万历三十四年（1606），册封使夏子阳记载随船的琉球人员“望见古米山，夷人喜甚，以为渐达其家。”
天启元年（1621）茅元仪编纂的《武备志》，其中的《海防·福建沿海山沙图》也列入了钓鱼岛、黄毛山、赤屿诸岛。
崇祯二年（1629），茅瑞徵著《皇明象胥录》，其中提及“福建往（琉球）……望见古米山即其境。”
以上史料都证明福建与琉球航线上的姑米山（古米山）之东北，才是琉球故土。有关记载都确认明代中国与琉球的边界在中国的赤屿及琉球的姑米山之间。
四、清代福建台湾与琉球的划界
清朝于1964年进入北京后，取代明朝成为中国的新一个朝代。它自然继承了明朝的一切领土及权宜，清代中琉分界仍然沿袭明朝的界限。康熙二十二年（1683），汪楫出使琉球，他的《使琉球杂录》记载：“二十五日见山，应先黄尾而后赤屿，不知何以遂至赤屿。未见黄尾屿也。薄暮过郊（或作沟）……问：‘郊之义何取？’曰：‘中外之界也。’”闽南语中的“郊”和“沟”是同音的。位于赤屿及姑米山之间有一条黑色的海流，水流速度较高，小渔船很难冲过海流。因此，自古以来，中琉双方渔民以沟为界，形成各自不同的捕鱼区。在这一前提下，汪辑会提出，这条海沟是中外之界。这一边界是继承明朝的。
同为康熙二十二年（1683），清朝统一了台湾，而后允许中国沿海之民到海外贸易为生。此后的闽人大举向琉球及日本发展，使中琉关系及中日关系都更为重要。由于琉球南部岛屿和台湾东部山区隔海相望，双方便有了进一步划分界限的问题。
康熙五十九年（1720），出使琉球的清朝使者徐葆光为编写《中山传信录》一书，与琉球的学者反复交流。他听说中山国有《中山世鉴》一书，便向琉球方面请借此书。《中山世鉴》为琉球亲日派首领羽地朝秀（向象贤）编著，编成于清顺治七年（1650）。书中收录陈侃《使琉球录》的文字，也照抄了陈侃的一句话：“见古米山，乃属琉球者。”反映了他对陈侃的记载并无质疑。
此外要注意的是，琉球36岛的范围，完全是由琉球人自述的，他们因而得以将台湾东部的许多岛屿列入36岛范围，其中不少岛屿本是台湾的附属岛屿，离台湾岛仅有数十海里。据琉球人的解释，这些岛屿也被划入了琉球。就是说，琉球人在这次划界中，实际上是得到很多的。他们的领土向东南的延伸，得到了清朝的承认。但是，就是以这些图为据，琉球人本岛之外的36岛中，也没有包括钓鱼岛，这也证明钓鱼岛列屿是属于中国的。以后的中国文献一直证明这一点。
乾隆二十一年（1756）周煌所著《琉球国志略·山川》记载：“琉球，环岛皆海也。海面西距黑水沟与闽海界，福建开洋至琉球，必经沧水过黑水。”
乾隆三十二年（1767）奉乾隆帝绘制《坤舆全图》的法国传教士蒋友仁（MichaelBenoist），在其图中给出了“好鱼须（钓鱼屿）”、“懽未须（黄尾屿）”、“车未须（赤屿）”诸岛，其设色与中国内地及台湾岛相同。
嘉庆五年（1800），出使琉球的清朝使者赵文楷在《槎上存稿》中说：“十一日见古米山，近琉球矣。”
嘉庆十三年（1808），出使琉球的清朝使者齐鲲记载：“闰五月十三日，午刻见赤屿，又行船四更五，过沟祭海。”可见，按齐鲲所载的界沟，应在赤屿之外“四更五”的水程。他的《航海八咏·姑米山》之诗题下注：“此山入琉球界。”
以上史料都证明，中国与琉球之间往来五六百年，两国之间有一道双方承认的习惯边界，这条边界即在钓鱼岛列屿的赤屿及琉球的姑米山之间。
五、日本和冲绳文献中的中琉划界问题
明代琉球国琉球国留下的文献很少。清代琉球国留下最早的文献是《中山世鉴》一书，该书在谈到琉球领土时，主要引用明嘉靖十三年（1534）出使琉球使者陈侃的著述；其后还有程顺则的《指南广义》等书。《指南广义》用两页分别记载航路上的诸屿，而其记载古米山和马齿山，都指出（琉球）“国人”的观点。而记载赤尾屿、黄尾屿、钓鱼台等，便不表意见，可见，他很明确琉球和中国的分界。
