东汉的建立及光武中兴新莽末期，天下纷争，群豪并起，南有王凤、王匡领导的绿林军，北有樊崇领导的赤眉军。在众人的劝说之下，刘秀和他的兄长刘也聚集族人，起兵舂陵（今湖北枣阳南），反抗新莽政权。经过长达十余年的兼并战争，刘秀最终得以一统海内。在统一全国后，刘秀采取了一系列的措施巩固政权，缓和社会矛盾，使得东汉的封建统治秩序得以巩固和发展。光武帝死后，他的继任者汉明帝、汉章帝继承光武之政，中兴之气延续不断。到汉和帝时，东汉帝国臻于鼎盛。
刘秀光复汉朝在中国漫漫历史长河之中不乏因故折裂，而后又得以延续的王朝，如司马睿的东晋，赵构的南宋。但是与他们偏安一隅，苟且偷生相比，刘秀的东汉帝国无疑是一场真正的复兴，是一场艰苦卓绝的重建，从某种意义上说甚至是另一个帝国的新建。刘秀所以能取得成功，除了他自己杰出的政治军事才干以外，还依赖于豪强地主的大力支持。
勤于稼穑的书生刘秀，字文叔，《后汉书·光武帝纪》说他是刘邦的九世孙，出自西汉景帝的庶子长沙定王刘发一脉。刘发生舂陵侯刘买，刘买生郁林太守刘外，刘外生钜鹿都尉刘回，刘回生南顿令刘钦，刘钦生光武。在刘回这一辈时，他与从兄刘仁认为舂陵地势低下，炎热潮湿，山林又多瘴气，于是上书请求减少食邑而迁往内地居住。汉元帝初元四年，刘氏一族就内迁移到南阳白水乡，仍然以舂陵为侯国名，到刘秀出生时，他们已经在这里繁衍生息了半个多世纪。
据说刘秀出生之时，赤光照壁，紫云盖顶，县里某处地里还长出了一株“嘉禾”，一根茎上居然生有九个谷穗，这年南阳的庄稼也获得大丰收。刘钦自然非常高兴，就给这个儿子起名为“秀”。刘秀是家中第三个儿子，此外还有长兄刘，二哥刘仲，大姐刘黄，二姐刘元，以及小妹刘伯姬。
刘氏作为皇室宗室，一直是南阳的世家大族，虽然刘秀的父亲只是一个小小的县令，但是他的宗叔父舂陵侯刘敞乐善好施，给予了他们家极大的资助。况且刘秀母亲的娘家樊氏一族也是南阳富豪之家，樊家三世共财，经营着农、林、牧、渔以及商业。因此刘秀家境说不上富裕，也算得上小康，与乡里其他大多数亲戚相比，仍然是有一定经济实力的。
天有不测风云，人有旦夕祸福。就在刘秀九岁那年，父亲不幸撒手人寰，把六个年幼的孩子都丢给了母亲一人抚养，艰难困苦的日子开始笼罩在这群孤儿寡母身上。若非时任萧县县令的叔叔刘良的帮助，刘秀一家的境况将会更加糟糕。好心的叔叔把刘氏兄弟接到萧县抚养，并把他们送进学校，接受启蒙教育。公元9年，王莽篡汉，对刘氏宗室实行严酷打压，刘秀的生活更加艰辛。十五岁时，刘秀结束了在萧县的读书生活，回到故乡，经营家里的田产，不避寒暑，劳作田间，体会一粥一饭、一丝一麻之不易。闲时，则看看书籍打发时日，过着悠闲的日子。
家道中衰和生活的磨炼，使刘秀养成了成熟稳健的性格；乡间的生活和亲尝稼穑，让他对民间的疾苦、百姓的辛酸有了更深刻的了解和体会。虽然也算得上一个小贵族，刘秀身上却全然没有纨绔子弟的轻浮和闲散，有的却是忧国忧民之心。
和刘秀的谨慎沉稳相比，大哥刘则完全是另外一种性格，刚毅耿直、慷慨大气，对朋友可谓两肋插刀。史书说他自王莽篡汉后，就愤恨不已，一心匡扶汉室社稷，倾身破产，交结雄俊，为将来图谋大事积聚力量。刘对弟弟平淡的耕读生活自然嗤之以鼻，不以为然，“常非笑光武事田业”，还把刘秀比作汉高祖刘邦的兄长刘喜，能耕善种，终不成大业。自己则像刘邦，不务正业，游手好闲，却成帝王。
游学长安或许是受了大哥话的刺激，刘秀暗下决心，要出去闯荡一番，见见世面；不能总是待在南阳，如同井底之蛙。天凤元年，十九岁的刘秀辞别亲人，孤身一人来到京城长安，受业于中大夫庐江许子威先生门下，专攻《尚书》。长安不仅是大汉帝国的文化荟萃之地，更是政治、经济中心。刘秀在这里不但能读到更多书籍，同许多文人学士交往，还能了解全国的时事政治。天生政治基因充足的刘秀总是第一个知晓朝廷颁布的新政令。然后再做二传手，转达同学。还和学友一起剖析曲折、探讨利弊。他见解独特，分析静僻入里，时常博得同窗拍案叫绝。刘秀有才、有学、有识的名声很快传开了。
通过这些交流和讨论，刘秀开阔了视野，增长了见识，提高了观察能力，而且锻炼了自己的政治敏锐性和社交能力，尤其是和一些同窗好友建立了弥足珍贵的友谊。才智过人的邓禹，慷慨大气的来歙，为人忠厚的朱佑，通晓图谶的强华，淡泊名利的严光，都成了刘秀的莫逆之交，他们志同道合，切磋学问，指点江山。这些人后来都成了光武政权的顶梁柱。除了饱读诗书、谈论时政以外，刘秀也研读各类兵书，增加自己的军事知识。他也爱好游侠，舞枪弄棒是常事，就连斗鸡走狗这类受人鄙视的活动也都参加。为了解决求学费用的不足，刘秀还与同寝室的韩生共同凑钱买了一头驴，租给搞运输的人托运货物，赚点租金补贴经济。总之，这段时期的学习游历不仅使他学到了知识，丰富了人生阅历，也强健了体魄，对他日后成长为一个杰出的政治家和军事家起了至关重要的作用。
