1938年3月开始的第三次莫斯科审判的主要被告人有：尼古拉·布哈林——原共产国际领导人、列宁时期的政治局委员、党内最优秀的理论家；阿列克谢·李可夫——列宁时期的政治局委员和苏联人民委员会副主席（列宁逝世后曾任过人民委员会主席）；尼古拉·克列斯京斯基——原党中央书记，为列宁主管组织工作的副手；克里斯蒂安·拉科夫斯基——一个倍受尊敬的老党员，为革命立下过丰功伟绩，曾被列宁派去领导过苏维埃乌克兰的工作。
同他们并排坐在被告席上的，还有一个人，他就是原内务部头子亚果达。
其实，基洛夫被杀后的第二天上午，斯大林就扔下一切工作去列宁格勒，公开说是为调查案情，实际上是为检查那些掩盖真相而采取的一切措施是否落实。当他发现“内务部之手”在案件中暴露得十分明显时，就采取了紧急措施去消灭痕迹：立即下令枪毙直接刺杀基洛夫的凶手，秘密处决所有知道内务部插手过这一案件的人。
斯大林当然不愿意暴露基洛夫被害的内幕，可是他忽略了一点：基洛夫在走廊上被杀时，他的贴身警卫居然不在现场，这件事不能不引起列宁格勒州党委其他成员的震惊和怀疑。基洛夫的助手们还知道，基洛夫被杀的两周之前，凶手尼古拉耶夫就因为私藏手枪进入斯莫尔尼宫而被抓住过。那么又是谁在两周后再次把通行证发给了这个凶手呢？
基洛夫被害后，紧接着有几百名列宁格勒的优秀干部被召到列宁格勒内务分局，他们被勒令在一周之内离开现职岗位，前往遥远的乌拉尔和西伯利亚接受新的工作。他们都是基洛夫在世时列宁格勒党政机关和企业的骨干。很显然，列宁格勒内务分局接到了上级有关立即清洗列宁格勒的“基洛夫分子”的密令。不由党组织而由内务部来给党的干部重新分配工作，这在苏联国内还是第一次。因为出发期限规定得太仓促，许多厂长经理根本来不及移交工作。那些要求给以某种解释的干部，得到的回答是：“您在列宁格勒呆得太久了。”1935年夏天，就有3500多名干部被这样赶出了列宁格勒。这种做法很像几年前在各大城市开展的那场清洗“季诺维也夫分子”的运动。
基洛夫被杀的内幕，在党内早已传开。但对这种状况，斯大林知道得比较晚，因为负责为他提供情报的亚果达一直不敢汇报这一情况。当初斯大林在列宁格勒骂他的那些话令亚果达至今心有余悸。中央委员会的一些大人物虽然也逐渐听说了基洛夫案件的真相，可是他们也没敢向斯大林透露，因为他们那样做就等于主动把自己划进了“知情太多”人的范围。
当斯大林知道这一切时，已经晚了。他只有一条路可走：公开承认基洛夫死于内务部之手，但要把一切责任都推到亚果达身上；既然在前两次莫斯科审判中，暗杀基洛夫的责任是栽在季诺维也夫和加米涅夫等人身上的，那么亚果达现在就只能是他们的同案犯。亚果达无论如何也想不到会有这一天。
亚果达，这个不可一世的人物，突然出现在被告席上，震惊了苏联国内外。一个领导苏联反间谍机关长达15年的人，原来自己就是个外国间谍；他这个以残酷镇压托派分子而闻名全国的刽子手，居然自己也是个托派分子。
1936年春天，亚果达当上了国家安全委员会总政委，穿上了为他特制的将帅服。斯大林还给了他一项最高的荣誉：在克里姆林宫内为他拨出一套房间。这意味着亚果达进入了只有政治局委员才有资格进入的最高权力中心。
克里姆林宫内有富丽堂皇的宫殿和引人注目的行政大楼、礼堂，但没有现代化的住宅。斯大林和其他政治局委员在里面各占有一间面积很小的，革命前供仆人居住的房间。尽管每天晚上他们都要回到自己在郊外的舒适官邸，但能在克里姆林宫内有一间房，哪怕又小又窄，他们也认为那是一种象征，比住在克里姆林宫高墙外的花园洋房里光彩多了、也威风多了。
