清朝政府在平定了天山北路以准噶部为主的割据势力的叛乱之后，将天山北路归入清室版图，设宫筑城，安置百姓，发展生产。但时隔不久天山南路又爆发了大小和卓木的叛乱，清廷出兵迅速平叛，从而加强了新疆地区与清朝中央政府的联系。
库车之战天山南路的回部与准噶尔部只隔一山，回部政权落入回教上层人物和卓木之手。
和卓木意为穆罕默德之后裔，玛赫杜米·阿扎木，早年自中亚来南疆传布伊斯兰教，以和卓木自居，深受察合台汗后王拉什德汗崇信，其后代则世称和卓木，并形成白山与黑山两派，进行争权夺利的斗争。察哈台后王伊斯耳汗支指黑山派，驱逐白山派领袖阿帕克和卓木出南疆。阿帕克和卓木向北疆准噶尔部求援，准部首领噶尔丹在康熙十七年（1678年）派兵进踞南疆，将察哈台汗的后裔诸汗拘禁于伊犁（即迁往北疆），而令阿帕克和卓木作为傀儡统治南疆。阿帕克和卓木死后，黑山和白山两派斗争又起，漠北的准噶尔部再次出兵天山南路，尽俘两派和卓木的后人并迁往伊犁。噶尔丹败亡后，阿帕克和卓“自拔来归”，清政府送他返归叶尔羌。至策旺阿拉布坦父子统治准噶尔部时，重又控制了新疆，时值阿帕克和卓的儿子玛罕木特为和卓，成为回疆维吾尔族人民“众所尊服”。准噶尔控制了玛罕木特，并令其“总理回地各城”。作为白山派的领袖，玛罕木特企图摆脱准噶尔贵族的统治，结果被噶尔丹策零掠至伊犁禁锢起来。玛罕木特的两个儿子，长子波罗尼都和次子霍集占就是所谓大小和卓木。清军平定准噶尔达瓦齐割据势力，进驻伊犁时，玛罕木特已死，他的两个儿子大小和卓木得到释放。这是乾隆二十年（即1755年）。清政府深知大小和卓木乃“回部头目”，于是派兵护送大和卓木波罗尼都返回故里叶尔羌，“使统回部”，而留小和卓木霍集占在伊犁掌管伊斯兰教事务。
清朝政府本想利用霍集占兄弟在宗教上的影响，去“招服叶尔羌、喀什噶尔人民”，从而和平地统一南疆。波罗尼都本人对清政府感恩戴德，曾说过这样的话：“我家三世为准夷所拘，蒙天朝释归，得统所部，此恩何可忘也”？而霍集占却是一个野心勃勃的人，他曾参与了阿睦尔撒纳在伊犁发动的叛乱，并且“率众助逆”。及至阿睦尔撒纳的叛乱被平定，霍集占怕受牵连而逃回了南疆叶尔羌。霍集占一心想摆脱清朝的控制而自立，偏其胞兄波罗尼都胆小怕事，愿意归附清朝。于是霍集占反复蛊惑人心地煽动波罗尼都，说他们的远祖摩诃末曾声灵赫濯，天下闻名，传到他们辈子孙时，却受制于人，“若听大皇帝（按：指清朝乾隆帝）谕旨，你我二人中必有一人唤至北京以为质，当于禁锢何异？莫若与中国抗拒，地方险远，内地兵不能即来，来亦率皆疲惫，粮运难继，料无奈我何。且准噶尔已灭，近地并无强邻，收罗各城，可以自立”。霍集占被权力的欲望弄得头脑发昏，低估了清朝中央政府平定叛乱维护边疆统一的力量和决心。清朝毫不犹豫地残酷镇压准噶尔部屡次叛乱的事在波罗尼都的心里历历在目，可以说是触目惊心，所以波罗尼都“欲安集回地各城人民，听候大皇帝谕者，而霍集占不从”。霍集占反复劝诱其兄叛清自立，在《圣武记》中也有类似记载，霍集占对其兄说，“我祖宗以此受制于人，今喜强邻已灭，无逼处者，不以此时自立国，长为人奴仆，非计。中国新得准部，反侧未定，兵不能来；即来，我守险拒之，馈饷不断，可不战挫也”。波罗尼都终于与霍集占一起发动了叛乱。
