时大吏已籍公家，夫人董氏及子万祺逮系镇江（公有「代内人狱中有寄」诗：『国破已饮泣，家破复间关。自君之出矣，妾嫠君亦鳏；儿女虽有情，不在别离间。上堂洁脯脡，下堂代斑斓；知君驱汗马，岂敢怨红颜！夷官张罗网，忠义委草菅。奄忽大椿谢，君滞沧海湾；兀然生死魂，并作蛟珠潸。君行宝肤发，奔跣安所还；妾自感百罹，飞蓬在双鬟。衰门既零落，空闺谁贞艰！哀哉井臼妇，终岁困犴狴；非不轻微生，将雏实且孱。圜扉滋味恶，磷青碧血殷。古称东海妇，严霜暑露斑；天胡尝梦梦，莫辨玦与环！如何贯索星，独照望夫山！视彼摩笄峰，高名良可攀。难将妾巾帼，来佐君羽纶；报君还祝君，旗常树人寰』！又「拟答内子狱中有寄」：『盛年不惜别，客久始怀惭。我非蓬蒿人，江湖遂屡淹；况复避豺虎，谁能解征衫。孤雁自西来，仿佛坠书函；书中寄珍重，书外泪重缄。恍见闺中秀，吞声围素缣；卿今陷虎穴，双鱼何从探！珊珊魂魄来，关河谅非谙。棘林魑魅乡，骨肉各生嫌；徲子亦囊头，狼狈形影兼。忆我初行役，兵戈未解严；驰驱悲九折，辗转岁华添。白云空缭绕，长此伤乌衔；水鸥虽忘机，安得此鹣鹣！名教自束躬，柔情非所耽；怜卿持门户，鼎俎心已甘！丰狱有埋剑，紫气若烟炎。莫邪独淹抑，干将惨不銛；神物庶终合，造化焉能歼！生当挽鹿车，死当驾云骖』）。
顺治十七年（庚子），四十一岁。
公在临亹（是年，公有「上鲁监国启」。略曰：『臣万里孤踪，一军特立；又惧旁疑他妒，未敢轻达封章。己亥夏，于东瓯晤锦衣指挥陈贵，曾附疏转达。岂意陈贵随囗〈舟宗〉北上，因南师挫衄，流落江上；闻今已往山东。臣自入长江，直夺镇江炮口，传檄而下三十余城，驻札芜湖，水陆兵至万余；岂意藩师溃于金陵，仓卒南旋。臣之孤军，竟陷重地；虏酋百计阻绝归路，贻书招诱。遂焚舟登陆，提三千余众转战千里、相持二十七日，终以势孤援绝，士卒罢败；臣单骑突阵，窜伏山谷中。由间道徒步二千余里，赖义士挟卫，始得生还海上。然志犹未已，力图收烬，散亡渐集；奈囊空斧倾，力不如必。倘浙海决不可支，亦当南帆一觐。昨差官自思明州回，始知移跸金门之信。遵养时晦尚无其地，是臣所为日夕旁皇者也。臣垂翅之余，百事艰难；芹曝之献，容俟后期。锦衣张士魁、杨澄亦经患难，俱得生全；现在臣营，合并具报』。「得朱子成书」诗：『书来惜分手，正忆皖城秋。入海仍精卫，还山尚蒯缑。参差非恨事，仓卒少良谋。异日传「心史」，孤忠冀见收』！按子成，疑即高河卖药朱君字。又「重过桃渚」诗：『一棹天台依旧迷，重来秋爽足攀跻；苔衣糁糁须偏美，石磴鳞鳞齿未齐。梦到赤城霞气近，感深沧海水声低。临流空作桃花想，愧煞仙源是武溪』！「复屯临亹」诗：『十年兵甲满沧洲，此日回戈又上游；人去鹿场仍旧迹，秋高蟹浦足晨羞。空山饿犬声如豹，失路穷黎状似鸠。自笑经营何太拙，误将岛屿作并州』）！
顺治十八年（辛丑），四十二岁。
