在计划经济时期，无论什么项目类型，都是由政府投资并由政府机构负责建设的，这种模式称为自建模式。其优点是快速灵活，针对性强，能迅速满足各国有机构的项目需求。却有易导致超支、易滋生腐败、管理成本过高、专业化水平低等缺点。而在体制转轨阶段，基础设施的建设管理则实行项目法人制。在市场经济初期阶段，出现了一些新的模式：政府采购模式、代建制和私人融资模式。它们分别在不同类型的项目中应用，取得了良好效果。
传统观念和原有的公益性水利工程建设管理模式同南水北调工程公益性与经营性相结合的特点及国家经济体制改革的要求不相适应。经过充分酝酿、认真讨论，结合社会主义经济体制改革的要求和南水北调工程的实际，南水北调工程建设实行委托制、代建制和项目法人直接管理相结合的建设管理模式。
（第一节）准市场运作，营造建设管理新体制的政策环境
随着准市场概念在水科学领域的提出，国家和地方政府及主管部门开始有意识地进行水资源管理体制和运行机制的改革，核心就是如何协调政府与市场的关系，合理配置水资源，以提高水资源的配置和使用效率。国家对南水北调工程建设管理的基本定位，准市场运作的方略，使得严格意义上的水利工程建设管理项目法人负责制在水利建设史上应运而生，江苏南水北调工程项目法人按照政企分开、政事分开、一步到位的原则，按照现代企业制度的要求组建了江苏水源公司，集工程筹资、建设、运行、还贷、资产保值增值等责任于一体，实现了零的突破。
一、工程所处的实际形势
我国水资源分布不均，北方地区严重缺水是南水北调工程所处的大环境。南水北调工程作为我国优化水资源配置的重大战略性基础设施，工程规模巨大，技术复杂，涉及面广，影响深远；同时又是一个在社会主义市场经济条件下，采取“政府宏观调控，准市场机制运作，现代企业管理，用水户参与”方式运作，兼有公益性和经营性的超大型项目集群。其建设管理的复杂性、挑战性都是以往工程建设中从未遇到的。
南水北调工程是供水工程，更是资源配置工程和生态工程，从工程功能分析，是兼具公益性和经营性的准公益性工程，其经213济功能以“保本微利”为目标。考虑到工程的特殊性，若要实现有序建设、有效管理，就必须具有创新的理念，创新管理体制，走一条符合南水北调工程实际的建设管理之路，这是摆在工程建设管理者面前的一个重要课题。
二、建设管理体制总体框架
南水北调工程建设管理体制的总体框架主要分为政府行政监管、工程建设管理和决策咨询三个方面。
（一）政府行政监管
国务院南水北调工程建设委员会，作为工程建设高层次的决策机构，决定南水北调工程建设的重大方针、政策、措施和其他重大问题。国务院南水北调办公室作为建设委员会的办事机构，负责研究提出南水北调工程建设的有关政策和管理办法，起草有关法规草案，协调国务院有关部门加强节水、治污和生态环境保护，对南水北调主体工程建设实施政府行政管理。
（二）工程建设管理
工程沿线各省、自治区、直辖市成立南水北调工程建设领导小组，下设办事机构，贯彻落实国家有关南水北调工程建设的法律、法规、政策、措施和决定；负责组织协调征地拆迁、移民安置；参与协调省、自治区、直辖市有关部门实施节水治污及生态环境保护工作，检查监督治污工程建设；受国务院南水北调办公室委托，对委托由地方南水北调建设管理机构管理的主体工程实施部分政府管理职责，负责地方配套工程建设的组织协调，研究制定配套工程建设管理办法。
南水北调工程建设组织以南水北调工程项目法人为主导，包括承担南水北调工程项目管理、勘测设计、监理、施工、咨询等建设业务单位的合同管理及相互之间的协调和联系。
南水北调工程项目法人是工程建设和运营的责任主体。建设期间，主体工程的项目法人对主体工程建设的质量、安全、进度、筹资和资金使用负总责；负责组织编制单项工程初步设计；协调工程建设的外部关系。承担南水北调工程项目管理、勘测（包括勘察和测绘）设计、监理、施工等业务的单位，通过竞争方式择优选用，实行合同管理。
（三）决策咨询
成立南水北调工程建设委员会专家委员会，主要任务是对南水北调工程建设中的重大技术、经济、管理及质量等问题进行咨询，对南水北调工程建设中的工程建设、生态环境、移民工作的质量进行检查、评价和指导，有针对性地开展重大专题的调查研究活动。
三、水资源管理体制创新势在必行
水资源是基础性的自然资源和战略性的经济资源，早在1988年世界环境与发展委员会（WCED）所提出的一份报告中就指出：“水资源正在取代石油而成为在全世界引起危机的主要问题。”随着经济社会的迅猛发展，工业化、城市化进程的日益加快，迫切需要以水资源的可持续利用来支撑和保障经济社会的可持续发展。加强水资源管理，推进水资源的优化配置，是实现水资源可持续利用的重要举措，也是全面贯彻科学发展观，努力构建社会主义和谐社会的重要内容。
新中国成立以来，我国的水资源管理体制已经历了一系列的演变过程，但现行的管理体制仍存在着一些问题，具体可归纳为：①实践中不能协调好水资源利用与保护的关系，水资源管理中权利与义务主体不明。②我国的行政管理从国家级政府部门起，就产生了权力分割、政出多门的管理格局，导致在下级和各地方机构也产生相应的权力分割或职能重叠。③流域的区域之间、群体之间和个体之间追求资源的短期效益，出现资源利用与保护方面的矛盾。
