建文帝的结局到底怎样，众说纷纭，莫衷一是，成为明史第一谜案。因为建文帝在太祖严苛统治之后，力行宽政，所以他的遭遇引起了无数人的同情，他的下落就格外引人好奇，在各种野史、戏剧里可以看到人们无尽的猜测和演绎。
一说当年建文帝的宠臣李景隆打开南京的金川门迎接燕王朱棣，群臣都见势投降。建文帝见大势已去，不得已下令焚宫。顿时火光四起，建文帝携皇后跳入火堆自焚而死。其他侍从也都随着他们的主子跳进了熊熊大火。朱棣进宫后，四处搜索他的侄儿，剩下的太监说皇上和皇后已经在大火中丧生，并在火堆中扒出两具已经烧焦的尸体来证明。因为尸体早已烧得面目全非，分不清男女，朱棣也只得作罢，礼葬建文帝。
而在后来，朱棣却说他自己进入金川门后，听说建文帝本想出来迎接，后又自叹道：“我以何面目相见耶！”于是与皇后一起闭宫自焚。他看到宫中火起，急忙命人前来抢救，可惜没有来得及。只从灰烬中找到建文帝和其皇后烧焦的尸体，燕王朱棣不胜悲戚，抚尸痛哭，说他只是前来帮助皇帝学善，皇帝又何必自寻死路呢？事后，朱棣厚葬了建文帝，遣官祭祀，辍朝三日。这显然有美化自己形象的嫌疑，为自己夺侄子的皇位找了个冠冕堂皇的借口。
其实，说建文帝自焚而死多少有些勉强，而剃了头发装和尚逃跑的说法则有更多可信之处。
明天顺、正德朝之后，严峻的政治环境有所好转，关于建文帝出亡说的史料开始多起来。万历二年十月，十二岁的明神宗曾向首辅张居正问及建文帝下落一事，张居正回答，国史没有记载这件事，但是前朝的老者们都说建文帝在靖难之师进入京城时，就削了发，披着袈裟从小道逃走了。后来，与随从们云游四方，大家也不知道他究竟去了何方。可见首辅张居正也倾向于建文帝出亡之说。值得注意的是，民间传闻已经传入天子耳中，而且这时谈论建文帝出亡已经不再是禁忌话题。
事实上，在建文四年（1402年）六月十三日，当建文帝得知南京城的金川门已经被叛臣李景隆打开迎接燕王朱棣时，他就在大殿上长吁短叹不知如何是好。这时候，他的翰林院编修（古代一官职）程济献策让他逃跑。同在一旁的太监王钺也急忙说出了他保守了四年的秘密。原来在太祖朱元璋弥留之际，他特意将王钺招来，说要留给孙儿一个巨大的铁箱子，里面有能救孙儿于水火之中的宝贝，命他妥善保管。说着，王钺连忙从奉先殿搬出箱子。
建文帝打开一看，里面有度牒（古时对和尚身份证的称呼）三张，分别写着三个名字。其中写有“应文”一张的指的就是建文帝，而另两张写有“应贤”、“应能”的，按名字来看，指的是监察御史叶希贤和吴王教授杨应能。除了度牒外，铁箱中还有白金十锭、袈裟、帽、鞋、剃刀，以及书信一封，上面写着“应文从鬼门出，然后从水关御沟逃出”。三人匆忙剃度后，准备出逃。当时，在殿上的大臣五六十人都跪地痛哭，要与建文帝共存亡。
建文帝说，这么多人随行很容易被发现，而且各位爱卿皆有妻小，必定心存挂念。还是各行其便吧。说完，一行人按照信中所写的路线逃离了宫殿。当大家走出鬼门之时，发现河上有一小船停靠，上面发出微弱亮光。船上站着一个和尚，见了建文帝立即叩首高呼万岁。大家非常奇怪，这里怎么会如此凑巧有一个和尚在等待。和尚自称来自神乐观，名曰王升，昨晚太祖朱元璋托梦于他，让和尚今晚驾舟在此等待一位贵人，所以他今天才会出现于此处小船上。在王升的帮助下，大家安全地乘船到了神乐观。
这段关于建文帝出逃的传说，似乎有些神乎其神。而对这段历史很有研究的季士家老先生谈了他的发现。1978年太平门里一家叫“南京钢锉”的工厂要建栋新楼，挖地下室时挖出了一条地道。从挖出的情况看，高度大概在2米5左右，宽度在2米左右。当年发现地道的地方就在原来明皇宫的旁边，如果建文帝出逃，很可能就是从这条地道逃出皇宫的。可这一条地道是否能贯通皇宫内外？2005年6月的一天，季老先生接到一个电话，说在清凉山旁边的国防园发现一个明代涵洞。涵洞位于原明故宫的宫城外，据现场发现，这个涵洞在明代主要是为排水用的，但不下雨时，是没水的涵洞，完全可以容纳一个人通过。联系多年前发现的皇宫内地道，这个涵洞很可能就是地道的出口。为了求生，建文帝使了一个火烧王宫的“金蝉脱壳”之计。而朱棣为了能名正言顺地登上天子宝座，只好把一具烧焦了的残骸当成建文帝的尸体安葬。
