南宋至元初，孔氏南宗族人中在浙西南任职的也为数不少。除孔应得父子之外，还有孔括、孔搢、孔诏、孔洙等人。孔括以右承事郎知严州淳安县，绍兴十三年（1143），皇上看了王铁对孔括的治状后大加嘉许：“可转一官令再任，任满更与升擢。”孔搢曾知建昌军、任浙东安抚使参议，绍熙初年累迁至朝散大夫，王炎在《贺孔守》中赞他“宽仁迪德，乐易近民”。孔文远“屡监州，皆以名显”，可见他在地方官任上恪尽职守，深得百姓拥戴而声名远扬。孔诏“摄西安县达鲁花赤、管民长官。在任介然自守，以礼义化俗，未尝怒加一人，民赞之曰：‘孔宣差犹慈父母，久而不忘。’”孔子第五十三世孙中多有在浙西南一带任职者，他们积极为当地百姓谋福祉，治绩突出，“自圣人至君（按：指孔灏）五十有三世矣，而君之兄弟皆彬彬有学，食禄于时，以世其家，所谓圣人之泽虽万世犹未艾者也”。
孔子第五十三世孙中，尤以衍圣公孔洙学行突出、德高望重。孔洙曾通判衢州，“宝祐元年（1253），经里、乡两级举荐，孙子秀奏请，宋廷复以年仅二十六岁的衍圣公孔洙添差通判衢州。子秀与洙同衙守衢，可谓相得益彰：他们治水患，使‘民国复苏’，又‘奏立家庙如阙里’，以‘有补世教之大’”。在衢期间，孔洙一方面勤于政务，造福于民；一方面“奏立家庙”，以期先圣思想得到进一步发扬光大。在菱湖家庙的兴建中，衢州知州孙子秀的作用自然十分重要，但由于具有衍圣公与衢州通判的双重身份，孔洙的作用很显然不在孙子秀之下。
菱湖家庙是孔氏南宗所建的第一座家庙，这时离孔氏南渡、寓家衢州已有一百二十多年。宋高宗曾于绍兴六年（1136）下诏，以衢州州学为家庙。在此背景下，南宗要开展传统的宗族活动自然受到很大限制，这种情况一直到宝祐元年（1253）才得以改观。至于为什么衢州孔氏家庙一直到南宋末年才得以新建（在州学之外另建），有关学者曾对此作了专门探讨。洪铁城先生认为，这是“因为赵构皇帝时代，南宋一直处于金兵追击的水深火热之中，后来时局安定了，也是一蹶不振、百业俱废当中，很多事无心考虑、无意计划、无力安排。理宗朝时南宋政局基本稳定，经济开始复苏，孔氏南宗衢州、婺州两个家庙得以准建，符合天理人情”。李吉安先生的观点大体上与此相同，他认为：“南宋朝廷政局正如不稳的大厦，是在风雨中飘摇，虽自顾亦无暇，哪有时间顾及南宗家庙的建不建、何时建呢？”孔柳先先生则从政治影响和形势变化两个角度出发，认为南渡伊始“如果在衢州再建立孔氏家庙，其政治影响就严重了，它表明宋高宗抛弃了‘大一统’的传统，承认金王朝对孔子世家的分裂，又表明南宋王朝无力收复山东等大片疆域，无力使南迁的孔子后裔回归曲阜”，到了南宋末期，蒙古灭金，南宋失去更多疆土，于是“在衢州定居的孔子世家，再也不可能回到山东去了。宋理宗于宝祐元年（公元1253年），以现实的态度，准衢州知州孙子秀之请，在衢州为孔子世家，兴建家庙”。
从上述研究中我们不难看出，南宋初年若要新建孔氏南宗家庙，则存在着很多因素的制约，面临很大困难。衍圣公孔洙将建家庙作为在衢期间的一件大事，几经努力，终于建成了孔氏南宗史上的第一座家庙。菱湖家庙规制宏敞，“暨今过者如式宫墙，入者如升丝竹之堂，息者如风乎舞雩”。菱湖家庙的兴建，无论对孔氏南宗族人而言，还是对浙西南地区的士人和民众而言，都具有重要而深远的影响。
宝祐四年（1256），孔洙添差通判吉州，不厘务；景定二年（1261），孔洙又通判平江；度宗咸淳元年（1265），通判信州。元至元十九年（1282），孔洙让爵于曲阜宗弟孔治，元世祖盛赞孔洙“宁违荣而不违亲，真圣人后也”，并授以国子祭酒兼提举浙东道学校事。至元二十四年（1287），程钜夫为集贤直学士。孔洙与赵孟等江南名贤得到程钜夫的极力推荐，“（程钜夫）拜侍御史，行御史台事，奉诏求贤于江南。帝素闻赵孟藡、叶李名，钜夫临行，帝密谕必致此二人。钜夫又荐赵孟、余恁、万一鹗、张伯淳、胡梦魁、曾晞颜、孔洙、曾冲子、凌时中、包铸等二十余人，帝皆擢置台宪及文学之职”。除孔子后裔的特殊身份之外，孔洙在当时社会的重要影响可见一斑。
