第四十号和《丘比特交响曲》又是莫扎特所特有的那种成对的作品，前者低调、苦闷而悲哀，后者显得得意扬扬而骄傲。
这些都只是粗浅的描述，因为这三首音乐全都是极富表现性而且多层次的。在莫扎特去世后不久，他的最后三首交响曲就成了经常被演奏的作品。
尽管有更大和更壮丽的交响曲，但是却没有比它们更好的。不管莫扎特相信宿命论的程度有多深，他仍然能在音乐中表现出他对生命的肯定。
莫扎特将他的下一首作品献给了普契博格，其实我们私下揣测，普契博格也许更愿意把借出去的钱收回来。
这是一首弦乐三重奏余兴曲（K.563），将轻快而受欢迎的小夜曲形式、嬉游曲以及写作三重奏弦乐曲的其他正式基本原理综合在一起。由于这是莫扎特艺术中的主要形式的完美综合，因此有人认为它是莫扎特作品中的精华。
年底，莫扎特的朋友斯维登付钱给莫扎特，要他把亨德尔的一些圣乐重新改写，以适合当时的潮流，例如作一些和音上的改变，或者改进一些方面，使之更加流畅而简化，也可以作一些管弦乐上的调整。莫扎特尝试了这种改造，这使得20世纪50年代以前，亨德尔的音乐都是按照莫扎特改造的样子在演奏。直到那之后，他的主要作品才多多少少地按照他所写的那样演奏。
1789年，法国大革命如火如荼，它改变了欧洲和全世界的格局。这时的莫扎特除了效力于宫廷的舞会外，极少作曲。他对于自己那份微薄薪水的意见是：“对我所做的事来说，已经太多；但对我所能做的事来说，却又太少了。”
他的痛苦和忧郁日益加重。他可能患有肾脏病，这使得他的肉体和精神逐渐衰弱。
坐立不安、心烦意乱的莫扎特不断地弹钢琴，康丝坦兹和小卡尔则在一旁唱歌。莫扎特不像他的父亲利奥波德那样为儿子计划一切，他只是偶尔给儿子一点音乐教育。
朋友们对莫扎特倒很体贴，常在报纸和音乐杂志上剪下一些消息寄给他。在他的歌剧中，《依多曼尼奥》没有再上演过；《土耳其皇宫的绑架》则在全欧洲演出，评论褒贬不一，最常见的批评是说，那些“古怪的和声”对剧院不适合。
关于在意大利和德国都上演的《费加罗的婚礼》，则被一些评论家称为“可笑的作品”，已经“比它应有的期限活得更久”。他的音乐被认为太夸张、过分热情、过于复杂，不是“古典的”，而是“现代的”、带有挑战性的。
一位评论家抱怨说：“他使得听众们没有时间呼吸，在刚刚领会了一个美丽的旋律后，另外一个马上就接踵而来。”我们姑且认为这是一句赞扬的评论吧。
一位记者对莫扎特的“装载过重的管弦乐”表示惋惜。
莫扎特逝世不久后，他这一类型的作品反被用来作为古典简单的典型，来攻击他的继任者——贝多芬和舒伯特的“浪漫派”音乐。
旅行德国
1789年4月，莫扎特欣然接受一位贵族学生的邀请，陪伴他前往普鲁士首都柏林一行。旅行对于处在忧虑和痛苦中的莫扎特来说，自然是一件缓解心情的好事。旅途中，他曾在莱比锡等城市举行了音乐会，吸引了当地很多热情的观众。
他在莱比锡曾拜访圣托马斯教堂和约翰·塞巴斯蒂安·巴赫的故居，并在那里逗留了很长时间。莫扎特弹奏了巴赫曾弹奏二十五年之久的一架风琴。巴赫以前的学生也是巴赫的继任者约翰·多尔斯认为他已故的老师所受的重视可以在莫扎特的身上看到。令多尔斯感到意外的是，如此一位现代的作曲家竟然会对巴赫弃之不顾的作品感兴趣。他为了对莫扎特表示尊敬，曾领导合唱队用八部二重合唱唱了一首巴赫的教会赞美歌。一位旁观者写道：“莫扎特在聆听的时候，灵魂似乎在耳朵里。”
一位伟大的作曲家在听另一位名家的音乐时的表情，是非常动人的。
会拉大提琴也爱好音乐的普鲁士国王欢迎莫扎特的到来，并委托他作几首弦乐四重奏和几首奏鸣曲。