因为永乐及以后的一段时期，统治者都采取了比较严密的措施来控制关于建文帝去向的调查，所以只有“宫中火起，帝不知所终”这样的记载。但是，随着史料研究的不断深入，相信建文帝出亡的人也越来越多。那么，明成祖朱棣礼葬的是建文帝吗？当然不是，而应该是建文帝的马皇后。朱棣在废墟中找到的尸身面目全非，难以分辨真伪。而且，史料也没有发现安葬马皇后的记载。还有一点值得注意的是，到明朝中后期竟然没有人知道建文帝葬于何处，可见当时的人也都不认为真的安葬过建文帝，因此不用祭奠扫墓，时间久远就变得无人知晓了。其实，朱棣本人也知道礼葬的并不是建文帝本人，但这并不影响举行葬礼仪式，因为只有这样他才可以遮蔽天下人的耳目，才可以名正言顺地坐上皇帝的宝座。
另外的一个疑点就是城破时没有发现建文帝的长子。当时建文帝有两个皇子：长子朱文奎七岁，次子朱文圭两岁。朱文圭，史称建庶人，被成祖幽禁在广安宫，直到英宗天顺年间才被放出来，当时已经57岁了。由于一直被关在宫内，出来时连牛马都分辨不清。然而作为建文帝长子的朱文奎却一直下落不明。当靖难之师进入南京城时，朱文奎已经七岁了，但这之后再也没有了他的消息。既然朱文奎可以逃脱，我们没有理由相信建文帝不能出亡。而且，所谓的“靖难之役”长达四年，并非朝夕之间，建文帝有充分的时间作准备。朱棣进入南京时，不要说江南还在建文帝的统治之下，即就江北而言，朱棣所控制的范围也非常之少。当时整个辽东地区还在朝廷的控制之下。建文帝的爱将孙岳海掌控着中都凤阳，铁铉也控制着山东一带，驸马梅殷也拥兵于淮上。
所以，建文帝完全可以逃到外地，再图兴复。唐代发生“安史之乱”之时，安禄山攻占了京师长安，唐玄宗逃往四川，后来终于平息了叛乱，唐室再兴。建文帝不会不知道这段历史。而且，建文帝也没到非死不可的境地。还有一个疑点就是，明成祖朱棣曾经对左右的人说，他在宫中寻遍了内外所有的角落也没有找到传国玉玺。有人说在建文帝自焚时，他带着玉玺作为陪葬了。听到这个消息，朱棣悲痛欲绝。但是，太监们在清理建文帝的尸骨时却没有发现任何一点儿玉玺的残迹。而建文帝的这个玉玺乃是在他登基后第三年有人由西域带回来的一块青玉。如果烧掉了，这块青玉也会留下一些残渣。所以，可以肯定，玉玺跟随建文帝一同出宫了。
那么，如果建文帝朱允？逃出了南京，那他去了什么地方呢？
一说，建文帝在逃出南京后，与杨应能、叶希贤、程济一道，隐名易服，云游天下。根据地方志、遗迹、遗址等资料考证，建文帝曾流亡于云南、贵州、四川、湖北等地，最后侨居在粤西地区。这中间曾经在贵州白云山修行，这段历史在《徐霞客游记》中都有记载。书中还记载了建文帝曾在白云山留下的遗迹，说白云山上有巨杉两株，每株都需要三人才可以合抱；西面的一株被火伤到了树梢，而这棵树正是建文帝亲手种植的。在此树旁转弯向西半里，是白云寺，乃是建文帝所建，此外他还在山前山后各建造了两座楼阁。山中有泉一眼，位于山后的楼阁前，取名“跪勺泉”。因为走下楼阁又需越过大石，才能跪着喝到清澈的山泉，所以名曰“跪”。传说这眼泉水乃是神龙为供奉建文帝而造的。由庙宇向西再向北走半里，则是流米洞。洞口悬于山顶危崖之间，洞门向南开，深一丈多，后面供有石龛，旁边为石榻。石榻右边有一小穴，米从穴中流出来作为建文帝的食物，但今天这一景观已经不存在了。洞左边建造了一座楼阁，名为“潜龙胜迹”，供奉着建文帝的遗像。
