2005年12月13日的庭审后，豪森公司向原审法院提交书面意见认为：专利一的专利文献中关于“－83℃至19℃”间的α、β比例表所指产物是内半缩醛，而非专家推导的核糖。内半缩醛须经反应才能生成核糖，故两者不具有可比性。另，豪森公司提供了发表于2007年第4期《中国医药工业》杂志的《盐酸吉西他滨的合成》一文。该文记载：“3α/3β”的产物比例为α∶β＝1∶1.01，“4α/4β”的产物比例为α∶β＝1.20∶1。豪森公司据此认为已有案外人采用与其工艺方法相同的方法所得到的结果与专家关于专利一的鉴定结论是一致的，故该鉴定结论正确。
2007年10月11日，原审法院再次组织当事人对鉴定结论进行补充质证。伊莱利利公司承认“－83℃至19℃”间的α、β比例表所指产物是内半缩醛，内半缩醛须经反应才能生成核糖。但其同时认为根据该比例表可以得出其所主张的结论。对于豪森公司提供的《盐酸吉西他滨的合成》一文，认为已超出举证期限，不能作为证据使用。同时伊莱利利公司还提出《中国医药工业杂志》主办方之一的上海医药工业研究院与豪森公司均系其另案指控专利侵权纠纷案中的共同被告，与豪森公司存在利害关系，故对文章本身的真实性提出质疑。
对此，出庭专家的技术意见为：“－83℃至19℃”间的α、β比例表所指产物是内半缩醛，而非推导的核糖，内半缩醛须经反应才能生成核糖；核糖在“－83℃至19℃”的温度区间外α、β的比例是否按内半缩醛在同一温度区间内的比例规律进行变化无数据支持，内半缩醛在“－83℃至19℃”的温度区间α、β比例的变化规律只能作为预见和指引；《盐酸吉西他滨的合成》一文中“3α/3β”、“4α/4β”与豪森公司中试工艺的第八步、第九步在反应条件、技术参数上基本一致。
（4）1996年12月9日，卫生部药政管理局向法国礼来公司下发了进口药品审批结果通知单。该结果是：需进行质量标准复核；需进行临床验证60例/对。1997年6月23日，卫生部药政管理局给广州中山医大附院下发临床验证通知书，要求其对法国礼来公司申请进口的药品进行60例临床验证。1998年11月26日，国家药品监督管理局要求法国礼来公司对其要求药品行政保护的吉西他滨申请补充材料。1999年3月23日，国家药品监督管理局对法国礼来公司要求药品行政保护申请下发了受理通知书。2000年8月28日，国家药品监督管理局对法国礼来公司要求药品行政保护的申请作出不予保护的决定。1999年2月13日，国家药品监督管理局给法国礼来公司的注射用盐酸吉西他滨颁发进口药品注册证。2000年6月21日，国家药品监督管理局新药品种公告（第21号）中，将盐酸吉西他滨（原料）、注射用盐酸吉西他滨（粉针）作为第四类新药予以公告。2001年5月18日，国家药品监督管理局批准豪森公司生产的盐酸吉西他滨为新药并同意其生产。
原审法院认为：1.根据《中华人民共和国专利法》（1992修正）第六十条第二款关于“在发生侵权纠纷的时候，如果发明专利是一项新产品的制造方法，制造同样产品的单位或者个人应当提供其产品制造方法的证明”的规定，本案确定吉西他滨是否为新产品的法律意义在于，豪森公司是否应当对其制造吉西他滨的方法承担举证责任。就本案而言，目前并无证据显示在1993年6月21日伊莱利利公司提出涉案发明专利申请前，国内已有吉西他滨产品出现。故应当认定吉西他滨为新产品，豪森公司应承担其产品制造方法的证明责任。2.因专利一已被宣告无效，不存在被诉侵权技术落入专利一保护范围的问题，不再考虑双方当事人围绕被诉侵权技术与专利一的鉴定结论所发表的相关意见及所举证据。关于被诉侵权技术与专利二、专利三的鉴定结论正确，应当作为本案的定案证据加以采信。具体理由为：