1757年（乾隆二十二年），大和卓木自立为巴图尔汗，霍集占传令回部各城准备粮草器械……诱杀清使。不久，清政府派往南疆的使臣阿敏道等被杀，南疆的叛乱迅速蔓延起来。
二十三年，清廷因兆惠忙于剿抚北部准噶尔部，尚未峻事，乃令都统雅尔哈善为靖逆将军，率满汉官兵万余人，由吐鲁番进攻库车。库车城是南疆门户，而且城主鄂对已经只身投清，其家人惨遭杀戳，所以清兵决定首先攻下库车城。
首攻库车，这在战略方针上是正确的。作为通往“回部”的门户，库车一经攻克，“则诸城必溃”，因此库车是清军必攻的战略要地。但库车“其城依山岗，用柳条沙土密筑而成”，修筑坚固，易守难攻。霍集占派其心腹阿布都克勒木率精骑1000守该城。5月7日，清军抵达库车城下，随即开始包围，发起攻城之战。然而城内叛军据城固守，人数虽少但清军却屡攻不下。清军起初依仗人多势众，连日猛攻，同时修造云梯，企图一举攻克。但叛军居高临下，放枪投石，给清军造成了很大的伤亡。为此雅尔哈善不得不改变了战术，即暂停攻城，避免伤亡，紧围城市，守株待免。不久，雅尔哈善又采用骚扰城内守军的疲劳战，一边攻城，一边在城郊关隘设下伏兵，设计诱出城内守兵出城作战，然后出伏兵断退路，围而歼之，即可占领库车。雅尔哈善令手下的300名哈密士兵装扮成霍集占带领来的援兵，在城郊与清军“交战”，以迷惑城内的敌兵，诱其出城相助。但城内守军坚守城池，在城上摇旗纳喊却并不出城，没有上清军的当。清军无奈，只得继续攻城，同时断其水道。霍集占心知库车被围数日，立即带兵数千人从阿克苏发，向东穿越沙漠走近道前来增援，企图出其不意击退清军。然而清军人数众多，早已在沿途对霍集占的援军围攻堵截，霍集占损失惨重，伤亡大半，在库车城下又遭到围城清军的攻击，慌忙夺路入城，退保库车。此时城内叛军已是人心惶惶，如果清军继续猛攻，则有可能破城而入。然而雅尔哈善又采用了“守株待兔”的办法，“坐守军营”而且“略不设备”，以为城内叛军已成为瓮中之鳖。结果，霍集占在城内稍事喘息之后，趁清军疏于防备，在半夜突围而逃。清军紧迫不舍，在鄂根河边与霍集占军展开了决战，杀死叛军200余人，约有1600名叛军溺死水中，霍集占本人也受了轻伤，又狼狈退回库车城内。
鄂对一直随清军讨叛，作为库车城的回部头目，他渴望早日能攻克库车，所以他向雅尔哈善分析说：“今宵集占困守危城，食、力已尽，必不坐而待缚。其必乘我不备而兔脱之，返其巢穴，整兵复来，其事未可量也。今城西渭干爱曼水浅可涉，又有北山口要路通戈壁，走阿克苏，若于二路各设伏兵1000，则贼酋成擒矣”。雅尔哈善自有主张，副鄂对的建议不以为然，仍旧终日消极防守，坐等城内叛军打开城门归降。甚至当夜间城内传来阵阵驼鸣，人声鼎沸时，雅尔哈善仍不为所动，认为城内守兵已经是黔驴计穷，只等束手就擒了。结果……霍集占再一次趁夜弃城而出，从城西率400骑涉水潜逃。负责在城西围攻的副都统顺德纳闻讯后不慌不忙，借口天黑不发兵追击，延至次日天明后才派百余人去追击，而霍集占却早已渡过了鄂根河，并撤桥断后，清兵只有望水兴叹了。
