平二年，汉明帝舅舅阴就之子阴丰杀其所尚光武女郦邑公主，明帝下令将他处死，阴就及妻被迫自杀。护羌校尉窦林是大司空窦融侄子，永平二年（公元59年），窦林却因欺君罔上、贪赃枉法而被下狱处死。汉明帝还屡下诏书斥责窦融管教子弟不严，并诏令他回家养病，罢官职。后窦融长子窦穆，孙子窦勋、窦宣皆因罪下狱，被处死。明帝之弟楚王刘英、广陵王刘荆都因谋反之罪自杀，株连以至死、徙和系狱的京师贵戚和诸侯更达数千之众。可见明帝对于外戚、大臣以至宗室诸王掌控极严，一旦犯法，决不姑息。于是，群臣震恐，朝廷肃然。
对于百姓，汉明帝多次诏令各级官吏要及时督劝农桑，消除灾害，体恤鳏寡孤独者。同时“平徭减赋”，先后十二次下诏减轻刑罚或赦免罪犯，减免税赋、徭役，敦促官吏要详刑慎罚，明察秋毫，维持社会安定。此外扩大屯田，发展北方边境经济。明帝时还把封建国家所控制的荒地及苑囿、山林川泽租借给破产无地的贫民进行生产。国家在三五年内不向他们收税，甚至可以借贷给种子、粮食和生产工具，几年后才收取“假税”，这就是所谓的“假民公田”。明帝还注意兴修农田水利，其中最大的工程是治理黄河。西汉末年以来，黄河年久失修，为患益甚，兖、豫两州百姓饱受水患之苦。明帝乃令著名水利专家王景和王吴率兵卒数十万人修浚仪渠和汴渠。在荥阳东至千乘海口千余里间，疏通了水道，建造了堤防和泄水闸门，此后八百年，黄河无复改道，从而保障了黄河中下游农业生产的正常进行。由于各项政治经济政策的有效实施，永平中后期，国泰民安，经济发展，户口滋长，“天下安平，人无徭役，岁比登稔，百姓殷富，粟斛三十，牛羊被野”。
汉明帝十岁能通《春秋》，并师从博士桓荣学通《尚书》，其知识渊博，酷爱儒学。他下令皇子、诸侯王及大臣子弟、功臣子弟，都要学习儒学。又专门为外戚樊氏、郭氏、阴氏、马氏诸子弟开办学校，聘任博士、名儒传道授业。“五经”之中，明帝犹重《孝经》，倡导“以孝治天下”，就连只知打杀的羽林军也要学习《孝经》。由于汉明帝积极倡导、扶持，以经学为核心的思想文化得到广泛传播，甚至外敌匈奴也把子孙送来学习。他自己还亲自和儒生讨论经学，旁听的官僚士绅多达万人。明帝对于谶纬神学尤为重视，亲自主持谶书纬书编写工作，以谶纬解释经义。
对中国哲学思想产生深远影响的佛教也在汉明帝的推崇下滋生繁衍。据说永平年间，明帝睡觉，夜梦一高大的金人，全身为光环围绕，飞悬在宫殿的中央，对他微笑。明帝正欲开口询问，金人却凌空而飞，直向西去。第二天他就问群臣这是何方神圣，多数人倍感神奇，却百思不得其解。还是博士博学多才，傅毅进言：“臣闻西方天竺国有得道高人，传名为佛，佛还有佛经。从前骠骑将军霍去病征伐匈奴，带回来休屠王供奉的金人，据说那些金人就是从天竺传到休屠国去的。汉武帝把金人供养在甘泉宫，焚香致礼。后来久经战乱，金人也不知所踪。皇上梦见的金人，肯定是天竺来的佛。”一席话引起了明帝的猎奇思想，遂派蔡愔等十二名使者前往天竺拜访，并用白马驮了佛像经卷，返回洛阳。汉明帝特立精舍，储藏佛经，宣扬佛法，是为中国第一座佛教庙宇——白马寺。
