雍正十二年（1734年），噶尔丹策零叛乱被平定之后，清廷与准噶尔部休兵议合，并在准噶尔部所属的厄鲁特蒙古和喀尔喀蒙古之间划定了牧场界限，又许通商互市，进藏煎茶。一时间，中国西北边疆出现了少有的祥和局面。清廷虽下令罢征，但仍在北路的乌里雅苏台和西路的哈密、巴里坤等战略要地，留下了一定兵力以屯田戌边。20年之后，准噶尔内部又起内讧，大策零敦多卜之外孙阿睦尔撤纳趁机扩大势力，再次将西北边疆各族人民推进了战乱的深渊，沙俄侵略者意欲趁乱插手。为此，乾隆帝不遗余力坚决、果断地出兵，平定了这次叛乱，从而使自康熙朝开始的历时70年的准噶尔部在西北的叛乱被彻底铲除。
准部起内讧清兵攻伊犁乾隆十年（1745年）九月，准噶尔部首领噶尔丹策零死后，准噶尔部的封建王公贵族为争夺汗位，出现了纷争。噶尔丹策零留下三子，长子喇嘛达尔札19岁，次子策妄多尔济·纳木札尔13岁，幼子策妄达什7岁。众方欲立长子喇嘛达尔札，但元老贵族如大宰桑衮布等以长子系庶出不得立为由，要求立嫡出的次子策旺多尔济·纳木札尔，“以母贵嗣汗位”。
然而年纪最小的策旺达什却为准噶尔部权势显赫的大小策零敦多卜所拥护。各派之间明争暗斗，愈演愈烈，终于兵戎相见，致使准噶尔部一片混乱。
策旺多尔济·纳木札尔继位后，为政残暴，诬说其姐鄂兰巴雅尔“欲效俄罗斯自立为扣肯汗（即女皇）拘而系之”，并“处死了许多名宰桑”，而且他“童昏无行”，肆意荒淫，不得人心，从而引起准噶尔内部多数贵族的强烈不满，但这时准噶尔部尚与清廷保持着较为正常的隶属关系，所以准部的内讧没引起清廷的重视。
乾隆十五年（1750年），策旺多尔济·纳木札尔的姐夫萨奇伯勒克联合大宰桑衮布等有权势的人物“助其庶兄喇嘛达尔札攻而弑之”，策旺多尔济·纳木札尔被剜去双目后囚禁在阿克苏，从此喇嘛达尔札取得了准噶尔部的汗位即大台吉之位。
喇嘛达尔札继位后面临着内忧外患的严峻形势。对外要抵制沙俄的野心：贪婪而强大的北部近邻俄罗斯不断地向南蚕食扩张，侵占了准噶尔在额尔齐斯河及额敏河等地的一些土地，在那里筑堡、捕兽、挖金、取铜……。为此，噶尔丹策零在位时曾向沙俄提出的警告，但沙俄贼心不死，仍在我国西北边疆虎视眈眈。而现在准噶尔部的内乱无疑给沙俄向我国边境渗透带来了绝好的机会，对此，喇嘛达尔札感到对付沙俄是心有余而力不足，因为准部的内乱并没有停止，他无暇外顾。
一直拥戴策旺达什的策零敦多卜的达什达瓦（系小策零敦多卜之子）联合同绰罗斯家族有亲密血缘关系的辉特部台吉阿睦尔撒纳与和硕特部台吉班珠尔，共同谋划拥立策旺达什为汗。结果计划泄露，喇嘛达尔札杀死了策旺达什以及达什达瓦，从而造成了准部更大的混乱，却不料给出身于辉特部的阿睦尔撒纳以可乘之机。