一天，刘秀在长安城里逛街的时候，正巧遇到高级武官执金吾率队出巡。整齐的服饰，威严的军容，壮观的场面，尤其是骑在骏马上的执金吾威风凛凛、目空一切，让刘秀大为惊叹，情难自禁地吟咏出了意气豪迈的句子：“仕宦当做执金吾，娶妻当娶阴丽华！”这和他的先祖刘邦在咸阳看见秦始皇御驾出游，于是“喟然太息曰：‘嗟乎！大丈夫当如此也！’”有多么惊人的相似啊！当然，此时的他怎能想到后来竟能成为一代创业之主，也能娶到这个他在新野时就听说过的美貌贤惠女子为后。
刘秀当为天子好日子总是短暂的，平静的生活总容易被外界的变故所打破。王莽改制，使原有的政治经济秩序受到极大的冲击，不仅官吏地主受到损失，一般民众亦无不在摇摆的政策中度日如年。官爵制度的变革，使得大批官吏借机勾结，广收贿赂；货币制度的变革，使得农商凋敝，食货俱废；苛刻的赋税徭役使得百姓哀鸿遍野、怨声载道。天灾人祸，人祸天灾。当王莽推行暴力政策的时候，灾害也连绵不断，无辜百姓都跟着他遭受天谴。或洪水滔天，或旱灾绵年，或虫蝗蔽日，或六月飞霜，富者不能自保，贫者无以自存。于是豪杰并立，群起反抗，一个暴风雨的时代来临了。面对这样的境况，刘秀将做出怎样的选择，又将怎样进行他人生的历程呢？
不在沉默中爆发，就在沉默中灭亡。已无丝毫退路的农民终于挺直腰杆，在北边境地区发动大规模的起义，宣泄着他们的愤怒。这主要是因为王莽企图通过对北边匈奴的战争转移民众注意力，缓和国内的阶级矛盾。但事与愿违，其结果反而促使矛盾更甚，最终酿成了农民大起义。王莽为了出击匈奴，大征丁男，以实边塞；横征暴敛，以给军粮，使边地和内郡百姓苦不堪言。天凤二年（公元15年），由于大军集结于边郡，边民负担更为沉重。狗急跳墙，兔急咬人，人急，那就只有杀人了。孰不可忍的百姓放下手中的锄头，拿起武器，揭竿而起，斩杀官兵。他们结成数千人的集团，与王莽军队展开游击战。一生二，二生三，接三连四的暴动起义不断发生，长年累月的积怨如山洪暴发，吞噬着飘摇中的新莽政权。
群雄逐鹿，终有高者胜。历史的目光焦距在了荆州的藏龙卧虎之地——南阳，这里居住的大批皇室宗亲必将产生一位承应天运者。历史选择了小贵族，小秀才——刘秀，可是当时的他怎能知晓，所有的道路都得依靠他自己选择，走过。
地皇三年，南阳也遭受到了饥荒的袭击，大地上除了饿与白骨，剩下的就只有剥光了皮的枯树残枝。入夜，磷火闪烁，阴风阵阵，凄惨恐怖。百姓的日子再也不能继续下去了，与其坐以待毙，不如起来反抗，倒还有一线生机。南阳城躁动着，空气中弥漫着浓浓的火药味，所缺的就只剩一根导火线了。早就企盼着这一天来临的刘怎能放过这等大好机会，何况绿林、赤眉起义早已使他心神不宁。日夜期盼能成大业的他趁着骚乱，和他的俊朋豪杰到处打家劫舍，劫富济贫，在南阳一带扰乱着王莽政权的统治。官府发兵追捕刘等人，自然也牵连到刘秀等一干家人。南阳是无法安身了，刘秀只得逃到新野二姐夫邓晨家中避难。不料消息走漏，被官兵抓住投进监狱。多亏新野做小官的朋友樊晔的帮忙，才疏通关节，救他出狱。当刘秀在狱中饿得奄奄一息之时，是樊晔送来了一竹篮米饼，救了他的性命。此等大恩大德，刘秀自是终生不忘。天下大定后，他专门赏赐樊晔御膳以及乘舆服物，还调侃樊晔说：“一竹篮米饼换个都尉官来坐坐怎样啊！”可见他们之情深。
刘秀的二姐刘元早嫁到新野（今河南新野）的邓家。二姐夫邓晨世家为二千石官吏，曾祖父和祖父都官至刺史，父亲任豫章督尉，邓家算是地方上的大姓了。邓晨曾出任王莽宗卿师，出补巫丞，因为不满王莽的残暴统治而辞官回家，立志匡复汉室。刘秀和邓晨志同道合，针砭时弊，互谈抱负理想，共同勉励，关系非常亲密。在此期间，两位有志青年还一起合伙，往来宛县，贩卖粮食，因而结识了宛县的一些大商人，扩大了人际交往，当然也因此发了一笔小财。
一次，刘秀和邓晨来到宛县和一些朋友聚会，席上有个喜爱收集民谣谶语叫蔡少公的人，饮酒致兴，口不遮言，一语惊人，说“刘秀当为天子”。正好当时名重一时的国师刘歆也改名刘秀，于是当场就有人议论说：“嗨！是不是指当朝国师呀！”正当大家七嘴八舌讨论得津津有味之时，冷不防刘秀冒了一句：“何用知非仆邪？”意思就是为什么就不能指我呢。在座之人无不嘲笑这个不知天高地厚的年轻人。
起兵南阳地皇三年秋，一支“新市兵”途经南阳，攻打随县，这竟成了刘氏起义的导火线。南阳郡越发骚动不安，地方上的英雄豪杰莫不跃跃欲试。刘开始公开组织南阳的刘氏宗室和地方豪强作好起兵准备，他俨然成了反抗新莽政权的领导和组织者。在起兵前，刘召集当地的豪强，号召他们说：“王莽暴虐，百姓分崩。今枯旱连年，兵革并起。此亦天亡之时，复高祖之业，定万世之秋也。”（《后汉书·宗室四王三侯列传第四》）刘的这番议论，无疑确立了南阳豪强起兵反莽的最终目的，就是重建刘氏汉朝统治。
且说宛城有个叫李通的人，李家世代经商，是宛城大姓。李通的父亲对占星谶纬有一套，曾对儿子说：“刘氏当兴李氏为辅。”意思就是刘氏汉家必当复兴，李氏将成为汉室复兴的中流砥柱。年轻的李通对此条谶文铭记于心。李通的堂弟李轶也是个精明有心之人，当“新市兵”和“平林兵”在南阳活跃时，就暗暗对李通说：“现在到处动乱，刘家皇室要复兴了。南阳宗室，只有刘、刘秀兄弟深得民心，不如跟随他们，图谋霸业！”李通听了，心中暗喜，却故作平静地说：“此正合我意！”