（1）关于鉴定的程序性问题：①最高人民法院已以程序违法为由将（2001）苏民三初字第001号案发回重审，故该案中所作的鉴定结论因程序违法已不具备证据效力。法院决定另行进行技术鉴定符合民事诉讼证据规则的要求，不存在同时有两个技术鉴定报告的问题。②知识产权事务中心的鉴定规则中有关于“听取当事人意见，并询问当事人”的内容。具体结合本案情况，决定适用该规定内容，由双方当事人向鉴定专家组陈述技术意见并派员到场监督。且从双方当事人分别向鉴定专家组所作的相关技术陈述来看，陈述内容也均未超出此次鉴定资料的范围，故由当事人向鉴定专家组陈述技术意见的程序并不违反法律规定。③法律并未明确规定鉴定专家组的全体成员必须全部出庭接受当事人的质询。出庭专家系代表鉴定专家组到庭接受当事人的质询，其所发表的答复意见应视为鉴定专家组的意见而非其个人意见。且原审法院已要求鉴定机构通知鉴定专家组全体成员出庭，鉴定机构也已出具书函说明其他专家不能出庭的正当理由。故由鉴定专家组部分成员而非全体成员出庭接受当事人的质询，并不违反法律规定。④豪森公司自行提交的生产工艺与其在江苏省药品监督管理局备案申报资料及向国家药品监督管理局报批资料中的生产工艺内容相一致，原审法院确认豪森公司获得2001年5月18日的新药证书、生产批件所申报的生产工艺的真实性。
（2）关于鉴定结论的技术异议：①专利二是提纯和分离β异头物核苷富集的混合物的方法。虽然豪森公司的11α/11β中的α∶β为1.15∶1是在经过分离提纯后的核苷之比，而非SN2反应产物的直接比例。但从双方的分离纯化过程来看，两者方法一致。结合专利二说明书的相关表述内容可知，在分离纯化过程中，α核苷大多是被留在了溶液中而未能被提纯。在α核苷有更多损失的情况下，提纯所得的产物比仍然是α核苷富集，这说明在提纯前α核苷所占的比例应更大，豪森公司相关工艺步骤针对的是α异头物核苷富集的混合物。分离纯化不会产生相反的比例。因此，技术鉴定报告关于被诉侵权技术与专利二不相同的技术比对结论正确，予以采信。豪森公司的中试工艺未落入专利二的保护范围。②伊莱利利公司对被诉侵权技术与专利三的比对未发表技术意见，应视为其同意技术鉴定报告的相关结论。故技术鉴定报告关于被诉侵权技术与专利三不相同的技术比对结论正确，予以采信。豪森公司的中试工艺未落入专利三的保护范围。
综上所述，原审法院依照《中华人民共和国专利法》（1992年修正）第五十九条第一款、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十八条之规定，判决：驳回伊莱利利公司的诉讼请求。一审案件受理费37510元，鉴定费75000元，由伊莱利利公司负担。
伊莱利利公司不服原审判决，向本院提起上诉称，原审法院认定事实和适用法律均有明显错误，请求本院查明事实，撤销原审判决，依法改判支持上诉人全部诉讼请求。主要理由是：（1）本案鉴定机构所做的鉴定报告没有事实依据，得出的结论错误。原审法院未能正确分析鉴定报告的可信性，反而以此为定案基础，导致本案事实认定错误。（2）根据国家食品药品监督管理局的规定，所有药品生产企业均须获得GMP证书，并持续使用良好的生产工艺。制药企业应对该工艺中的关键步骤进行标注描述和精确控制，从而保证药品质量的稳定。被上诉人作为一家药品生产企业，应依法持有生产吉西他滨的GMP证书。因此，被上诉人应当依法记录其生产工艺中的关键步骤即甲磺酸酯10α/10β的α、β比例。被上诉人没有理由不知道作为其关键中间体甲磺酸酯10α/10β在其制备工艺中特定的α、β比例。第九步反应起始物甲磺酸酯10α/10β的α、β比例是判断被诉侵权方法是否落入专利二、专利三保护范围的关键数据，本案被上诉人是在有意拒绝提供其制备吉西他滨盐酸盐的真实方法及10α/10β的α、β比例等真实数据。