——鞠德源《日本国窃土源流——钓鱼列屿主权辨》
这幅图清晰地绘出琉球中山国所辖36岛图，其中没有钓鱼岛列屿。这表明，琉球人自己也不认为钓鱼岛是琉球的领土。
关于林子平《三国通览图说》的附图，井上先生说：“我在东京大学附属图书馆看到过一本，那个‘琉球三省及36岛之图’画在一张宽54.8厘米、长78.3厘米的纸上。图中央题有‘琉球三省及36岛之图’，左下方有一行‘仙台林子平图’的署名小字。这张地图是彩色印刷的。东北角是日本鹿儿岛湾附近至其南方的‘吐葛喇’列岛，被涂为灰绿色；自‘奇界’（鬼界）岛向南，奄美大岛、冲绳本岛至宫古、八重山群岛的原琉球王国的领地被涂成了浅灰色；西面的山东省至广东省的中国本土涂上了淡红色；另外，台湾及‘澎湖36岛’被涂成了黄色。图上还印有从福建省的福州到冲绳本岛的那霸的南北两条航线。南航线上由西向东排列着花瓶屿、彭佳山、钓鱼台、黄尾山、赤尾山。这些岛屿都徐上了与中国本土一样的淡红色。北航线上各个岛屿就更不用说，颜色也和中国本土的一样。从这张图上可以看出林子平是把钓鱼群岛看作中国领土的，这是一目了然，毫无疑问的。”
日本在明治维新后，开始了现代化过程，同时也开始“开拓”海外的历史过程。明治幕府中有一班人主张吞并琉球，因而开始了对琉球史地的研究。在这一背景下，日本人出版了两部有关琉球的专著。其一为大槻文彦的《琉球新志》。据在日本生活过的鞠德源介绍，此书由日本国书刊行会出版于明治六年（1873）大槻文彦：《琉球新志》，国书刊行会明治六年（1873）版。见鞠德源：《日本国窃土源流——钓鱼列屿主权辨》，北京，首都师范大学出版社，2001，第380页。。又一本书是伊地贞知馨的《冲绳志》，据鞠德源的介绍，此书出版于明治十年（1877）。可惜的是，鞠德源未曾介绍此书的版本。由于这两本书主张对外扩张，因而得到了当时日本外交部的推崇。鞠德源：《日本国窃土源流——钓鱼列屿主权辨》，北京，首都师范大学出版社，2001，第391页。其中更引人注目的是，伊地贞知馨的《冲绳志》出版于日本宣布吞并琉球之际。1875年，日本出兵琉球阻止琉球向清朝进贡。1879年，日本正式宣布对琉球废藩置县。当此之际出版的《冲绳志略》，当然具有特殊意义。伊地贞知馨写这本书之时，曾经四赴琉球诸岛考察，因此，他在写这本书之时，对琉球所辖每一个岛都有详细的描述，在其所写的琉球诸岛介绍中，并未将钓鱼岛列屿包括进去。
我在日本时，看到同为伊地贞知馨所著的《冲绳志略》，出版于明治十一年（1878），该书全面介绍了冲绳的36岛，其中也没有包括钓鱼岛。
六、清代福建与台湾的分界问题
清朝统一台湾之后，设立了台湾府，台湾岛由台湾府管辖。那么，钓鱼岛列屿此时由谁管辖？就目前的史料来看，因钓鱼岛离台湾岛较近，习惯上由台湾府管辖会方便些。乾隆年间考察台湾的黄叔璥在谈到台湾防御问题时，曾提到了钓鱼岛。他的《清台地莫若先严海口疏》写道：“近海港口，哨船可出入者只鹿耳门、南路打狗港、北路蚊港、笨港、淡水港、小鸡笼、八尺门，其余如凤山大港、西溪、蚝港、蛲港、东港、茄藤港、放索港、大昆麓社寮港，后湾仔诸罗、马沙沟、欧汪港、布袋澳、茅港尾、铁线桥、盐水港、井水港，八掌溪猴树港、虎尾溪港、海丰港、二林港、三林港、鹿仔港、氷里港、牛骂、大甲、猫干、吞霄、房里、后垄、中港、竹堑、南嵌、八里坌、蛤仔烂，可通杉板船；台湾州仔尾、西港仔，湾里凤山、喜树港、万丹港，诸罗海翁堀、崩山港，只容舟古仔小船；再凤山岐后、枋寮、加六堂、谢必益、龟壁港、大绣房、鱼房港，诸罗□仔、穵象领，今尽淤塞，惟小鱼船往来耳。山后大洋北有山名钓鱼台，可泊大船十余。崇爻之薛坡兰，可进杉板。”黄叔璥：《台海使槎录》卷二，赤嵌笔谈，武备。《全台文》第52册，第40~41页。
