回国后，宋耀如立即投入工作。本着唤醒民众的理想，他满怀热情地进行传教活动，先是在街上公开讲道，但民众根本不懂他在讲些什么，他的美好愿望只能是一厢情愿，他的讲解只是对牛弹琴。为了便于在国内传教，宋耀如不久即改换了装束，完全一副中国人打扮，脑后留着一条辫子，身着短褂小袄，头戴布帽，脚蹬布鞋，他的外观已让人看不出他是出洋回来的牧师。尽管宋耀如一直以最虔诚的宗教热情在传教、讲道，但他的工作不但不为民众所理解，而且由于和林乐知的矛盾，他甚至在美国监理会布道团中未被委以任何职务。不久，林乐知派宋耀如去苏州牧区的昆山任职，并责成他在当地建一座教堂，经费须自筹。对宋耀如来讲，在当地民众普遍憎恨洋人、洋教的情况下，传教本已是件艰难的事，建洋教堂更得不到人们的支持，甚至还成为乡民攻击的目标。正如有人对他说的：“你要造教堂，我们就来拆！”为了筹措经费，宋耀如在传教之余，“重操旧业”，进行了经商活动，很快他就赚到了一大笔钱。之后宋又被派到上海西南的七宝镇，通过经商得来的资金，他在传教的同时又在当地筹办了一所教会学塾、一个儿童乐园及一间医药所。1888年9月，美国监理会中国教区第三届年议会决定宋耀如由见习牧师转为正式牧师。
在教会学塾，宋耀如向学生们讲述美国的独立战争、林肯总统和他的有关民主与自由的主张，号召人们起来反对封建专制。宋耀如的言行不仅得罪了清廷，也为美国监理会所不容，林乐知为此对宋耀如进行了种种刁难与限制，每月给宋耀如的薪水不足以他维持生活。为了能够自由地开展传教工作，不受制于外国教会和传教士，真正地为中国的教徒和国民作出有益的贡献以达开启民智的目的，同时也为了养活妻儿，1892年，宋耀如剪掉了为利于传教而留起的辫子，辞去布道团的职务，转而经商。“从此，我同中国的半奴隶制决裂，同你们——不公正的监理会教会决裂！”并声明：虽然脱离美国监理会，辞去该会牧师，但仍是卫斯理信条的崇奉者，仍是传播福音的基督教牧师。
自开始经商，宋耀如以他精明的头脑、灵活的经营方式、良好的信誉，总是能赚到大笔的钱，他还将它们用在了传教布道、帮助当地民众的事业上。1889年宋耀如回到上海后，为了干一些自己想干的、有利于国家和民众的事情，他同时出任了几家洋行的买办，因为头脑灵活，很快他就腰缠万贯了。有了一定财力后，宋耀如于1890年2月开办了一家印书馆，取名“华美”，他打破常规，大胆地用廉价的中国纸张印刷《圣经》，价格因此大大降低，销量则迅猛上升。仅此一招，就使宋耀如发了财。他还大量翻印西学书刊，介绍西学。以后他又筹建了面粉厂等一些生产性事业，渐渐地成了一个富有的资本家。美籍作家海伦·斯诺说：“在历史上，新教原是工业革命的先驱，查理·宋这位新教徒，比他的支持者更有作为，他深深感到中国工业的贫乏和劳动力的惨况，便亲手帮助建立面粉厂和纺织厂，成为上海第一个外国机器的代理商。查理·宋对中国工业化的兴趣，影响到他整个家庭。”的确，在宋耀如的六个儿女中，三个儿子日后均从事经济活动，长子宋子文更是在较长的时期内直接掌握中国的财经大权。宋耀如的三个女儿虽不在经济界任职，但她们所从事的活动直接、间接地与经济、与中国的工业化发生过密切的关系。抗战时期，三姐妹共同参与的“中国工业合作运动”就是一个典型的例子。
在当时的中国，既传教又经商的人并不多见，宋耀如更是“出类拔萃”，他不仅是个虔诚的基督徒，而且是个成功的资本家；他不仅经营有道、财运亨通，而且热心慈善事业，具有强烈的爱国心。1892年5月当美国国会通过了一项排华法案时，宋耀如毅然放弃赢利的机会，联络一些爱国的商人，组织了一次小规模的抵制美货行动。面对前来求情的美国商人，宋耀如说了这么一段话：“一个是国家、民族的利益，一个是私人交谊、私人感情。如果可能，请电告你们的政府，它的失去理智的政策会引起东方巨狮更猛烈的反扑的！”在美国人眼里，“一个在美国长大的具有美国作风的中国牧师在使美国商人头痛了”。
