除去用刑法规定的徙、杖、徒、流、死五刑外，对付贪污官吏，朱元璋还允许法外用刑。抽筋、割膝盖、剥指、剁脚、剥皮等酷刑，都成了惩治贪官的利器。在各地的官衙前，都设有一个“剥皮场”和一个高挑着贪—官人头的长杆。在官衙的办公书案旁，则吊着一个填充稻草的人皮，宛如一个活人吊在那里。恐怖之状，不忍目睹。重刑可以使人丧胆，朱元璋认为只有这样，才能辱慑和恐吓那些心存贪渎恶念的不法之徒。
除了坚持不懈地有案即查，有贪即惩，还搞集中打击。朱元璋亲手搞了两个篪惊全国的大案——空印案和郭桓案。
牵累众多的“空印案”，发生在洪武九年。
朱元璋登基后，制定了一种月报制度，各地的户口、钱粮、学校、讼狱等，府州县要逐月统计上报。后来，由于太麻烦，洪武六年（1373）改为季报和岁报。除了逐级上报，各府州县及布政司每年年终，还要将户口钱粮等事项向户部呈报。为了表示至公无私，确凿精到，要求所有上报账目，都要精确到分、厘、毫、丝。如此胶柱鼓瑟，地方与户部的账目，很难丝丝人扣、分毫不爽。因此，遭到户部驳回的事，不断发生。各地只得在京城重新登造一次账目。这个新账，必须用原报衙门的大印。而从京城返回本地用印，有的要往返数百里、数千里，甚至上万里。不但备极辛苦，而且拖延时日。报账官吏只得带上预先盖好印章的空白文书，在京城里做账。这是迫不得已的权宜之计，并非为了贪贿，但朱元璋却认定是各地方官员和中书省勾结作弊，欺骗愚弄自己！
“哼，胆大包天！不但将朕的谆谆教诲置若罔闻，而且联手作弊，欺骗朕躬。这简直是一群奸诈赃利之徒！”他牙齿咬得咯咯响。“把有关人员，统统抓起来，立即处死。凡是参与其事的吏员，各杖一百，充军到边远地方！”
朱皇帝一言既出，上万颗人头，顷刻间无辜落了地！
空印文书的出现，是得到中书省和御史台的默认的。现在皇帝暴怒，谁也不敢站出来澄清事实。惟一敢于站出来说公道话的，是一个名叫郑士利的布衣。此公有感于许多官吏死得太冤枉，不惜冒死上书，希望澄清事情原委，为冤死者辩冤。朱元璋看了上书后，竟然被说服了，认为郑士利情真意切，有理有据。自己做得太冒失，杀害了许多无辜的官员！
朱元璋本来决定奖励这个仗义执言的布衣，但随后从中书省得知，郑士利的哥哥乃是湖广按察司佥事郑士元，刚刚受空印案牵连而死。朱元璋的态度立刻来了个一百八十度的大转弯：
“好嘛！朕以为这个郑士利是出以公心，维护大明基业，原来是在为他的哥哥喊冤叫屈呀。这样假公济私的人，留着何用？跟他的哥哥一样一一抓起来杀掉！”
“慢！”侍者正要向外传旨，朱元璋又摇手制止。“将他投进监狱，看他还敢不敢多嘴充能！”
布衣小民郑士利的无端牺牲，并没有使朱皇帝引以为戒，从此知道珍惜人命。刚刚过去了三年，他又一手制造了第二起株连大案——郭桓案。
“好大的胆子——竟敢盗卖官粮！简直是反了！”朱元璋以脚顿地，大声咆哮。顺手将面前的一份奏折，狠狠摔到地上。
“圣上息怒，珍惜龙体要紧哪。”内侍一面劝解，一面弯腰拾起奏折。
“去刑部传朕的口谕：将郭桓等一干人统统抓起来，严刑鞠讯，如数追赃，然后严加惩处！”
朱元璋的愤怒，来自他刚才看到的一份密奏。密奏告发户部侍郎郭桓，伙同北平布政司、按察司官员贪赃舞弊，盗卖官粮。难怪他要拍案而起、怒不可遏了。
五天后，刑部奏报审问罪犯的情况：郭桓犯的是“卖放浙西秋粮罪”。郭桓等经手接收浙西秋粮，本应该入仓四百五十万石，却只将六十万石上仓，钞八十万锭入库（可抵二百万石粮），其余一百九十万石未曾上仓。郭桓等经办官员接受浙西钞五十万贯，约合一百二十五万石秋粮，其余近八十万石皆被县官黄父伙同刁顽县吏沈原等从中作弊，中饱私囊。
