首先正是非，辨忠奸。否则下一代的青年不知所取，今天负教育责任的人，岂不都成了国家的罪人？
抗日战争结束后，远在西南边陲的北京大学等单位需要尽快返回北平。当时人们把这一行动称为“复员”。傅斯年逝世后，朱家骅在回忆文章中说：“抗战胜利，各校复员，北京大学地位重要，我和他商量，想请胡适之先生担任校长，他也竭力的主张，不过胡先生不能立即回国，结果，又把代理校长推到他的身上。他当时虽表示不愿意，但北大是他的母校，而胡先生又是他的老师，我以大义相劝，也不得不勉强答应。”所谓勉强答应，是因为朱家骅与傅斯年商量时，傅的心血管病已经非常严重，因此到了胡适回国以后，朱家骅就劝他去美国疗养。临行的时候，傅斯年送他一张照片，还说了一句很沉重的话：“这次出去，能否再见，难说得很，希望以此为念。”听了这话，朱家骅非常难过，但也只能表示安慰。
在此之前，傅斯年于北大校庆时曾经表示：蒋梦麟的学问不如蔡元培，办事却比蔡先生高明；他自己的学问不如胡适之，但他办事的能力也比胡先生强。因此他半开玩笑地说：“这两位先生的办事，真不敢恭维。”蒋梦麟听到这番话以后，幽默地对他说：“孟真，你这话对极了。所以他们两位是北大的功臣，我们两个人是北大的功狗。”由此可见，朱家骅选择傅斯年担任北京大学代理校长，是很有道理的。
傅斯年代理北大校长后，有两件事给人留下深刻印象。
一是接收校产尽心尽力。
一九四五年九月，傅斯年以北京大学代理校长身份参加在重庆召开的全国教育善后复员会议。随后他派陈雪屏、郑天挺、杨振声、曾昭抡等人回到北平接收北大校产，为学校复员做准备。不久傅斯年也抵达北平。在以后的短短半年中，他还争取到北大周围的许多敌伪房产和无主民房，其中包括相公府、东厂胡同的黎元洪故居、旧国会大厦等建筑。于是，他在致敌伪产业处理局等部门的公函中称：“查本校复员在即，需用房屋至为迫切。兹将邻近本校之敌伪房产地址开具清单，敬希惠察，允将单列各处暂为拨借应用，或订价购置以济急需。”在致河北平津区敌伪产业处理局的公函中称：“查中老胡同三十二号房舍系敌伪产业，经交通部平津区特派员办公处拨交敝校应用业已接收清楚，相应函达查照，即请赐予备案。”在致李宗仁、孙越崎、熊斌的电报中称：“本校校址不敷亟等购置民房，拟请将后门、沙滩、马神庙、南北池子、皇城根、南夹道、南河沿一带及西四至西单间之敌伪房产尽先拨归本校价购以资应用。”据陈雪屏回忆，傅斯年经常对他说：“关于行政上的业务，我们应先替胡先生办好，将来不劳他操心，即以校产为言，他断不愿和别人抢东西的。”这说明朱家骅让傅斯年代理北大校长，确实是明智之举。
二是拒绝伪北大教员继续留任。
抗战胜利后，如何处置日伪时期北平大专院校的师生，是教育当局面临的一个难题。陈雪屏等人回到北平后，根据教育部命令成立北平临时大学补习班准备安排学生。由于人手不够，陈聘用了一些日伪时期的教员讲课。但这时傅斯年已在重庆发表声明，为保持北京大学的纯洁，坚决不录用伪北大的教职员工。一九四五年十一月，傅斯年抵达北平时，陈雪屏等人到机场迎接。傅斯年见到陈雪屏后的第一句话，就是问他与伪大学的教师有没有来往。陈雪屏如实回答后，傅斯年很不满意，他激动地说：“汉贼不两立，连握手都不应该。”
那些在日伪时期担任过教职员的人听说傅斯年坚决不录用他们，便四处活动，要求继续留用。他们甚至向北平行营主任李宗仁请愿，还有人在报纸上发表致傅斯年公开信，申述他们留下来充当日伪教员的理由和苦衷。这些理由和苦衷也得到不少人的同情，就连陈雪屏也认为，除了极少数人甘心附逆之外，大多数人是由于各种原因留下来的，因此不必过于认真。对此，傅斯年再次发表声明，重申不用日伪教职员的决心。他说：抗战开始后，北大是请全体教职员内迁的。事实上，除了周作人等一两个人以外，其他人都应该响应。即使是因为种种原因不能内迁，也可以到辅仁大学或燕京大学任教。因此，那些到伪北大任教的人与北大毫无关系。他还说：“学校是陶冶培植后一代青年的地方，必须要能首先正是非，辨忠奸。否则下一代的青年不知所取，今天负教育责任的人，岂不都成了国家的罪人？”基于上述原因，他坚决表示：“无论现在将来，北大都不容伪校伪组织的人插足其间。”
一九四六年八月，已经卸去北大代理校长的傅斯年在《经世日报》发表《漫谈办学》的文章提出，要办好一所学校，应该从四个方面着手：第一，面对教师们“衣食无着”的困境，政府要尽快调整教职员的待遇，否则就是没有尽到责任。第二，为了不至于误人子弟，学校应该尽最大努力把自己的事情办好。第三，学校要有合理的纪律，否则就会风潮不断。第四，学校要有良好的学风，其中“包括自由的思想，规律的行动，求学的志愿，求真的信心，师生相爱的诚意，爱校爱国爱人民的愿心。”在文章结束时他自豪地说：“我这几个月负北京大学的责任，实在一无贡献，所做都是些杂务的事，只有一条颇堪自负的，便是‘分别泾渭’，为北京大学保持一个干净的纪录。”