宋耀如热心传教和实业，同时也向往革命，结识了不少革命志士。1894年，经朋友的介绍与牵线，宋耀如在上海结识了正取道上海准备北上天津上书李鸿章的孙中山，两人一见如故。孙中山从天津回到上海后，宋耀如联系中文版《万国公报》编辑部，把孙中山的“上李鸿章书”改成短论形式，在《万国公报》第9、10号上发表。这期间，孙中山、陆皓东和宋耀如三人在宋耀如家里“屡作终夕谈”，宋耀如与孙中山等革命志士还经常聚集在宋耀如的印刷厂里，通宵达旦地交换有关革命问题的意见。对清廷专制统治的不满，对西方民主与富强之学的崇尚，使两人很快结为密友，孙中山成了宋耀如家的常客。就在这一年的12月，宋家的第一个男婴在上海同仁医院呱呱落地。宋耀如给孩子取名“宋子文”(其名字的英文缩写T.V.Song为宋子文所常用，也为人们所熟悉)，希望他将来像民主革命先行者孙文(孙中山)一样在中国传播西方的民主政治与富强之学。
在父亲的影响下，宋家的孩子都非常喜欢孙中山，视他为可敬可亲的叔叔，霭龄与庆龄还常常参与大人们的活动。有一回，宋耀如和孙中山正在家讨论建造20万里铁路的计划，谈到兴浓处，两人不禁动手制作起来，他们搬开了客厅里的东西，在地板上画出全国地图，标上各省各城的名称，然后叮叮当当制作小铁轨和小机车，在场的霭龄、庆龄开心得不得了，手舞足蹈地过来帮忙。经过一番摆弄，他们居然搭出了自己能行走的小机车。当这列小机车从地板上的这个省驶入那个省，从这个城市到达那个城市时，大人和孩子们一起欢呼雀跃起来。宋耀如得意地称它为“二十万里铁路模型”，霭龄马上接口说：“长大了，我要造很长很长的铁路。”没想到20年后，她真当上了全国铁路督办孙中山的秘书，参与制订营建20万里铁路的计划。
宋耀如不仅赞同孙中山的思想，与他共同探讨救国方法，而且尽其所能地支持孙中山领导的资产阶级民主革命。他曾多次冒着砍头的危险，在他的华美印书馆以印刷中文《圣经》为掩护，秘密印刷反清和传播革命思想的宣传品。为了支持革命，宋耀如不止一次地倾囊而出，坚持不懈地向孙中山提供经费，将其视为自己责无旁贷的事。在孙中山的早期革命活动中，宋耀如的捐助曾在较长时期内成为其重要的经费来源。这是宋氏家族与孙中山及其领导的资产阶级民主革命之渊源关系的有力佐证，也是宋耀如的后代日后引以为傲的资本。1988年7月，国民党在台北召开第十三次全国代表大会，当时蒋氏父子均已离开人世，作为元老派代表的宋美龄在会上发表了题为“创新而不忘旧，前进而不忘本”的意味深长的谈话讲词，其中回顾了他父亲及其全家与国民党及国民革命的渊源关系，她说：“国父九十四年前革命创党，先俨耀如公为总理密切伙伴，掩护同志筹助经费，余家为秘密集会处所之一，因而招致清室悬赏通缉，被迫举家仓促逃避东瀛。”
长期以来，宋耀如一直保持着秘密革命者的身份。以何种身份从事革命活动，宋耀如和孙中山之间曾就此问题进行过一次推心置腹的讨论。那是在1905年孙中山在东京发起成立全国性的革命团体——中国同盟会之后，宋耀如应孙中山之请抵达日本，两人就宋耀如是否加入同盟会领导层进行了一场交谈。《宋氏家族第一人》一书对此事有这样一段描述：
“查理兄，我请你来，是想请你加入同盟会的领导层。”——这很出乎宋耀如的意料，他从来没有想过当一名政治领袖。见宋耀如默不作声，孙中山解释道：现在同盟会的多数成员反清的怒火虽极为炽烈，但真正有远见卓识的并不多。特别是一些二十岁上下的留学生，对三民主义、三权分立的思想，兴趣很淡薄，一心所想只在推翻满清。“对美国最了解的是你。你不仅知道美国的好处，还深悉它的弊病。我们都懂得中国革命一定要取欧美之长，避欧美之短，前车之辙，后车可鉴。欧美现在陷于重重矛盾，面临社会革命。所以我常对党内同志讲，吾党应高瞻远瞩，不能只注目种族、政治两大问题，应当毕其功于一役，将最困难的社会问题一并解决，方才可能建设一个世界上最美好富强的国家。”