亚果达第二天就搬进了克里姆林宫。当然，米柳京大街上那幢专门为他修的豪华官邸还是继续归他所有。亚果达在郊外奥泽尔基公园附近还有一幢别墅，但不管天气多么炎热，他每周只去一次，好像市内的灰尘和闷热，比奥泽尔基公园的凉爽更合他的胃口。亚果达成为克里姆林宫的新住户这件事，引起上层人物们议论纷纷。当然，任何人都不再怀疑克里姆林宫上空又出现了一颗新星。
内务部里还出现一个传闻：对季诺维也夫和加米涅夫的投降感到十分满意的斯大林，曾对亚果达说：“政治局里应该有您一个位置。”这就意味着，在下一次党代会上，亚果达将成为政治局委员的候选人。
亚果达工作起来更来劲了。他下令加快莫斯科—伏尔加河的挖掘工程，希望这条由内务部动用牢改犯施工的运河最终能用他亚果达的名字命名。他狂妄地想，既然莫斯科地铁可以用卡冈诺维奇的名字命名，为什么莫斯科运河不可以用他亚果达的名字冠名呢？
在这几个月中，亚果达整天忙于为内务部人员换装，使他们穿上有金银边饰的新式制服，并制定有关内务部人员的行为准则和礼节的条例。但当部里的人员穿上新制服时，他又不满足了，决定为内务部高级官员定做高级服装：带金边装饰的白色华达呢制服，天蓝色裤子和漆面皮鞋。由于国内不生产漆面皮鞋，亚果达下令从国外进口。这套高级制服最主要的装饰物，是一把小巧玲珑的镀金佩剑。
亚果达还下令，内务部卫兵的换岗仪式要隆重，要鼓乐齐鸣，就像沙皇御林军换岗一样。亚果达所规定的一些繁琐的新的行为规则和礼节，使昨天还是平等关系的同志，今天见面就必须相互立正敬礼。鞋后跟的碰撞、粗声粗气的问候、毕恭毕敬的举手礼、简洁而谦恭的回答，这一切都成了一个内务部人员必须具备的素质。
当命运突然把亚果达从权力顶峰拉下来，关进那阴森恐怖的牢房里时，他简直像一头受惊的困兽。他不停地在牢房里转来转去，不吃饭，不睡觉，嘴里无休止地絮叨着什么。
新上任的内务人民委员叶若夫很担心亚果达失去理智，因为那样会对即将开庭的审判极为不利。为了稳定亚果达的情绪，叶若夫派暂时还未处置的外事局局长斯卢茨基常去看亚果达。斯卢茨基的到来，令亚果达非常高兴。斯卢茨基是个很会演戏的人，这时好像对亚果达动了恻隐之心。他当然会牢牢记住亚果达说的每一句话，好向新主人叶若夫汇报。亚果达相信一点：斯卢茨基此刻也在为自己担心？？
亚果达在斯卢茨基面前是无所不谈的。他坦率地向对方述说自己所处的绝境。一天晚上，当斯卢茨基正打算离去时，亚果达突然对他说：
“你在给叶若夫写报告时能否为我捎上这么一句话：看来，上帝毕竟是存在的！”
“你这是什么意思？”斯卢茨基有点慌乱，他意识到亚果达是在毫不客气地提到“给叶若夫写报告”。
“很简单，”亚果达半认真半开玩笑地说：“我忠心耿耿效力，斯大林仅仅给了我嘉奖，其他什么也没给；我本来应该受到上帝最严厉的惩罚，因为我屡屡破坏他的戒律。现在，你看看我这下场，自然就能判断出，上帝是在还是不在？？”
在第三次莫斯科审判的被告人中，最惹人注目的是原内务部人民委员亚果达。因为把亚果达说成是那些曾被他投入大审判甚至处以死刑的人的同案犯，确实给这次审判增加了耐人寻味的滑稽色彩。
这次审判的核心人物当然是最优秀的布尔什维克、列宁最亲密的战友——布哈林。
目睹了第一、二次莫斯科审判的布哈林，完全明白自己将来的下场。他提心吊胆地过了一年多。1937年2月19日，布哈林接到要他“出席中央全会”的通知。2月25日，中央全会在克里姆林宫召开。会上，宣读了皮达可夫的“供词”。布哈林申辩说：“我不是季诺维也夫，也不是加米涅夫，我不能用谎言来欺骗自己。”散会后，布哈林知道，决定自己命运的时刻到了。他写了一份遗书，要求妻子记在脑子里，然后把遗书烧掉。遗书表达了布哈林对社会主义事业的坚定信念，指责斯大林体制的国家暴力机器的专横，最后对妻子说：“不要悲伤，历史也同样会犯悲剧性的错误。我只希望能把我儿子培养成为一名布尔什维克。”第二天，布哈林再次出席中央全会时，就被投进了监狱。被捕后的头两个月，他一直拒绝交待“罪行”，也拒绝在那些早已为他准备好的供诉上签字，尽管对死亡的长期等待早已弄得他筋疲力尽了。
