元龟元年，公元1570年，已经基本稳定近畿南边局势的织田信长开始着手进一步将自己的力量渗透到京都附近的北近畿地区。北近畿附近唯一有实力与信长一战的大名只有位于北近江的大名浅井长政和越前的朝仓义景。织田信长将妹妹市姬嫁给了浅井长政为妻而结为盟友，并一同消灭了浅井氏的宿敌---位于南近江的六角氏，双方正处于‘蜜月期’。而越前的朝仓义景则并不愿臣服于织田信长，他一直在等待攻打织田信长的机会。
同年四月，织田信长与盟友德川家康一起进军越前，讨伐多次无视信长要求其上洛表示臣服的越前大名朝仓义景。织田与德川联军深入越前，攻陷了越前的金崎城。然而当织田德川联军打算乘胜追击时，却得到一个惊人的消息：朝仓义景策反了织田信长的盟友，北近江的浅井长政，浅井长政已经堵死织田联军的退路，打算与朝仓义景前后夹击织田家与德川家的军队。织田军队让家臣羽柴秀吉率军殿后，自己则以熟悉近畿地理的忍者筱山理兵卫作为向导，从金崎城狼狈地退回了京都，结果在南近江附近又遭到了甲贺忍者的伏击。
原来，六角父子支配了甲贺之地后，并没有放弃对信长的抵抗。他收拢自己的残部，并命令甲贺众利用甲贺的深山密林进行掩护，在南近江附近突袭织田信长的军队。甲贺众在南近江附近与织田信长的军队进行游击战，试图将织田信长从南近江赶走，让六角家东山再起。
这次，听闻信长在越前被朝仓义景和浅井长政夹击，正仓皇退往京都后，六角承祯便派遣手下的甲贺忍者去袭击织田信长的败军。他还派遣甲贺忍者中最善用火枪的衫谷善住坊埋伏在信长的必经之路，打算用火枪刺杀织田信长。然而最后衫谷善住坊的子弹没有伤到信长，只打中的信长小袖的下摆。织田信长带着败军一边躲避甲贺众的袭击，一边逃亡京都。
当织田信长最后终于回到京都时，身边已不足十人。同时，六角承祯则乘机攻打南近江，却被织田信长手下的名将柴田胜家击败，退回甲贺。得到情报的织田信长听罢怒不可遏，发誓要将甲贺众一举歼灭。
织田信长知道听说过‘钩之阵’的事情，自然也知道甲贺众的厉害，所以他并不打算孤军深入甲贺郡的深山密林之中，给甲贺忍者当活靶子。他直接率军攻打已经趁自己在信败而攻打南近江的六角承祯和六角义治父子。六角父子果然在惊慌之余，令甲贺郡的甲贺众派忍者驰援。望月吉栋只得率领甲贺众离开甲贺郡前去支援六角父子。织田信长从忍者筱山理兵卫处得到这个消息后，微微一笑，原来这正是织田信长引诱甲贺众的计策，而他的真正目标是甲贺众。他立刻率军绕过六角父子，截断了甲贺众的去路，并将其驱赶至地势平缓的琵琶湖附近，甲贺众被迫在此与织田信长大军交战。
离开了深山密林掩护的甲贺众，不得不在平原上与数量远高于己的织田信长麾下骑兵队、铁砲队、步兵队轮番接战。甲贺众虽然都修习过剑术，擅长肉搏，但是缺乏在平原上合战的经验，根本无法抵抗阵容整齐的织田大军列队向自己进攻。
结果，包括甲贺首领望月吉栋在内的780名甲贺忍者全部战死。
在这场战斗中，包括首领望月吉栋，属于‘上首二十一家’的甲贺忍者多数为六角父子尽忠，坚持到战死。而其他的甲贺中忍见战事不利，败局已定，便放弃战斗，率军退回了甲贺郡。因此战死的忍者中大部分都是属于‘上首二十一家’的，导致战后‘上首二十一家’在甲贺众中的力量大为削弱，相反的甲贺‘下首三十二家’开始成为占压倒性数量的势力，并在首领多罗尾光俊的带领下重新掌握了甲贺的权力。
战后不久，多罗尾光俊正式率领甲贺众向织田信长请降。织田信长则派遣原本属于甲贺的中忍筱山理兵卫前去与对方交涉。
筱山理兵卫来到甲贺的忍者屋敷，以信长使者的身份独自坐在上首。看着以多罗尾光俊为首的甲贺中忍首领全部拜伏在自己的脚下，筱山理兵卫心中顿时生出无限感慨。
“织田上总介大人答应了诸位的请降要求，但是有一个条件：若将来织田军与伊贺众发生冲突，贵方一定要率领甲贺众援助我方！”
众人战战兢兢地回答道：“是！”