朱元璋看罢奏报，气得半天没出声。过了好—会儿，才厉声吩咐道：
“回去继续鞠讯，光知道贪赃多少不行，还要查明根由。不论是六部，还是布政司的官吏，所有贪赃罪犯，一定要查明他的脏是从哪里来的。如与府县有瓜葛，则拘拿府县官吏，到案审问。不准有一个贪官奸吏隐匿，脱逃！”
“鞠讯”之下，六部以及各省的大部分官吏都被牵连了进去。左右侍郎以下的官吏，全部被处死了！逮捕判刑、处死的各省官吏，达两万人之多！朱元璋仍然不解气，命令穷追猛打，由官追到民，“罪赃”遍天下，很多富室特别是江南富户都被牵连进去，中产之家大抵破产。
客观上讲，朱元璋惩治贪官无论多么狠，都是可以理解的。然而，郭桓案虽然少数人有贪贿的事实，但瓜蔓株连达数万人之多，的确有点过头，也不可避免地制造了许多冤假错案。可朱元璋并不认为处置过当，对众位大臣振振有词地说选“郭桓赃罪暴露后，天下诸司尽皆犯有赃罪，系狱者数万，无一赦免。足见跟空印案一样，这是两起惊人的联合作案。不彻底铲除，不足以固国基，不加以严惩，不足以平民愤。怎么能说不是一件大好事呢？”
精明过人的朱元璋，并非不淸楚自己在干什么。他是有意矫枉过正。
找个借口，制造一场血案，不仅可以打击篪慑贪官污吏，还可以借机打击地方豪强势力。因为在朱元璋的心目中，那些人都是横行乡里，梗顽地方，
鱼肉百姓，危害国家的渊薮。严厉地进行打击铲除，乃是利国利民的天大—好事。
郭桓案追赃追得朝廷上下惴惴不安，地方官为了交赃，只得向百姓苛敛摊派。的是惩治贪官，结果走到了事情的反面：连老百姓都跟着遭殃。朱元璋害怕冤愤之气愈积愈厚，引发更大的乱子，像火山爆发一般，冲天而起，吞噬掉地上的一切。于是，急忙转移目标，寻找替罪羊——把审判官吴庸等人抓起来杀了。然后下一道诏书，堂而皇之地说：
“朕让各地有司除奸，哪想到他们又生奸心，侵扰吾民。焉能逃脱煌煌刑宪？今后，再有效尤者，遇赦不宥！”
御笔轻摇，扰民的罪过，统统归了审判官。冤死的人再多，无损于朱皇帝的一根毫毛。
朱元璋毕其一生，都没有停止对贪官污吏的打击。虽然贪贿之徒像割韭菜似的，割了一茬又一茬，难免没有冤死的鬼。但朱元璋打击贪官污吏的成效，却是有目共睹。贪官，贪官，贪的是金钱，图的是富贵享乐，有谁见过不怕死的贪官？所以，用严刑峻法打击贪官污吏，不失为厘淸官场必不可少的手段。直到一百五十年后的嘉靖年间，刚正不阿的清官海瑞，仍然向往洪武时代吏治的清明，主张恢复剥人皮，以惩诫怙恶不悛的贪官。尽管朱元璋直到晚年，依然对吏治不满，对贪官污吏横行愤愤于心。但就是他恨得咬牙切齿的贪污案例，赃款也不过寥寥几百贯钞。当时的府州县衙门都很简陋，即使已经破旧，也不敢投资修绺。从朝廷大吏到府县官员，不少人出门无马，只能以毛驴代步，更没有人敢于堂而皇之地乘坐官轿招摇过市。不少为后人传诵的淸官廉吏，就是出于这个时期。
弘文馆学士罗复仁就是一个少有的淸官，然而他的言行却引起了朱元璋的极大怀疑。
夕复仁瘦削干瘪，身高不过五尺，操一口重浊的江西话。在朱元璋面前奏事，敷陈政事得失，语言诚挚，一副痛心疾首的样子。朱元璋喜欢他的质朴，戏称他为“老实罗”。而他那一身始终不见更换、几乎辨不清颜色的官衣，却引起了朱元璋的注意。他决定亲自到他家去看个究竟，以免被他的假象所欺骗。