布哈林的妻子是老革命家拉林的女儿。1933年，45岁的布哈林遇到了这位绝代佳人。她当时已经有了一个很有魅力的年轻未婚夫，他是著名党务活动家索科利尼科夫的儿子。可是，姑娘的心却被这位个子不高，略微发胖且已秃顶的布哈林给迷住了。他们结了婚，还生了个儿子。看着娇妻爱子，感情外露的布哈林完全陶醉在兴奋和幸福之中。在政治上和仕途上，他运气不佳，可是在个人生活中，幸运女神却伴随着他。可是，正在策划第三次莫斯科审判的刽子手们，已经计划把他的娇妻爱子作为逼他投降的手中王牌了。
内务部的人故伎重演，以斯大林的名义向布哈林许诺，只要他能满足“政治局的全部要求”，他的妻子和儿子就会安然无事。为了证明许诺的真实性，叶若夫命令把拉狄克转到布哈林的囚室里，因为拉狄克在第二次莫斯科审判中没有被判处死刑。
叶若夫很清楚，布哈林非常珍惜列宁临终前对他布哈林的赞扬。叶若夫打算首先打掉布哈林心中的这一优越感，他想通过法庭向全世界宣布：布哈林从来就不是列宁的亲密战友，而是列宁的最凶恶敌人。叶若夫命令侦讯人员：必须让布哈林承认，在1918年布列斯特和约签订期间，他布哈林就企图暗杀列宁了。
内务部逮捕了一些过去的“左派共产党人”和“左派社会革命党人”，强迫他们证明，布哈林当时曾对他们讲到过杀害列宁的计划。有些人还被迫供认，1918年夏天那个刺杀列宁的社会革命党徒卡普兰，就是在布哈林的怂恿下开枪的。
布哈林理所当然地否认这一险恶指控，但名目繁多的刑讯手段，特别是对妻儿的担心，使他的反抗不可能持久。侦讯人员经过长时间的“工作”，终于迫使布哈林无可奈何地承认：就算他布哈林真的从1918年起就打算杀害列宁吧。斯大林对这个胜利感到欣慰。两天之后，当布哈林看过经斯大林亲自审阅和修改后的“审问笔录”时，他突然翻供，拒绝在上面签字。因为那上面写着，他布哈林很早以前就知道德国政府愿意为列宁提供火车包厢，同意让列宁在战争状况下穿越德国，从那时起他就开始怀疑列宁同法西斯德国有什么见不得人的勾当。后来，布尔什维克掌权之后列宁一再坚持要同德国单独签订屈辱的停战协定，他布哈林就更加深信不疑并进而产生刺杀列宁和成立有反对同德国讲和的左翼社会革命党人参加的新政府的想法。读完这些恶意的捏造，布哈林气得拍案而起：“斯大林这是要把死去的列宁也送上被告席呀！”布哈林坚决拒绝参加这场审判闹剧。
这一曲折反复大大增加了叶若夫们的工作难度。他们用最后的一张王牌，即布哈林年轻妻子和宝贝儿子的生命威胁他。但布哈林仍坚决不同意在叶若夫要求的供诉上签字。叶若夫出于无奈只好妥协，答应：在法庭上将不提所谓列宁勾结德国人的事，也不提布哈林因此事而产生的怀疑。布哈林还可以不污蔑自己曾企图杀害列宁，只说为阻止布列斯特和约而打算将列宁逮捕，并扣押一昼夜。布哈林也可以不诽谤自己是德国间谍，但必须承认参与过对基洛夫和高尔基的谋杀。
内务部的逻辑是：既然你布哈林承认在1918年时阴谋推翻苏维埃政权，那末你所要逮捕的自然就不仅是列宁一个人，而且还有列宁的最亲密战友斯大林。难道还能有别的说法吗？这一次，布哈林被迫在重新改写的“交待”材料上签了字。