除此之外，在西南数省中也留有很多有关建文帝曾游历过此处的遗址和传说。当年，建文帝来到云南的一个小山村里，肚饿难忍。见一老奶奶在场上晒荞麦，便上前施礼道：“老人家，能否送我点儿粮食吃？”老奶奶说：“家中啥也没有，只有这点儿才刚打下来的荞麦，一下子晒不干。”建文帝指着旁边一块石板说：“没关系，你只要把它们搬到这石块上，一下子就晒干了。”老奶奶依言去做，果然片刻便干。接着又在石磨上磨了，和水蒸熟。建文帝吃后大加赞扬：“这东西怎么这样好吃！”后来这村便更名为“得食村”。建文帝吃后有了精神，又忙上路。几日后到了武定狮子山，当了寺里的和尚。这就是“大明朝皇帝朱允？隐遁云南狮子山为僧”的传说。
据说，当年建文帝逃到了云南武定的狮子山，见这里山清水秀，就住了下来。他每日要到离山脚四五里的地方挑水，到山头浇灌罗汉树和各种花卉，尤其是自己亲手种植的那些牡丹。一天，他放下担子抹把汗，指着山脚说：“唉，水要出在这里就好了。”第二天那地方果真有些潮湿，用锄头轻轻挖几下便出水了。又隔了一段时间，建文帝走到半山腰说：“唉，要是水出在这地方就好了！”次日果真又如山脚，用锄头一挖便出水了。转眼又是数月过去，建文帝又叹息说：“这水要是出在大门前就好了。”第二天果真又出水了。用水方便，牡丹以及其他各色的花卉也灿烂地开放了。这些牡丹似有灵性，或许已成了花仙，存活了六百多年，至今仍花大如盘，曾被中央电视台称为“中国牡丹之最”。从此，狮子山成了游览胜地。今天山上惠帝祠阁中穿衲衣、披袈裟，端坐金銮殿龙椅宝座上的建文帝塑像依然存在着，这恐怕在全国也是罕见的。
那么，建文帝为什么会选择云南呢？原来，他是为投靠镇守云南的西平侯沐晟而来。沐晟之父沐英，是明太祖的养子，沐晟辈分上和建文帝是义兄弟。他们过去熟识、友善，朱允？这才到云南来避难。可是朝廷侦骑四出，西平侯府中也存身不住，沐氏只得把建文帝送走，暗中予以保护。这当然也不足为奇，要不怎么会有建文帝遍布大江南北的足迹呢？
一说建文帝从南京出逃后，顺着长江来到泉州，最后逃亡海外。生性多疑的明成祖当了皇帝以后，把建文帝的主录僧溥洽给抓了起来，关进监狱长达十余年，逼他供出建文帝的下落。并派户科都给事中（明代一官名）胡潆遍行郡、乡、邑，让胡潆以颁布皇帝钦定的各类书籍的名义探寻建文帝的下落，前后长达16年之久。
成祖对胡潆调查建文帝的事情非常重视，不允许他为母“丁忧”的请求（官员父母去世，应守孝三年，称为丁忧）。从这一点上我们也可以看出来，成祖朱棣虽然已经登上九五之尊的宝座，但是由于他是嫔妃所生，地位与建文帝无法相比，一直对这个皇位正统继承人的侄儿耿耿于怀，害怕他的存在对自己的皇帝宝座产生威胁。这是其一。其二，当建文帝还在位时，实施的削藩政策直指他和他的同母兄弟，致使其兄周王饱受艰辛，憎恨之感油然而生。所以，建文帝的丝毫消息对于他来说，都是举足轻重的。
永乐二十一年，胡潆匆忙赶回北京，恰巧成祖北征驻军宣府。胡潆赶到宣府时成祖已经休息，听说胡潆回来后马上接见，二人一直谈到四更。从胡潆回来以后，成祖就得知建文帝已经逃到福建泉州开元寺当起了和尚。这又是怎么一回事呢？原来，那晚，建文帝和随从打扮成僧人的模样，沿着皇宫密道逃出来，从南京顺着长江来到武昌罗汉寺，罗汉寺的住持达玄和尚接待了他们，达玄是全国知名的高僧，门下很多弟子，包括以后建文帝二人所去的开元寺住持念海和尚。达玄看过建文帝的度牒后，赶紧把建文帝及其随从引进寺内。达玄见这两位僧侣，一位年约三十，另一位则二十几岁，温文有礼，白面书生气质，面容略显疲惫。留寺期间，两人对吟诗句表达当时逃亡的落魄心情。其中，年轻僧侣说道：“别时茫茫江浸月，忽闻水上琵琶声。”年长僧侣则回应以白居易《琵琶行》中的诗句：“浔阳江头夜送客。”随后，两人又往浔阳（现在江西九江）方向，直奔江西南部星子镇的江原寺，辗转来到信江，最后决定从泉州逃往海外，以求生存。
