京师命盗案件人犯逃匿无踪时，缉事衙门应行缉捕。缉捕或缉拿之“缉”系指“查”或“侦查”，明代中央的缉事衙门（东厂及锦衣卫）实即侦查不法情事的机关。明代京师职司缉捕盗贼及研究的机关是锦衣卫，《大明会典》定曰：“凡缉捕京城内外盗贼，本卫指挥一1，奉敕专管，领属官五1，旗校一百名。凡缉访京城内外奸宄，本卫掌印官，奉敕专管，领属官二1，旗校八十名。其东厂内臣奉敕缉访，别领官校，俱本卫差拨。”至于一般的京师人命案件，人犯逃匿时，应由五城兵马司缉捕。
锦衣卫缉捕人犯，或于京师地区行之，或于直隶及各省行之，兹举例说明如下：
例一：永乐十八年（１４２０）二月，山东蒲台县唐赛儿起事，命安6侯柳升等讨之，击败起事人民，惟唐赛儿遁走未获。三月戊戌，“上以唐赛儿久不获，虑削发为尼，或混处女道士中，遂命法司凡北京、山东境内尼及女道士悉逮至京诘”。五月丁丑，“上惩妖妇唐赛儿诵经扇乱，遂命在外有司，凡军民妇女出家为尼及道姑者，悉送京师。”唐赛儿事件平定后，明成祖即曾谕令天下内外诸司缉捕唐赛儿。
例二：万历三十年（１６０２）闰二月乙卯，“礼科都给事中张问达疏劾，‘李贽壮岁为害，晚年削发，近又刻《藏书》、《焚书》、《卓吾大德》等书惑乱人心……近闻贽且移至通州，距都下仅四十里，倘一入都门，招致蛊惑，又为麻城之续。望敕礼部，檄行通行地方官，将李贽解发原籍治罪。……’得旨：‘李贽敢倡乱道，惑世诬民，便令厂卫五城严拿治罪。’……已而，贽逮至，惧罪，不食死。”此所谓“严拿”，实为“缉拿”。
至于京师地区缉捕人犯之权责属于五城兵马司及锦衣卫。五城兵马司以缉捕盗贼及一般人犯为主，锦衣卫以缉捕盗贼及钦命人犯为主。
五城兵马司及锦衣卫共同职掌“缉捕盗贼”，惟五城兵马司为文职衙门，锦衣卫为武职衙门。依明代典制，两衙门互不隶属，惟洪武以来，锦衣卫之权势始终大于五城兵马司。关于“缉捕盗贼”一事，锦衣卫事实上是五城兵马司的上司衙门，与巡城御史相同。
《大明会典》定曰：“国初捕盗，在外无专官。惟在京设五城兵马指挥司，以巡逻京城内外地方为职。其后在京添用锦衣卫官校。成化未，加拨营军。”关于五城兵马司与锦衣卫的关系，三法司的官1认为是“各有巡缉之责”。万历十一年（１５８３）六月乙卯，巡视南城御史黄钟言：
锦衣卫与兵马司各有巡缉之责。原非以兵马司隶之锦衣卫，而使为千百户为旗校者，皆得以奔走而奴隶之也。乞丞赐禁革。俾各循职守，毋得相侵，以滋扰害。
对于南城御史黄钟的建言，万历皇帝认为：“锦衣卫严督五城兵马，昼夜巡逻等项事宜，原开载敕内，如何说职守相侵？”皇帝并把黄钟的奏章发交所司，实际上是，皇帝不采纳黄钟的建言，皇帝认为，依照皇帝的敕令，锦衣卫本即有严督五城兵马司巡缉（巡捕）之责。
（五）监禁（羁押）
京师案件案情重大者，皇帝得将人犯下刑部狱，或下都察院狱，或下锦衣卫狱。明代中央仅刑部、都察院及锦衣卫设有监狱。大理寺虽为三法司之一，但无监狱。《明史·职官志》曰：“明初，（大理寺）犹置刑具、牢狱。”
所谓“明初”是指明太祖洪武年间。按洪武二十九年（１３９６）第二次罢大理寺，建文初复置，永乐初仍置大理寺。永乐年间，大理寺应已无监狱。
明代之监禁实系今日之羁押。应监禁之人犯，洪武元年（１３６８）所颁《大明令》即有规定，《大明令》刑令定曰：“凡牢狱禁系囚徒，年七十以上、十五以下、废疾，散收。轻重不许混杂。……有官者犯私罪，除死罪外，徒、流锁收，杖罪以下散禁，公罪自流以下皆散收。”至于妇女犯罪，除重大犯罪应监禁外，其余犯罪则予责付有服宗亲。《大明令》刑令定曰：“凡妇人除犯恶逆、奸盗、杀人入禁，其余杂犯，责付有服宗亲收领听候。”又《大明会典》定曰：“其男女罪囚，须要各另监禁。”被监禁人犯应依其案情轻重加以戒具，依《大明律》第４１９条（囚应禁而不禁）所示戒具只有枷、锁、扭。依《大明律集解附例》第４１９条（囚应禁而不禁）纂注之解释，“其在禁囚，徒以上应杻，充军以上应锁，死罪应枷，惟妇人不枷。”