鉴于被上诉人始终拒绝履行其举证责任，原审法院应当依法推定，一旦被上诉人披露该证据，将产生对被上诉人不利的后果。原审法院始终未依法要求被上诉人披露其实际所用方法中该α、β的比例，在忽略此问题的基础上以所谓“推定”取代被上诉人的举证责任，得出不构成侵权的结论是错误的。（3）被上诉人使用了包含12个步骤的方法，采用昂贵的SN2反应路线，用以销毁超过一半的可直接用于制备抗癌药物的原料，以达到最大限度地生产杂质（α-吉西他滨盐酸盐）的目的。由于该方法的目标产物仍然是基本上纯的β异头物富集的抗癌药物，被上诉人这种不遗余力的“去其精华取其糟粕”的制备方法属于典型的改劣设计。（4）专利三是一种制备吉西他滨盐酸盐的方法。由于被上诉人从未披露其方法第八步甲磺酸酯的10α/10β中α、β的比例，致使原审法院根本不具备判定被诉侵权方法不侵犯专利三的事实基础。在本院2010年10月29日庭审中，上诉人主张，如果被上诉人实际操作中使用了其披露的生产工艺，因其采用氨气脱保护，构成与专利三的等同侵权。
被上诉人豪森公司答辩称：（1）原审法院对重审期间所做的鉴定结论予以采信正确。根据专利一限定的反应路线反推10α/10β的比例，不会对上诉人造成任何不利影响，应当作为定案依据。至于两份鉴定报告对10α/10β比例的不同认定是由于专利一技术方案自身的问题所致，不属于鉴定报告对事实的认定存在相互矛盾之处。专利一被认定无效的原因在于其权利要求得不到说明书的支持。在专利一限定的反应路线客观上不能实现的情况下，没有必要再审理10α/10β的比例问题。（2）被诉侵权方法第八步反应产物10α/10β的比例不是判断被诉侵权方法侵犯涉案专利二和专利三的关键数据。因为只有在判断专利一的保护范围时才需要该比例，专利一被全部宣告无效，故不再需要审理该比例。而且，该比例应当由上诉人承担举证责任。（3）豪森公司的生产工艺与专利二相比，反应产物以及处理前的反应混合物均不同，没有侵犯专利二。与专利三相比，反应物以及脱保护物质均不同，没有侵犯专利三。（4）豪森公司采用的被诉侵权方法不是改劣设计，而是具有自身的优点，更适合工业化生产。原审判决认定事实清楚，适用法律正确，审理程序合法，请求依法驳回上诉人的诉讼请求。豪森公司在本院庭审以及在庭后的代理意见中辩称：（1）被上诉人的被诉侵权制备方法仅是一种药品注册行为，属于专利侵权豁免的范畴，无须承担任何侵权责任。（2）盐酸吉西他滨不是新产品，被上诉人无须承担倒置的举证责任。（3）对于专利一、专利二涉及的产品，上诉人没有完成其应当承担的前置的举证责任，被上诉人无须承担倒置的举证责任。
上诉人伊莱利利公司在二审中提供了军事医学科学院毒物药物研究所郑志兵作出的《吉西他滨中间体10合成方法实验重复报告》（简称实验重复报告），该报告记载：严格按照吉西他滨生产中试工艺（1）－方法2的中间体10的合成方法，进行中间体10合成的实验重复，并采用HPLC方法对中间体10两种异构体α/β的含量进行测定，四次实验结果均为中间体8，经还原和甲磺酰化后得到的是α取向优势的中间体10。上诉人伊莱利利公司据此主张，鉴定报告和原审判决认定的有关反应物是β异头物富集的糖的事实错误。
针对上述实验重复报告，豪森公司主张追究伊莱利利公司违反保密承诺，私自将其涉及商业秘密的中试工艺资料交由案外人进行实验的法律责任。对实验重复报告记载的内容，豪森公司认为，该实验与中试实验相比，规模非常小，中间体只有3克左右，而豪森公司的中试工艺的中间体是5公斤左右，两者的反应规模不同。其次，四次实验都对中间体9进行了纯度测定，根据HPLC图，最低纯度和最高纯度的误差过大。该报告得出的结论不应当采纳。
本院经审理查明，原审法院查明的事实基本属实。