布哈林出庭前也同样受到警告：不得在陈述中夹带“私货”或搞“一语双关的暗示”；他本人的生命和全家的命运不仅取决于他将说些什么，而且还取决于他将怎样去说。他布哈林在他的陈述中，极力想让法庭相信：“我不仅是反革命机器上的一颗螺丝钉，而且还是反革命领导人之一。所以，作为领导？？我应承担比其他任何同案犯人都大得多的责任。因此，我不指望得到宽恕。”当审判长乌尔利赫提示布哈林，说他已经在做自我辩护的时候，布哈林激动地回答道：“不，这不是自我辩护。这是？？自我控诉！我还不曾为自己辩护过一句话！”
布哈林的确已经对斯大林不抱任何指望，他只是在尽一切力量拯救他的妻子和儿子。在法庭上，他不仅自诬为“最凶恶的法西斯”、“社会主义祖国的叛徒”，甚至还驳斥外国报刊的抨击，极力为莫斯科审判闹剧辩护。
尼古拉·尼古拉也维奇·克列斯京斯基曾任中央书记，帮助列宁解决过许多国家大事。列宁在世时，他还当过财政人民委员，但在国外，他是一个颇有才干的外交家。他曾作为苏联特命全权大使，在德国住了10年，后来回国担任外交部副人民委员，成了马克西姆·李维诺夫的助手。克列斯京斯基虽然属于最杰出的久经考验的老一代革命家，但从气质上看，他更像典型的心地善良的知识分子。他身居国家要职，却没变成一个自负的官僚。对待下级，哪怕是最普通的职员，他都非常诚恳、坦率、和蔼。他最喜欢谦虚诚实的人，容不得两面三刀的人和追名逐利者。第一、二次莫斯科审判暂时没有动克列斯京斯基，很可能是因为斯大林还需要他在外交部工作。
1937年3月27日，他被免去外交部副人民委员的职务，调任俄罗斯联邦司法部副人民委员。这一贬职意味着什么，谁都能猜到。
被斯大林镇压的人，大多数是在不变换职务的情况下被捕入狱的。但有时为了不使某个人的被捕太惹人注意，斯大林也会暂时把这个人调任另一个低一点的职务。例如，内务部头子亚果达就是先从内务部调到邮电部，然后才被推上第三次莫斯科审判的被告席的。又如，十月革命最著名的功臣安东诺夫-奥弗申柯，即电影《列宁在十月》中率队冲入冬宫逮捕临时政府部长们的“卫队长”的原型，1937年被苏联政府从西班牙召回国，先调任俄罗斯联邦司法人民委员，紧接着就失踪了。现在，克列斯京斯基又成了俄罗斯联邦司法部副人民委员。
克列斯京斯基担任新职后，在一种“不死不活的状态中”等待了两个多月。内务部的用意显然是让他在不断加剧的不安和恐慌中去等待被捕，从而导致精神崩溃，失去对刑讯逼供的反抗力。克列斯京斯基还得为妻子和独生女儿的命运担心。他女儿名叫娜塔莎，已满15岁，因此，苏联于1935年4月7日颁布的有关对未成年犯可以判处死刑的法律，对她是有效的。父母对她的宠爱，这是尽人皆知的事。娜塔莎在很多方面很像父亲，不仅在外貌上包括那高度的近视，而且还继承了父亲那积极的思维和超人的记忆。
克列斯京斯基是5月底被捕的。经过前两次审判，人们似乎对假口供已习以为常了。克列斯京斯基不敢奢望保住妻子的生命，但他希望，他同意付出内务部所要求的代价能救下女儿。克列斯京斯基当过司法干部，他比别人更了解内务部的刑讯逼供和审判意味着什么。早在被捕之前，他就告诫自己：反抗是没有用的。的确，6月还没有过去，他就已经在第一份“交代”上签了字。
克列斯京斯基在法庭上干出了一件令全世界都感到意外而惟独对于这场审判闹剧的导演却并不意外的事情。
在开庭的第一天，当审判长问克列斯京斯基是否认罪的时候，后者坚决否认：“我不承认自己有罪。我不是托洛茨基分子。我没有参加过‘右派—托洛茨基联盟’，我根本就不知道这个组织的存在。指控我的罪名都是强加的。我尤其不承认自己犯过勾结德国谍报机关的罪行。”
被告人敢于当着法庭声明自己无罪，而且想全部推翻被指控的罪名，这在三次莫斯科审判期间是第一次，也是最后一次。