当他们听说刘秀避吏新野，就登门拜访，刘秀却避而不见。原来李通同母异父的哥哥公孙臣行医的时候，因故被刘杀害。刘秀害怕他们是上门寻仇而来，故避之。李氏兄弟说明此来相见，并无他意后，刘秀才开门迎客。为了以防不测，他还怀揣尖刀。李家兄弟向刘秀分析了天下形势，“天下扰乱饥饿，下江兵盛，南阳豪右云扰”（《东观汉记·世祖光武皇帝》），并提到了“刘氏复兴，李氏为辅”的谶语，鼓励他担起重任，高举反莽义旗。刘秀内心暗想：李氏富有殷实，父亲又是当朝官员，现在却当着我面却说这等忤逆之言，鼓动我造反，这是为何？一向谨小慎微的刘秀哪敢答应，只是连连推却，表示无德无能，不敢担当。李家兄弟又找来南阳府掾吏张顺等一同劝说刘秀，反复陈说，什么王莽暴政，天下苍生，天命使然，统统用上。未来的光武大帝陷入了沉思。个人的经历，宗室的遭遇，游学的见闻，动荡的天下，物是与人非莫不在脑际闪过。“仕宦当做执金吾，娶妻当娶阴丽华”的万丈豪情也不断地刺激着多年来潜伏在刘秀心底的那颗志向种子，它终于要破土而出了。经过再三思索，刘秀终于做出了历史性的抉择。地皇三年十月，时年28岁的刘秀和李通、李轶兄弟起兵宛城，历史的轨迹从此发生了转变。可是，道路是如此的崎岖，以至于许多事实都不在刘秀的预料与掌控之中。
十一月，刘秀率领义军宾客返回舂陵。此时，哥哥刘已先刘秀一步聚众起事。因为起义刚刚发动，一些人对刘等人的反莽举动，恐惧害怕，不敢参加到起义队伍中来，到处逃亡隐匿，喊道：“刘伯升要害死我们！”但是，刘秀的到来，却使形势大为改观。当人们看到一向老实忠厚的刘秀都头戴大冠，身着将军服，一派威仪，慨叹曰：“以为非独伯升如此，谨厚者亦如之。”从而，许多民众都踊跃参加，义军队伍迅速壮大，很快就汇聚了七八千名舂陵子弟，号为“舂陵兵”。刘家兄弟终于迈出了第一步。
联合作战刘氏兄弟起兵南阳后，考虑到“舂陵兵”势单力薄，容易被莽军击破，于是刘、刘秀就主动与“新市兵”、“平林兵”联系，三者联合起来攻打官兵。此时的刘秀虽是领导，却还是骑牛打仗，直到杀死新野尉才弄到匹马来当坐骑，足见创业之艰难。随后他们又攻克了唐子乡，拿下了湖阳县，劫掠了不少钱粮，不料，士兵因为财物分配不均，产生怨恨。这些跟着他造反的多是亡命之徒或是贫穷饥饿之民，他们的目的无非是填饱肚子，抢点金银财物。那些没有捞着钱财的士兵于是商量着准备干掉刘氏兄弟，围攻刘氏宗族。刘秀见状，赶紧收集所有宗亲手中的财物分给这些闹事的士兵，才得以平息骚乱。在攻下棘阳后，他们遭到了一次惨痛的打击。刘秀队伍在一个叫小长安的地方遇上了王莽派来的剿匪军。由于大雾弥天，刘秀他们不知虚实，贸然开战，结果被大夫甄阜、属正梁丘赐率领的先头部队杀得大败，部队也逃得七零八落。刘秀也一个人骑着马夺路而逃，路上遇到妹妹伯姬，于是两人共乘一骑。没走多远，又遇到了二姐刘元领着三个小女儿惊慌失措地奔跑，刘秀急忙下马，让姐姐和小妹先走。汉高祖刘邦遭项羽打败时，为了自己逃命，居然狠心抛妻弃子；与他相比，刘秀多么宅心仁厚，这恐怕就是读书人和市井流氓的区别吧！且说一匹马能载多少人啊，情况紧急，哪容多想，深明大义的二姐对他们挥了挥手，说：“你们不用管我，赶紧逃吧，不然我们都将枉死于此！”眼见追兵已至，刘秀只得含泪策马，和妹妹疾驰而去。背后传来的是姐姐和甥女们惨绝人寰的叫声，为了不枉费姐姐的一片心意，刘秀只能狠狠地抽着马鞭，宣泄着心中的悲伤……刘元和三个女儿都被杀死，二哥刘仲以及同宗兄弟数十人皆遇害。刘和刘秀只得收拾残兵，退保棘阳。
外患未除，内乱又起。新市、平林军见刘他们遭受重创，而甄阜、梁丘赐的大军又尾随而至，就想分头散去，刘真是心急如焚。正在刘氏兄弟一筹莫展的时候，五千下江兵也开进了南阳，驻扎在宜秋。刘、刘秀与李通当即前往宜秋，与下江军联系，争取同下江军联合作战。下江军首领成丹、张卬推选王常，同刘等人商议。刘向王常反复陈述了两军联合的益处，表示不会独吞胜利果实。王常是颇有见识的一位将领，听得分析以后，立刻同意了联合作战的要求。还对部下说：“王莽篡位弑主，残虐无道，天下百姓莫不思汉，故而豪杰并起。现在刘氏复兴，他们才是汉家真命天子。我们只是相聚草泽之中布衣百姓，辅佐他们成就大业，才是我们分内之事。”王常不仅本人主张联合作战，而且还说服了不同意联合的成丹、张卬。
地皇三年12月，刘决心乘下江军联合作战的有利时机，给予王莽军队以沉重的打击。而甄阜、梁丘赐也想凭借他们在小长安大败起义军的声势，试图全歼义军。两军对垒势不可免；甄阜、梁丘赐把辎重留在蓝乡，率精兵十万轻装渡过黄淳水后，就在沘水附近安营扎寨，为了显示他们决一死战的雄心，还学项羽，砸了锅灶，连后退的桥都烧毁了。刘、刘秀等人为了能击败来势汹汹的敌军，也作了精心的部署。盟军烹羊宰牛，犒劳全体将士。刘、刘秀和新市、平林、下江几支军队的首领还焚香祭天，歃血为盟，同心协力，誓灭莽兵。经过三日休整，大军分为六部，趁着夜黑风高，寒风刺骨，敌人麻痹之时，突袭莽军后方粮草基地——蓝乡。这招出奇制胜，一举成功，甄阜、梁丘赐留在蓝乡的粮草辎重，尽为义军所获。