黄叔璥的这篇奏文是研究清军对台湾的控制。台湾岛的西岸大多是浅滩，东岸是陡峭的山崖，因而，台湾南北，适于停船的港口并不多。鉴于这种情况，清军只要控制台湾的大小港口，就能有效地控制台湾。黄叔璥注意到这一点，便全面研究了台湾的港口。其中，也提到了“山后大洋北有山名钓鱼台，可泊大船十余”。
乾隆十二年（1747），范咸编成的《重修台湾府志》在其中的“海防附考”中，全文转载黄叔璥的这段话：“山后大洋北有山名钓鱼台，可泊大船十余。崇爻之薛坡兰，可进杉板。”范咸：乾隆《重修台湾府志》卷二，规制，海防附考，北京，中华书局，1985年影印《台湾府志》乾隆十二刊本，第1468页。
乾隆二十九年（1784），余文仪等人编成的《续修台湾府志》，也全文引用了黄叔璥的这段话。“府志”、“县志”等地方志，是中国史书中主要记载地方行政的政书，它明白记载着各级机构的管辖权，所以，钓鱼岛列屿被列入《台湾府志》，实际上说明台湾府对钓鱼岛的管辖权。进一步而言，它证明福建省对钓鱼岛的管理由福建省掌管下的台湾府直接管理。
又如清末光绪十九年（1893）十月，慈祥太后服用盛宣怀所进药丸有效后，给其颁发了一道圣旨：“盛宣怀所进药丸甚有效验，据奏，原料药材来自台湾海外钓鱼台小岛。灵药产于海上，功效殊乎中土，知悉。”慈禧因而将“钓鱼台、黄尾屿、赤屿三小岛赏盛宣怀为产业，供采药之用”。其文中将钓鱼台列屿当做台湾所附岛屿。对于这道圣旨，海峡两岸的学者检查故宫所藏原档，没有发现相应的记载，而且诏书上所盖印章也不是慈禧常用的印章，因而断其为盛宣怀私下请宦官盖章的文献。此处无意探讨诏书的真伪，只是想说，这份19世纪的文献，将“钓鱼台、黄尾屿、赤屿三小岛”视为台湾的附属小岛。
由于清代钓鱼岛列屿被划入台湾府范畴，台湾建省后，钓鱼岛列屿自然归属台湾省管辖，所以，中国在甲午战败后，被迫割让台湾之时，对中国来说，钓鱼岛列屿也就被日方占有了。据吴天颖对日文《台湾匪贼征讨附记》一书研究，日本的台湾总督桦山资纪准备接收中国被迫割让之台湾时，在其第一号命令中，令日本舰队集中于台湾淡水港附近之集合地。其后命令中，又指出这一地方为台湾淡水港北方约90海里之位置。之后，桦山又发出“总督发出训示”一令，其中第三条指明，这一地方“即为北纬二十五度二十分，东经一百二十二度，即小阁岛迤南五海里处。各官员到该地点待命。”吴天颖：《甲午战前钓鱼列屿归属考——兼质日本奥原地敏雄诸教授》，北京，中国社会科学出版社，1994，第116~119页。就此而言，当时日本人即将钓鱼岛海面当做台湾的部分海域。
1943年中美英三国《开罗宣言》明确规定：“要使日本所窃取于中国之领土，例如满洲、台湾、澎湖列岛等，归还中国。日本亦将被逐出于其以武力或贪欲所攫取之所有土地。”1945年中美英三国敦促日本投降的《波茨坦公告》强调：“《开罗宣言》之条件必将实施。”其后日本政府接受以上条件投降。此后日本的领土便只限于本土四岛。二战结束后，美国又迫使日本签订《旧金山和约》，“这一条约中涉及琉球主权内容的第三条是这样表述的：日本对于美国向联合国提出将北纬二十九度以南之南西诸岛（包括琉球群岛与大东群岛）、孀妇岩岛以南之南方诸岛（包括小笠原群岛、西之岛与琉璜列岛）及冲之鸟岛与南鸟岛置于联合国托管制度之下，而以美国为唯一管理当局之任何提议，将予同意。在提出此种建议，并对此种建议采取肯定措施以前，美国将有权对此等岛屿之领土及其居民，包括其领海，行使一切及任何行政、立法与司法权力。”百草止水：《琉球独立和钓鱼岛的归属》，网上文章，2007年4月5日。
日本在第二次世界大战失败之后，承认放弃台湾的领有权，由于当时钓鱼岛归台湾管辖，所以，从法理上而言，日本已经放弃对钓鱼岛列屿的管辖权。由于钓鱼岛列屿原是中国的领土，很显然，钓鱼岛列屿应属中国所有。在中国方面，它属于台湾省。进一步说，属于台湾省的宜兰县。