这一天，朱元璋青衣小帽，只让几个便装的侍从远远跟随，来到毗邻城墙的一条偏僻小巷。七拐八弯，好不容易找到罗学士的府第。只见一溜三间矮瓦房，瓦缝中长出了密密麻麻的蒿草。粗石堆砌的院墙上，连个门楼也没有，门前静悄悄，仿佛是没有人居住的闲屋。朱元璋怀疑走错了门。见露出斑白木色的板门虚掩着，便脚步轻轻地走了进去。进到屋里一看，一个腰扎围裙的油漆匠，正站在梯子上粉刷。他左手提着只白灰桶，右手拿着个短把刷，正在聚精会神地粉刷墙壁。背后来了人，竟然没有听到。朱元璋咳嗽一声，“粉刷匠”骞地吃了一惊，急忙回头来看，原来正是“老实罗”。
“哎呦呦！”罗复仁看淸了是皇帝驾临，惊呼着慌忙从梯子上往下爬。慌忙中一脚踏偏，从梯子上摔了下来。毛刷扔得老远，桶里的白灰浆，泼了一身一脸。
“不知陛下驾到，微臣失礼了，该死，该死！”罗复仁顾不得满脸灰浆，只顾跪在地上捣蒜一般磕头求饶。
“不知者不怪罪。”朱元璋忍住笑，“起来吧，伤着腿没有？”
“没有，没有。”他从地上爬起来，一面抹着脸上的灰浆。“微臣的身子利落的很哪。”
“那就好。快弄水洗洗脸，免得伤了眼睛。”
罗复仁急忙给朱元璋搬来一条方発，请皇帝坐下。这时他的老妻端来了洗脸水。罗复仁洗了两把脸，解下围裙来，随便揩了揩，把围裙递给老伴，再次跪下说道：
“陛下驾临，不知有何……有何紧急事情告诫微臣？”
朱元璋板起脸来答道：“老实罗，你知罪吗？”臣，臣知罪。”
“你有什么罪？”
“这……微臣不知。”
“哼，刚说知罪，又说不知，足见你并不老实！”
“是的，是的。微臣并不老实。”
“我来问你，朕按月给你薪俸，你不安排好衣食住行，却破衣烂衫，装出一副狼狈相，不是诚心给朕丢脸吗？”
“微臣不敢。”
“我问你，你的薪俸都到哪儿去了？”
这……
“照实说，到底是怎么回事？”
“陛下，微臣有困难呀。”
“仔细说说，有啥困难？”
“臣在故里，上有年迈父母，下有四个儿子跟七个孙子、孙女。这几年水旱频仍，衣食无着，微臣不得不照看他们呀！”老实罗流下泪来。
“原来是这样。恕你无罪——起来吧。”朱元璋的疑心解除了。“朕就喜欢你这样廉洁的臣子。这破房子，你也不要粉刷了。明天朕就赐给你一座像样的大宅子。”
“陛下，微臣住在这里挺好，宽敞明亮，千万不要费心呀。”
“什么宽敞明亮？简直连马棚也不如！让忠臣如此狼狈，朕心何忍？不必推辞。”
“谢主龙恩！”老实罗再次磕下头去。
洪武年间，像罗复仁这样的廉吏并非绝无仅有。济宁知府方克勤一件布袍穿了十几年，每日两餐吃素。做了九年建昌知府的卢正希，辞官回家，无余赀，只能卖掉袍笏缴纳陚税。吏部侍郎洪朽赠诗云：“袍笏卖来供国赋，诗书留得当山田。清贫自遂平生志，素节应为识者怜。”
唐代柳宗元在著名的《捕蛇者说》中，愤怒揭露贪官污吏：“悍吏之来吾乡，叫嚣乎东西，隳突乎南北，哗然而骇者，虽鸡狗不得宁焉。”元朝那些带着库吏拿着称银的戥子下乡“公干”的官吏，较之柳宗元的描写，有过之而无不及。
朱元球深感于元末吏治纵驰，民生凋敞，以至亡国。他重绳贪吏，置之重典，使全国官吏遵令畏法，洁己爱民，吏治焕然一新。社会安定，百姓安居乐业、自怡自足的盛世景象，一度出现在大明的国土上。有一首诗作了生动的描写：
山市晴，山鸟鸣。商旅行，农夫耕。老瓦盆中洌酒盈，叫黎突不闻声。
当然，在惩贪治国的同时，朱元璋也深知，光是从严治吏还不够，还必须有一大批知书识礼、廉洁正直的儒生，协助他治理刚刚到手的万里山河，亿万子民。
个赤贫农夫、托钵僧人，仅仅经过十六个年头的南征北剿，殊死拼杀，居然黄袍衮冕，富有四海，这不能不说是一个奇迹。对朱元璋奇迹般的成功，举国惊叹，官民崇敬。他自己也充满自豪和信心。朱元璋向往至善至美的尧、舜、禹三代盛世。西汉的“文景之治”，唐太宗的“贞观之治”，都是他心仪的对象。他意气高蹈，踔厉风发，期待着除旧布新、文治昌盛，开创一个百代称道的富强王朝。