第二天早上，义军趁热打铁，发起了对沘水莽军的总攻。刘、刘秀领军从西南进攻甄阜，下江兵从东南进攻梁丘赐。甄阜和梁丘赐听说蓝乡失手，粮草被劫，早就六神无主了，正准备撤退，义军却如天兵般突降眼前，顿时吓得魂飞胆丧。一阵手忙脚乱地抵挡后，死的死，逃的逃，却又自断了后路。逃至黄淳水后，已插翅难飞，结果甄阜和梁丘赐都被斩杀了，士兵淹死被杀者两万余人。随后盟军又在育阳（在今河南南阳北）歼灭了赶来援助的严尤、陈茂部队，进兵包围了宛县。在宛县，为了方便号令组织，刘还给自己树起了名号，曰柱天大将军。王莽听到刘的名号，深感惧罹，知道这是个棘手的对头，宜早除之，乃悬赏食邑五万户，黄金十万斤，位列上公以求刘项上人头。还让长安城中的官署和天下乡亭都在屋里挂上刘的头像，每天早上用箭射杀，企图诅咒这个死对头早死。
昆阳扬名为了师出有名，顺应天下民心，地皇四年（公元23年）一月，南阳一带的义军互相通气，统一行动，决定立一个刘氏宗室为帝。几经争执，最后决定立刘秀的同族兄长，生性懦弱的刘玄为帝。地皇四年（公元23年）二月辛巳朔，淯水河畔，锣鼓震天，爆竹鸣鸣，旌旗飞舞，到处都洋溢着喜气。高高的祭坛上，刘玄身着帝王服饰，双目无神地坐在龙椅之上，接受百官的朝拜，正式登基即皇帝位。由于从未见过此等场面，竟胆怯得双颊通红，两耳发烫，满额汗水，接受一群人的朝拜。于是出现了刘玄登基那一幕可笑的场面。
由于刘玄原来的称号是“更始将军”，所以年号就为“更始”，史称“更始皇帝”。王匡被封为定国公，王凤为成国上公，刘则为大司徒，封汉信侯，刘秀仅仅被封了个太常偏将军。枪杆子底下出政权，谁让手中无兵呢，此时的刘秀只能隐忍。待到他日蛟龙入海时，天下必定风起云涌。
虽历经波折，但总算有了政权，有了名分，剩下的就是开疆扩土了。更始元年三月，更始军分头行动，刘统率一部，围攻宛城。刘秀则与其他农民军将领，向颍川郡进军。刘秀率领部分义军攻城掠地，相继占领了昆阳、定陵、郾城，缴获了大量牛马财物以及粮草10万斛。刘秀没有贪功，把这些财物都送到了宛城。王莽听到甄阜、梁丘赐被杀，更始帝立的消息后，大为恐惧。为了剿灭襁褓中的更始政权，王莽派遣司空王邑、司徒王寻征发各州郡兵士43万人，号称百万大军，与败军严尤、陈茂会合后直扑更始军。为了一举歼灭更始军，王莽可谓煞费苦心。不仅征召了全国善兵法者36家共百余人随军做参谋；还选练武卫、招募猛士。有个称“巨无霸”的猛将身长一丈，腰大十围。同时还驱赶虎、豹、犀牛、大象等猛兽以助声威。大军一路浩浩荡荡，旌旗辎重，千里不绝，此等阵势自秦汉以来还从未见过。
更始诸将见王邑、王寻来势汹汹，纷纷撤退，逃回昆阳（今河南叶县）城中。当此之时，昆阳城只有八九千守军，双方兵力悬殊巨大，不少更始将领惊慌失措，挂念妻儿，主张弃城而走。英雄总是在最危急的时刻挺身而出，以个人的天才能力，力挽狂澜。刘秀劝阻众人说：“现今我们兵少粮缺，而敌寇强大，唯有团结一心，全力抵抗，方有一丝生机。如果各自分散，则必死无疑。况且宛城尚未攻下，主力部队无法前来援救，一旦昆阳城破，不出一日，其余诸部也将全被歼灭。大丈夫当同心共胆，建功立业，岂能做守妻儿看财物的胆小鬼！”众将领听后，非常生气，说：“刘将军怎能说出这番话来，你简直太小瞧我们了！”刘秀起身，轻轻地笑了笑，他的目的已经达到了。正当此时，探子回报说敌军很快就要到达城北了，队伍绵延几百里，一眼望去，不见尽头。斗志已起的更始将领齐声对刘秀说：“一切但凭刘将军定夺！”往日饱读的兵书终于有了用武之地，刘秀准确地判断时机，分析战况，献计道：由王凤、王常率领军队在昆阳死守，自己则轻骑突围出城，征集援兵，内应外合，从而击溃官兵。这是此时唯一可行的办法了，于是诸将纷纷赞同，生死存亡的希望寄托在了年轻的刘秀身上。
且说兵临城下的莽军，在经过一番巡视以后，久经战场的严尤就向主将王邑献策说，昆阳城小，却易守难攻，非敌军主力所在，不若直接进攻更始政权所在地宛城。一旦宛城城破，主力溃败，昆阳也就不战而下了。王邑却自恃兵强马壮，要血洗昆阳，还说他当年以虎牙将军称号捉拿反党翟义，就是因为没有生擒翟义还受到了朝廷的斥责。现在手握百万之众，却不能拔一小城，怎能显示军威！于是倾尽全力兵围昆阳，营垒百余座，云车十余丈，旗帜蔽野，尘埃连天，战鼓之声百里之外都可听见。官兵挖地道、搭云梯、撞城墙；万弩齐发，矢如雨下，城中住户出门打水都要背着门板以挡飞箭。王凤等人乞求投降，王寻、王邑都不准许，自以为很快就能攻破昆阳城，“喋血而进，前歌后舞”。