库车城内叛军仍据守着城池。清军火炮难以攻破其坚固厚实的城墙，雅尔哈善无计可施……绿营提督马得胜献计挖地道，于是挑选了数百名士兵，由达世朗，常继春专管，从城北1里外的山冈下开挖地道。清军日夜转流渐次刨掘，距城只2丈余，预备火药，待7月19日点放……不意贼人知觉，于17日夜潜出城外，离城10余丈横掘大沟截断，以薪木填塞，焚死掘地兵10名，清军前功尽弃。8月，因城内无粮可食，叛将阿布都克勒木率50骑于深夜开城逃窜……头人阿拉难尔率城中3000老弱妇幼开城出降。
清军占有的库车城几乎是一个空城，而且是以“八九千官兵，驻守三月之久，俟贼首逃去，城中穷蹙出降，始得其城”。乾隆帝闻知大怒，认为雅尔哈善“顿兵城下，不异守株待兔”，而作为全军统帅“军营调度乖方，全无纪律，并无一句引罪”，于是下令将雅尔哈善……顺德纳、马得胜等革职处死。
黑水营之围库车之战后仓皇出逃的霍集占，先逃往阿克苏，然阿克苏的维吾尔人民“闭城拒敌”，其首领鄂对伯克早就归附了清军，这时的阿克苏人已经觉悟，纷纷欢迎鄂对的返回。霍集占走投无路，又逃往乌什，乌什伯克霍集斯亦“闭城不纳”，并派人迎接清兵。这样，霍集占如同一只丧家犬般地逃归了叶尔羌，而其兄大和卓木罗尼都则返回了喀什噶，妄图各据一城，相互犄角，负隅顽抗。
清廷任命刚刚平定天山北路叛乱的兆惠为定边将军，接替雅尔哈善经略回部，率军往天山南路，乾隆告诫兆惠务必全歼顽敌，讨平叛乱。乾隆二十三年（1758年）8月，兆惠率3000兵马从天山北路向南路进发，10月6日抵达叶尔羌（今新疆莎车）。该城比库车更大更坚固，周长10余里，四面共有12门，城东北五六里处筑有高台一座，台前及近城处挖掘了大坎数道，以防敌人骑兵奔袭。坎下设有伏兵，以截击攻城之敌。兆惠吸取了清军库车之战的教训，决定把被动变为主动，不急于盲目攻城，先消灭城外之敌，占据有利地形。兆惠令左右两翼从东西两面夹击坎下伏兵，自率中军向前冲击，令副都统温布率兵夺其高台，坎下回兵放枪阻击，清军一阵猛冲猛打，回兵抵挡不住撤回城内，清军乘胜追至城下，回兵开三门各出500骑与清军激战数次，城墙上守兵则向清军射击，企图逼退清军，由于清军的顽强，敌军最后鸣金收兵，败回城内，闭门不出，不再轻易出战。
兆惠见叶尔羌城大而且守城的叛军多达万余人，兆惠仅统帅着3000兵力，双方力量悬殊，况且清军孤军深入，四野无粮。城内叛军依据优势，气焰嚣张。于是兆惠决定改变战术，将攻城各营撤回，在城东渡过黑水河，在河岸水草茂盛的树林里安营扎寨，修筑工事，坚避清野，故名驻军之处为黑水营，双方在此展开了拉据战。兆惠估计诚内叛军精骑约3000，最好是诱其出城设伏歼灭，先消灭其有生力量，于是清军一面在城南沿途各要道关卡派兵埋伏，一面派副都统爱隆阿率兵500，侍卫奎玛岱率兵300，前去截击从喀什噶尔（今新疆喀什）来的敌人援兵，同时又派出小股军队在城郊四周搜索粮食和牲畜，坚避清野，既解决了清军的供给又封锁了敌人的出城之路，可谓是万无一失。可是这样一来，黑水营的清军只有2000余人了，兵力分散，使叛军钻了空子。
