从实践来看，土地征收机制不健全不完善是造成土地配置和使用效率低，引发农村征地纠纷和争端的主要原因。主要表现有：（1）农村土地征收法律不健全。农村土地征收主要由宪法、物权法和土地管理法及相关政策来调整，但宪法和物权法的规定较为原则，土地管理法又落后于物权法和征地实践，且均缺乏具体细致的规定和实施办法，没有一部专门系统的农村土地征收法。（2）公共利益扩大化和征地权滥用。土地征收权归属国家，由政府及有关部门在公共利益的前提下强制行使，但法律只对公共利益作了概括性规定，而没有明确界定其范畴，使得征地权被随意滥用。在实际操作过程中，凡涉及占用集体土地，动辄使用国家征地权，甚至以商业盈利为目的的征收成为农村土地征收的主要类型。一些地方政府通过土地征收大搞经济开发，甚至出现地方政府权力寻租行为。由于公共利益边界不清而对土地征收权的滥用，不仅严重侵害了农民权益，也直接降低了土地资源的配置效率。（3）土地征收的补偿标准不是按照国际通行惯例，根据市场价格进行协商谈判来确定，而是按照被征用土地的原用途，主要依据种植业年产值给予补偿。土地征收补偿不能反映土地市场的供需状况和土地的真实价值，不符合市场经济的价值规律和市场定价原则，是一种完全与市场无关的政策性标准，且计算方法过于简单，不能适应征地实践中多样化的要求，实际操作中弹性空间大，极易产生扭曲。以湖南省长沙市为例，目前农村土地每亩种植普通的经济作物的年产值为1000元左右，根据征地补偿安置办法，土地补偿和安置补助费最高标准也不过2万元。不论是按土地面积数还是按家庭人口数来进行补偿，一个家庭的补贴金额最高不会超过10万元。农民集体不仅难以按等价交换的原则得到应有的土地收益，而且被排除在土地增值分配的机会之外。政府只要支付一笔远低于市场价格补偿费，就可将集体土地所有权转为国有，待土地进入市场后，其使用权便可以高出补偿费数倍、甚至数十倍的价格转让给用地单位。（4）农民失去土地后的生活和发展缺乏保障。农民失去土地，一是失去了最宝贵的家庭财富，失掉了靠土地联系在一起的集体资产所带来的收益；二是失掉了最基本的就业岗位和工作场所，失掉了依靠土地生存的低成本生活方式和低成本发展方式；三是失掉了最稳定的生活保障，失掉了农民安身立命的基础。从资产专用性来讲，农民原来的人力资本投资已经基本落空，丧失了基本生产资料的失地农民必须重新进行就业培训，重新寻找工作，但城乡教育差异、就业渠道残缺、就业宏观形势等因素使失地农民很难重新就业，大量失地农民难以保持原有生活水平和继续进行生产经营。失地农民的生存权、经济权、就业权、财产权以及政治文化教育等方面的权利和利益，均因失地而受到不同程度的损害和影响。（5）征地补偿分配管理不规范。土地补偿款是农民失去土地后替代土地保障的货币保障，不仅是农民失去土地后从事其他产业的资金基础，而且是失地农民生活保障的唯一资本。目前征地补偿款和安置补助费等缺乏一个分配的具体细则，造成各地分配比较混乱。在村级集体留用土地补偿款的具体使用上也欠规范，有些村级基层组织没有建立规范的村务公开制度，缺乏严格的财务使用监督管理机制。（6）土地征收程序缺乏有效的监督机制。政府擅自占用土地、买卖土地等非法转让土地和越权审批，或先征后批，或以合法形式掩盖非法占地等现象比较普遍。很多土地在被征用后由于种种原因被闲置，造成了大量土地资源的浪费，致使农村土地流失严重。据国土资源部的统计，1987－2001年全国非农建设占用耕地3300万亩，大约有70%属于政府征地。1997－2003年，全国共有1700万亩耕地被用于建设用地。196根据浙江省桐乡等24个市县455户调查结果，被征用的土地中，工业园区和经济开发区建设用地最多，占被征用土地的50．2％，其中“征而未用”的土地占被征用土地总数的20．4％。197 2003年，国务院和国土资源部共查出开发区闲置的土地超过2316万亩，按中国人均耕地1.43亩的水平计算，意味着至少有1619万农民失去土地，而这些土地却被弃之不用。198城市盲目扩张的速度快于经济发展的速度，农地非农化的速度快于农民真正融入城市的速度，就不会有真正意义上的现代化，也严重制约着新农村建设的成效，土地征收补偿机制亟待改革和完善。