公引军入闽，次沙关（「神道碑铭」）。时成功取台湾，公遣参军罗子木致书阻之；成功不听（公与成书书略曰：『举大事者，先在人和；立大业者，尤在地利。故晋武以独断而平吴，苻坚又以独断而败于晋；尉陀以僻处而据粤，刘禅又以僻处而亡于魏：则人和地利，审之不可不精也。殿下东宁之役，岂诚谓外岛可以创业开基，不过欲安插文武将吏家室无内顾忧，庶得专意恢剿。但自古未闻以辎重眷属置之外夷，而后经营中原者。或谓女直起于沙漠，我何不可起于岛屿？不知女直原生长穷荒，适彼乐郊，悦以犯难，人忘其死。若以中国师徒委之波涛浩渺之中、拘之风土狉榛之地，真乃入于幽谷。其间感离、恨别、思归、苦穷种种情怀，皆足以坠士气而顿军威；况欲其用命于矢石、改业于耰锄，胡可得也！兹历暑徂寒，攻围未下；无他，人和乖而地利失也。诚能因将士思归、乘士民思乱，回旗北指，百万雄师可得、百十名城可取矣；又何必与红夷较雌雄于海外哉！况大明之倚重于殿下者，以殿下能雪耻复仇也；区区台湾，何与于赤县神州？而暴师半载，使壮士涂肝脑于火轮、宿将碎肢体于沙碛，生既非智、死亦非忠，大可惜矣！思明一块土，何啻桐江一丝系汉九鼎！今守御单弱，兼闻红夷乞师，万一乘虚窥伺，胜负未可知也。夫思明者，根柢也；台湾者，枝叶也。无思明是无根柢矣，安能有枝叶乎？此时进退失据，噬脐何及！古人云：「宁进一寸死，无退一寸生」。使殿下奄有台湾，亦不免于退步；孰若早返思明，别图所进哉！昔年长江之役，虽败犹荣；倘寻徐福之行踪、思卢敖之故迹，纵偷安一时，必诒讥千古。观史载陈宜中、张世杰两人褒贬，可为明盐。夫虯髯一剧，祗是传奇滥说；岂真有扶余足王乎！若箕子之君朝鲜，又非可语于今日也』。公是年有「感事」四首；句云：『筚路曾无异，桃源恐不同』；『童女三千笑，孤儿五百嗔』；『鸠居初得计，蛋市转生疑』：盖为成功作也）。
滇中事急，公复草疏遣职方郎中吴鉏南访，兼会师郧阳，谋救滇（「神道碑铭」：『公孤军裵回两岛，滇中事急，成功方得台湾不能行；乃遣职方郎中吴鉏挟帛书，间道入郧阳山中，欲说十三家之军，使挠楚以救滇』。公「陈南北机宜疏」略曰：『臣本书生，遭逢多难；自经倡议，十有六年。虽栖山横海，备尝艰苦，而恢复未奏，但觉有罪之当诛、实无功之足录。蒙主上纶綍频颁，节钺谬寄；臣感极生惭，愤极思奋。故于己亥五月，随臣成功直捣长江；分道疾驰，孤军深入。不意金陵挫衄，仓卒班师。臣念上游父老夹道遮留，奋不顾身；持战两旬，援绝势孤，遂至溃败。臣突围间行，始得完节而返。复蒙主上遣监臣刘之清賫到专敕一道，时臣方收烬于浙，而使臣又停桡于闽，未获具疏陈谢；至今悚仄！数年之间，远迩听闻，久不知天南确信。事机得失，关系非轻；兹以职方郎中臣吴鉏不惮万里间关，愿得陛陈大计。特具本附奏』。公有「送吴佩远职方南访行在兼会师郧阳」诗；其三曰：『郧江称斗绝，咫尺向夔门。云栈凌霄起，旌旗插壁屯。金貂皆上将，铁马足中原。一见随何檄，还应报国恩』！「谱」注：『桂王己亥入缅，至是三年，李定国连战不利。公集中送吴职方、黎大行，皆海上使探消息者。其冬，缅人献王；明年至滇遇害。是时定国诸军皆在徼外，安得有会师之举？按流贼郝永忠等反正，北保湖南、巴东之间；时有李来亨、刘体仁等十三家，分据兴山、巫山、房山、施州、均州、涪州，声势相倚，所谓郧阳之师者也。后都御史洪育鳌总督湘南诸军事，桂王驻安隆；疏言「十三家抗险据冲，观衅而动；楚、蜀虽失，未有贰志。若有征行，可以兵应」。