永平十八年（公元75年），汉明帝去世，终年四十七岁。崇尚节俭的他遗诏不得修筑寝庙，实行薄葬。他是东汉最为贤明的守成之君，在他的治理之下“吏称其官，民安其业，远近肃服，户口滋殖”，锦绣江山，一片繁荣。史家曰：“济济乎，洋洋乎，盛于永平！”
宽厚长者汉明帝死后，接替他帝位的是其第五子刘炟，是为汉章帝。刘炟生于中元二年（公元57年），生母为贾贵人。汉明帝马皇后德冠后宫，受宠无比，却不能生育，于是汉明帝就让马皇后养育刘炟，四岁即被立为皇太子。刘炟孝性淳笃，与马后“母子慈爱，始终无纤介之间”，而且性格宽厚，好学儒术，为明帝所器重。及至永平十八年，以十九之龄承继大统，登上帝位。
汉章帝即位之初，帝国内部自然灾害不断，边疆民族冲突不绝。面对内忧外患，汉章帝召集大臣商讨为政之道。王公大臣纷纷上书，司徒鲍昱痛陈时弊，建议赦免无辜刑徒，解除监禁，让其回家和亲人团聚，这样能致和气，感动上天，免除黎民百姓的痛苦。尚书陈宠也上书说：“为政犹如调拨琴弦，弦调得太紧就会崩断。《诗经》也说‘不刚不柔，布政优优’，刑罚太严反而会激起百姓的不满。陛下应废除苛繁之法，施宽厚之政以济百姓。”（《后汉书·陈宠传》）章帝听从了他们的建议，大赦天下，宽缓刑罚。“每事务求宽厚仁爱”就成了汉章帝处理政事的座右铭。
对于下层劳动人民，章帝继承光武、明帝“与民休息”、“轻徭薄赋”的政策，进一步采取了稳定小农经济、缓和阶级矛盾的“宽厚”措施。他鼓励垦荒，把无人耕种的荒田和部分公田赐予贫苦无地的农民。建初元年诏令“以上林池蘌田赋与贫人”；元和元年诏令：“郡国募人无田欲徙它界就肥饶者，恣听之，到在所，赐给公田，为雇耕佣，赁种晌，贳于田器，勿收租五岁，除算三年”，又如元和三年，汉章帝巡狩，下令所经之地“肥田尚多，未有垦辟，其悉以赋贫民，给与粮种”（《后汉书·章帝纪》）。此外他还下令招抚流亡他乡的农民归还本乡从事生产，各地官员不得阻挠，还给予优惠待遇。如建初元年正月，“诏三州郡国：方春东作，人方受禀，往来烦剧，或妨耕农，其各实核，尤贫者计所贷并与之。流人欲归本者，郡县其实禀令足还到，过止官亭，无雇舍宿，长吏亲躬，无使贫弱遗脱，小吏豪右得容奸妄，诏书既下，勿得稽留”（《后汉书·章帝纪》）。
不仅如此，汉章帝还屡次下令进廉退贪，整饬吏治；奖励廉吏，严惩贪官，把增加农业生产作为地方官吏的首要任务。这些措施使得经济生产持续上升，社会秩序相对稳定。章帝的政令刑罚也比较宽疏。例如依东汉制度，官员贪污要禁锢三世，即三代人都不准为官。章帝废除了这项制度。但是，对官吏、宗室、外戚等封建统治阶级的一味求宽，却带来了极大的负面影响。他对豪强地主，外戚宗室奢纵无度的侈靡之风深讥切痛，但“务从宽厚”的结果，却使这些人无视法度，相互攀比更甚。整饬吏治，鼓励廉洁，欲使贫穷百姓摆脱疾苦，可是窦宪侵夺湖阳公主园田，济南王康占有“私田八百顷”却终不能制止。