（1）土地征收机制不健全不完善的源头在于征地权的滥用，而征地权滥用的源头又在于公共利益的随意解释。有学者（蔡志方，1998）认为公共利益具有“不确定性”和“流动性”的特征，使其在很大程度上“只可被描述而无法对其定义”199，但这并不妨碍根据实践需要，对公共利益进行明确的描述和界定。如黄学贤（2004）认为公共利益必须具有公共性、利益的重要性、现实性和必须通过正当程序而实现，马德普（2004）将公共利益分为四个层面：一是共同体的生产力发展；二是每个社会成员都有可能受益的公共产品的生产，包括公共安全、公共秩序、公共卫生等；三是社会每个成员的正当权利和自由保障；四是合理化的公共制度，比较全面地概括了公共利益在不同领域的意义。一般而言，公共利益应当限定在：（1）国防军事用地；（2）国家和地方政府需要修建的交通、水利、环境保护、能源、供电、供暖、供水等公共事业或者市政建设工程用地；（3）国家和地方政府需要修建的政府机关以及公益性事业研究单位用地。要保障农民和集体土地利益，首先就要从源头上对土地强行征收进行限定，缩小国家强制性征地的范围，尽可能让集体土地转让走市场化的道路。非公益性项目用地，如商业、旅游、娱乐和商品住宅等私营性用地及谋取投资回报的的机场、铁路、高速公路等建设用地，不应当纳入征收的范围。对非公益性用地，在符合土地利用总体规划和用途管制的前提下，应当遵循市场化原则，依照征购的方式取得土地。要设立“公共利益”的认证程序，对征地项目的公益性进行认证，防止政府借“公共利益”之名滥用征地权（史晓娟，2006）。
（2）适应经济社会发展要求，以明晰完整的土地权利体系为基础，形成以市场公平交易原则沟通土地供给和需求，以土地产权转移和交易代替原来的征地补偿机制。刘燕萍（2002）认为征地补偿应该以土地用途变更为依据，重新界定土地的产权。李辉敏和哈伯先（ 2006）认为对于非公益性用地，应以农地转用后土地的用途为土地价格确定的依据，以切实保证失地农民的基本权益。要制定一部《农村土地征收法》，对农村土地征收的范围、征地程序、补偿方法及方式、征地主体的权利和义务，以及法律责任和纠纷解决等一系列问题作出系统而具体的规定。在此基础上，要修订和完善土地管理法。现行土地管理法的基本思想和指导原则仍然是以计划经济为主导，其中关于建设用地的指导思想，主要是为了满足国家建设和各项经济建设对于土地的需求。虽然提高了征地的各项补偿的数额和倍数，但对于农民集体和农民个人土地权利的保护仍然不够，没有体现市场的公平原则。要修改其中与市场经济要求和保障农民权益不相符的条款，切实改变现行征地制度对农民和集体补偿偏低标准严重偏低，违反市场经济和城镇化发展基本规律的现状，对征地管理权限、征地程序的规定，补偿的合理程序、补偿的具体执行过程、告知补偿的救济途径等，均应作出明确具体的规定。
（3）坚持市场化改革方向，以市价补偿原则替代耕地的年平均产值原则，提高征地补偿标准。与世界其他国家相比，我国的征地补偿范围小、标准偏低。现行法律规定的征地补偿标准，是按照土地原用途的年产值倍数进行测算的。“耕地的年平均产值”是农作物产量与价格的函数，其高低要受到所处地区的自然生产条件和社会经济条件的影响，而与被征地的区位等影响土地价格的因素没有直接关系。现行的征地补偿标准既没有反映出土地的地理位置、地区经济发展水平、土地市场交易价格、人均耕地面积等影响土地价值的经济因素，也不能体现同一宗土地在不同投资水平或者不同投资情形下出现产出差别的真实价值，掩盖了土地资源的稀缺程度以及农民群体对耕地的依赖程度。