被监禁人犯如果患病，监狱官1应给药治疗，并得依其案情斟酌处理。
《大明会典》载：“洪武元年令……若狱囚患病，即申提牢官验实，给药治疗。
除死罪枷杻外，其余徒、流、杖罪囚人，病重者开疏枷杻，令亲人入视。笞罪以下，保管在外医治，治痊，依律断决。如事未完者，复收入禁，即与归结。”锦衣卫狱（即镇抚司狱）与刑部狱、都察院狱不同，所监禁者多为钦犯或奸盗重犯。人犯入此狱，拷讯最惨。《万历野获编》曰：“镇抚司狱亦不比法司，其室卑入地，其墙厚数仞，即隔墙嗥呼，悄不闻声，每市一物入内，必经数处验查，饮食之属十不能得一，又不得自举火，虽严寒不过啖冷炙，披冷衲而已。家人辈不但不得随入，亦不许相面，惟拷问之期得于堂下遥相望见，盖即唐之丽景门，宋之内军巡院类也。”
明代皇帝有时会把上疏谏诤者或与皇帝意见相左者下锦衣卫狱，以为威吓震慑。有关事例历朝均有，不胜枚举，兹举其中最着事例如下：
例一：弘治九年（１４９６）四月戊子，“下六科给事中庞泮等四十二人、十三道监察狱史刘绅等二十人于锦衣卫。”（先是……泮等言：“且锦衣卫官校系朝廷亲军，非谋为不轨及妖言重情，祖宗以来，未尝轻遣。乞令法司行镇巡官1察勘，则事之曲直自不能掩。”上谓一州官为亲王所奏，方有旨逮问，而科道官辄交章奏阻，为不谙事体。故有是命。）
例二：嘉靖三十一年（１５５２），兵部武选司1外郎杨继盛上疏劾奏严嵩十项大罪，“疏入，帝已怒。嵩见召问二王语，喜谓可指此为罪，密构于帝。帝益大怒，下继盛诏狱。”例三：嘉靖四十五年（１５６６）二月，海瑞上疏谏诤皇帝，疏中有“盖天下之人不直陛下久矣”一语。“帝得疏，大怒，抵之地，顾左右曰：‘趣执之，无使得遁。’宦官黄锦在侧曰：‘此人素有痴名。闻其上疏时，自知触忤当死，市一棺，诀妻子，待罪于朝，僮仆亦奔散无留者，是不遁也。’帝默然。少顷复取读之，日再三，为感动太息，留中者数月……遂逮瑞下诏狱，究主使者。”
（六）审讯（侦讯）
明代司法审判并未严格区分侦查与审讯，明代官书（如《大明会典》及《明实录》），均将锦衣卫等缉事衙门之讯问人犯称为“审讯”故可知明代锦衣卫等缉事衙门之审讯，实即今日之“侦讯”。东厂或锦衣卫审讯（侦讯）后，仍应送法司（刑部或都察院）审讯。
洪武初年，锦衣卫原有审讯人犯之权，洪武二十年（１３８７），明太祖下令“焚锦衣卫刑具”。《明太祖实录》载：
洪武二十年春正月癸丑，焚锦衣卫刑具。先是，天下官民有犯者俱命属法司，其有重罪逮至京者或令收系锦衣卫审其情辞，用事者因而非法凌虐。上闻知怒曰：“讯鞫者法司事也，凡负重罪来者或令锦衣卫审之，欲先付其情耳，岂令其锻炼耶？而乃非法如是，命取其刑具悉焚之，以所系囚送刑部审理。”
洪武二十六年（１３９３），明太祖再度“申明锦衣卫鞫刑之禁：‘凡所逮者，俱属法司理之。’”明成祖即位后，恢复锦衣卫审讯人犯之制。历朝三法司官1虽常上疏力谏此事，但终不获皇帝接纳。
明代内外问刑衙门依《大明律》规定，原有拷讯人犯之权。但拷讯人犯有法律限制，其有关规定见本书第三章（第一节）之二，兹不赘述。惟锦衣卫审讯人犯时，几无不严刑拷讯。锦衣卫拷讯人犯之方法与次数，并无限制，弊病丛生。
锦衣卫拷讯人犯亦有用刑程度之别，《万历野获编》曰：“凡厂卫所廉谋反、弑逆及强盗等重辟，始下锦衣之镇抚司拷问。寻常止云‘打着问’，重者加‘好生’二字，其最重大者，则云‘好生着实打着问’。必用刑一套，凡为十八种，无不试之。”