刘秀凭借过人的智慧和胆识，杀出兵围十重的昆阳城，直奔郾县、定陵，想搬动全部救兵，而一些将领主张留下些人马看守财物。刘秀好言相劝道：“今若破敌，珍宝万倍，大功可成；如为所败，头颅尚无，何谈财物？”于是，刘秀亲自领兵千余人打头阵，两县义军齐头并进，杀向昆阳。六月己卯，义军在离官兵军营四五里的地方挑战。王寻、王邑遣数千士兵迎战，刘秀趁敌军阵脚未稳，一马当先，斩杀数十人。手下诸将见刘秀勇猛异常，都感到惊奇，这个刘将军平时见到小股敌人就胆怯如鼠；现在大敌当前，却勇敢无畏，真是奇怪！于是纷纷吆吼：“刘将军，你敢再打头阵，我们就在后面跟着你！”听得这番豪情壮语，刘秀浑身充满了力量，又率军发起再次冲锋，官兵被杀上千人。此时刘已经攻下宛城三日，并定都于宛，但身处前线的刘秀却并不知晓。为了鼓舞士气，打击敌人信心，刘秀又心生一计，派人持书到城中报捷，并称主力军很快就会赶来增援，还故意把书信遗失，王寻、王邑见书信后大惊，莽军士气顿挫。更始军将士闻得捷报连连，又见刘秀身先士卒、浴血奋战，于是内外夹击，呼天动地杀向莽军，士兵无不精神抖擞，以一当百。刘秀亲率三千敢死队渡昆水，从城西攻打王寻、王邑的大本营。面对突然出现的敌军，莽军阵势大乱，刘秀趁势攻杀，王寻被斩。昆阳城中的守军也乘势出击，“中外合势，震呼动天地，莽兵大溃，走者相腾践，奔殪百余里间”（《后汉书·光武帝纪》）。天佑有德之人，此时天色忽变，雷电交加，屋瓦皆飞，雨下如注。城北滍水暴涨，决堤泛滥，咆哮而下，随军带来的虎豹等猛兽吓得四处逃窜。惊恐万状的莽军被淹死者数以万计，以致滍水绝流。王邑、严尤、陈茂带着轻骑，踏着死尸，涉河北逃。义军所获官兵辎重，车甲珍宝，连续搬了一个月都搬不完，最后只得焚毁多余之物。自此，新莽政权土崩瓦解，各地观望的豪强世家，包括王莽手下官吏，望风而动，纷纷拥兵自重，割据称侯。一月之内，王莽能控制的地区就只剩长安、洛阳两座孤岛了。
英雄也流泪昆阳大战，刘秀才华大展，气吞山河，从此威名天下，“光武威震天下，王业之兴肇此矣”。四方良禽纷纷靠拢，如冯异、王霸、祭遵、臧宫等，择这棵佳木而栖。作为一名偏将，锋芒毕露，功高盖主，引来嫉恨，终将招致横祸。刘此时也大力发展自己的势力，特别是在占领宛城以后，把政府迁到宛地，放在自己的控制之下，大有取代刘玄之势。平林、新市的诸领岂能让刘家兄弟打乱他们的计划，于是怂恿刘玄寻找机会除掉刘，以免后患。
一次更始与群臣开宴庆功，刘玄叫刘解下所佩宝剑让自己观赏，御史申屠建同时也献上自己所佩戴的玉玦。还好，宴会上并没有发生什么事情。会后，舅舅樊宏对刘说：“当年鸿门宴上，范增举玦以示项羽刺杀高祖刘邦。今天申屠建也献玦，这可不是善意啊！”素来豪放的刘怎能将这等事情记挂在心，只是微微一笑了之。原来与刘氏兄弟比较友善的李轶也转而攀附更始军中的新贵朱鲔等人，拍马献媚，成为一丘之貉。机警过人的刘秀看在眼里，时常告诫刘：“此人不可复信！”刘仍不听劝。
祸端终于发生了。刘手下有员部将，也是刘氏宗亲，叫刘稷，此人冲锋陷阵，勇冠三军，却是粗人一个。一日喝酒喝高了点，就口不择言，愤怒地说：“当初带领大家起兵举事，谋取霸业的是刘兄弟，现在这个更始皇帝算个什么东西！”岂知这话让李轶听到，这个小人就跑到更始君臣那边添油加醋地说一番。一帮人以此为计，故意封刘稷为“抗威将军”。刘稷对此拒不受命，更始君臣就抓住把柄，逮捕了刘稷，准备处死。眼见心腹大将被斩，刘怎么按捺得住，据理力争，为刘稷辩护。李轶、朱鲔见鱼已上钩，就劝刘玄当机立断逮捕刘，当天就处死了两人。可怜刘生得一身英雄胆，出师未捷身先死。
正在前线作战的刘秀，听得噩耗，顿觉天旋地转，五脏俱裂。《东观汉记·光武皇帝纪》说刘秀“独居辄不御酒肉，枕席有涕泣处”。枪杆子底下出政权。日渐成熟的他，没有失去理智，深知凭自己所掌控的兵力根本无力抗衡，嚼着牙齿和着血也只能吞进自己的肚子里。左右思量之后，刘秀强忍悲愤，装着笑脸，急驰宛城，向更始君臣引罪谢过。对于昆阳大战，他丝毫不敢居功，说全是将士们的功劳。更不敢给刘戴孝，照常吃饭喝酒，有说有笑，一点也不流露出他忧伤的心情。或许出自惭愧，或许想稳住刘秀，更始帝刘玄还把刘秀封为武信侯，并任命为破虏大将军。虽然如此，暗藏志向的刘秀早已视更始群臣为不共戴天之仇，他们的关系终将破裂。而此时，力求独树一帜的他，只能隐忍，再隐忍，大谋需要大忍，一旦时机成熟，他就会扶摇直上九万里。
蛟龙入海刘既除，大权在握的刘玄遂兵分两路，讨伐王莽。一路由定国上公王匡领导，北上洛阳；一路由申屠建、李松指挥，西向武关。义军一路攻城掠地，所向披靡，很快就占领了洛阳。
当义军攻陷洛阳以后，更始帝想建都于此，遂派刘秀为司隶校尉，先期到达，负责整修被战火所坏的宫殿衙署。机不可失，刘秀趁此迅速建立了自己的官僚吏属，并且恢复了汉家旧制，以大汉朝官的身份进入洛阳。初时，百姓迎接攻入洛阳的更始军，看见将官士卒头戴官帽，却身着女子花衣，不伦不类，都暗自窃笑。当刘秀率着他的司隶校尉府属衣冠齐整，服饰鲜明，井然有序地进入洛阳城时，那些昔日的旧汉遗臣，无不感慨万千，泪流满面：“想不到今天还能再见汉官威仪！”于是更始政府遂由宛县迁至洛阳。不久，攻克长安，铲除王莽政权的申屠建、李松等人从长安送来乘舆服御，奉迎迁都。刘玄别驾长安，做起了现成皇帝。
