1857年9月,洪秀全迫于形势的恶化,遣使请石达开回京,石达开上奏表示不会回京,但会调陈玉成、李秀成、韦俊等将领回援,并以“通军主将”身份继续为太平天国作战。洪秀全诏准了这一方案,天京官方遂承认石达开此后的作战是太平天国的远征活动。
此后,石达开先后转战于天京外围的闽、浙、赣等省,牵制大量清军,缓解了天京、AH两地的军事压力。
1858年,清军乘太平天国内讧之后,重建江北、江南大营。4月,洪仁玕捻转到达天京,被封为干王。
1859年年春,石达开入HN发动“宝庆会战”,欲取上游之势,再下趋HB配合AH太平军作战,并伺机分兵入川。彼时湘军正计划分兵三路进攻安庆,闻石达开长驱直入HN腹地,军心全线动摇,只得将因势利导,全力援湘。面对湘军的重兵驰援,石达开孤军作战,未能攻克宝庆,被迫退入GX休整。
1861年年9月,石达开自桂南北上,为北渡长江,夺取CD,建立SC根据地,转战蜀、黔、滇三省,先后四进SC并于1863年4月渡过金沙江,突破长江防线。但为大渡河百年不遇的提前涨水所阻,陷入重围,多次突围不成。时任SC总督的骆秉章遣使入太平军中谈判。经协议,太平军自行遣散四千人,剩余两千武士保留武器随行,在石达开被押往CD后,清军背信弃义,两千太平军被屠戮。1863年6月27日,石达开在SCCD被凌迟,余部坚持战斗。
1858年(清咸丰八年)9月,陈玉成、李秀成率军攻占浦口和扬州,大破清军江北大营。清军乘太平军东下,攻AH据太湖、扑安庆,李续宾率湘军连陷潜山、桐城、舒城,攻三河镇,进逼庐州(合肥)。陈玉成率兵救援,李秀成援军继进。11月14日,陈玉成部攻克三河清营,次日两军决战。太平军歼清军六千人,击毙李续宾(一说自缢)、曾国华。清军从安庆外围撤走。
1860年2-5月,李秀成在第二次击破清军江南大营后,乘胜攻下JS南部多个地方。
1861年,太平天国部署第二次西征,计划以陈玉成、李秀成两支主力分别从长江南北进攻武昌,以援救安庆。陈玉成进军迅速,一举攻克黄州,直逼武昌,此时英国外交官巴夏礼面见陈玉成;要求太平军撤军,由于李秀成部进军迟缓,太平军并无把握在短期内攻下武昌,及湘军加紧对安庆的围攻,陈玉成决定命部下赖文光率部队军队留在武昌附近,继续等候李秀成部,本人率主力返回安庆。
李秀成进至HB东南部,在附近地方招兵30万人,得知东线太平军作战不利,又听说陈玉成已经返回安庆,遂放弃进攻武汉三镇,改向东进军,与李世贤部共同攻下ZJ大片土地。
陈玉成回救安庆,洪仁玕、林绍璋、吴如孝、黄文金等也来配合作战,失败;6月集贤关、赤岗岭失守,8月陈玉成与杨辅清等夺回集贤关,再救安庆,为清副都统多隆阿部所拒。
1861年9月,曾国荃攻克安庆,太平军守将叶芸来、吴定彩及全军1.6万余人全部战死。
1862年1月,李秀成率军攻SH清军和洋人联合抵抗,由美国人弗雷德里克·汤森德·华尔组成洋枪队(后改为常胜军)阻击太平军,太平军久攻仍未能占领SH此战引起控制SH的西方列强不满,加上有教徒指称太平天国根本为异端,其说词诡异,不但不符合罗马公教或新教教义,反而是对基督教的侮辱和亵渎,再加上太平天国影响欧美各国在华利益,西方各国对太平天国运动转向反对。5月,陈玉成在寿州被叛徒苗沛霖逮捕,押送清军胜保。同年6月陈玉成被清军处死。
1862年(同治元年)6月,洪秀全命令各地太平军回援天京,太平军集结二十万人兵力,10月起大战湘军四十多天,未能取胜。12月,李秀成奉命北渡长江。同年李鸿章攻JS南部,左宗棠攻ZJ1863年12月4日,苏州守将谭绍光被部下杀死,苏州失守。
1864年5月11日,常州失陷,太平军守将陈坤书被俘牺牲。自此淮军与金陵湘军联络畅通无阻也。
1863年12月21日,天京外围要塞尽失,并苦缺粮食,忠王李秀成建议“让城别走”,洪秀全不准。
1864年6月1日,洪秀全在多日以野草充饥后病逝,幼天王洪天贵福继位。7月19日天京失守,随后清军屠城,许多平民百姓被杀,其惨况无可描述。湘军攻破天京后太平军放火烧城,湘军在大肆抢劫后也到处纵火。
李秀成、洪仁玕护送幼天王突围。李秀成让好马给幼主,混乱中与幼主失散,于同月22日在南京城外方山被俘,亲书供状数万字后(《李秀成自述》),于8月7日被曾志鸿处死。
1864年7月29日,突围至广德的幼天王洪天贵福被湖州太平军守将黄文金迎入,临时驻跸。8月28日黄文金、洪仁玕主动弃城突围。9月5日护送幼天王走宁国,遭敌截击,转走ZJ昌化途中黄文金因伤而死。10月JX石城一役,全军覆没。幼天王洪天贵福在JX石城荒山山洞被搜俘,11月18日在南昌被凌迟处死。