卢嘉锡把全部精力都投入到工作中去了，家庭重担完全落在妻子吴逊玉的肩头。她不仅要操持家务，而且还要照顾、教育7个子女。
嵩岳、咸池、象乾三个男孩出生在新中国成立前；长女葛覃出生在1949年11月新中国刚刚成立之时，第四个男孩1952年出生在龙岩东肖乡龙泉村，故取名龙泉；第五个男孩生于1953年，取名凤林，典出“五凤齐飞人翰林”；次女紫莼生于1957年。
作为有文化修养的女性，吴逊玉有过自己的理想和追求，但是为了支持嘉锡的事业和工作，为了抚养7个孩子，她毅然放弃了工作，把毕生心血融入丈夫的事业和孩子的成长中去。
正因为有妻子的全力支持，卢嘉锡才能毫无后顾之忧地投身工作。他的工作业绩在厦大是有口皆碑的。
新中国成立后，福建省由于当时特定的历史条件和所处的前沿地理环境的限制，工业建设一直没有得到相应发展。省内也没有一所工科大学，每年源源不断地向全国各地输送大批优秀的高中毕业生，而本省工业建设所需的技术人才却十分缺乏。
1958年，以叶飞同志为第一书记的福建省委认为，从长远观点看，福建省要想摆脱“一穷二白”的落后面貌，除了抓好农业。还必须逐步发展工业，这就需要大量的专门人才。而培养人才的根本途径之一就是自力更生，创办本省的理工大学。这在当时，是一个相当不容易的决定，因为有很多地区的百姓还吃不饱肚子。不过，省委下了决心，省委第一书记掷地有声地说：“就是当裤子也要把福州大学办起来，并办好。”福州大学，这所今天已拥有万名学子的高等学府，就是在这种情形下开始筹办起来的。当年和1959年招收的头两届学生，暂时寄读在厦门大学。
中共福建省委在筹备建校的过程中，委托厦门大学帮助推荐一名高级教授担任福州大学副校长。经过一段时间的酝酿，1959年底，厦门大学党委征得省委同意后，找到卢嘉锡，请他出任该职务。
此时，卢嘉锡刚刚45岁，正是年富力强的时候。厦门是他的家乡，厦大是他的母校，他深深地热爱这片风光秀丽的土地，从未想过要离开，对这一工作调动自然无思想准备。不过，他还是毅然接受了这一重任，因为他知道，这是组织上的信任及全省人民的重托。
1960年初，中共福建省委决定，为了减轻厦大的负担，原在厦大寄读的福大几千名学生，以及大部分从厦大抽调支援福大的教师要尽快，集中到福州新校址，时间显得十分紧迫。
1960年7月底，卢嘉锡踏上了去福州的列车。随行的还有部分已调到福州大学工作的年轻教师和原寄读厦大的学生。卢嘉锡从此开始了他福州22年的创业生涯。
在当时校党委的领导下，经过全体筹备人员的艰苦努力，建校工作进展得很快，但是与一个高等学府的起码要求还相差得很远。当卢嘉锡初次踏上这块他将要为之奋斗多年，并付出无数心血的土地时，映入他眼帘的是一片荒芜：闽海之滨，水波不兴，怡山脚下，蒿草丛生，西禅古刹，寂寥无声。已经竣工的教学楼只有原土建楼一幢，机器轰鸣，施工仍在继续。宿舍楼门窗未安，脚手架林立。校园里泥泞不堪。
学生们在临时搭盖的竹棚里吃饭，大多数时候吃的都是海带和空心菜，大家笑称是“无缝钢管加钢板”。上课做实验只能挤在几间简易教室和尚未装修好的宿舍卫生间及晾衣台上。紧邻的西禅古刹充当临时图书馆，邻近的部队医院病房腾出来，辟为实验室和职工宿舍。这一切，常常让卢嘉锡想起在龙岩白土乡那段艰苦的日子。
一个月后，夫人吴逊玉带着6个未成年的孩子，迁来福州。搬家时，卢嘉锡无法抽时间回去，只好委托三位拟调福大工作的年轻教师帮忙。作为一位知名的科学家和一级教授，卢嘉锡在厦门大学已享有很高声望，他能义无反顾地来到条件十分艰苦的福大创业，本身就具有很强的感染力和号召力。很多年轻教师在他的激励下，投身这片暂时荒芜的土地，奉献无悔的青春。
校党委副书记张孤梅是一位参加过新四军和抗美援朝志愿军的老干部，热心教育，办事果断，很有工作魅力。在工作上，他充分信任卢嘉锡，在生活上，他处处关心这位年轻有为的化学家，使卢嘉锡很快适应了这里的一切，迅速投入到繁重的建校工作中去。
卢嘉锡是福州大学唯一的一位中国科学院数理化学部委员，也是校领导中唯一的一位著名科学家，肩负着教学、科研的规划和安排等一系列重任。
作为主管教学和科研的副校长，卢嘉锡在筹建福州大学的阶段，参与了许多重大决策的制定和执行。首先是关于福大的建制。经福建省委研究，确定福大为一所理工大学。这种建制有利于科研和教学相互促进。卢嘉锡在离开厦门大学之前曾担任厦大理学院院长，这就给组建福州大学理科专业带来了很大方便。同时，对两校理科做了合理分工，尽量不重复设置。厦大理科要体现综合大学的特点和性质，多搞基础研究，适当侧重海洋方面的研究，而福大的理科应侧重配合工科搞好理工科结合，促进工科发展。卢嘉锡对这些做了较合理的安排。