阿睦尔撒纳身为辉特部的台吉，却是策旺阿拉布坦的外孙。他身份特殊，自觉有权插手准部的内政。当谋立策旺达什的计划破产之后，他转与大策零敦多卜的孙子达瓦齐相勾结，双方建立起反喇嘛达尔札的联盟。而这个达瓦齐“依照传统的习惯，达瓦齐有合法的继承汗位的理由”。乾隆十七年（1752年）十一月二十一日，达瓦齐和阿睦尔撒纳率精锐骑兵1500名，突袭准噶尔部的行政中心伊里（即伊犁），杀死喇嘛达尔札，结果达瓦齐名正言顺地继承了汗位。然而达瓦齐也是一个庸才，终日狂饮，不理政事，很快就失去了人心。达瓦齐与阿睦尔撒纳的联合本来是相互利用，当他们共同的敌人被打倒后，他们内部又产生了矛盾。阿睦尔撒纳野心膨胀，为了扩展实力，他袭杀了他岳父并抢占其牧地，从原来游牧的塔尔巴哈台地区迁帐于额尔齐斯河，直接与据守伊犁的达瓦齐势力发生了冲突。据俄国档案资料记载，他们双方发生火并是在1754年春夏之间（乾隆十九年）。这时阿睦尔撒纳已经控制了辉特和硕特、杜尔伯特三部，当他进一步企图与达瓦齐分辖准噶尔诸部时，双方进行了战争。起初阿睦尔撒纳“集聚各地约6000士兵的部队”进攻达瓦齐，而达瓦齐也调重兵迎战，双方激烈撕杀后，阿睦尔撒纳战败。无奈，他率所部2万余人，投归了清朝政府寻求庇护。
阿睦尔撒纳并不是真心真意投归清朝，而是想利用清朝中央政府的兵力，消灭其政敌达瓦齐。1754年冬，他在热河被乾隆召见，封为亲王，同来的纳默库、班库尔被封为郡王，部属2万余人被安置在喀尔喀扎布汗河一带游牧。阿睦尔撒纳力陈“伊犁可取状”，请求清廷出兵，攻打达瓦齐。随后，杜尔伯特部的三车凌——台吉车凌、车凌乌巴尔和车凌孟克一致认为，准噶尔内乱不止，无法安生，“依准噶尔，非计也，不如依天朝为永聚计”。于是率所部万余人摆脱达瓦齐的迫兵，归附清廷。车凌被封为亲王、盟长，部属安置在扎克特达里克游牧……以后，前来归附清廷的部族接连不断，准噶尔部达瓦齐的暴行已招致民怨沸腾，众叛亲离……事实更坚定了清廷出兵的决心。
清兵攻伊犁从十七世纪以来，准噶尔崛起西北，割据称雄，长期与清政府对抗，并且三番五次在周边付伐侵略，前后进犯过喀尔喀、青海及西藏等，干戈扰攘数10年……成为清政府统一、安定的主要障碍。在乾隆帝看来，平定准噶尔割据势力是头等大事，是祖、父（即康熙和雍正两朝）“筹办未竟之事”，“准噶尔一日不定，其部曲一日不安”。还在清军入关前，努尔哈赤和皇太极就曾以极大努力，不仅争取漠南蒙古，而且争取厄鲁特蒙古和西藏达赖喇嘛。乾隆继位后，基本上继承了他父辈的方针，不同的是他更强调文治武功两方面同时并举。他认为，“驾驭外藩之外，示之以谦则愈骄。怵怵以威则自畏”，要“宽猛并济，恩威并用”。正是在这个方针指导下，清王朝一方面用军队控制边疆，派大臣驻守各地，修建大量城堡、台站和卡伦；另一方面，又对少数民族上层人物施以恩德，通过联姻……封爵、给俸、年班、围班等形式进行拢络。在乾隆朝初年，准噶尔部在策旺和策零的统治下，政局通明，兵力强盛，这时清廷如果冒然出兵，长途跋涉，粮运不继，则势难取胜，雍正九年的和通泊之败即是前车之鉴。所以乾隆与准噶尔划定了牧区界线，求得暂时和平，彼此相安无事。到了策零死后，准噶尔内部纷争，局势大乱。达瓦齐夺得汗位，为掠夺财富和牧场，多次兴兵攻打各部，烧杀抢劫，以致众叛亲离。在准噶尔人民和上层统治者中间，归附清朝，拥护统一的倾向迅速地增强，他们盼望摆脱达瓦齐的专横统治，结束长期的混乱局面。这样，就为清廷进行最后的平准战争，统一西北边疆创造了前提。
