昔日叔侄，今日敌人。这就是建文帝朱允？与其四叔，即日后的成祖朱棣之间的关系。当建文帝在位之时，朱棣曾经为被削藩的周王送上奏书说情，建文帝“观之戚然”，颇受感动，曾一度想罢手。还把燕王的奏书交与爱臣齐泰、黄子澄看，想就此罢了削藩之事。但二人经过一夜的商量，认为燕王最为可虑，极力劝说建文帝加快削藩。
而早在洪武二十五年（1392年），皇太子朱标薨时，朱棣就已动窥位之心。在诸王封国时，僧道衍（姚广孝）就去求见燕王朱棣，说“大王使臣得侍，奉一白帽与大王戴”。“白”加“王”上为皇，与其说这和尚有识皇之眼，不如说朱棣早有不臣之心。
周王朱□被逮后，素来就心怀异图的朱棣抓紧时间招兵买马，挑选壮士为卫军，又四处召集异人术士。同年年底，建文君臣已知悉燕王举动之不寻常，并采取了一些措施提防朱棣。
建文帝先以防备北边蒙古为名，派武将戍守开平，并下令征调燕王所属卫兵出塞。派人随时随地侦察这位王爷的动静。同时，朱棣的大舅子徐辉祖（功臣徐达之子）常常把从妹妹那里打听来的关于燕王的信息密禀于建文帝，大见效用，被加封为太子太傅，与李景隆一起统管军队，随时准备发动图燕之举。
建文元年（1399年）春天，燕王派长史葛诚入京奏事，其实也是到朝廷探听口风，打探虚实。建文帝以诚相待，向葛诚询问燕王的情况。葛长史乃老实人，又是皇帝垂问，便把燕王平素的不轨之事一一禀报，建文帝就遣葛诚回北平，密使其为内应。
三月份，燕王依礼入觐新君，大庭广众之下，朱棣一副盛气凌人的样子。当时就有监察御史奏劾其“不敬”。
四月，燕王朱棣归国。建文帝失去了处治他的最好机会。在南京如果想处置燕王朱棣，随便安个什么罪名，先抓起来再说。可惜建文帝太过柔弱，也不知一直出主意削藩的齐泰和黄子澄等人干什么去了，关键时刻不力劝建文帝下手，放虎归山，悔之莫及。
当然，建文帝也采取了一些“补救”措施――除了派都督耿□掌北平都司事、都御史景清为北平布政司参议、派宋忠率三万兵屯守开平等措施以外，又以备边为名，敕令燕王府精兵护卫皆隶属宋忠。同时，还密诏张芮、谢贵严防燕王的一举一动。
可是朱棣归国后，马上托疾不出。不久，对外又称病危，以此迷惑朝廷。五月，太祖朱元璋忌日，依照礼制诸侯王皆应亲临陵墓致祭。朱棣自称病笃，派世子朱高炽及另外两个儿子朱高煦、朱高燧入京。燕王世子朱高炽等三兄弟入京，兵部尚书齐泰就劝建文帝把三个人都一并软禁起来。又是黄子澄有异议。魏国公徐辉祖入殿密奏，说：“我这三个外甥中，唯独朱高煦勇悍无赖，非但不忠，又会叛父，他日必为大患。”建文帝犹豫不决，又向徐辉祖弟弟徐增寿和驸马王宁问计，这两人平时和燕王及其三子关系密切，常常一起饮酒纵马欢歌，自然都是说好话，建文帝“乃悉遣归国”。
本来，朱棣派三个儿子入京后不久，便忽然生悔，生怕三个儿子被他们当皇帝的堂兄弟一网打尽。看见三个人毫发无损，安然返回，朱棣不禁喜出望外。建文帝放朱棣回北平，一错；又放燕王世子朱高炽等人归国，使朱棣起兵更了无顾忌，二错；特别是放走了强悍善战的朱高煦，三错。日后，朱棣之兵锋最锐且关键时刻加一把力者，就是这位朱高煦。
既然已放虎归山，建文君臣就应该观变待时，不要激起朱棣急反之心。可是，建文元年七月，建文帝又遣人逮捕燕王官校于谅、周铎至京杀头，并下诏谴责朱棣。为了争取时间，朱棣装疯，于北平市中狂呼乱走，夺人酒食胡吃海塞，胡言乱语，躺在地上打滚叫骂，整天地假装不省人事。