兆惠从叛军俘虏口中得知，叶尔羌城南有一个大牧场，霍集占有大批驼马等牧群就放养在牧场内的英峨奇盘山，兆惠欲夺驼马充作军用，就亲率官兵千余名离开黑水营，于10月13日抵达通古斯鲁克地方，欲渡河后由东而南袭击英峨奇盘山。殊料清兵500余名刚刚过河，河桥突然断落，清军又被河水截为两部。原来桥下设有叛军的伏兵，他们用铙钩将木桥钩断……并和从城内涌出的5000骑兵一起前后夹击刚刚渡河只有不足500名的清军骑兵，叛军的大部队数万人也从城内不断涌来，大有一口吞并兆惠几百名骑兵之势。兆惠军兵少且被围困，尚未过河的另外几百名清军又难以相援助。兆惠临危不惧，立即令副都统由屯率左翼，温布率右翼，自率中军，三军齐声呐喊，冲入敌阵。敌骑被击退后，又从两翼绕到清军背后，企图前后夹击清军，霎时间，500清兵被成千上万的叛军团团包围，情况万分危急，兆惠急令清军“且战且退，浮水还营”。清兵此时已经陷入重围，只得各自为战，有的被杀，有的则弃马凫水而逃。清军官兵虽然异常勇猛，杀敌数千，但毕竟寡不敌众，总兵高天喜，侍卫鄂实、特通额、副都统三格等百名将士阵亡，伤者数百。兆惠本人左右冲杀，战马负伤，两易坐骑，方突出重围回营。回兵乘胜搭桥东来，后面万名大军步步紧逼，把清军的黑水营围得水泄不通。清军被动挨打，但却士气可嘉，他们“兵处危地，皆死中求生，故杀贼甚力”，无不以一当十。马力疲乏，不能突围，清兵就筑垒固守，不断加固防线。回兵则在黑水营外筑起长围，从四面攻打清军大营，枪炮如雨，杀声震天，然而营内清军却坚如磐石，岿然不动。清军的黑水营由于位置选择得较为合理，才能与人数众多的回兵相抗衡。敌兵从上游决水灌营，清兵就在营内和周围挖沟排水，掘井取水，用之不尽。军中缺粮，清兵就在夜间潜营外，掠敌驼马满载而归，而且清兵又挖地道获得敌兵的存粮数百石，可供军中士兵数月食用。清军驻扎林中……水草茂盛，采薪不愁，回兵向营中射来的铅弹和箭头，多掉在草丛里或射在树枝上，故清兵每砍一树，既可供薪，又可获铅弹数枚，再用来回击敌兵。由于没有粮草及弹药缺乏的后顾之忧，清军人数虽少但却士气高昂，坚守大营，越战越勇。敌人“以苇扫蔽体来犯，即用火焚烧，又掘沟伏身前进，即乘高击退”。敌军虽日夜猛攻，但却久攻不下，黑水营依然耸立在黑水河畔。敌人无计可施，也模仿清军“亦掘濠立寨相持”，企图长期围困清军，待其弹尽粮绝时一举歼灭。敌在黑水营边立高台，四面有护身垛口，既可监视清军动静，又可随时乘高俯射，威胁较大，兆惠亦领清军立高台与之相对，自10月22日至11月10日，不断派兵攻其高台，迫使敌军不敢轻易登台。同时，兆惠派出5人分路向阿克苏告急，催援军相助，大和卓木波罗尼都也亲率步骑5000从喀什噶尔赶来，与小和卓木霍集占会师围攻清军。清军“掘壕结寨”，“筑长围以相持”，同1万多名叛军坚持了长期的苦斗。这就是有名的黑水营之围，叛军施用炮轰、水淹、偷袭火攻等办法，而清军机动灵活，勇敢迎战，粉碎了敌兵的一次次攻击。双方相持3个月之后，黑水营仍岿然不动。