当时中原各地随处可见朱棣的党羽，明智之举自然就是逃到海外去。比较看来，福建靠海，而且有着宋代以来中国最大的港埠――刺桐港，从泉州到海外最方便不过。
泉州开元寺，当时在全国虽然仅是一个中型寺庙，却因与太祖朱元璋有过一段因缘而兴盛起来。洪武三十年（1397年）六月，南京天界寺的正映和尚奉朱元璋的圣旨，来到了泉州开元寺担任住持。临行之前朱元璋曾亲自接见他，说：“现在当住持很难，太善良容易被人欺侮，太奸恶则容易被人痛恨，只有洁身自好才能长久。”来到开元寺后，正映和尚建法堂、甘露戒坛，并经常给寺里的僧人讲法。几年后，泉州开元寺面貌焕然一新。永乐元年，因为念海和尚，正映突然离开，去了福州雪峰寺，最后又回到南京，在灵谷寺任住持。此后，念海和尚接替正映和尚，担任泉州开元寺住持。所以可想而知，就算明成祖朱棣知道建文帝藏于开元寺内也会手下留情。这也是建文帝及其随行选择藏身于此地的原因之一。
永乐元年年末，建文帝和随从到达了泉州。他们一边以僧人的身份住在泉州开元寺，一边寻找时机外逃。终于有一天，两人联系到一艘阿拉伯商船。于是，两人便想乘船远赴爪哇（现印尼）。不料，该船在广州附近海面遭破损，随风漂往海南岛。建文帝二人见情况不妙，在海南岛抱虎角海岸下船，之后搭便船去了印尼苏门答腊岛东海岸。他们在岛上开始学习织网、捕鱼，自力更生，过着恬适的隐居生活，并且繁衍后代。当时中国去往南洋的人很多，张士诚失败后，他的一些部下也逃往印尼等南洋地区，拓荒移民。而且移居至此的很多中国人为了表示对故土的怀念，纷纷由别姓改姓“洪”，而且这些移居到此的中国人只会说汉语，对于印尼语知之甚少，一直保持着中国人古老传统的生活习俗。时至今日，每年农历五月十六这天，即建文帝当年的登基之日，这些人的后代都要举行隆重的祭拜“皇爷”仪式，其中以焚烧龙船节目最为热闹。这个热闹节日一直流传到现在，历史悠久，常引来当地人以及周围岛上居民的参加。
成祖朱棣得知建文帝的下落后非常担心他纠集当地的中国人，或者是以宗主的身份号召南洋诸国兴兵，因此很不放心，特意派遣郑和数下西洋，一为宣扬国威，一为寻找建文帝。因此，郑和的船队里，有95%以上是锦衣卫，即今天所说的在职军人，专门负责侦缉建文帝。如果成祖是为了宣扬国威，为什么会派遣宦官出身的郑和、王景弘（郑和的副手）以及东、西厂的锦衣卫呢？毕竟，太监在那个年代被人们视为“刑余小人”，代表大国出访是不合适的。难道是因为只有他们才胜任，没有其他合适的人选了吗？显然不是，而是成祖有其他的考虑。
因为建文帝在位时，对待宦官极其严厉。而宦官们都暗中归顺明成祖，透露建文帝的宫中虚实，帮助明成祖夺得帝位。明成祖认为他们是最可靠的，所以就派遣他们作为使臣，暗中担负着查访建文帝下落的任务。另一方面，郑和在经历了6次下西洋之后，却无缘无故地停止了。他的第七次下西洋是在明宣德年间进行的，这也不仅仅是个巧合。显然，这与那时不必再查访建文帝的下落有直接的关系。
那么郑和找到建文帝了吗？答案是肯定的。逃出南京的建文帝经过浙江、福建，后又搭船去了印尼苏门答腊岛，最后为了结束漂泊的生活悄悄地回到了福州，从此就在福州繁衍着朱姓的后代。而巧合的是，郑和一次下西洋回来后，在福建遇见了建文帝。在这位前任帝王面前，郑和哭着拜倒在地。建文帝要求他起兵反对永乐帝，帮助自己夺回帝位，但郑和哭着说，自己不能够这样做！这样有悖于当今皇上对自己的厚遇。在痛苦与矛盾中，郑和无声地离开了建文帝。他虽然发现了建文帝，回去后却没有告诉朱棣，使得“建文下落”终成千古之谜。
对建文帝朱允？出亡谜案的解释以及民间传说，绝不止以上几种，其中还有许多凄美的故事在许多书籍、口头上流传开来，而且也必将流传下去。当然，建文帝的结局到底怎样，谁也没有确凿的证据，这也成为中国历史上一个难以解开的谜团，留给后人一段耐人琢磨的故事。