《明史·刑法志》曰：“凡内外问刑官，惟死罪并窃盗重犯，始用拷讯，余止鞭扑常刑。酷吏辄用挺棍、夹棍、脑箍、烙铁及一封书、鼠弹筝、拦马棍、燕儿飞，或灌鼻、钉指，用径寸嬾杆、不去棱节竹片，或鞭脊背，两踝致伤以上者，俱奏请，罪至充军。”上述这些拷讯人犯的酷刑，锦衣卫拷讯时，自应行于人犯。
锦衣卫拷讯人犯之方法有所谓“昼夜用刑”及“全刑”者，兹分述如下：
１昼夜用刑：“嘉靖四十五年，户部主事海瑞上疏规切上过，已下锦衣拷问，刑部拟绞，其疏留中久不下，户部司务何以尚者疏请宽宥之。上大怒，杖之百，下锦衣镇抚司狱，命昼夜用刑。”所谓“昼夜用刑”是指“以木笼四面攒钉内向，令囚处其中，少一转侧，钉入其肤，囚之膺此刑，十二时中但危坐如偶人。”
２全刑：所谓“全刑”，《明史·刑法志》曰：“全刑者曰械，曰镣，曰棍，曰拶，曰夹棍。五毒备具，呼謈声沸然，血肉溃烂，宛转求死不得。”
万历末年，锦衣卫四出，逮问人犯，四海骚动，人民痛苦不堪，刑科都给事中杨应文曾上疏力谏。万历二十九年（１６０１）四月丁亥，刑科都给事中杨应文言：
旧制镇抚司囚犯，凡经打问过者，俱送法司定罪，奏闻发落。自税开钳结之祸，而缇骑四出，为藩司，为守令，为推官、经历、举人、生1，为武弁、齐民，被逮者不下百十余人，虽打问，未经过法司，奸禁森严，水火不入，疫疠之气，充斥囹圄，上干和气，莫甚于，此，乞赐矜恤，以回天意。（上不报）
依明代典制，东厂或锦衣卫审讯后仍应送法司（刑部或都察院）审讯议拟，至明末依然。嘉靖年间给事中沈汉即言：“祖宗设法司以理庶狱，即镇抚司所鞫，亦必赴法司议拟。”惟皇帝有时亦破坏典制，不移送法司拟罪。
成化元年（１４６５）以前，锦衣卫移送法司时，并不能附加参语（参酌之语，意即拟罪意见）。成化元年以后，移送时得附加参语。《大明会典》曰：“凡（锦衣卫镇抚司）鞫问奸恶重情，得实，具奏请旨发落。内外官1有犯送问，亦如之。旧制俱不用参语，成化元年，始令复奏用参语。”锦衣卫有了附加参语之权后，等于有了准拟罪权。《明史·刑法志》即曰：“镇抚职理狱讼……然大狱经讯，即送法司拟罪，未尝具狱词。成化元年始令复奏用参语，法司益掣肘。”
锦衣卫镇抚司审讯后，将审讯结果奏闻皇帝，绝大多数情形，皇帝均将案件发交刑部或都察院，惟亦有少数情形，皇帝将案件发交三法司会审。亦有极少数情形，皇帝不移送法司拟罪，而迳以内批裁决案件。兹举案例说明如下：
例一：正德二年（１５０７）正月乙丑，尚宝司卿崔璿、湖广副使姚祥、工部郎中张玮违例有罪，“为东厂侦事者所发，下镇抚司拷讯。狱具，请付法司拟罪，内批令枷两月，满日奏之。”
例二：万历十六年（１５８８）十一月癸未，“镇抚司打问给事中李沂，奏上，御批：‘李沂既刑究明白，拿在午门前，杖六十，斥为民。’文书官刘成将本到阁，阁臣申时行等大惊，欲具疏救，且留御批未发。刘成不可，竟持去。而上已遣太监张诚出监杖矣……竟杖之。”
（第三节）刑部初审程序（附大理寺复审或复核程序）
一刑部初审程序
洪武年间，绝大多数京师案件即系由刑部初审。洪武十五年（１３８２）十二月丙戊，诏“吏、礼、兵、户、工部，凡有逮系罪人，不许自理，俱付刑部鞫问。”刑部受理京师案件，须经通政使司准行或各衙门参送。《大明会典》定曰：“凡在京问刑衙门大小词讼，非经通政使司准行，非由各衙门参送，不许听理。”
各衙门参送的京师案件，有下列几种情形：１五城兵马指挥司移送者。
２五城御史移送者。３锦衣卫移送者。４东厂移送者。５六科给事中移送者。６其他五府及六部等衙门移送者。除上述各衙门移送刑部者外，皇帝有时亦直接交审特定案件于刑部。