厄鲁特蒙古族象杜尔伯特部三车凌这样大规模内迁归清还是有史以来第一次，这反映了蒙古族人民对准噶尔部混乱和战祸极为不满以及他们要求统一安定的强烈愿望。乾隆通过三车凌进一步了解了准部的情况，决定出兵平准，剪灭割据势力。乾隆觉得事不宜迟，应该趁达瓦齐失去人心且又与哈萨克相争之机，分兵两路直逼伊犁，击败达瓦齐，然后再将蒙左各部分驻游牧。然而，满洲大臣策楞、舒赫德等都不主张出兵，惟有大学士傅恒支持出兵。乾隆决心已定，指出“天朝之于外藩，恭顺则爱育之，鸱张则剿灭之”。阿睦尔撒纳和玛木特趁机建议：“塞外秋弥时，我马肥彼马亦肥，不如春月乘其未备，且不能远遁，可一战擒之”……乾隆认为言之有理，遂将出兵时间提前到明春。
1755年（乾隆二十年）春，清政府命阿睦尔撒纳为定边左副将军，萨喇尔为定边右副将军……分率北路和西路的厄鲁特哨探兵先行，提前三日出发。清廷以班第为定北将军，由乌里雅苏台出北路；以永常为定西将军，由巴里坤出西路，总计北西两路大军各有兵2.5万，马7万匹以及可供两月的粮秣，约定花博罗塔拉（今新疆博乐）会师后，直捣伊犁。与此同时乾隆颁布诏书，申讨达瓦齐的罪过，声明出师理由，号召达瓦齐不要与清军作对，如若痛改前非则将得到宽大处理一体封爵，不令失所。
在清军两路进攻之下，准噶军纷纷归降，“自大兵前进，准噶尔部落人众，各带领鄂拓克，陆续前来投诚者甚多”。清廷出兵深得人心，一路上大军所至，到处都受到准噶尔人民的热烈拥护和欢迎，“各部大者数千户，小者数百户，无不携酒牵羊以降，兵行数千里，无一人敢抗者”。阿睦尔撒纳和萨喇尔各率数千精骑为先锋，打着本部旧旗，进展尤为迅速。达瓦齐匆忙应战，率兵数万人前往抵抗。5月初，清两路大军在博罗塔拉会师后，立即向伊犁挺进，达瓦齐军土崩瓦解，失去了抵抗力，清军几乎兵不血刃地进抵伊犁，而清军前锋部队都是归附的厄鲁特蒙古军。达瓦齐率亲兵万人退至伊犁西南的格登山（今新疆昭苏县苏木拜河东岸），靠山临水，负隅顽抗。清军占据伊犁后，兵分两路渡过伊犁河，进军格登山。清军摸清敌兵布阵之后，连夜突袭敌军大营，并鸣枪呐喊以壮声势。敌军从梦中惊醒，不知虚实，惊愦奔散，自相践踏，乱作一团。达瓦齐仅带2000精兵逃往南疆。次日黎明，阿睦尔撒纳收缴敌军数千人，青海叛乱头目罗卜藏丹津也被抓获。
清军一面追击达瓦齐，一面通知南疆回城各部协助。南疆的维吾尔族纷纷响应清军，摆脱准噶尔统治，达瓦齐的小部队成了众矢之的。六月初八日，乌什城的阿奇木伯克霍吉斯得知达瓦齐将经乌什喀什噶尔，便设宴款待，趁达瓦齐等酒足饭饱之际，一举将他擒获，押往清军大营。不久达瓦齐被解押送往京师。乾隆帝为笼络准噶尔部，安抚人心，赦免达瓦齐并封其为亲王，领率旧属四五十户住在北京。
清军首次袭击伊犁，平定了达瓦齐的割据势力。这次胜利贵在抓住战机，进兵神速，而所需军费仅及康熙、雍正时西征的十分之一二。