光武帝刘秀为了加强政治思想统治，尊崇儒学，提倡谶纬神学。公元56年还“宣布图谶于天下”，正式确定谶纬神学为国家正统思想，而这也引发了今、古文经学家的争论。信奉谶纬之学的今文经学家和古文经学者唇枪舌战，一直延续到章帝时候。为了解决这一问题，建初四年（公元79年），汉章帝接受杨终的建议，亲自召集朝中诸臣和博学儒士集聚白虎观，召开会议，议定五经异同，最后由章帝亲自拍板，决断是非。会上各派儒生互相驳难，各持己见。兼通今、古文的大学者丁鸿舌战群儒，对答如流，博得阵阵喝彩。会议持续了一个多月，对许多儒学问题做出了统一论断。这次会议的讨论记录由著名学者班固整理成书，名为《白虎通义》。白虎观会议后，东汉统治者更加推崇儒学，谶纬神学更在当时思想领域占据了统治地位。通过白虎观会议，封建统治者利用政治力量使谶纬迷信披上了合法外衣；也对传统经学做了梳理，使经学服从国家需要，更好地为封建统治服务。
东汉外戚之祸萌芽于章帝之时，这都是他的宽厚所致。东汉初，鉴于西汉王莽篡位的教训，光武时不假后党之权；明帝“遵奉建武之政，有加而无损”，后妃外家没有封侯晋爵干预朝政者。马太后的兄弟马廖、马防、马光，在汉明帝虽然为官，马廖却官不过做到虎贲中郎，马防、马光不过为黄门侍郎，一直不得晋升。而汉章帝初登帝位，就想大封他的舅舅们，由于马太后深明大义，坚决阻止，汉章帝只得放弃。即便如此，在章帝的纵容下，马氏一家在当时的权势依然显赫。他们拥有财产巨额，奴婢上千，良田万顷，依附马氏的宾客也数以千计。马光曾在一次祭祀中就用了300头羊、400斛米和5000斤肉。面对权力日盛的马氏兄弟，许多大臣都深感忧虑，司空第五伦屡次上疏要求削夺权势，但汉章帝对他们仍然亲信有加，还把他们分封列侯，提高了外戚的地位。外戚集团徇私舞弊，危害他人，他们之间也为了实际的政治和经济利益勾心斗角。马太后去世，马氏兄弟在朝中失去了靠山，昔日依附马氏的食客也渐渐散去。不久，深受汉章帝宠信的皇后窦氏的哥哥窦宪、窦笃兄弟借机诬告马氏兄弟腹诽、生活过奢，章帝听信谗言罢免了马氏三兄弟的官职，令他们徙就封邑。随着马氏的没落，窦家兄弟的地位陡升起来。窦宪被任命为侍中、虎贲中郎将，窦笃被封为黄门侍郎。窦氏兄弟出入宫省，赏赐累积，广交宾客。对此，第五伦曾表上书请求章帝严格约束窦氏，以防患于未然，可惜章帝未予重视。仗着裙带关系，皇帝的宽厚，窦氏兄弟更加横行跋扈，杀人越货，乃至欺凌刘姓诸王、公主以及前朝皇后阴、马诸家，章帝明明知晓也不绳之以法。后来窦氏想废除皇子另立幼帝，以便把持朝政，而章帝仍遗诏窦氏兄弟并掌枢机，辅佐朝政，可见对外戚后家是多么宽厚。他的“宽厚”最后还是酿成了苦果。东汉自他的儿子和帝开始，外戚擅权，政治腐化，东汉王朝一步一步走向衰亡。
范晔《后汉书》论曰：“魏文帝称明帝察察，章帝长者。章帝素知人厌明帝苛切，事从宽厚。”范氏之论独见明帝执法过严之弊，而未见章帝执法过宽之失。“八家后汉书”之一的袁山松在他所著的《后汉书》中则说：“孝章皇帝弘裕有余，明断不足，闺房谗惑，外戚擅宠，惜乎！若明、章二主损有余而补不足，则古之贤君矣。”这种评论，相比范晔则较为公允。
英年早逝的仁君章和二年（公元88年）二月，汉章帝病逝于洛阳章德前殿，终年31岁。汉章帝归天后，年仅十岁的和帝即位，太后窦氏临朝听政。窦太后排斥异己，让其弟窦宪掌权。由于窦太后再三庇护，窦氏一门专横跋扈，营党结私，引起汉和帝极度不满。永元四年（公元92年），年仅14岁的汉和帝联合宦官郑众等将窦氏集团一网打尽，开始亲理政事。他重用那些不肯迎合窦家的官员，承继光武、明、章之治，每天早起临朝，夜批奏章，从不荒怠政事，不失为一个英明有为的君主。