《明一统志》中记载：“孔淮：江山县尹，廉勤为吏民所服。弟灏继之，亦有政声。”入元以后，江山县儒学屡经修建。至元二十三年（1286），达鲁花赤马合马重建，至元二十五年（1288），主簿皇涖“首捐己资以率邑人建两廊四斋，立棂星门，开文明池，下至厨廪，墙宇焕然一新，视旧有加焉”。延祐（1314—1320）初，达鲁花赤马合谋建礼殿斋庑。孔淮在任江山县尹期间，于至正十年（1350）“重修文庙戟门，建讲堂两庑”。孔淮重修江山文庙从一个侧面折射出南宗士人为官时注重教育的优良传统。然而，“廉勤为吏民所服”的孔淮为人所诬，所幸的是终于得以申雪，后任衢州路经历。此外，孔淮还曾任浙江省掾、江南诸道御史台掾等职。
孔灏（1294—1355）曾任宁国路学正、政和县苦竹寨巡检等职。后因“四方盗起，江浙参知苏天爵总兵过衢，选主西安簿，转饷给军有功，升江山县尹”。面对当时“四方盗起”的严峻局势，孔灏以实际行动有补于时，结果“其绩愈伟”。在任遂安县主簿期间，孔灏“莅政数月，治有成绩”，可见其治才之突出。孔灏不但在政事上有所作为，其为人坦荡，孝仁兼备，被时人广为称道，堪称表率，“早孤，奉母以孝闻”，“幼聪敏嗜学，心事坦夷，外无崖岸，虽有闻，不自大，恭俭慈仁”。据鲁贞所撰的“墓志铭”所载，孔灏有孔思朴、孔思模、孔思森三子。而据《衢州孔氏南宗家庙志》的世系图和永康《孔氏宗谱》的记载：孔灏只有二子，即孔思朴和孔思模。孔思朴、孔思模兄弟都曾在衢州有过积极作为，并享有较高声望。关于孔思朴的事迹，徐映璞先生作了如下记述：“元末，恩授德兴县主簿，调寿昌、常山，升衢州路经历、常山县尹。入明，守衢州总制官辟参赞屯练，摄金斗翼元帅府都事，以疾辞。自号怡云道人。任衢庭族长，主祀事。”由于在衢州孔氏宗族中的威望，孔思朴在衢任职期间对南宗族人以及当地民众起到了积极的示范、感化作用。孔思模也曾在国子监和河南许州襄城县、衢州等地担任过学官，且颇有政绩和声望。
孔涛是在南方诸省任职较多的南宗族人，曾任吴江州判官、江浙省掾史、溧阳州儒学教授、桂阳州判官等职，每到一处，均有较好政绩和口碑。孔涛具有过人的才干，在任江浙省掾史时，“曹务虽剧，君随事缓急，关白以行，讫无所壅。杭之商税比岁不登，俾君趋办，旬月而集，时宰以为能”。他曾奉命点浙东诸仓库，“余姚因仍前弊，粮不宿仓，官吏惶骇，莫知所为，君知而不发，使自为之所，粮既充，而官吏亦得自逭，乃皆感服。”同时，孔涛为官时廉政爱民，造福百姓。他担任吴江州判官时，以宽仁的态度处理因饥寒而偷盗的人，并积极救济周边饥民，深受官民好评，“岁饥，民多事剽掠，君设计捕致数十人，谓此皆迫于冻馁而然，不可以强盗论，杖而遣之。州濒太湖，故柴埭以御水，缮修无时，病民特甚，君为改作，使可支久，民力以纾……邻州饥，宪府俾君往赈之，全活甚众。御史盖公耘夫率同院举君治绩为诸州最”。在任桂阳州判官时，既不扰民，又保证军粮供应，“广寇窃发，君独任军旅供亿，民不扰而军食亦无乏绝”。孔涛在政治活动中爱民如子，治绩突出；在日常生活中则慷慨好义，为人称道。黄溍曾记载了以下几件事：“同里徐伯润托其息女于君而殁，君鞠之如己子，既长为嫁于士人。术士顾知几来谒，遽以疾亡，君为具衣衾以殓，而缄其行橐惟谨，妻子闻讣而至，悉以授之，皆感泣，请以其术为献，拒弗纳。有同与计偕者见黜于有司，贫不能归，君为贷钱一阡缗于富人而代偿之，其人后亦取进士，有禄秩，或谓可责偿矣，君不听而焚其券。”孔涛在为人处世方面往往是“急于人之患难穷厄”即使是在“晚年因病辞官回乡后，他仍经常出资扶贫救急”。由于孔涛重视，个人修养，为官能急民之所急，政绩突出，加之慷慨好义的人格魅力，使当地官员“皆感服”，其事迹广为记载流传，“在衢州享有颇高声誉”，从而成为浙西南士民的楷模。
此外，孔万春通判衢州，孔廉任开化县主簿，孔应发任遂昌县尉，孔霆发任处州军事推官，孔津任遂昌尹，孔挺任松阳县丞，孔思靖任东阳永宁、永寿两地巡检，孔伯秩任兰溪县主簿。他们率先垂范，身体力行，心忧天下，以民为本，深得百姓赞誉。从孔氏南宗士人所从事的政治活动及其作为中，我们不难发现南宗士人具有关爱民众的显著特点。正如崔铭先先生所说，孔氏南宗族人“遵循孔夫子的教导，在忠君爱国的同时，更加珍视作为国之本的民众”。