清兵再攻伊犁阿睦尔撒纳早有图谋割据的野心。清军铲除达瓦齐割据势力，除去了阿睦尔撒纳的竞争对手，阿睦尔撒纳得意忘形了。乾隆一时没有看清阿睦尔撒纳的野心，以他在平叛军达瓦齐战役中的卓着战功而特地晋封他为双亲王，食亲王双俸。被准噶尔拘为人质的4部首领也被放回天山南路。“于是天山南北二路皆不血刃而定”，西域似乎可以太平无事了。然而一波未平，一波又起。阿睦尔撒纳又发动了叛乱，再次将西北各族人民推进战争的深渊。
尽管清廷对阿睦尔撤纳宠爱有加，但他欲壑难填，达瓦齐割据势力一旦被平定，阿睦尔撒纳隐藏着的攫夺厄鲁特部统治权的野心必然要显示出来，因为在西北他已经消除了敌手。
清廷鉴于以经厄鲁特务部之间错综复杂的关系，打算在定定伊犁之后，为彻底削弱准噶尔部的割据势力，采取“众建以分其力”的方针，把厄鲁特4部“封为四汗，俾各管其属”。因为乾隆帝心中明白，厄鲁特各部之间，分则力弱，互不统属，相安无事；合则力强，抗拒朝廷，叛乱迭起。乾隆帝主张恢复厄鲁特各部自立旧制，以阿睦尔撒纳为辉特汗，策凌为杜尔伯特汗，班珠尔为和硕特汗，噶尔藏多尔济为绰罗斯汗，并以喀尔喀蒙古为例设立旗盟制度……以加强厄鲁特务部与朝廷的关系。这种设想是有利于国家统一和民族和睦的，可是却与阿睦尔撒纳“必欲为4部总台吉，专制西域”的狂妄野心恰恰相反。阿睦尔撒纳利令智昏，想要继承达瓦齐的衣钵。当清军大部撤离伊犁之后，阿睦尔撒纳便胆大妄为起来。
一心想成为“四部总台吉”的阿睦尔撒纳，施用一系列阴谋伎俩，想让清廷承认他为厄鲁特4部总汗，清军主力一撤离，阿睦尔撒纳便在伊犁以总汗自居，擅自诛杀掳掠，擅自调兵遣将，“自用浑台吉菊形篆印”，而不穿清朝官服，不用清朝官印，行文各部，“以总汗自处”，四处招兵买马，竭力扩展割据势力，积极准备叛乱。
阿睦尔撒纳的嚣张引起了清廷的警觉，乾隆帝早在下令出兵征讨达瓦齐时，就曾密谕班第等人，要对阿睦尔撒纳“务须留心防范，慎勿任其所行”，又“示以分封四汗之意，以消其妄念”，令科尔沁亲王色布腾巴尔珠尔与之同行，暗中进行监视，色布腾巴尔珠尔等人胆小怯懦，缩手缩脚，并不能奈何阿睦尔撒纳。而班第则以兵少为由不敢向阿睦尔撒纳讨伐，乾隆被迫采取了新的对策。
1755年（乾隆二十年）9月，清廷命阿睦尔撒纳到热河避署山庄入觐，实则是调虎离山之计，防患于未然。同时乾隆密令乌里雅苏台军营加紧备战，派纳木札勒和阿兰泰急速率兵擒拿阿睦尔撒纳、班珠尔等人的家属，促其部属向内地游牧以便于控制。狡诈的阿睦尔撒纳对清廷的用意已经察觉，在赴热河入觐的路上，一再拖延。阿睦尔撒纳从8月10日起程，沿途与明党密谋并不断打探清廷的动向。8月19日，行至乌隆古河，此地离其旧牧区札布堪不远……阿睦尔撤纳“回避众人，密商竟夜”，发觉自己的阴谋已经败露，处境危险，于是“诡言暂治归装”，将副将军印交给同行负责监视他的喀尔喀亲王额琳沁多尔济，然后绕道逃回塔尔巴哈台，公开扯起了反清叛乱的旗帜。
额琳沁多尔济继续前行，次日发觉阿睦尔撒纳潜逃后才发觉事情不妙，深感自己责任重大。于是一边派人报告班第，一边率300清兵追捕，但阿睦尔撒纳早已带着自己的320名亲兵逃之夭夭了。