蛟龙一旦入海，天下必当风起云涌。幸运之神再次眷顾刘秀，他终于有机会摆脱束缚，独立行事，书写自己的丰功伟业。更始帝为了笼络人心、稳定局势，想派一名亲信得力的干将去镇慰黄河以北的地区。刘玄的叔父大司徒刘赐认为宗室之中只有刘秀才能堪当大任。而一些反对者如朱鲔等认为此举大为不妥，等于放虎归山。刘秀在刘死后韬光养晦的表现迷惑了刘玄，让他解除了疑虑，再加上叔父的坚持，刘玄终让刘秀以破虏将军行大司马事之身份，从洛阳渡黄河而北，招抚群雄。更始帝的这纸任命，对刘秀而言，真是枷锁顿解，他的政治生涯从此发生了巨大的转折。
识者归心，刘秀的羽翼正在不断生长。一些对刘秀慕名已久的贤才闻得刘秀北上，不远千里，投靠刘秀。他的同窗好友，南阳人邓禹，手持竹杖，日夜兼程，累得精疲力竭终得以在邺城追上刘秀，见面第一句话就是：“但愿明公威德加于四海，禹得效期尺寸，垂功名于竹帛尔。”巨鹿宋子县人耿纯，当时还是刘玄手下的骑都尉，也到邯郸道上，毛遂自荐，愿为刘秀左右。部将冯异更是毫不掩饰自立政权的决心，建议刘秀要趁天下未定，人心未稳，赶紧在燕赵之地“分遣官属，徇行郡县，理冤结，布惠泽”，招揽人心，发展势力。独立行事的刘秀率领着他的群臣，开始了建功立业，称霸天下的冒险之路。
艰难河北路当刘秀渡过黄河到达北方之时，整个河北全是农民军的天下，有铜马、高湖、重连、铁胫、大抢、尤来等等，人数多达百万。而郡县城邑则为豪强地主武装和王莽政权残余力量所占据。为了立足于此，刘秀便打起大司马的旗号，巡行郡县，召见郡守、县令、三老乃至佐史等各级官僚，考察黜陟，如同汉时州牧行巡，以获得官吏豪强的支持。那些郡守县令、地主豪强们，知道长安已陷，王莽已诛，只好归降刘秀，以图自保。同时，刘秀还注意抚慰百姓，安定人心，废除王莽苛政，恢复汉家官名。所到之处，官吏、百姓争相执酒犒劳，欢送。自古创业多艰难，岂能一帆风顺唾手而得，坎坷的征途才刚刚开始。
在一路迎送之中，刘秀顺利抵达邯郸。这时，已故赵缪王之子刘林建议：“赤眉今在河东，但决灌之，可使百万之众化为鱼鳖。”刘秀岂是为一己之利，而决堤放水、殃及无辜之人，自然对此话无从理睬。等刘秀到了真定以后，怀恨在心的刘林就让一个叫王郎的占卜之人冒充是汉成帝之子，立他为帝，自己为相，以邯郸为都，派遣使者四处联络，控制了邯郸附近大块地盘，并悬赏十万户捕杀刘秀。
刘秀认为王郎新起，气焰正盛，应避其锋芒，于是北上蓟县（今北京西南）。故广阳王子刘接听说王郎举事，也起兵蓟中，互为呼应。蓟县城一片混乱，百姓惊恐万分，又传说邯郸使者驾临，二千石以下的官员都要出城迎接。腹背受敌，刘秀只得率军向南出逃，一路饥寒交迫，风餐露宿，连城邑都不敢进，只能在路边食宿。逃到饶阳的时候，所有人马都饿得困乏无力了。刘秀冒充是邯郸来的使者，方才住进驿站。当驿丞送上饭菜时，一帮人因饥饿难耐，哪里还顾得上什么礼仪，就你争我夺，大有风卷残云之势。哪里能有饿成这样的使者呢？驿丞当即起了疑心，就悄悄跑到外面击鼓，还大声吼道：“邯郸使者到！”一行人大惊失色，正准备逃走。突然刘秀一想，这其中可能有诈，于是慢慢地坐下，镇定自若地说：“有请邯郸将军！”驿丞见刘秀如此镇静，自己又找不出个邯郸将军，只好作罢。这里可不是久留之地，休息一阵后，刘秀又领着部属继续着他们的逃难历程。他们顶着严寒风霜，昼夜兼程，丝毫不敢怠慢，脸都皲裂了。天子真有天神庇佑？当他们逃到下博（今河北深县东南）城西，忽然遇到岔路，迷惑不知何去。这时一位身着白衣，鹤发童颜的老丈告诉他们八十里外的信都（今河北冀县）现在还属更始政权，可以投靠。于是刘秀驰赴信都。信都太守任光曾随刘秀参加昆阳大战，因功升迁信都太守。他正为信都孤城难守，费尽心神，听说刘秀到来，兴奋至极，当下率领部属开门迎接刘秀。进入信都城，刘秀终于脱离险境，原来的部众早已走散离失，所剩无几。
和任光一样坚守城池，不归附王郎的还有和成太守邳彤。他听说刘秀在信都，喜出望外，赶来相会。三人一边叙旧，一边分析形势，共商大计。听说刘秀部下多数人想回长安，邳彤便声色凌然地说：“百姓思汉甚久，故而更始称帝，天下响应，三府清宫除道而迎。邯郸王郎，假名乘势，集乌合之众，而震燕、赵。若明公奋二郡兵，扬响应之威，以攻则何城不克，以战则何军不服！若舍此而西归，非但徒失河北，而且惊动三辅，威信尽失，实乃失策。”邳彤合情合理的分析，仿若醍醐灌顶，刘秀果断地做出决定，留在河北，发展势力。
初建根据地刘秀遂以信都为根据，重新打出大司马的旗帜，征得附近郡县兵壮四千余人，相继占领了堂阳（今河北新河北）、贳县（今河北束鹿西南）。此后，又有昌成（今河北冀县西北）人刘植，率领几千人献城归附。育县（今河北冀县一带）耿纯，也率领宗族、宾客两千多人投顺。刘秀又派刘植招抚汉景帝七世孙真定王刘杨。当时刘杨拥兵十万，归附王郎，如此强大的势力，刘秀自然志在必得。除了刘秀个人的能力以及同为刘氏宗亲外，为了拉拢，也为了消除刘杨的顾虑，刘秀迎娶了刘杨的外甥女郭圣通，后来东汉的一个皇后。如此一番后，刘秀兵力大增，流散的部下也逐渐会合。于是挥师北上，相继占领了曲阳（今河北晋县西），卢奴（今河北定县），同时号召郡县，共击王郎，得到普遍响应。河北地区的豪强地主也多率部归附，成为刘秀的强大助力。连克新市、真定、元氏、防子诸地以后，刘秀的军队在柏人（今河北内丘东北）和王郎的大将李育发生了遭遇战。前部偏将朱浮、邓禹战败，粮草辎重也丢失了。刘秀收拾散兵，与李育再战，大破之，又夺回了辎重。李育于是肃清壁野，坚守城池，刘秀久攻不下，只得领兵攻打广阿。后得上谷（今河北怀来东南）太守耿况，渔阳（今北京密云西南）太守彭宠各遣其将吴汉、寇恂等领兵归顺，再加上更始部谢躬的增援，刘秀趁势大飨士卒，直扑巨鹿。