兆惠足智多谋，在一个深夜派兵纵火袭击大小和卓木的两处军营。这时回兵里盛传布鲁特人已抢劫了英吉沙尔城，波罗尼都深感忧虑，怀疑兆惠已与布鲁特有盟约，其袭击自己后方同时借机破围。大小和卓木决定用缓兵之计与兆惠议和。却不料兆惠态度强硬，扣住回兵使者，用箭射书出营，告诫大小和卓木说，议和的先决条件是他们2人必须入京觐见大清皇帝。大小和卓木见兆惠态度如此强硬，以为他必有援军将至，不敢与兆惠再继续作对，甚至提出愿意向兆惠军中资助粮饷，并撤去长围。兆惠仍坚持原则，波罗尼都无可奈何，又担心英吉沙尔城的安危，于是不顾霍集占的反对，率兵返回喀什噶尔。
黑水之战刚开始时，靖逆将军纳木扎勒、参赞大臣三泰率兵200骑急赴兆惠大营援助。不料途中遭3000敌军突袭，一夜激战清军几乎全部阵亡。10月下旬，兆惠的两封告急文书先后送到阿克苏，清廷闻讯一面下令嘉奖有功官员、晋封兆惠为武毅谋勇一等公，一面命富德为定边右副将军，即刻调兵赴援。富德于11月10日得知兆惠军被围黑水河畔之后，立即令付都统鄂博什率兵500为前锋，自己亲率大兵4000人随后前往。富德军中途与从阿克苏出发的舒赫德的3500名大军东合于巴尔楚克（今新疆巴楚东南），时值12月下旬，西路清军冒着严寒前往赴援。乾隆二十四年（1759年）正月，清军在呼尔满与叛军大小和卓木率领的5000骑兵相遇，双方激战数10次，杀伤相当，波罗尼都受伤后退回喀什噶尔，清军也损失了较多的马匹。然后在沙漠地带，清军又遭叛军拦截，敌军抢占有利地形，清军则奋力冲杀，边战边走。此地距叶尔羌尚有300多里，富德心急如焚，然而叛军越来越多，清军一时难于脱身，与叛军激战了四昼夜。清军长途跋涉，结队而行，以火器弓箭射敌，战斗异常激烈。但因连日交战，清军人乏马困，而且叛军见清军战马损失严重，三番五次用骑兵冲击清军，并从四面合围，令清兵寸步难行，清兵粮饷告急，又少战马难以突围，人马饥渴难忍，一些官兵只得吃地上的碎冰片；勉强抵达沁达尔时，被叛军包围，清军人马疲惫不堪，无力突围，形势危急。突然又杀出一队人马，自东而至，回兵纷纷倒退。原来是巴里坤大臣阿里衮奉命率兵600、解马2000、驼1000，与爱隆阿率领的1000兵马同时赶到了沁达尔附近。富德喜出望外，乘势杀出重围，阿里衮与爱隆阿便将部队横张两翼，直扑敌阵，里应外合。回兵在夜里不辩虚实，加上清军声势雄壮，喊杀声不断，霍集占不敢恋战，忙下令撤退。回兵军心动摇，不战自溃……清军三路合而为一后又追杀回兵，大败敌军，次日凌晨才收兵回营，至此，三路清军沿途共杀敌千余名，伤敌数千，自己仅伤亡首余名，生俘50余名。清军士气大振，日夜兼程，同趋叶尔羌。正月十四日晨，援军先后赶到黑水河附近。黑水营内兆惠及清军将官对援军望眼欲穿，此时遥听营炮声大响，料知援军已到，兆惠及全军将士们欢喜若狂，集中兵力向外突围。营外清军则早已作了战略布置，以富德、舒赫德军为左翼，阿里衮、爱隆阿军为右翼……与营内兆惠配合默契，内外夹击，回兵则拼命抵抗，战斗异常激烈。几经激战之后，兆惠军终于冲破敌人的重围，几路大军联合杀死回兵数千名，霍集占见势不妙率残部渡河退守叶尔羌。清军会师，北上阿克苏休整过冬，并征集粮草兵马，以备再战。长达三个月之久的黑水营保卫战以清军的胜利而告结束。这次战斗的胜利得来不易，充分反映了清军将领兆惠的优秀指挥水平和全军将士团结一心、不畏强敌、誓死如归的英勇气概。
