《布拉格交响曲》
这一年的12月，莫扎特有一场极为重要的音乐会。为了这场音乐会，他特地作了两首最具有诱惑力和表现力的管弦乐作品。即第二十五号钢琴协奏曲（K.503）和第三十八号交响曲（K.504）。前者是这两年时间里莫扎特的第十二首钢琴协奏曲，风格热情而华丽，但也极为平衡而安详。后者也被称为《布拉格交响曲》，它简直美得令人难以置信！它那浪慢的旋律极易拨动人内心深处的渴望，其中有一些特质能让人产生难以名状的类似思慕的心情。就管弦乐的声音来说，它比莫扎特过去所写的任何作品都辉煌灿烂。
这首交响曲后来由莫扎特亲自在布拉格演奏，当时受到了盛大的欢迎与赞誉，所以才被叫做《布拉格交响曲》。
1787年1月，《费加罗的婚礼》在布拉格举行公演，莫扎特和康丝坦兹前往观看。据说这次的演出效果盛况空前，甚至比在维也纳时还要好。
这部歌剧在初春的布拉格连续不断地演出，剧院场场满座，剧院外等待演出的队伍几乎排成了长龙，各大报纸毫不犹豫地用了各种词汇对它作出赞扬的评论。最好的现象是，它的大部分曲调被改编成小型的合奏曲，并在布拉格全市的咖啡馆和啤酒店里演奏。
莫扎特写道：“在这里，他们除了《费加罗的婚礼》外，不谈别的事；除了《费加罗的婚礼》外，他们不用别的曲子演奏和歌唱。”
莫扎特所到之处，所有人演奏的都是他的曲子。他通过音乐想要与人建立的沟通和他想要传达的感情都得到了满足，有更多的人能够听到并且喜爱他的音乐。对一个作曲家来说，还有什么比这更令人欣慰的呢？
莫扎特在歌剧院的出现引起了巨大的骚动，即席作成的赞美诗像雨点一样从剧院顶层洒下来。后来，莫扎特在这个城市演奏他的《布拉格交响曲》时，更是受到了前所未有的赞誉和推崇。
在布拉格的两个月是莫扎特在成人时期个人声望的颠峰，或许也是他从儿童时代起最快乐的一段时间。
3月间，当他离开布拉格时，他满载着温馨的记忆和比过去更多的金钱，还带走了一份为布拉格即将来临的秋季歌剧季写一部新歌剧的委托书。
莫扎特回到维也纳后直接找到了庞提，庞提提供给他一个关于唐璜的故事。
唐璜在许多戏剧、芭蕾舞剧、歌剧中都出现过，并且占据着男主角的地位，这也是一个极为传奇的人物。他的故事也像所有的传奇故事一样，在不同的时间对不同的人都意味着不同的事，但是对每一个人都具有意义。喜剧和悲剧的成分并存，而且有一些超自然的现象。这个人物以及他的故事对莫扎特具有巨大的吸引力，他决定写一部关于这个人的歌剧。
庞提自然又成了莫扎特的搭档，他为了剧本而努力，同时又在写另外两部歌剧。
而莫扎特也在写歌剧的同时，创作了一些器乐曲，另一对在情感上相互补充的作品出现了。这是两首弦乐五重奏，它们是莫扎特所有的室内乐中最受人喜爱的一部分。第三号五重奏（K.515）洋溢着满心的喜悦，而第四号五重奏（K.516）则吐露着痛苦和悲哀。莫扎特还完成了他的最后一首小夜曲（K.525），它的曲风很流行，并且有节日的欢快气氛。
父亲病逝
1787年4月，萨尔斯堡传来消息，利奥波德患病。莫扎特马上写信问候父亲的健康，在祝福他早日痊愈后，莫扎特又将他对死亡的看法说给父亲听，这种看法很大程度上是受到共济会的影响而形成的。
当我们深加考虑后，我们会将死亡看做生命的真正目的；既然如此，我已经结识了这位人类最好而且最忠实的朋友。
当时，莫扎特的一位好友刚刚去世，“只有31岁，和我同年。我并不为他悲伤，却打从心底为自己可怜。”
他在信的最后请求父亲千万不要对他隐瞒病情，以便他能“用人类最快的速度来到您的怀中”。这是莫扎特给父亲的最后一封信。
三天后，一位郁郁寡欢而且衣着寒碜的十七岁少年来拜访莫扎特，他从波恩来，渴望向这位有名的作曲家学习。莫扎特为了测验他的音乐才能和创造力，叫他即席作曲。这对一个十七岁的少年来说，无疑是十分苛刻的要求。
据说，莫扎特曾向他一位朋友说起过这个少年，莫扎特断言：“他总有一天会带给这个世界一些东西。”莫扎特的预言后来实现了，这个少年的名字是路德维希·凡·贝多芬。
两个星期后，年轻的贝多芬就赶回波恩照料他病重的母亲，直到莫扎特去世后，他才回到维也纳。两个绝世的音乐巨匠在彼此平行线一样的生命中就相交过这一次。