王郎守将坚守不出，巨鹿久攻不克，拖下去就将延误军机。耿纯建议：“巨鹿久战，士兵劳苦，易挫军心，不如直取邯郸，杀掉王郎，巨鹿不攻自破。”刘秀接受了这个建议，留部分军队继续围困巨鹿，自己则亲率主力进攻邯郸。一路上连战连捷，兵临邯郸城下。王郎吓得手足无措，连遣使者乞降。使者见到刘秀，仍坚持称王郎是汉成帝的后代，希望刘秀看在宗亲的分上饶恕王郎。刘秀说：“即使成帝复活，也不能再得天下了，何况是个假的。”使者为王郎求万户侯，刘秀断然拒绝：“一户都不能给，想要，就赐个全尸吧！”使者悻悻然而去。
连续二十多天攻打，五月甲辰，少傅李立打开城门，引军入城，邯郸城破。王郎趁着夜黑夺路逃窜，被猛将王霸追上，一刀劈为两半，割下首级，归报刘秀，换来个王乡侯的爵位。河北割据势力，随着王郎被杀、邯郸被占而终结。刘秀终于有了自己的根据地。
斩获王郎，刘秀威名更甚。更始帝恐其尾大不掉，乃封为萧王，令其罢兵，南归长安。自从兄长被杀后，就一直韬光养晦的刘秀，当然不会放过此等独树一帜之机会，遂以河北未平为借口，不奉诏命。自此，刘秀开始脱离更始政权，寻求独立。立志天下的刘秀继续用兵河北，逐一收服了铜马、高湖、重连等农民军。为了显示自己的气度以及对农民军的信任，消除疑虑，各部义军首领皆封列侯，还让他们各归本部，整点兵马。而后轻车从简，只带了几个随从，行巡各部，慰问嘉奖。这些首领皆被刘秀的气度和大量所折服，相互议论说：“萧王对我等推心置腹，我们当全力效劳，舍命以报！”刘秀分编诸部，清点兵马，已逾十万，被关西人称之为“铜马帝”。羽翼更加丰满的刘秀又相继击溃了一些农民义军。此后不久，刘秀手下大将吴汉、岑彭袭杀了更始政权尚书谢躬，从此与更始政权公开决裂，分道扬镳。
相煎何太急再说进入长安的更始军。初时，王莽之战，长安城中唯未央宫被焚，宫女数千备列后庭，府库宫室一无所动，市井坊里不改于旧。刘玄见状，喜形于色，直奔长乐宫，安享富贵。第二天早朝的时候，文武大臣都井然有序，班列庭中。从未见过此等场面的更始皇帝又胆怯地直打哆嗦，垂着头，手指不停地刮着座椅，不敢正视群臣，犹如害羞的小孩。正巧有几个将军晚到，刘玄竟问道：“你们抢了多少东西？收获还不错吧！”左右侍者以及臣僚无不面面相觑。身为帝王岂能说出此等话语。一番大封群臣之后，刘玄的心腹李松被封为丞相，赵萌封为右大司马，共秉朝政；自己则迎娶赵萌的女儿为夫人，还把朝政委任于赵萌。荒淫的刘玄与后宫粉黛们饮酒作乐，歌舞升平，终日沉醉不醒，大臣都不能得以相见。实在没有办法，就令宦官坐在帷帐中，顶替自己，应付臣下。大臣当然知道这不是更始帝的声音，都怨恨说：“成败未可知，遽自纵放若此！”赵萌依仗权势，作威作福，引起群臣不满。无奈刘玄对他百般信宠，有人告发赵萌恣意放纵，他不但不去惩罚赵萌，反而拔剑就刺告发之人。从此再也没有人敢说赵萌专权。赵萌对一个宦官始终看不顺眼，就决定杀之，刘玄亲自为宦官求情说好话，赵萌竟然都不同意。上行下效，更始政权这些将领们也到处为非作歹，“李轶、朱鲔擅命山东，王匡、张卬横暴三辅”。朝廷上下污秽不堪，胡乱卖官鬻爵，长安百姓歌曰：“灶下养，中郎将。烂羊胃，骑都尉。烂羊头，关内侯。”这些出身三教九流之辈，身着五颜六色的官服，招摇过市，横行霸道。政权一个个糜烂至此，使得关中人心涣散，叛乱四起。
当此之时，长安所面临的最大威胁就是河南樊崇领导的赤眉集团。在刘玄攻入洛阳的时候，樊崇还带领二十多位将领进入洛阳，诣谒刘玄，并接受了册封。但是这些封号都是徒有虚名，没有食邑，而且樊崇所提出的关于解决农民军粮草的问题，刘玄没有给以答复，从而引起赤眉将领的严重不满。离开洛阳回到颍川后，樊崇便把赤眉之众一分为二，一部由自己和逢安率领，一部由徐宣、谢禄领导，攻城拔寨，寻觅粮草。此刻的河南，年年灾害，早已赤地千里，什么东西也捞不着。衣食无着的赤眉军皆日夜哭泣，欲思东归。樊崇等认为东归老家，则群众必散，于是决定矛指长安，与更始军拼个鱼死网破。
更始二年（公元24年）十二月，赤眉军西进入关，突破更始军的层层阻拒，进至华阴（今陕西华阴东）。有个叫方阳的人，仇怨刘玄杀了其兄，就劝说樊崇：“现在更始荒淫，政令不通，才使将军愤恨，率军来此。今将军拥有百万之众，西向帝都，却没有正式的名分，只能算是盗贼，这不是长久之计啊！不如拥立一个刘氏宗室，以此发号施令，谁还敢不服！”樊崇等以为然，于是就立城阳景王刘章之后15岁的牧童刘盆子为帝，自号建世元年。当然，刘盆子依然是个傀儡，赤眉实权仍然掌握在樊崇为首的三老手中。