平定叛乱剿灭残敌兆惠率大军回到阿拉苏之后，立即派兵解了和阗城（即今新疆和田）之围，又先后收复了齐尔拉（今新疆策勒）、克勒底雅（新疆于田）、哈拉哈什（今新疆墨玉）等城。兆惠决定就地解决军队供给问题，用内地的布匹与当地的回民交换粮草，再用节省下来的运粮费近30万两银子购买驼马，结果兆惠迅速调集了2万兵力，战马3万匹，骆驼1万匹，然后兵，分两路，每路各有兵力1.5万，兆惠一路由乌什攻喀什噶尔，击大和卓木；富德由和阗攻叶尔羌，击小和卓木。时值乾隆二十四年春夏之交。
大小和卓木闻听清军将大举进攻，惶惶不可终日。4月份他们开始掠夺回民的粮食和骆马，并组织迁移家属和财产，打算毁城后西奔霍罕（今苏联浩罕）或巴达克山（位于今阿富汗境内）。由于叛乱不得人心，绝大多数回民见清军军纪严肃，决心留在城内迎接清军，大小和卓木无可奈何，只得分别带着少数宠臣和部队弃城逃跑，逾葱岭西遁。
富德率军在向叶尔羌挺进的途中，闻听小和卓木已狼狈逃窜到英吉沙尔，而该城大小伯克却甘心归附清廷，于是立刻遣鄂博什等率500骑为先头部队，迅速前往叶尔羌，富德大军几天后也兵临叶尔羌城下，回民打开城门，欢迎清军入城。
兆惠一路从阿克苏出发后，路途畅通无阻，抵达喀什噶尔时同样受到回民的热情欢迎。
大小和卓木汇合后，逃往色勒古勒方向。参赞大臣明瑞率精兵2000，每兵2马，从近路急迫……终于在霍斯库鲁克岭追上敌军。霍集占将6000多回兵列阵于山头，居高临下迎战。清军勇猛冲击，由山下往上猛冲。霍集占边战边退，唯恐清军大队人马追来难以脱身，逃向巴达克山方向。明瑞边率军追击，边派人通知兆惠和富德的两路军队。
7月，富德军终于在阿尔楚山追上回兵。富德见山下尽是老弱残兵，料叛军有埋伏，果然霍集占于两山之间设下了伏兵，又在山谷路口列阵以待，用老弱残兵引诱清军进入山口。
富德没有中计，即刻分兵三路，令巴图济尔、鄂齐尔率左翼攻左边山头；由屯、伊柱率右翼攻夺右边山头；富德亲率中军以火炮猛轰谷口敌阵。战斗开始，富德率中路军进入山口，果然伏兵四起，然而清军早有防备，三路同时进攻，从左右两翼，从下向上发动了猛烈的进攻……设伏的叛军抵挡不住纷纷败退，清军则随后紧迫20多里，又与叛军战成一团，清军杀死回兵无数。清军猛追猛打，一战便歼敌千余名，俘虏50余名，霍集占的心腹战将阿布都克勒木也被清军击毙。清军以日行百里的速度猛追穷寇，大小和卓木狼狈逃至巴达克山，负隅顽抗，并抢占了山势险峻的有利地形。当清军抵达巴达克山脚下时，叛军正用武力掩护家眷和辎重由河边翻山越岭。清军立即展开强攻，逼近敌阵，用大神炮、威远炮轰击，敌军则从山口用枪炮还击，一时间炮声轰轰，飞沙走石遮天蔽日。在强攻的同时……富德又展开了宣传攻势，令随征的回部首领霍集斯、鄂对等在阵前高竖回部旗帜，用回语呼喊，劝回族百姓投降，以保证生命和财产的安全。