克列斯京斯基的无罪声明，引起人们的极大兴趣。那些关注这场审判的人都在等待着最后的结局。
第二天，1938年3月3日晚上，克列斯京斯基告诉法庭：“昨天，由于被押上被告席和听人宣读起诉书，我的心情十分沉重，加上我病魔缠身，突然被一种虚伪的耻辱心的强烈感情所支配，我无力说真话，我不敢承认自己有罪。所以，我本来应该说：‘是的，我有罪’，可我却机械地冲口而出：‘不，我没有罪’。”
人们猜测，克列斯京斯基肯定是屈服于严刑逼供。然而，事实上，克列斯京斯基突然改变自己的立场，并不是由于内务部的人对他采取了什么逼供，他们也用不着这么干。克列斯京斯基这种先翻供后又认罪的行为，是内务部精心炮制的这场审判闹剧中的一幕插曲。在前两次莫斯科审判中，全部被告人都异口同声地承认自己有罪，他们不仅不为自己辩护，反而争先恐后地承担被指控的主要罪名，这种反常现象自然会引起人们的怀疑。内务部对此大概也意识到了。
人们都清楚，这3次审判是一脉相承的，首要的被告还是托洛茨基。
叶若夫非常懂得造谣污蔑是一种烈性毒药，其剂量只能慢慢增加。刚开始，他只是控告托洛茨基犯了“对农民估计不足”和“不太相信工人阶级的力量”的过错。第二步，托洛茨基被指控策划恐怖活动。在第二次莫斯科审判中，托洛茨基的罪名上升为充当法西斯德国的间谍。当把列宁最后一批战友即将送上断头台的时候，必须再给托洛茨基戴上一顶“帽子”。这就是内务部头目要通过克列斯京斯基的嘴巴公布于世的。内务部答应克列斯京斯基，只要他同意“合作”，就免他一死。托洛茨基曾被当局说成是从1935年卖身投靠法西斯德国的，可是，现在在法庭上克列斯京斯基奉命宣布，1921年是他本人和托洛茨基一块成为德国统帅部间谍的时间。
内务部的审讯员们只想着如何不断加重托洛茨基的罪行，却没想到，这样一来反而走向了逻辑的反面：既然托洛茨基等反对派之所以要勾结德国法西斯，其根本目的无非是想夺回他们失去的权力；那么在1921年的时候，托洛茨基是公认的十月革命传奇式英雄和红军统帅，他正处于荣誉和权力的顶峰，他要夺回什么权力？！托洛茨基难道是要瓦解他亲手创立并在他指挥下从胜利走向胜利的苏联红军吗？！
克列斯京斯基在法庭上完全照办了，可是内务部却没有履行自己的诺言。克列斯京斯基还是被枪毙了。他的妻子——某儿童医院院长兼医生，后来也被逮捕了。
全国的“间谍”越肃越多，越杀越多。党内党外普遍笼罩着不安全感，不信任感，人人自危，明哲保身，整个国家出现一种信任危机。卡冈诺维奇、伏罗希洛夫等人在1938年视察各地时，发现干部、群众普遍意志消沉。他们回到莫斯科，向斯大林报告了实际情况，也希望停止肃反运动。
1938年7月，叶若夫被撤消内务人民委员职务，调贝利亚接任。大规模肃反运动才逐渐平息下来。
叶若夫调任航运人民委员。1940年4月1日，叶若夫被苏联政府以“毫无根据地镇压苏联人民”的罪行而被枪决。叶若夫成了肃反运动中制造大量冤假错案的替罪羊。
1988年2月4日，苏联最高法院全体会议通过决定，撤消1938年对布哈林、李可夫等10人的判决。在此之前，对同一案件中涉及的克列斯京斯基等另外10人的判决也被撤消。这样，在这个案件被判刑的21人中，只有亚果达一人未被平反。
1988年3月26日塔斯社报道，苏联最高法院军事法庭正式撤消了1937年6月11日苏联最高法院特别法庭以“反苏托洛茨基军事组织”的罪名对图哈切夫斯基等8人的判决。
1988年6月13日，苏联最高法院作出决定，为当年在莫斯科第一次和第二次审判中受害的季诺维也夫、加米涅夫、拉狄克、皮达可夫等33名布尔什维克恢复名誉，宣布他们无罪。