在回程途中，莫扎特再次来到莱比锡，他在这里举行了一场音乐会，音乐会中管弦乐的音量大到惊人，几乎令人忍不住担心那座旧建筑物会不会被震塌。当时的情况虽然热烈，但是金钱的收入仍旧很少。他写信给太太说：“你应该会对我能够再度回家，比我带回来多少金钱更感到高兴才对。”
6月，他回到维也纳。
康丝坦兹又怀孕了，而且还在生病。她在维也纳郊外的一处矿泉进行一连串的治疗。莫扎特又向普契博格求救：“上帝！我的境遇很惨，即使是我的头号敌人，我也不希望他遭遇如此的境况。上帝！我无法表达我的谢意，我又得向你提出新的恳求。”
在莫扎特写完这封信的几天后，一群愤怒的巴黎人攻进封建主义压迫象征的巴士底监狱，并释放了一群政治犯，法国大革命的武装阶段已经开始了。
起初，维也纳的生活还很正常，没有受到法国大革命的影响。到了8月，《费加罗的婚礼》重新上演，尽管有些情节与法国革命有关，但剧中生动的各种角色，优美而多变的音乐使得人们对这部歌剧还是很喜爱的。统治阶级也没有因为其中的一点激进元素而禁止它的公演。
皇帝这时委托莫扎特和庞提再合作写一部歌剧。庞提决定不再写前人写过的东西，而是自己创作一个新的故事。他想以皇帝告诉他的一件逸事作为剧本的基础。这部歌剧也是与爱、伪装、理想和人性有关。
莫扎特的第五个孩子是个女孩，这一年11月间出生，一小时后就夭折了。
这时候，莫扎特写了一首竖笛与弦乐五重奏（K.581），这是一首充满爱的音乐，竖笛的使用极富技巧性，以至多年以后常常被其他的作曲家所模仿。
《女人心》
《女人心》（K.588）是莫扎特和庞提合作的第三部歌剧，它的主题是“忠实”。
大概的故事情节是这样的：年长的哲学家唐·阿尔丰索与青年军官费兰多和古列尔莫二人打赌，说他们所爱的姑娘多拉贝拉和菲狄里姬在他们离开时未必会对他们忠贞不渝。为了否认这一点，费兰多和古列尔莫开始了他们对未婚妻的考验。首先他们宣布自己必须要去服兵役，然后在阿尔丰索与侍女戴丝匹娜的帮助下，他们乔装成阿尔巴尼亚人去追求多拉贝拉和菲狄里姬。两位姑娘经不起他们锲而不舍的爱情攻势，终于心软了。两个女人签署的伪婚约使阿尔丰索赢得了赌注。当然，故事经过一系列的波折，多拉贝拉和菲狄里姬承认了错误，并请求宽恕。最后，原来的两对有情人自然终成眷属。
四个人在一起消磨时间的方式，最多只有玩玩游戏，但是音乐却使它充实得多。这可能是莫扎特最美的一部歌剧。
它的音乐似乎在微微发着晕色的光，充满着令人陶醉的旋律。
剧中的每个角色都很夸张，愚蠢的态度受到了观众的嘲弄。但是作品这种讽刺性和真实感的交互作用，使得观众在情绪上获得了不由自己的感受。音乐从许多方面阐释爱，两性之爱的极度陶醉、分离的悲哀、对自己缺乏信心、嫉妒，以及对未来的忐忑无法依靠的心情，所有这些都用音乐表现出来，真切而感人。
当两个男人离去时，两个女人唱道：“每天写信给我”、“保持忠实”。她们混合在一起的声音唱出了真正的心情，这仿佛不是一部歌剧，而真的是两个姑娘对爱人离去的追忆和对被忘却或被替代的恐惧。
这部歌剧的中心是菲狄里姬的投降，她周围的每个人都劝她投降，但是她决定采取一种戏剧性的做法，她要去和在前线的男人重聚。她坐下来，在还没换衣服之前，费兰多走了进来。他们的二重唱越来越热情，最后菲狄里姬向费兰多屈服了。他也像观众一样，既为她未能坚持决心而感到可惜，却又钦佩她的满腔热情。正像一位作家所写的那样：“在爱的世界里，空气是那么的柔和，人们只有呼吸到它，才会感到快乐。”
《女人心》的坦白、幽默和两性的复杂，使观赏1790年1月首演的观众感到愉快。但是依照19世纪的标准，它所讲述的故事是“不道德”的，贝多芬曾经指责过它。