山上回族群众原先一直受大小和卓木的欺骗和蒙蔽，听了清军的宣传政策，开始有些回心转意，回民中产生了骚动。富德跟着又采取了第三个步骤，派前锋参领喀木齐布、侍卫齐里克齐率40余名精选出来的鸟枪手，从山的北面迂迴上去，再令侍卫额尔登额、老格率兵随后策应。富德的这套攻坚和攻心相结合的战术果然有效，只见山上数千回民扶老携幼不顾霍集占等叛乱头目的威胁阻拦，相互护卫着，蔽山而下，声如奔雷，接受清的招抚，先后有数万名回民纷纷下山。北面的2000余回兵被清军堵截，不战而降。大小和卓木见大势已去，众叛亲离，只得放弃抵抗，率领三四百人夹着尾巴逃跑，投奔巴达克山部首领。
富德早已派侍卫向巴达克山汗素尔坦沙说明了清军的立场和政策，劝导素尔坦沙汗不要与叛军勾结。但素尔坦沙起初还犹豫不决，仍将大小和卓木迎入城内。富德只得发出最后通谋，限其在25天内交出大小和卓木，否则清军将踏平巴达克山，格杀勿论。素尔坦沙思前想后，既担心受大小和卓木叛乱的牵连而使自己遭清军进攻，又担心日后大小和卓木会忘恩负义，篡夺自己的国家，因为他素知大小和卓木的野心。于是一不做二不休，把只有几百人的大小和卓木兄弟团团围住，大小和卓木真是上天无路，入地无门，只有束手就擒，被素尔坦沙汗一齐枭首。素尔坦沙汗还想将这些叛军的家属全被处死，正巧清军檄文传到，于是把大小和卓木的头颅、尸体，以及他们的妻孥旧仆等，尽行缴出。清军带着叛军头目大小和卓木的首级凯旋而归。至此，大小和卓木发动的叛乱被清朝政府平定下去了。
乾隆帝命陕甘总督杨应琚，筹办回疆善后事宜，兆惠等有功之臣被召往京师，乾隆嘉封兆惠为一等功，加赏宗室公品级鞍辔；富德封为一等侯，并赏戴双眼花翎；参赞大臣阿里衮……明瑞等，俱赏戴双眼花翎。其余将官则一一论功行赏。
乾隆对于“堂堂大清，兵力全盛之时，不得已用兵西域”，不越五年，而西陲万余里城无不下，众无不降，感到十分得意。他说，对于准噶尔、回部上层贵族发动的叛乱，“不得不明正其罪，以彰挞伐”，是顺乎人情、合乎天理的事，决不是大清帝国“穷兵黩武”和皇帝“好大喜功”。乾隆帝同时承认，他坚持用兵还有两个军事目的：一是时值康乾盛世，安享太平，八旗子弟也多耽溺于安逸之中，缺少了传统的淳朴勇猛之气概，而现在蒙师远征平叛，正可以“借以练我杀敌致果之将材”。
二是以往远征西域边陲，军需供应全由内地承担、征集、调运、押送……劳民伤财。而且战争失利往往与粮饷供应不足有关。现在“西陲大功告成，一应事宜必期熟筹可久……今准噶尔回部荡平，屯田驻兵，自伊犁以达叶尔羌，向日之边陲又成内地”。这样一来，“回部之赋税，屯田之收获，以及沿途贸易、城仓积贮，储胥充裕”，便可就近解决大部军需供应。不仅现在，尤其是将来，一旦西域发生战争，则“不独内地毫无飞鞔馈运之劳，而陕甘两省蠲账之恩有加无已”。
清朝政府统一天山南北后，建立了军府制，设伊犁将军“总统新疆南北两路事务”，派参赞大臣驻喀什噶节制南路各城，天山南北社会生产得到恢复发展，清政府则加强了对西北地区的统治与边防，维护了国家的统一和领土的完整。