完善的江水北调体系及其成功实践，催生了南水北调东线工程的规划与建设。同时，也带来了许多现实的问题和矛盾，以江苏省为例，省内用水与省外调水、江水北调前提下的政府贴补用水与南水北调前提下的市场用水、现有的江水北调政府调度管理与将来的南水北调项目法人调水北送、政府公共服务的单一性与项目法人效益指向的多重性（既要保证公共服务，同时讲究自身效益等），等等。
这些矛盾也可以看成是生产力和生产关系之间的矛盾，当南水北调的水资源调度和管理关系不能很好适应经济社会发展和老百姓需求时，就需要进行关系上的调整，需要管理上的变革。
因此，南水北调工程的水资源配置与管理体制应该改变传统单一的行政配置和管理方式，发挥政府和市场各自的比较优势，在行政基础上，引入市场机制，即在行政与市场之间找到一条通道来协调管理与配置水资源，即“准市场”机制。
四、“准市场”原则下的工程运作
工程项目采取何种建设管理模式与项目的特征、投资主体、实施环境等密不可分。南水北调建设管理模式的确立，离不开南水北调自身特征和建设实际的需要。
鉴于我国市场机制对资源配置的基础性作用尚未充分体现，企业也没有成为真正意义上的市场主体。与此同时，地方政府在区域经济事务中的决策空间却得到拓展，就其掌握的资源和承担的职能而言，实际上已成为具有独立利益和行为目标的“准市场主体”。地方政府的企业化行为在一定程度上对启动和推进市场化改革起了积极作用，但是地方政府的行为企业化容易导致其过多地介入微观经济活动，这不利于转换政府职能，不利于明晰产权。同时，地方政府的“默许”行为，有时会造成宏观调控不力，不利于经济的有序运行。而南水北调工程属于跨流域配置水资源的供水工程，工程既有公益性，又有经营性，其建设管理体制既不能沿用计划经济体制下的“政府建设，用水户无偿用水”，当然也不能采用完全市场化的“市场配置”。
南水北调工程将采用“政府宏观控制、股份制运作、企业化管理、用水户参与”的模式，在以国家投资为主的前提下，国家控股、统一调度，政府的宏观调控作用是决定性的；地方根据出资额度占有股权并拥有相应的水使用权，体现“谁投资，谁受益”和“谁用水，谁出资”的原则；通过授权经营建立的项目法人负责制，按照企业化管理，实现良性循环和国有资产的保值增值；作为直接受益的用水户，将参与投资、管理、协调，享有知情权、监督权。
南水北调作为供水工程将形成一个大范围的水交易“准市场”，合理的水价是促进工程效益、实现良性循环的经济基础。建立有关的供水公司，按企业化模式进行操作。工程借鉴国内外成功经验，按照供水成本分摊的方式，考虑用水户承受能力等因素，确定完整水价由资源水价、工程水价和环境水价组成。通过水价改革，促进节水，提高水的使用效率，防治水污染和改善生态环境，实现水资源的优化配置，达到水资源可持续利用的目的。
国家和江苏省共同出资设立组建了南水北调江苏水源公司作为项目法人承担南水北调东线一期工程江苏省境内工程的建设和运行管理任务，负责债务偿还和资产保值增值，并保证向北方供水的水量和水质。由于江苏水源公司的管理和运营涉及省际水事，水利部淮委会派出代表作为独立董事参加董事会。鉴于南水北调东线江苏境内工程是在江苏省江水北调基础上建设的，仅增加了向北出省调水的功能，仍保留着原有多功能和公益性特点，除了供水功能以外，还兼有防洪、除涝、生态保护等公益性服务功能，具有显着的社会效益和生态效益；而且江苏境内增加的供水量大部分是农业用水，水价在短期内也难以达到还本付息、补偿成本、合理收益的目标，为有利于统一调度，统筹兼顾和平衡城市生活、工业及农业用水，协调发挥工程综合效益，便于工程运行管理，南水北调东线江苏水源公司由江苏省负责管理。
（第二节）传统与创新碰撞，项目法人制不断深化完善
项目法人责任制是指经营性或非经营性基本建设项目由项目法人对项目的策划、资金筹措、建设实施、生产经营、偿还债务和资产保值增值实行全过程负责的一种项目管理制度。其产生的过程，是适应建立社会主义市场经济体制的需要，水利水电建设管理体制不断改革创新的结果。南水北调工程是一个系统工程，需要统一管理，统一规划，根据南水北调建设委员会的决定南水北调工程实行项目法人责任制。项目法人作为南水北调工程建设和运营管理的责任主体，对主体工程筹资、建设、运行、还贷负总责。
一、代建制的兴起
代建制的兴起，是建设管理改革中的必然，它对完善“三项制度”、提高建设管理水平有重要意义。推行代建制，对促进我国咨询业的发展、促进项目管理的专业化、促进政府职能的转变和深化机构改革等有重要作用。对水利等公益性特征较为明显的行业，当然不希望出现当年推行项目法人那样“新瓶装陈酒”现象，政府下面仍保留一支浩大的、级别很高的建设管理队伍。而是要引进市场机制，转变政府管理项目的职能，缩小政府管理项目的队伍，并让其将主要精力放在管理项目规划审批、培育建设市场、监管建设市场和监督工程项目质量及安全等方面。
代建制由政府将公共房屋或非营利性基础设施项目委托给市场上专门的项目管理公司作为代建单位，由代建单位组织建设后再移交使用单位或运营单位。这是一种分散的市场运作模式。