张芮、谢贵入王府“探病”，盛夏暑天，看见朱棣披着大棉被在一个大火炉子前“烤火”，连连摇头大呼“冻死我了”！张谢两人密奏，建文帝等人还真有些信以为真。幸亏有燕王长史葛诚为内应，密报朱棣即将举兵。兵部尚书齐泰确实也当机立断，马上发符遣使，命有司迅速前往北平，逮捕燕王府邸内相关人等，并密令张芮、谢贵等人伺机行事。同时，又密敕北平都指挥使张信，因其一直为燕王亲信，于是命他亲自逮捕朱棣。张信策马至燕王府邸，对朱棣推心置腹地说明了情况，朱棣不敢再装，连忙从床上滚落向张信下拜，说：“您救了我一家人的命啊！”随即，两人密语多时，又把僧道衍召入，一起计议起事。
与此同时，张芮、谢贵等人手执建文帝所下逮捕燕王府官以及削夺燕王爵号的诏书，率领北平七衙属吏及屯田军士把燕王府包围起来。有张信的支持，朱棣心中稍安，他忙唤卫队长（护卫指挥）张玉、朱能率壮士八百人入王府，以待急变。
张芮、谢贵等人率兵包围王府后，高声唤王府属官出门就逮，为了壮声势，又不停往王府内射上几箭。由于燕王府内兵少，朱棣也很惊惧，问左右：“他们的兵士在外面满街都是，怎么办呢？”卫队长朱能出主意说：“如果能先擒杀张芮、谢贵，别的兵士就容易对付了。”朱棣沉吟半晌，想出一计。“既然诏令是逮捕我府内官属，可以诳骗张、谢二人入王府。告诉他们诏令中要逮捕的众人已经在押，需要他们两人进府验看。”
于是，朱棣大开王府大门，在东殿端坐，对外声称自己重疾得愈。事先，他在殿门及端礼门内埋伏壮士，约定以令行事。燕王派人召唤张芮、谢贵两人入王府。起先，两人怕中计，不来。为了诳骗两人，燕王又派人拿着写有诏逮官属的详细名单送给二人查看，表明是请两个军官入内查验“犯人”正身。张、谢两人思虑再三，加上建文帝诏令只说逮捕燕王官属，和这位皇叔还没完全撕破脸，踌躇片刻，便按剑前行。
临入王府大门，张、谢两人身边的众卫士被门卫呵止。由于朱元璋时代皇族高于天的余威，王府确实不能随意进入。本着惯性思维，张、谢两人也没有坚持带护卫入府。进得东殿，朱棣忽然变脸，大骂道：“就是平常百姓，兄弟宗族尚能相保全。我身为天子亲属，朝夕忧恐自身性命。朝廷待我如此，天下又有何事不可为！”言毕，朱棣掷瓜于地，？目怒视张芮、谢贵。
燕王府内顿时伏兵大起，众卫士拥上前把张、谢两人绑缚起来，斩于王府堂前。
张芮、谢贵两人的卫士、从属多人在王府门外等了许久，都认为两人和王爷饮宴，便失去了戒心。不久，听说张、谢两人被燕王杀掉，包围王府的明军群龙无首，立时溃散。只有北平都指挥彭二比较沉着，单枪匹马于市中大呼“燕王造反”，集兵士千余人，猛攻端礼门。正指挥间，燕王手下两个健卒乘乱进前，把彭二砍落于马下，乱刀杀死，于是明军溃散。
朱棣又急忙下令，命张玉等人率兵乘夜突击，攻夺北平九门。由于事起仓促，八个门楼被一举攻下，只有西直门兵士顽强死守。燕王派指挥唐云单骑谕降：“你们别自找多事，朝廷现在已经答应燕王自治北方。现在投降，一概不问，稍有延迟，定斩不饶！”守门官兵一时惶然，不知真假，也都一哄而散。仅仅两三日内，燕王朱棣已经完全控制整个北平城，朝廷派来的都指挥使余？和马宣身边的士兵寥寥无几，一个退守居庸关，一个逃往蓟州。明将宋忠率兵三万自开平奔至居庸关，深惧燕兵勇猛，退保怀来。
至此，燕王朱棣援引明太祖《祖训》：“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧之恶。”并以诛齐泰、黄子澄为名，称其军为“靖难之师”，正式举兵反叛。