京师案件与直隶及各省案件不同，京师案件审理时须经初审及复审（或复核），初审机关为刑部或都察院，复审（或复核）机关则同为大理寺。直隶及各省案件移送中央时，须经刑部或都察院第一次复核，再由大理寺第二次复核。就案件的重要性而言，直隶及各省重大案件常移送至中央直接审理，此时此类案件即成为京师案件，故京师案件除发生于京师之案件外，另包括发生于直隶及各省而移送中央直接审理之案件。
京师案件移送或发交到部时，由刑部十三司带管，但并非依京师行政区（五城三十六坊）而为管辖之区分。所有到部之京师案件系由刑部十三司轮流签分，故某一城坊的案件并非固定由刑部某司审理。
刑部十三司系各自分别直接审理京师案件，原则上，刑部某司应自始至终审理签分到司之某一特定案件。遇有特殊情况（如皇帝谕令调问，或依典制应调问者等情形），已签分到司之某一特定案件，亦可能调问至他司，亦即由甲司调至乙司问拟。
刑部遇有案情重大之京师案件，亦可加委他司官1会同审讯。如隆庆六年（１５７２）九月，指挥周世臣被盗劫杀，“原任刑部署印左侍郎翁大立催该司郎中潘志伊速结此狱。”志伊以狱情重大，请委官会问。及委郎中王三锡、徐一忠研审，而王奎与荷花、卢锦俱坐凌迟，万历四年十月处决矣（后捉获盗贼朱国臣等，自供认手刃周世臣，始知错杀王奎等人）。当年本案之审理即系由刑部三个司共同审理。
又有明一代，刑部十三司曾共同审理京师重大案件，惟此系惟一特例，并非常制。如万历四十三年（１６１５）五月丁已，刑部十三司司官会审张差梃击案，“各司同拟张差比依宫殿射箭放弹，投砖石伤人律斩，秋后处决，加等，决不待时，呈堂。”后刑部提牢主事王之寀私审张差，得知内情，遂出揭言事，刑部于是复委司再问。
此外，刑部审理京师案件，如有不公不法等特殊情况时，皇帝亦得敕令调都察院审理。如景泰七年（１４５６）夏四月戊午，“有卒为9家指其用伪印验放班匠，工部收付刑部。署1外郎彭广按之，以为诬。刑部尚书俞士悦俾（责？）广，坐以斩，广具以闻，调都察院、锦衣卫鞫之，广所按是。士悦及待郎孔文英等皆被劾。”
关于刑部审理京师刑名件的基本原则，洪武末年编定的《诸司职掌》已有规定。《诸司职掌》定曰：
凡鼓下并通政司等衙门，送原告连状到部，先于原告簿内，附写告人姓名、乡贯、住址，并将告词于词状簿内，全文抄毕，连人状判送该部承行。该部先行立案，责差皂隶将引原告前去召保听候提人对问，取讫保状附卷。照出合问人数，具呈本部，具手本赴内府刑科给批差人提取，及提人到部，判送该部归问，先将犯人名数立案，责令司狱司监收，听候引问。仍差原告召保皂隶前去拘唤原告，与被告通行对问，复行案呈本部，将原给批文，赴内府刑科销缴。
其引问一干人证，先审原告词因明白，然后放起原告拘唤被告审问。如被告不服，则审干证人。如干证人供与原告同词，却问被告，则审干证人。如干证人供与原告同词，却问被告。如各执一词，则换原被告干证人，一同对问，观看颜色，察听情词，其词语抗厉，颜色不动者，事理必真。若转换支吾，则必理亏。略见真伪，然后用笞决勘。如又不服，则用杖决勘。仔细磨问，求其真情。若犯重罪，赃证明白，故意恃顽不招者，则用讯拷问，情状既实，取讫供招服辩，判押入卷，明立文案，开具原发事由，问拟招罪，照行事理。
死罪徒流者，具写奏本。笞杖罪名，止具公文，连囚牒发大理寺审候平允回报，复行立案，除十恶重囚，决不待时外。余令司狱司仍前监收，听候依时复奏处决。其余各赴该部发落。其有发回宁家者，主事厅出批送应天府经历司交割，给引宁家。
《大明会典》所载洪武二十六年（１３９３）定例之文字与《诸司职掌》所定刑部初审程序之文字，完全相同，兹不赘引。《诸司职掌》所定刑部初审程序，基本上沿用至明末。
刑部十三司审讯京师案件时，其审讯原则有三：