赤眉军继续西进，势如破竹；刘秀的军队也不时攻打更始军，牵扯了部分力量，有人建议刘玄退出长安，东归南阳，且留青山。在长安过惯了锦衣玉食，侈靡奢华日子的刘玄哪里还想过逃亡那种颠沛流离的生活，他是宁愿在享乐中死去，也不在困苦中生存，于是他断然否定了逃跑保命的建议。有弃权逃命者欲劫持更始帝东归，结果密谋被泄，更始上层集团产生争执，遂生内乱，申屠建、成丹等被杀，御史大夫隗嚣远走天水。张卬、王匡反叛更始，与赵萌、李松等更始军在长安城中相互厮杀，连战月余。张卬、王匡败走，归降赤眉。赤眉军遂与王匡联合，共击长安，城破，刘玄出逃，为其部下所擒。在赤眉军的威逼之下，更始帝刘玄赤裸着上身来到长乐宫，献玺绶于刘盆子。刘玄改封为长沙王，更始政权灭亡。同是农民起义军为了推翻暴莽所建立的政权，不想利欲熏心，竟自相残杀至此。
三十而立鹤蚌相争，渔翁得利。趁更始、赤眉之乱，刘秀派邓禹率军西进，攻城略地；又遣冯异扼守孟津（今河南孟津县东北），以拒洛阳之更始军；自己则徇守燕、赵以巩固实力。当赤眉军迫近长安时，诸将建议为了江山社稷，挽救天下苍生，当上皇帝尊号。刘秀认为时机未到，坚决推辞。大军到了鄗县（今河北高邑东），刘秀召冯异询问天下情况。聪明的冯异当然明白刘秀的心思，进谏刘秀说：“三王反叛，更始败亡，天下无主，宗庙之忧，在于大王。宜从众议，上为社稷，下为百姓。”刘秀听了，因势而说：“我昨夜梦乘赤龙，遨游九天，现在内心都还未能平静。”冯异当即叩拜，恭喜刘秀说：“这是苍天显灵，主上当为九五之尊！”恰好在长安时的老同学强华从关中赶来，进献《赤伏符》曰：“刘秀发兵捕不道，四夷云集龙斗野，四七之际火为主。”自西汉武帝以后，谶纬之说盛行天下，历代帝王莫不重视。王莽篡位，为了证明自己是众望所归，天命所从，也宣扬各种谶语符瑞。现今赤符显灵，刘秀登帝，天命难违。符瑞已现，万事俱备，群臣乃上书刘秀说：“今上无天子，海内淆乱，符瑞之应，昭然若闻，宜答天神，以塞群望。”各方条件都已成熟，刘秀于是顺水推舟，命令在鄗城南面的千秋亭五成陌设立坛场，举行即位大典。更始三年（公元25年）六月，刘秀乃即皇帝位于鄗，年号建武。经过三年多的浴血奋战，三十而立之年的刘秀一举登上了九五之尊的宝座。当初发愿“做官当做执金吾，娶妻当娶阴丽华”的南阳小贵族竟坐上了龙椅，当起了皇帝。
更始三年十月，被刘秀围困洛阳数月的朱鲔闻得长安城破，更始已亡，自己内无粮草，外无救兵，只好带着队伍投降刘秀。刘秀遂进入洛阳，以此为帝都，沿用汉朝国号，史称东汉。
且说赤眉入长安，刘玄出逃高陵之时，初登帝位的刘秀就出人意料地下诏封刘玄为淮阳王，若有人保护刘玄生命者可封侯；若有敢残害者，罪同大逆。然而这样的诏令在当时无疑是空头支票，怎能解救刘玄的厄运。投降赤眉不久，刘玄就被赤眉军的张卬部下用绳子缢死，随便葬于长安郊外的乱岗之中。听到刘玄被害的消息，刘秀还非常悲痛。在后来攻占长安之后，刘秀让邓禹在荒郊中寻得刘玄遗骸，改葬在霸陵（今陕西长安县东）。
刘秀与更始政权一步一步走向破裂，这是必然的。刘秀身后支持他的是豪强地主，他们从起义之初的根本目的就是保护自己的财产，恢复封建正统统治，光复汉朝。而更始政权则主要是由饥饿贫穷的农民所组成，他们起义的目的就是食能果腹，绫罗缠身，没有明确的政治目标。虽然后来也曾追立刘氏宗室，但那也只是满足他们夺财掠物的权宜之计。道不同不相为谋。志在天下的刘秀不仅要脱离更始，更是要消灭更始政权。身为傀儡的刘玄只是权力角逐的意外牺牲品。即使不是刘玄，也会有其他刘氏当替罪羔羊。
赤眉灭亡登上帝位后，就意味着农民起义军不再是刘秀的同盟军，而是被铲除的对象。他的军队一边镇压河北农民军余部，一边扫荡着中原各地的农民军和割据武装。此时，对刘秀政权威胁最甚者当属进入长安的赤眉军了。由于缺乏组织性、纪律性，多为贫民、盗寇出身的他们看见富丽堂皇的宫殿，数不尽的珍宝美玉，花枝招展的美艳宫女，更是凶相毕露，抢劫财物，奸淫妇女，比之更始军有过之而无不及。百姓害怕，纷纷关上大门以求自保。外面的形势更是严峻不堪。此刻刘秀已占领山东大部分地区，扼住了他们东归之路；陇西为更始叛将隗嚣盘踞，截断了西进的道路；巴蜀又为公孙述所占据，南路也被阻断。建武二年（公元26年）春正月，邓禹率军包围了长安。由于赤眉军烧杀掠夺，使得三辅地区的豪强地主和百姓纷纷结堡自守，不与赤眉军供给。珠宝抢尽，宫室烧光，粮草殆尽，山穷水尽的赤眉军，只得放弃长安，引兵西逃，沿终南山西入安定（今宁夏固原）、北地（今甘肃庆阳西北）。然而西进之路，并不是活路一条。当他们逃到阳城、番须口一带时，突遭暴风雪，坑谷皆满，饥寒交迫，士兵多有冻死，再加上陇西隗嚣军队的不断骚扰，赤眉军不得不东归长安。缺衣少食的赤眉军此时都还不忘发财，他们盗掘西汉皇陵，把珠宝器物洗劫一空。为了以泄私愤，甚至“污辱吕后尸。凡贼所发有玉匣殓者，率皆如生。故赤眉多行淫秽”（《后汉书·刘盆子传》）。这等行为令人发指。此时长安已落入邓禹手中，经过一番苦战，击败邓禹，赤眉军才重新夺回长安。此后杜陵豪强延岑与赤眉军逢安发生交战，邓禹伺机率军偷袭长安，结果又为赤眉大将谢禄所败。