阿睦尔撒纳叛逃之后，煽动同伙袭击清军，抢劫台站。当时驻在北疆的清军大部分已经撤走，仅有班第、鄂容安所率500清兵驻守在伊犁，处理善后，形势危急。8月24日，这500名清兵遭到阿睦尔撒纳的围攻，班第被迫率百余名清兵从伊犁向崆吉斯撤退。29日，被困在乌兰库图勒，一路转战拚杀，这时清兵仅剩下60余人。因寡不敌众，班第、鄂容安兵败自杀……萨喇尔率兵百人自珠勒都斯撤退，结果全军覆灭，被俘押经伊犁拘禁。西路清军由永常统领尚有精兵5000余驻扎在乌鲁木齐附近，还有反对阿睦尔撒纳叛乱的准噶尔宰桑扎木参等带领的4000余士兵，人数众多。但永常闻变却不敢赴援，“疑其诈，挟宰桑为质，兼程欲走”……9月8日反而退到了巴里坤，甚至想继续后退到哈密。永常自顾自撤退，却置北路清军于不顾，以致“北路无声援，贼益猖獗”，从而使天山南北叛乱四起。
阿睦尔撒纳叛乱初起时，他仅有2000余兵力，围剿了清廷的数百名北路军之后，屯驻在博罗塔拉河，其余各部尚不敢相从。由于清廷西路军的疑惧退却，使叛军气焰嚣张。不久，喀尔喀和托辉特部封建王青滚杂卜也揭起了反清叛乱，并与阿睦尔撒纳相勾结。青滚杂卜曾随班第平定伊犁有功而被清廷授以喀尔喀副将军，封为郡王。由于喀尔喀大活佛的兄弟额琳沁多尔济因放走阿睦尔撒纳的罪名而被清廷“赐死”，引起了一些喀尔喀贵族的疑惧与不安……因而他们相继叛乱并互相勾结。青滚杂卜“自军营和行逃归，遂将伊（按：指青滚杂卜）卡伦、台站兵丁尽行撤回”，使清政府北路台站，从10台到26台，全部瘫痪，联络中断。
乾隆立即下令将永常革职治罪，命策楞为定西将军，达尔达阿为定边左副将军，扎拉丰阿为定边右副将军，哈达哈、玉保为参赞大臣，从巴里坤进军。在热河新封的绰罗斯汗噶尔藏和硕特汗沙克都、辉特汗巴雅尔、杜尔伯特汗车凌，也率所部兵随征。同时乾隆又命成衮札布等就近出兵，迅速镇压青滚杂卜的叛乱，消弱阿睦尔撒纳的力量。
乾隆二十一年（1756年）正月，哈达哈率北路军，策楞率西路军，分别向伊犁进军。行军途中，西路又兵分两路前进。西路先锋玉保率军行至特勒河（今新疆特克斯河）时，得到消息说阿睦尔撒纳已在雅木图岭被台吉诺尔布等擒获，玉保未加证实就信以为真，停兵不前并派人给策楞报捷。策楞立即向京师报喜。乾隆帝龙心大悦，立刻封诺尔布为亲王。直至内大臣鄂尔哲前往伊犁打听消息，才知阿睦尔撒纳被俘纯属误传。这时，阿睦尔撒纳军已离玉保的西路先锋队仅一日之程，于是玉保又请示策楞，策楞以军中缺马为由，与玉保相互扯皮，从而贻误了战机。阿睦尔撒纳见清军中了缓兵之计，便顺利地经过和尔郭斯并翻越库陇癸岭，逃入了哈萨克牧区。
同年五、六月间，乾隆因策楞、玉保谎报军情并且贻误战机、坐守伊犁而无所作为，下令将他们俩撤职治罪，押回京法办。同时，乾隆又令达尔觉阿为定西将军出西路，哈达哈为定边左副将军出北路，兆惠为定边右副将军驻伊犁为后援。清军分路追击，达尔觉阿出西路数千清军在雅尔拉遭到大力支持阿睦尔撒纳叛乱的哈萨克汗阿布赉手下的2000名哈萨克军，经过激战，清军冲破了敌兵的拦截，斩敌近600名。清军乘胜进军到达喇努，与阿睦尔撒纳的队伍相遇，清军一鼓作气再斩敌300多名。混战中，阿睦尔撒纳不敢恋战，生怕暴露身份和行踪，连忙让队伍换上蓝旗，他自己趁乱穿上别人的服装逃进了呢雅斯图山，该山距清军大营仅二三里远。阿睦尔撒纳此次损失惨重，部将宰桑扎南木被俘后，向清军招供了阿睦尔撒纳军队的虚实。这时，众将士要求追击阿睦尔撒纳，关键时刻达尔党阿却又听信了谣言，坐等士兵们将已经俘获的阿睦尔撒纳送至营中，因而清军停止了追击，再一次中了阿睦尔撒纳的缓兵之计，阿睦尔撒纳再一次从清军眼皮底下从容逃脱。