5月底，莫扎特接到六十八岁的父亲病逝的消息。
南妮尔不知是出于什么样的原因并没有马上告诉莫扎特这件事，等莫扎特知道的时候，别说是见父亲最后一面，就是参加父亲的葬礼也几乎成了不可能。
不管父子之间之前存在着怎样的尚未消除的不快，这一刻莫扎特心里记着的都是父亲对他的爱和好。那些记忆流水般涌入莫扎特的脑海，他对父亲的逝世感到十分悲恸。尽管父亲有些缺点，幼稚而且喜欢吹毛求疵，但是他活在世间时，他为他的儿子做了自己能做的一切，指导、支持、宣传，以及树立偶像。
稍晚时候，与莫扎特有着良好关系的他的医生也去世了。
这两件接连发生的事情使莫扎特很悲伤，但是他似乎也从其中感悟到了更符合天主教徒的关于死亡的观念，他写道：“他们现在安息了！但愿我们能高兴地在另一个更美好的世界里再度看到他们，只可惜在那之前，我们是绝不会得到安息的。”
利奥波德死后不久，莫扎特和他姐姐的关系也就断绝了。在莫扎特去世之后，南妮尔曾将莫扎特早年的很多详细资料交给第一个为他写传记的人。关于1781年以后的情形，她告诉那个人：“你必须到维也纳去查询。”
10月，莫扎特和康丝坦兹前往布拉格，为他即将完成的新歌剧的演出做些准备工作。歌剧在排演时遇到很多困难，因为莫扎特的作品极为复杂，而且在歌唱、演奏方面发生了问题。好在它们都被一一克服和解决。
《唐·乔凡尼》
1787年10月底，莫扎特的新歌剧《唐·乔凡尼》（K.527）首演，它的副题是《受惩罚的浪子》，基本以唐璜的故事为蓝本。主角是一名风流成性的贵族，故事的一开始就是一宗凶杀案，乔凡尼杀死了他的朋友安娜的父亲，因为在他企图对安娜非礼的时候，她的父亲冲出来保护了她。后来，这件事被安娜的未婚夫奥塔维俄知道了，他发誓要向乔凡尼复仇。
整个故事除了复仇这个线索之外，大部分篇幅讲的是乔凡尼如何游刃有余地游走在百花丛中，他性感而又有魅力，各种各样的女人都被他迷惑，对他死心塌地。
几百年来，人们对乔凡尼的感觉是矛盾的，一方面谴责他的风流成性，一方面又折服于他的魅力。
虽然这部歌剧整体说来是一部喜剧，但其中的一些部分让人觉得十分激烈和狂暴。
它的最后一幕是一次晚餐宴会。各种角色悉数登场，人们要求乔凡尼为他之前做过的一切忏悔，可乔凡尼根本没有丝毫悔改的意思。这时，超自然的力量出现了。在第一幕中已经死去的安娜的父亲以一座雕像的形式获得了新生，他抓住乔凡尼的手，要求他忏悔。这时的音乐变得阴沉，更令人害怕，那些升半音阶和降半音阶几乎令人寒栗，就好像那些音符在脊椎骨上爬上爬下。
乔凡尼始终拒绝忏悔，他嘲弄地说：“不！”这时，火焰冒了出来，雕像领着仍在反抗的乔凡尼进入了地狱。
观众再一次对莫扎特那种能将人物性格和心理状态用音乐描述出来的才能大感惊异。
这部歌剧里的音乐强调主角们的暧昧、矛盾的情绪，以及人格的差异，其中流行的曲调和正统的抒情调相互配合，器乐的力量彰显得淋漓尽致。这种音乐效果已超越传奇性的范围，属于表现主义的作风。
人们对这部歌剧赞美不绝。一位评论者写道：“鉴定家和音乐家们说，到现在为止，布拉格从没有听过这样好的作品。”但是，可能是因为这部作品的故事有些荒诞不经，而且其中又包含了很多负面的消极的东西，所以它也受到不少责难。尽管一再上演，而且的确非常成功，但并没有像《费加罗的婚礼》那样轰动。
债台高筑
有人劝莫扎特留在布拉格，但是有两件事使他必须回到维也纳。康丝坦兹这时已经怀孕八个月，希望回家待产。另外莫扎特听说，担任皇家宫廷作曲家的格鲁克已经去世。
莫扎特的才华和声望使他成为继任这个职务的不二人选，尤其是他在歌剧方面取得巨大的成功之后。
11月，他回到维也纳时满怀着希望，他似乎已经接近他最大的成功了。他还年轻，正处于才华和灵感的鼎盛时期，有名望而又快乐，并且是多产的作曲家。但是还是有一件使他感到不安和紧张的事，那就是债台高筑，另外莫扎特的健康情形也每况愈下。