朱元璋的出身经历颇似汉高祖刘邦，因而他常在有意无意之间模仿刘邦的所作所为。但有时候也嘲笑这位同乡前辈的迂阔。
一天晚上，朱元璋在灯下阅读《汉书》。《陆贾传》中有这样一段话：“陆贾时时在高帝前说称《诗》、《书》。高帝骂曰：‘乃公居马上得之：安事《诗》、《书》？’贾曰：‘马上得之，岂可以马上治之乎？文武并用，长久之术也。倘使秦行仁义，法先圣，陛下安得而有之？
看到这里，朱元璋连连点头。不由自语道：“陆贾说得对极了：‘马上得之，岂能马上治之？’勘乱用武，治世用文。历观旧典，何代不是如此？”眼下，中原平定，闽广归附，北疆安定，云贵荡平。元朝官吏作鸟替散，各地衙署一空。而賑济贫困，招抚流亡，恢复生产，收陚征役，哪一件都急需官员去承担。不仅地方徭要人才，京城里也需要大批文人学士，充职六部。当年，汉高祖初登大位，那些赳赳武夫在金殿上饮酒争功，拔剑击柱，乱糟糟的不成体统。幸亏叔孙通带领一班儒生制礼作乐，方才尊卑有序，秩序井然。汉高祖高兴地说道：“吾今日乃知为皇帝之贵也。”如今，朱元球的武将们虽然不敢拔剑击柱，但于礼法制度，同样浑然不省，当务之急是加强礼仪建设。他所继承的是元王朝的破家底，而今要“以夏变夷”，恢复“先王衣冠礼仪之教”。因此，恢复汉官威仪，重建汉唐以来各种礼仪制度，成了摆在朱元璋面前的首要任务。而这恰恰是他这个粗汉所不懂的，必须有精通儒家经典和历代典章制度的大儒通力合作，方能举卜重若轻，顺利完成。可是，这些饱学之士，又到哪儿去找呢？
摆在眼前的渠道有两条：一是起用元朝的旧官员。但，这些人在朱元璋的眼里，无异于虎狼蝗虫，他们擅长的是鱼肉百姓，游乐糜费。除去个别的例外，绝大多数使用不得。而手下那些征战沙场的将领，虽然个个忠于自己，但大多是不识字的粗莽武夫。他们只能领兵征战，却没有抚民理讼的能力。加之，朱元璋害怕文人心计多，从来不允许将领们收养幕僚，顶多只准设置几个办文案的吏员。所以，军队中并没有可以利用的人才。惟一可行的办法，是收罗那些闲散在民间的读书人。
早在洪武元年三月，大将军徐达攻克了山东济宁。至圣先师孔老夫子的故乡曲阜，属于资宁路。朱元璋立即传召孔子五十五代孙，国子监祭酒孔克坚到京城朝见：准备加以重用。不料，孔克坚看不上这位赳赳武夫，一再称病不出。看看躲不过，只得派儿子孔希学前往应天应卯。
冷水浇头，满怀冰冷。朱元璋感到受了莫大的污辱，他疑心这位圣人后裔“袭封衍圣公”，瞧不起自己微贱的出身。本想看在至圣先师的份上，不予理睬，无奈愤恨难忍。降下—道急诏，派快马径送曲阜。诏书只有短短三句话：
“吾虽起自庶民，然古人由民而称帝者，汉之高祖也。尔言有疾，未知实否？若称疾以慢吾，不可也！”
孔克坚接到诏书，不由出了一身冷汗。这封愠而不怒的短诏，明确指责他瞧不起皇帝。那寥寥“不可也”三个字，却蕴含着猜不透的玄机。联系到皇帝的为人和毒辣手段，越想越感到大事不妙。只得日夜兼程，赶到应天报门觐见。
孔克坚虽然行动迟缓，毕竟是自己来了。朱元璋转怒为喜。他知道，无论是争取读书士人，还是以孔孟之道治理他的新王朝，都補要举起“衍圣公”这杆大旗。朱元璋立刻在谨身殿召见了孔克坚。孔克坚大礼参拜后，朱元璋和善地问道：
“老秀才远道而来，辛苦啦。近前来，让朕仔细看看你。”
孔克坚慌忙膝行向前，举头上望。
“你今年多大年纪？”
“臣五十三岁。”
“起来吧。坐下说话。”
“小民谢大皇帝赐坐。”