清军的第二路由哈达哈统领的北路军，中途也同样遭遇到了哈萨克汗阿布赉的数千人军队的拦截，双方激战于巴颜山下，清军俘获了哈萨克族的头人之一昭华什，其余的哈萨克兵败逃。
西路清军会师后，不乘胜穷追，反而异想天开，派刚俘掳的哈萨克族的2名头人楚鲁克和昭华什前往说服近在咫尺的阿睦尔撒纳和哈萨克汗阿布赉。2名头人于是按照阿睦尔撒纳编好的谎言哄骗清军，即请求清军停止进军，哈萨克人愿意擒献阿睦尔撒纳，只等阿布赉见机行事，不可操之过急。就这样，两路大军按兵不动，再一次上当受骗。
清军将领指挥无方，一再受骗上当却执迷不悟，他们好大喜功却无能，有眼无珠愚蠢之至。这样，原来在伊犁战役中纷纷臣服清朝的厄鲁特各部首领更看不起这些清兵的将领了，认为他们是无能之辈，胆小怕事，不足以依赖，于是各族先后叛清。边疆的局势日益紧张，战乱四起，民不潦生。
驻守伊犁的清廷定边右副将军兆惠见局势不妙，急派宁夏将军和起率军讨伐巴雅尔叛乱……不料中途发生厄鲁特兵变，和起将军被杀。兆惠则亲率军队前往济尔哈朗镇压此起彼伏的叛乱，在鄂垒札拉图陷入叛军的包围之中，险象环生，兆惠沉着镇定，在夜间突袭敌军，成功地摆脱了敌人的包围，大败达什策零的叛军。之后，兆惠又带领大军战于库图齐、达勒奇等地，迅速平定这些地区的大小叛乱。二十二年（1757年）正月初五，兆惠军抵达乌鲁木齐，未等大军有片刻喘息，各路叛军已杀至乌鲁木齐城下。噶勒藏多尔济、扎那噶尔布、尼玛、哈萨克锡喇等叛军头目联合包围了乌鲁木齐。危急之中，兆惠率精兵冲出了包围，向巴里坤方向转移，各路叛军则在沿途围追堵截。兆惠军且战且退，伤亡惨重，退至特讷格（今新疆阜康）时，因“军士饥疲，不复能战，乃结营自固”。三十日，侍卫图伦楚率领约800名清兵自巴里坤前来迎接，与兆惠军相会，兆惠军才转危为安，叛军不敢恋战，解围而去。兆惠军重振士气，奋力追击，在穆垒河源追杀巴雅尔的叛军。巴雅尔本人却已逃之夭夭。兆惠军四处转战，历尽艰难困苦，力克叛军，多少换回了清军屡战屡败的名声。为此，清廷特封兆惠为一等武毅伯，授户部尚书，汉军都统，领侍卫内大臣。兆惠受之无愧，乾隆帝因兆惠所部仅千余人，且装备较差但却能孤军奋战，屡挫敌军而厚赏了兆惠，可谓赏罚分明、得当。
阿睦尔撒纳流亡哈萨克自觉不是长久之计，当他得知清军将领无能各部相继叛乱之后，得意忘形。他“闻四部构乱，亦自哈萨克归，会诸贼于博罗塔拉河，欲自立为汗，准部复大扰乱”。沙俄闻讯蠢蠢欲动，欲乘乱插手，阿睦尔撒纳也正需寻找后台，双方一拍即合，暗中勾暗。乾隆二十二年（1757年）上半年，阿睦尔撒纳派出以宰桑达瓦为首的使团去彼得堡，向沙皇奴颜卑屈：