孙中山停了一停，苦笑，又说“：可是，有人当面说我理想太高。意思是我空想，放大炮，他们认为只要推翻满清，革命就算成功了。”
“所以，你就想有理解你的人进入领导圈子？”
“对，查理兄，我想请你任总部的评议长。”
宋耀如现在已经从刚刚的惊奇转入平静的思考了。进入同盟会的指挥机构，这对他这样忠贞的革命党人，热心于社会活动的救世主，无疑是有吸引力的。因为这可以直接领导反清革命的潮流，是人生的大快事呀。但是……“问题是我以什么身份出现对革命大业更为有利？同盟会已经不要秘密革命家了？”
“当然需要。只要革命没有成功，就需要秘密的革命家。”
“那我就做这样的秘密革命家吧。上帝赋予我们不同的使命。上帝选择我当一名牧师，当一名爱国的牧师，拯救国人的灵魂才是我的天职。”
孙中山见他主意已定，知道强留是不成的。况且，同盟会确实也仍然需要他这种特殊身份的人。因此就将这个话题放下了，开始与他讨论起正在草拟的同盟会章程来。
此后，宋耀如一如既往地以秘密革命者的身份辅助孙中山，支持革命运动。
在孙中山的革命生涯中，他领导的资产阶级革命曾屡遭挫折，但宋耀如始终相信他、支持他，认为实现共和，非孙莫属。1911年12月25日，孙中山在海外得知武昌起义的消息后，回国抵达上海，宋耀如和长女霭龄到码头把孙中山接到自己家里，与诸革命党领袖人物秘密集会，磋商要事。接着，宋耀如夫妇带着霭龄、子文等子女到南京参加1912年元旦举行的临时大总统孙中山的就职典礼，并将这一消息写信告诉了正在美国读书的宋庆龄、宋美龄姐妹俩。袁世凯窃取革命政权后，孙中山于4月搬出南京总统府来到上海，宋耀如坚留孙中山住在自己家里。孙中山十分感慨宋耀如20年来不变的革命信念，他在4月17日《致李晓生函》中说：
宋耀如乃“二十年前曾与陆烈士皓东及弟初谈革命者，二十年来始终不变……弟今解职来上海，得再见故人，不禁感慨当年与陆皓东三人屡作终夕谈之事”。孙中山担任铁路总监后，宋霭龄任孙中山的秘书。孙中山计划第一步要在10年内修筑20万里的铁路，宋耀如与女儿霭龄随同孙中山一起坐火车到全国各地周游勘察，制订规划。1913年2月，宋耀如随孙中山赴日本考察铁路事业。不久，孙中山领导的“二次革命”失败，在北洋政府的大肆追捕下，孙中山于8月逃亡到了日本。
随后，宋耀如也被迫举家避难日本，先在东京，后在横滨租赁了一幢别墅式的寓所。1914年宋耀如夫妇率儿女回到上海，住霞飞路。当时，像宋家这样举家与革命发生直接或间接关系的，实属凤毛麟角。
当然，宋耀如与孙中山之间也有过矛盾，主要体现在两件事上。一是关于宣誓效忠问题。“二次革命”失败后，孙中山痛感革命党人内部意见之分歧，人员之涣散，为团结中华志士，再图革命，他决定筹建中华革命党，并重新规定，凡欲入党者，均须在誓约上写明“服从孙中山再举革命”，并加盖指模。当时，许多人反对这种做法，宋耀如也认为此举过于极端，但为了革命大业，最后他还是让步了，虽不赞成这种行为但还是帮着孙中山去说服别人。二是反对女儿庆龄嫁给孙中山。当宋庆龄背着父母与孙中山完婚后，当时的上海盛传宋耀如与孙中山绝交的消息，并说得有鼻子有眼儿。时值袁世凯准备复辟帝制，革命形势十分严峻，宋耀如的情绪日益变坏，不知个中底蕴的人便传出各种流言飞语，有人甚至说宋耀如正在逼着自己的女儿与孙中山离婚。为了阻止别有用心者继续造谣生事，也为了维护孙中山和宋庆龄的声誉，宋耀如夫妇特意定制了一套精美的家具，置办了丰足的嫁妆，并故意张扬地将这些东西寄送给新婚不久的女儿。只是宋耀如与孙中山、宋庆龄夫妇之间的关系似乎从此有了一些隔膜。
1916年以后，宋耀如因种种原因，不再参与革命活动，之后身体越来越坏，及至不能行动。病危之际，三个女儿一道在父亲病榻旁“随俟在侧”。1918年5月3日，宋耀如在上海病逝，享年55岁。