以耕地的产值为基础测算的征地补偿标准无法反映地区的地价差异，导致土地补偿费与土地的市场价值相差甚远。政府征地的低成本性，极易导致有关国家机关的征地行为的随意性，造成土地征收机制失范和危及粮食安全等严重后果。因此，应当改革现行的以土地年产值为基准的补偿做法，根据城市发展总体规划，尝试按照土地所在的不同区域，将城市土地划分成若干个片区，每一片区确定一个相对合理的基准地价，在统一征地时分别确定征地补偿标准。土地征收补偿要充分考虑土地的各种使用价值、土地供求关系、农村经济发展和农民收入增长的实际，确保征地补偿真正实行市价补偿原则，让农民和农民集体分享到经营城市过程中土地增值部分的收益，促进社会公平和效率。
（4）促进征地相关主体间合理的利益分配，是改革完善农村土地征收机制的基础。根据马克思主义地租理论，在社会主义市场经济条件下仍然存在绝对地租和级差地租，其中绝对地租归土地所有者所有，级差地租Ⅰ是由土地的肥沃程度、离市场位置的远近等自然状况决定所获得超额利润不同而产生的，也应该归土地所有者所有，级差地租Ⅱ是由对地块追加投资、改善生产和用地条件而产生的，应当由土地所有者和土地使用者共同所有。在农村土地征收中，农民集体是土地所有者，绝对地租毫无疑问应归农民集体所有，但农村土地的增值来源于土地的位置差异、国家规划（用途改变）和开发投资等因素，因此级差地租的分配有所不同。级差地租Ⅰ中属自然条件影响方面的部分，应归土地所有者即农民集体所有；属于国家规划引致区位变化方面的部分，应归政府所有。级差地租Ⅱ要区分两种情况进行分配：若土地原为农用，征收后转为非农用地（若仍为农用应不适用于征收），则原使用者（承包经营农户）对土地的连续追加投资并不产生效益，级差地租Ⅱ应归政府和开发单位所有；若土地原为集体建设用地，集体或基层政府亦有投资贡献，则级差地租Ⅱ应归农民集体、各级政府和开发单位所有。同时，物权法对土地征收补偿作了新的更合理的规定，强调要足额安排被征地农民的社会保障费用，对于确保被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障，是十分必要的。
（5）严格农村土地征收程序，增强征地过程的民主化法制化。为促进新农村建设与城镇化的良性互动，要建立公开公正公平的征地制度，将土地规划、年度计划、征地补偿标准、安置办法等内容纳入政务公开范围，杜绝土地交易中的暗箱操作。地方政府应当逐步退出土地征购市场，转而变为市场交易的仲裁者以及交易弱势方保护者的角色。公益性土地的征收，应当由城市土地储备中心与农民进行协调，参照市场价格进行合理补偿；经营性土地征购应当由集体土地产权代表与开发商进行谈判协商，经中介机构评估，确定土地价格。在征地过程中，赋予农民知情权、参与权、监督权和申诉权，确保失地农民有权在土地征用的政策绩效成本与收益之间进行选择，自主选择在不同政策之间、在务农和进城之间权衡得失，维护自身的利益。在土地征收补偿中，必须形成政府与被征地方平等对话的地位，通过征地双方认可的独立和公正的核算方法来保障农民和集体利益。增强土地征收补偿费发放的公开性和透明度，农民集体作为土地所有权主体，应当自主决定内部的分配比例、分配标准以及使用办法等，公平合理地分享分配土地增殖收益。
此外，还要建立起土地价格评估制度和征地补偿方案听证、审批制度，征地补偿民主决策制度，征地补偿争议司法救济制度等程序制度。建立健全农民土地财产权利保护的政策咨询和法律援助机制，帮助农民和集体处理有关土地产权交易中的问题，依法保护农民和集体的利益。成立农村土地征收的社会仲裁机构，当政府、集体组织与农民因征地问题发生纠纷时，可由第三方机构裁决，而不应由政府单方面行政命令说了算，也防止集体组织对农民利益的侵害。