它动人的音乐中有相当多的部分曾在其他的戏剧中使用过，甚至是在一些宗教场合。莫扎特后期的这些歌剧中，它可能是人们最不容易听到的，1922年以前，它从未在大都会歌剧院中演出过。
坏的运气再度降临到莫扎特身上。不管《女人心》多么成功，却因皇帝的去世和歌剧院为表示哀悼而暂停营业所打断了。虽然约瑟夫二世对莫扎特的帮助微乎其微，但他仍是个音乐爱好者，而且不管如何不慷慨，多多少少总算是个赞助人。由于他是个自由主义者，对共济会稍有同情，对宗教予以有限度的容忍，并曾进行土地改革，因此自以为很了不起，虽然他对废除奴隶制之类的开明进步的措施从未表示过赞同。
约瑟夫二世的继任者，他的弟弟利奥波德二世则与他完全不同，他对音乐漠不关心，还因为一些利益上的权衡，取消了他哥哥的一些激进改革。而且，当时整个欧洲世界在一转眼间就起了变化，法国大革命使全欧洲的贵族都感到愤怒而惧怕。
作为一个音乐家的莫扎特，像所有渴望独立的中产阶级知识分子一样，对政治没有丝毫的兴趣，他只关心人们如何对待彼此，他会对不公平和弊端表示憎恨，会对自由表现出极端的爱好。
困境
1790年夏天，莫扎特大半时间都在生病，他的加薪要求没有被批准，而且也没有受到新的委托。利奥波德二世当时即将在法兰克福加冕而成为神圣罗马帝国的皇帝，作为欧洲大陆最著名的作曲家，莫扎特不但没有获得为典礼演奏或作曲的委托，甚至连参加观礼的请柬也未收到。
经济状况越来越窘迫，他只好把以前得到的那些怀表都卖了，那是他剩余的唯一一点值钱的东西。得到这笔钱之后，莫扎特不顾一切地动身前往法兰克福，他希望能在大批人聚集的地方得到一点有利于自己的东西。他的妻子正在患病，因此留在维也纳。
他在法兰克福和邻近的城市举行了一系列音乐会，但是并没有收到他想象的效果。庆典期间，莫扎特演奏了两年以前写的第二十六号钢琴协奏曲，这使这首曲子得到了《加冕协奏曲》的名字。在此后的一百年间，它成了莫扎特最著名的一首作品。
莫扎特不免感到气馁和寂寞，他写信给他的妻子说：“在我写这封信时，泪水像雨点似的落在纸上。”但他对她的爱使他愉快起来，不至于太过消沉。
11月，他回到维也纳。从法兰克福到维也纳会路过萨尔斯堡，但是他没有在那里停留，也没有去探访他的姐姐。
他的朋友们注意到他的健康状况大不如前，虽然莫扎特一向面色不是十分红润，但是现在简直变成苍白了。而且他的蓝色的眼睛也向外突出，可能是肾脏功能不好的缘故。他那“一向使他自负”的茂密的金黄色头发也越来越稀薄。
在冬季以前，他为一位匈牙利的匿名音乐爱好者写了他最后两首弦乐四重奏：第五号（K.593）和第六号（K.614），两首作品以嬉游曲结尾，充满了深思的情愫和撩拨心灵的力量。
他又为两种新奇的乐器写了短小的曲子：一种是机械风琴，那是一种放在时钟里面的小风琴，由时钟的机械加以操作；一种是玻璃口琴，是一系列在踏板上旋转的盛着水的大酒杯，用手指在潮湿的玻璃上摩擦而发出尖锐的声音。
这一年的冬天维也纳格外冷，一位到莫扎特家拜访的朋友发现他们夫妇两人在疯狂地跳舞。莫扎特大笑着说，他们买不起木柴，必须靠运动来取暖。但是这种强撑起来的自嘲的愉快渐渐地变成了沮丧。
莫扎特很有可能患的是肾脏方面的疾病，他不应该过分剧烈地运动，那会使他的体能逐渐枯竭和衰退。18世纪的欧洲，医学诊断还十分原始，有些治疗方法往往不正确，不但不能让身体好转，还会使身体受害，比如莫扎特的母亲曾经使用的放血疗法。莫扎特在这样的医疗条件下只能得到有限的极少的治疗，而且效果不大。