和帝十分体恤民众疾苦，多次下令赈灾救难、减免赋税、安置流民。永元四年全国普遭旱灾以及蝗灾，于是诏令百姓受灾超过十分之四的免收田租和粮食；未满的则根据实际情况做出一定的减免。汉和帝还下令百姓在山中狩猎、池中捕鱼均不得收税。永元五年诏令把皇家离宫果园上林、广成囿全部借给贫民使用，可以恣意采摘捕捞，不得收税。面对连年不断的自然灾害，他常常自责，认为是自己施政不德所致。如永元八年（公元96年）京城洛阳地区发生蝗灾，他下诏首先说：“蝗虫之异，殆不虚生，万方有罪，在予一人。”还下令全国上下各级官吏都要认真反省，要勤政爱民，事事为百姓着想。若有官吏不理农事，贻误农作，滋扰百姓，先要处理其上级二千石的官员。岭南（今广东地区）出产龙眼、荔枝，为了满足朝廷需要，往往“十里一置，五里一侯”，昼夜传送，经风历险，劳民伤财。和帝认为：“远国珍馐，本以荐奉宗庙，苟有伤害，岂爱民之本？其敕太官勿复受献！”遂下令停止供奉。爱民之意，发自肺腑。
和帝还屡次下令昭理冤狱，减免刑法。永元三年幸长安，“减驰刑徒从驾者刑五月”。永元十一年诏令各郡国中都官徒以及伤残老者，年纪幼小和女徒皆减刑一半，刑不满三月的全部赦免。他还亲自到国家司法机关洛阳寺审核案件，处理冤案。结果洛阳令被下狱抵罪，司隶校尉、河南尹被降职受罚。
在安定边疆方面，和帝时取得了巨大成功。北方，大将军窦宪率兵收降南匈奴，赶走北匈奴，勒马燕山，刻石记功。西北，重置西域都护、骑都尉、戊己校尉官；首任都护班超大破焉耆、尉犁，降附、纳贡者五十余国；东北有乌桓校尉任尚率领乌桓、鲜卑军民大破南匈奴叛党逢侯等，收归辽东，改为渤海郡。和帝一朝，还多次平定武夷、零陵蛮，烧当羌等少数民族叛乱，维护了国家统一，民族安定。
汉和帝对吏制建设的重要性颇有感触，认为选贤举能方是为政之本。因而先后四次专门下诏招纳贤良，他自己亲临策问，选补郎史。永元六年，汉和帝命令三公、二千石、内郡守相都要荐举贤良方正、直言进谏之士各一人。永元七年令有关部门选举宽博有才之士30人，皆授予不同官职。这些措施既反映了和帝吏制业已腐化，亟待解决；也表现了和帝为改善这种现状的迫切心愿和做出的积极努力。
历经明、章、和三帝之苦心经营，到和帝末期，东汉王朝达到鼎盛，国力雄厚（把北匈奴赶到了欧洲），人口剧增（已经接近西汉全盛时期的人口数量），经济发展，科技、文化进步（蔡伦改进造纸术，班固、班昭写了《汉书》）。他们所奉行的各项政策，对于东汉前期社会经济的恢复和发展以及统一多民族封建国家的巩固和发展都起了一定的积极作用，他们都是东汉时代继光武帝之后有作为的封建皇帝。只是可惜，元兴元年十二月（公元105年2月），年仅27岁的汉和帝就郁郁而终。父亲死得如此早，儿子自然都很幼小。继承他帝位的殇帝，刚刚才生下百余日，结果大权皆落在他的皇后窦氏一家人手中。以后，东汉王朝就在愈加日盛的外戚和宦官的恶斗中逐渐衰亡。如若汉和帝能再多活些时日，或许东汉的历史就不会那么快走向末路。