“阿睦尔撒纳愿意服从俄国女皇的旨意……请求俄国政府在额尔齐斯河和斋桑湖之间地区修建要塞，以防满洲人。他还请求俄国当局协助，使卫拉特人承认他为汗，并服从他的旨意”。阿睦尔撒纳为达目的不惜卖国求荣，其阴毒之心可见一斑。而俄国正忙于与普鲁士争夺欧洲霸权，因此被卷入欧洲事务难以抽兵相助阿睦尔撒纳。但俄国决不会放弃这个有利时机，他们诱使阿睦尔撒率部加入俄国籍，迁居伏尔加河，或者在反清失败后到俄国避难。俄国人对中国内政可谓过分热心了，其目的则是不言而喻的。
针对当时喀尔喀蒙古与准噶尔地区愈演愈烈的叛乱形势，清政府采取了相应的平叛措施……当时，厄鲁特务部之间战乱不已，“自相吞噬”，加之“瘟疫盛行，死亡相望”，各族人民苦不堪言，流离失所。乾隆将清军7000人兵分两路：以成衮札布为定边将军，舒赫德为参赞，率北路军从珠勒都斯出发，以兆惠为伊犁将军，富德为参赞，率西路军从额琳哈毕尔噶出发。这是乾隆二十二（1757年）。清军长驱直入，分进合击，很快攻占了伊犁。清军以迅雷不及掩耳之势再克伊犁，震动了叛乱各部。清军锐不可挡，阿睦尔撤纳在清军围剿下仓皇失措，再次逃往哈萨克。
当时天山南路回部的形势也不稳，清军欲平定回部以防患于未然，然而再追击阿睦尔撒纳，为此受到乾隆的指责，乾隆“责兆惠与成衮扎布急回部，缓阿睦尔撒纳，失轻重”，于是兆惠，富德继续追击阿睦尔撒纳，进入了左哈萨克境内。五月底，清军在爱登苏一战击溃了强悍的哈萨克骑兵，昭萨克汁阿布赉被迫遣使到清军大营请降，以保全其百姓不受侵犯。
不久，阿睦尔撒纳走投无路，率亲信20余人投奔阿布赉。阿布赉为向清军表白自己与阿睦尔撒纳决裂的决心，暗地设伏准备将其擒献给清廷。狡猾的阿睦尔撒纳有所察觉，于深夜狼狈逃往俄国，随身仅带了8人，犹如丧家犬一般，兆惠的军队对逃入俄境的阿睦尔撒纳无可奈何。
清朝政府对阿睦尔撒纳的漏网脱逃，深感忧虑，是清廷的心腹之患。乾隆认为阿睦尔撒纳虽然败逃，可他“不能久甘穷困，势必滋生事端，为患边境”，而俄国收留他，是准备“抚而用之”，“逆贼一日不获，西路之事一日不能告竣”，决心要把阿睦撒纳逮捕回来。因而下令理藩院向俄国政府发出照会，强烈要求俄国执行中俄两国以前已经议定的彼此不匿逃犯之条约。之前，当阿睦尔撒纳初入俄境后，清军曾两次派人与俄国地方官员交涉，但俄方借口推诿，拒绝交出阿睦尔撒纳。经清朝理藩院一再交涉，要求引渡阿睦尔撒纳。直到二十三年（1758年）正月，俄方才正式通知清政府，说阿睦尔撒纳已经染天花病死，让中方派人到边境验尸。自阿睦尔撒纳叛逃之后，俄国西伯利亚总督“担心此事会泄露出去，就决定把阿睦尔撒纳安置在离托波尔斯克20俄里已经废弃的库杜斯克酒厂的一所房子里”。阿睦尔撒纳失去人身自由而染病客死他乡，这就是一个叛徒和卖国者的下场。俄国政府本打算借阿睦尔撒纳之手插手中国边境事务的梦想成为泡影。
准噶尔贵族掀起的叛乱虽至此结束，但它给本部人民造成了无比深重的灾难。除少数部民受到清廷保护之外，“计数10万户中，先痘死者十之四，继窜入俄罗斯、哈萨克十之二，卒歼于大兵者十之三”。