盖海上诸公之计，谋结郧师以抒滇患，出于无可奈何；事虽不成，亦可悯也。诸野史皆不载，赖阁部诗得以考见』。又曰：『郧师虽与桂王连和，别奉韩本铉为主，改元定武；移书序长幼，不称臣。滇平，陕西总督李国英以七将军出湖南分讨，诸寨据险拒守。癸卯，来亨以疾困甚，合诸寨力斗四昼夜，国英大挫。甲辰，巫山不守，育鳌死之；诸寨继破，韩不终』。按吴佩远名祖锡，嘉善人；与于复社。全氏「吴职方传」：『别号稽田。晚年亡命，更名鉏』）。
康熙元年（壬寅），四十三岁。
公还军临亹（「神道碑铭」）。按公「复曹监军从龙书」曰：『弟栖迟沙关几三月矣。金尽粟空，谁能为景升、仲谋者？只得仍图北返。两番鼓棹，又以石尤留滞。今春风至矣，决计回浙，亦旦晚间事。弟非不知兵力单极，况二阮、一陈俱徘徊闽境，则声势更微。然弟以为宁进寸、毋退尺，宁玉碎、毋瓦全；其素志然也。但不知果能自存否！近有小咏云：「虯髯定拟浮家去，鴈足空传属国还」；又云：「平沙一旅真孤掌，可有天戈灵武间」？感慨系之矣』）。
时滇中已平。夏五月，成功卒于台湾。公三上书鲁监国，不克行（公书一言：『春来阅邸钞，知去年十一月缅夷内变，道虏入缅；致我永历皇帝蒙尘，扈从宗室、官员无一得免，惟吉王自缢以殉，李定国入海、白文选亦遁深山。臣闻变之日，犹谓狡虏诈传，疑信参半。及四月中旬，闻官眷竟从镇江北辕矣。臣以为延平藩当伸大义，而至今寂寂。道路谣传，又有「子弄父兵」之事。臣终夜旁皇，恐孤岛孤军难以持久；况复加以他故，譬尫羸之疾，胸胃转增杂病，其能久乎？只今〔虏〕遣招抚于浙、闽、广每省二人，以解散海上。若不及早经营，则报韩之士气渐衰、思汉之人情将辍；臣惟有致命，以了生平。所惓惓者，主上羁旅岛屿，不独与闽人休戚相关，且与闽海存亡相倚；计闽勳镇正在危疑，不若急用收罗之术，以为拥卫之资。此非欲徼福也，免祸亦宜然；即未暇雪耻也，图存亦宜然。伏乞密与宁靖王及诸搢绅谋之，发愤为雄，以慰遐迩』！二言：『臣违颜以来，忽经十载；百折千回，壮心未已。原非动念勳名，特以越国义旅、鲁邸侍从，止臣一人尚在军次；虽乖哭庭之志，尚图扫境之功。以主上养晦，潜跃宜权。区区之情，盟之幽腑。何期行阙洊染胡氛，攀髯莫逮；延平忽捐宾客，秉钺无人！臣以孤军孑处荒壤，又无蚁子之援；日夜枕戈，与死为邻，亦以死自誓。若轻为移跸，则风鹤频惊；仍栖浯岛，窃恐号召既远，复与臣呼唤不灵。乞与诸搢绅、勳镇熟筹妙策，或扬帆海山、或保据沙关，结纳忠义以绝窥伺』。三言：『去冬缅甸之变，君亡臣死，天下已无复有明室矣！海上犹存一线，真乃天留硕果。顾岛上勳贵罔识「春秋」大义，臣实兵微将寡、饷匮粮穷，见宗国之亡而不能救、幸旧主之在而不能扶，中夜椎心，泪尽继血。但得南国首为推戴，臣敢勿协力扈从。恭进膳银，差官賫献』）。秋九月，监国鲁王卒于金门（「神道碑铭」作『冬十一月，鲁王薨于台』。「谱」言鲁王卒于甲辰，以公祭表有『十九年旄节』语为证；皆误。按鲁王以甲申袭封，至壬寅正十九年。「冬」字或草书「九月」二字之误；「十一月」则「十七日」三字，因「冬」而改。当时纪载，传写鱼虎，往往有此。惟全氏「画像记」亦云甲辰卒，与碑不合。此当从左尹书）。