除了建制问题，卢嘉锡要面对的最大难题是师资问题。福大新建，年轻教师较多，他们思想活跃，有创新精神，可是这些年轻教师大都大学毕业不久，教学经验不足，业务水平不够高，学校急需骨干老教师。
如何解决这一迫在眉睫的大难题呢？他开始多方捕捉信息，通过各种渠道，争取兄弟院校的援助。很快从浙大、哈工大、西安交大、福建机电学校等大专院校调进一批中老年教师，充当学术带头人和教学骨干。
为了补充福大的高级师资力量，卢嘉锡找到厦大物理系主任黄席棠教授及其夫人高怀蓉教授，邀请他们到福大任教。当时，黄席棠被错划成右派，在厦大已不能担任教学工作。卢嘉锡一方面是同情他们的处境，一方面是为福大的长远发展着想。甘冒风险，帮助这对学识渊博的夫妇重返讲坛。
在多方聘请名师的同时，卢嘉锡还要求各系选拔一批比较优秀的年轻教师和一年级学生，送到天津、上海的重点大学培养和深造，毕业后回校任教。这些同志在外校学习刻苦，成绩优异。回校后，不仅带回极其宝贵的教学资料，而且还带回来重点高校名师的教学经验和科研成果和信息，使福大如虎添翼，发展很快。
在抓好教学工作的同时，卢嘉锡在建校之初就开始抓福州大学的第一批科研工作。他动员各系教授从国家、福建省内、中国科学院及各产业部门多方争取课题和研究经费。他还利用自己的影响，亲自出面从中科院拿回课题，推动福大的科研发展。
为了尽早反映福州大学的科研工作成果。交流经验，同时，也为了尽快让全社会了解福大，尽快把科研成果推向社会，推向企业，1961年，卢嘉锡亲自主持了《福州大学学报》（自然科学版）的筹备工作。他亲自筹划版面，亲自组稿，而且亲自审阅每篇论文，不仅对文章内容提出意见，甚至连文字也反复斟酌、修改。
无数个夜晚，卢嘉锡独自在灯下默默地工作着。星光闪烁，夜色深沉，多少人在宁静中进入了梦乡。卢嘉锡披一身如水的月光，独坐窗前，静静地呼唤着心中的希望，默默地耕耘着人生的理想。
1961年，《福州大学学报》创刊号出版了。由于当时纸张紧缺，学报用的是粗糙的毛边纸。可是谁又能知道，这每一页粗糙的毛边纸中，凝聚着卢嘉锡多少血、多少希望、多少个不眠的夜晚呢！
卢嘉锡肩上的担子越来越重了。因为他在接任福州大学副校长这一职务的同时，还承担着另一个重要的任务，那就是筹建中国科学院福建分院。
福大的工作完全走上正轨后，卢嘉锡没来得及喘口气，又集中精力筹建中国科学院福建分院。当时福建省只有两位学部委员，即王亚南和卢嘉锡，王亚南是搞社会科学的，卢嘉锡则是搞自然科学的。这就决定了卢嘉锡必然要挑起福建分院理工方面学术带头人的重担。
作为中国科学院福建分院的副院长，卢嘉锡深知责任重大。不过，他非常高兴地接受了这一职务，因为他始终牢记父亲的嘱托；始终牢记23年前赴英留学时许下的“报效祖国”的誓言；始终牢记着陈嘉庚先生的殷殷期望。自从1956年加入中国共产党后，卢嘉锡更加坚定了开展科学研究、以科学强国的信念。而筹建中国科学院福建分院，刚好是实现他夙愿最好的机会。
出福州大学，向西行不远，就可以看见两座东西相连的小山丘，当地的农民称之为“猫山”和“鼠山”。山丘上一片荒芜，乱坟间隙，枯枝纵横；荒墓之间，断碑倾斜；杂草丛中，蛇鼠横行。站在小丘上，向四周眺望，东面是清静幽雅、气势宏伟的福州大学，南面是一碧万顷、平整如毡的稻田，北面是波光粼粼、水天一色的池塘，视野开阔，大有开发利用的潜力。
以卢嘉锡为首的院领导当即决定：分院的院址就选在这“猫山”、“鼠山”之上。这里面临闽江，环境清幽，空气清新，是从事科研的好场所；同时毗邻福大，便于领导、交流和相互支援。
按照当时规划的中国科学院福建分院的最初规模，福建分院分成两大块：福州部分和厦门部分。福州部分紧靠福大，厦门部分依托厦大。福州部分设技术物理、应用化学、电子学、自动化、稀有金属和数学力学等研究所和生物物理实验室，总称“六所一室”。
卢嘉锡最初负责抓技术物理和应用化学两个所的工作。尽管福大各项工作占去了他大部分精力，但他还是挤出时间，对两个所的具体工作作出了周密安排。他把研究项目安排得既有侧重，又能相互配合。在实验室的建设上，一方面积极争取国内外定型仪器，一方面提倡艰苦奋斗、自力更生。卢嘉锡从小经受了各种磨炼，他走到哪儿，就把艰苦奋斗的精神带到哪儿。
福建分院的最初筹建计划，虽然显示出福建人民投入科学技术大跃进的决心和信心，但是，随着时间的推移，如同整个国家提倡的“大跃进”一样，显示出它不切实际的弊端。由于严重地脱离了当时福建省科技水平和工业十分落后的状况，所以这个计划要作重大的调整。
1962年，福建省也和全国一样，贯彻执行中央的“调整、巩固、充实、提高”八字方针。福建分院的福州部分经过调整，合并了“六所一室”，创建了中国科学院福建物质结构研究所。