乾隆时期，在肃清了准噶尔部在青海和西藏的势力之后，于1755年和1757年两次派兵进攻伊犁，彻底平定了准噶尔部的长期叛乱。这样，清政府经过70年间连续对准噶尔部的用兵，最后取得了胜利。至此，在清帝国的康乾盛世之下，西北边疆的蒙古各部开始了祥和安定的生活。
历时70年平定准噶尔贵族的叛乱，清军之所以取得胜利，除了政治上的原因之外，还有军事上的原因。首先，清廷出兵前，认真做好战争准备。准噶尔及其它蒙古各部地处荒漠，蒙古兵强悍骁勇，能骑善射。而大漠南北的环境对劳师远征的清军来说，却是严峻的考验。
这里地广人稀，荒凉而且气候多变，供给困难。为了适应在这样特殊地理条件下的作战需要……清军海战都有针对性地备足所需要的物质、粮秣、马匹等，保证战争的顺利进行，当然这也是有清廷强大的物力财力作战争后盾，才能保证供给。所以清兵虽劳师远征，但粮草兵马源源不断调经前线，这些是平定边疆叛乱的物质基础。其次，清不打无准备之战，能依据客观情况，制订出切合实际的作战方针，当然也与一些著名将领知己知彼，富有军事经验有关……康熙时，根据准噶尔地处荒漠、辽阔遥远，清政府实力不足等情况，制定了“诱敌邀击”的方针。诱敌至漠南，断其后路，合击歼灭。康熙、雍正两朝采取的都是这一方针。乌兰布通之战是在叛军进至距京约700里之地的蒙古地区进行的。昭莫多之战，本来也准备将叛军诱至漠南，由于噶尔丹久踞漠北巴颜乌兰地区，康熙帝才根据形势的变化分路出击，取得了胜利。乾隆朝时，相对而言，清朝中央政府的实力增强，而准噶尔部叛乱力量却实力下降，因此乾隆帝采取了分兵两路、长驱直入、直捣伊犁的方针，从而取得了平叛战争的决定性胜利。最后，清军在战争中善于发挥精锐部队的优势和先进武器的威力，在心理上和事实上给叛军以重创。乌兰布通之战，清军集中了大批火炮击破噶尔丹的“驼城”之后，才成为取胜的关键。昭莫多之战中，火炮也发挥了重大的作用。乾隆朝两次下令清军长驱直入攻克伊犁，主要靠的是精锐轻骑分兵进剿，叛军不知所措，以为是天兵天将来临。
当然，清军在几十年的平定准噶尔叛乱的战争中，军事指挥上也有失误之处。主要表现在前线一些将领偏听偏信，多次中了敌人的缓兵之计。另外各路清军经常不能密切配合，有的甚至闭关自保，误了不少战机，致使战争拖延了70年。当然大漠南北艰苦恶劣的地理环境以及叛乱各部军队的凶悍，神出鬼没，也增加了清军平定叛乱的困难。
应该指出，清政府坚持几十年的平准战争对于恢复国家统一，挫败沙俄的侵略阴谋，维护西北边疆的和平有着极为重大的意义，促进和加强了西藏、青海及大漠南北地区与清朝中央政府的密切联系。但不可否认，清政府实现平叛维护统一的军事手段是十分残酷的。由于准噶尔部几代首领长期割据叛乱，各族对清朝政府充满了敌视和不信任，同样，清朝统治者对叛乱各族也十分仇视和痛恨。因此，清军多次出兵平定叛乱时，驱兵直入，烧杀抢劫，波及无辜，“凡山陬水涯，可渔弥资生之地，悉搜剔无遗”，“草薙禽狝无噍类”。有些部落已经归降但因受清军怀疑，也悉数遭到屠杀。多年的战乱使天山北部一片荒凉。
清朝为加强对西北边疆的控制，在伊犁设立了驻防将军、参赞大臣，领队大臣等。被准尔部逼迫西迁的土尔扈特部也于1771年从俄罗斯内迁回西北边疆，使北疆的形势进一步稳定……