莫扎特一回到家后，他所预测的事终于证实了，他的确被任命为格鲁克的继任人，但是薪水还不到他目前收入的一半。这个职位每年有八百元银币的薪水，而他从每部歌剧中可以得到五百元银币的报酬。约瑟夫二世在他最小的公主成年时，曾送给她一件礼物，价值高达九万元银币。
12月，莫扎特的第一个女儿诞生，可惜只活了几个月就夭折了。
12月底，海顿拒绝了布拉格的一份歌剧委托书，他说：“因为很少有人能和伟大的莫扎特相匹敌。”
他劝告布拉格人把莫扎特留下来，并且给他好的待遇，“因为假如不这样做，伟大天才的故事就会面临悲哀的结局，这不利于鼓励后起之秀为他们的事业作更大的努力，也容易使很多有希望、有前途的人受到挫败”。但是，布拉格人显然并没有把他的劝告放在心上。
莫扎特作为皇家宫廷作曲家，主要工作就是为皇家舞会供应跳舞用的音乐。他照办了，常常使用他歌剧中的曲调。这些官方的职责和义务妨碍了他的音乐会的预定日程，他只写了一首新作品供自己使用，就是第二十六号钢琴协奏曲（K.537）。
他在儿童时期对音乐的严肃态度，已经扩展到他在演奏时不管是在家里还是在舞台上，只要有人发出声音，他就马上停止演奏。
1788年年初，他花了很多时间去筹备《唐·乔凡尼》在维也纳的首次公演。他参与角色的选择，甚至因为一位男高音演唱者觉得原来的抒情调太难唱，而重新写了一首。
与此同时，他的对手和敌人们正积极地开展着反对他的活动。维也纳的一些听众们也已经厌倦再听到莫扎特的成功，而乐于看到他跌倒、失败。
《唐·乔凡尼》于1788年4月在维也纳首次公演，这是一次失败的演出。
在音乐史上，没有一首作品曾经获得完全一致的赞扬。不管这首作品是如何的杰出。贝多芬的第九号交响曲、柴可夫斯基的小提琴协奏曲和布拉姆斯的第四号交响曲都曾受到权威评论家们的严厉批评，例如克勒拉·舒曼认为瓦格纳的《特里斯坦与伊索尔德》的序曲是他所听过的最简陋的东西。然而，人们仍很难想象《唐·乔凡尼》怎么会在维也纳遭到惨败。
评论家们说，它太长，全剧充满着多余的东西，半音阶以及不协调的和音太多，听起来很受罪，而且过分注重滑稽，不够庄重。
约瑟夫二世批评说，莫扎特的音乐“对歌手们的确是太难了”，虽然“这部作品是非凡的，甚至比《费加罗的婚礼》更美，但是这种音乐不太适合我们维也纳人的胃口”。
这部歌剧在维也纳上演了十五场之后，就销声匿迹了，而且在莫扎特的有生之年再没有上演过。海顿拒绝参加这次赶时髦的攻击，而声称“我所知道的只是，莫扎特是现在活在世上的作曲家中最伟大的一位”。
这年夏天，莫扎特的性格发生了改变。《唐·乔凡尼》遭遇的失败已经痛苦而明白地显示出维也纳社会的浅薄无知和反复无常。此时，康丝坦兹在生病，治疗费用很贵。而莫扎特能够得到的收入却越来越少。
因为急需用钱，他写信给一位是银行家的共济会会员迈克·普契博格说：“让我直截了当地对你说，盼你能发出慈悲、友谊的心，借给我一两千银币。”
在这之后，他又写了第二封信说：“我可能无法很快地把这笔钱还给你。”
给普契博格的信继续不断地发出，总是一再地借钱，有时甚至只借二十五元银币。
这期间，莫扎特搬了好几次家，多半是搬到更小或更靠近郊外的地方。因为他实在没有那么多钱付昂贵的房租。现在莫扎特有了一个小花园，可以让他在里面作曲，消磨现实生活里越来越多的痛苦。
最后三首交响曲
在如此忧虑、抑郁的情况下，莫扎特却完成了一件杰出的作品，他从6月到8月一直不停地工作，这是他一生中的最后三首交响曲，第三十九号（K.543）、第四十号（K.550）和被叫做《丘比特交响曲》的第四十一号（K.551）。
这三首交响曲在莫扎特生前并没有公开发布。因为它们不是他为了某一音乐会或某一顾客而写，而是似乎有三首交响曲在他的脑海中，必须把它们写出来，不管他能否听到它们被演奏。只要一写出来，他就能听到它们，就像失聪的贝多芬能够“听见”他的第九交响曲一样。
这几首曲子并没有留下草稿，显然是在莫扎特的想象中发展完成的，包括在《丘比特交响曲》结尾处的大型五部嬉游曲，每一首都不同，各有特殊之处。第三十九号交响曲有成熟而丰富的声音，并且以在一个乐句中途突然停下来的短而急促的圆号声作为结尾。
