从上世纪90年代开始，一些“城中村”将原先的集体经济改制为经济合作社。但是，这种经济合作社并不是严格意义上的合作组织，改制并不彻底，残留了传统集体经济成分，留下相当比例的集体股。这些集体股由“村改居”以后的居民委员会及其领导成员控制。以合作制的形式改造城中村集体经济组织，在一定程度上能达到政企分开、产权明确、自主经营、自负盈亏的目的，对“城中村”的经济发展也起到了一定的积极作用，但弊端也十分明显。首先，“一人一票”的决策机制，无从激发成员的积极性，甚至产生决策的低效率。其次，合作社组织的非营利性与城中村集体经济的性质不兼容。不论城中村集体经济组织如何改制，其最终目的都在于使城中村集体经济组织在市场经济中发展壮大，获得充分的市场竞争力。而达成这一目标的前提，就是改制后的城中村集体经济必须具备强大的赢利能力。但合作社组织的非营利性又与该目标背道而驰。再次，低水平的分红和成员没有剩余财产的分配权，严重挫伤了集体成员的积极性，使他们对合作经济组织的经营效果漠不关心，在决策过程中往往社员权利得不到应有的尊重和保障，或者干脆不参与决策过程。再加上这种合作经济组织不是典型意义上的合作社，还存在相当比例的集体股份，而集体股份的代表者在实践中又是村干部，又回归到原先村集体经济组织中由村干部控制合作经济组织的状态。产权不明、决策混乱、效率低下等原先城中村集体经济存在的问题，仍然没有得到完全克服。实践表明，采用合作制模式改造城中村集体经济，虽然保持了公有制的优点，却没有市场生命力，并不是城中村集体经济改制的理想模式。
（二）股份合作制具有某种程度的“公有”色彩，使得这一模式难以成为城中村集体经济改造的合适方式
一些地方看到合作制作为城中村集体经济改造模式的上述弊端，转而采用兼取股份制和合作制特征的股份合作制企业形式。即在坚持集体资产集体所有制不变的前提下，在原有集体经济的基础上，遵循股份制和合作制的基本原则，按照一定的程序和方法，将集体净资产的部分或全部，按人口和劳动量贡献折股量化，使原集体经济组织的全体成员享有明晰的集体资产产权，按劳分配和按股份分配相结合，把城中村集体经济改成留有公共积累的企业法人或经济实体。由于股份合作制企业一定程度上满足了资本增值的需求，又有某些程度的合作“公有”色彩，得以跻身于“集体经济”之列，从而在法律上处于社会主义公有制经济组织的政治地位，可以享受到一些政策上的优惠待遇。特别是由于股份合作企业可以避开改革的意识形态障碍，股份合作制企业仍确认为社会主义集体企业，那么它在税收、贷款利率、获取土地使用权方面既可以继续享受到许多私营企业享受不到的优惠，又能够一定程度地克服集体企业产权不清的缺陷，股份合作制成为当下我国集体企业产权改革的首选模式。无论是组建这种经济模式的社会大众还是推动这一经济组织的地方或者部门政府，可以避开政治上的风险。因而，股份合作企业一时间颇受理论界的青睐，被誉为“实现了资本与劳动的和解，这是确保劳动者的利益随企业利润的增长而增长的制度”。
以股份合作制方式对城中村集体经济进行改制，最早源于20世纪80年代中后期，广州的天河区在城市化过程中为了解决围绕集体资产产权而产生的“去”与“留”的矛盾。天河区政府通过推行社区型股份合作制改革，在这方面进行了积极的实践和有益的探索，并取得了令人瞩目的成效。20世纪90年代以后，浙江、北京、江苏等省市针对农村城市化进程中出现的集体资产管理中的利益安排问题，尝试村级股份合作制改革，并取得了一定的成效。（陈志新，2009）有的企业只有职工股东而不向社会筹资，有的企业中既有职工股东，也有非职工的股东。根据不同地区的模式，有“温州模式”、“深圳模式”、“山东模式”、“安徽模式”等各种模式。（乔传福、杨欢亮、王天义，1997）企业名称也不尽相同，有的称为股份合作公司，有的冠名股份合作社，有的称作股份合作联营。股份合作企业呈现多元化、多类型的特点。
在城中村改造过程中，以股份合作制取代合作制，作为对城中村集体经济的改造模式，保留了“集体”的成分，在政策上无疑是最安全、保守的形式。同时，无论是与纯粹的集体所有制经济还是合作制模式相比较，产权更为清晰，兼顾了成员收益、劳动收益和资本收益，是更好的一种企业形态安排。
但就实现做大做强企业的目标而言，股份合作制并不是城中村集体经济改制的合适模式，充其量只能作为一种过渡的形式。这种企业形式存在严重的弊端。主要表现如下几个方面：1.为了维持“合作制”的外观，各股份合作制企业都程度不等地保留了一定程度的集体股份，这部分股份虽然数量清晰，但其持有者仍为“集体”。只不过在城中村改造之前，是由村委会代表集体，“村改居”后则转由居委会代为行使这部分股权，收益归居委会按一定的比例发给原村民，一部分留作居委会自用。这部分集体所有的股权，不属于居委会，居委会只是代为行使权利。由于属于集体股权，股份合作制企业中的这部分股权也同样不属于任何成员个体所有。同样存在集体股权所有者不明的问题，仍然存在部分产权不明的现象。2.股份合作制股权固化，不利于股份合作制企业融资发展。城中村股份合作制企业脱胎于原先的集体企业，股份合作公司的股权取得有严格的身份限制，取得后始终处于高度固化状态。基本上遵循“生不增，死不减”的持股政策，股权只可以继承，但不能转让、买卖、赠送、抵押等。股权封闭性特点决定了股份合作公司无法以股权转让或增资扩股的方式引进战略投资者，企业无法通过增资扩股发展壮大。
城中村集体经济的合作制和股份合作制改造模式，最大的弊端在于，这两种模式实施的结果必然导致改造后的城中村不完全城市化。城中村改造的目标，不是单纯的拆旧村换新房，也不是简单地将原先村民的户籍身份转换为城市户口，更不是将村委会改成居委会了事。城中村改造既是物质改造，更是城中村在管理体制和精神的改造。唯有通过体制和精神的再造，彻底打破城中村原先封闭的格局，改造后的城中村不但在规划建筑上与整个城市融为一体，更为重要的是要让原城中村居民的社会经济生活方式与周边城市的居民融为一体，达到劳动力、资本与周边区域的自由流通，城中村改造才彻底，真正意义上实现城中村村民向城市居民的转变。要实现这一目标，就不能在城中村改造中留下妨碍村民向居民转化的带有身份关系的“集体”痕迹。而股份合作制的存在，通过封闭的合作股份，维系了原先的村民身份，阻碍了村民向彻底的市民的转变。股份合作制企业不允许股份的市场化转让，人为地割裂改造后的城中村与周边城区在资本上的自由流转。采取股份合作制的模式对城中村集体经济进行改造，与城中村改造的整体目标背道而驰。因此，股份合作制并不是城中村集体经济改造的合适方式。
四、通过公司制实现完全城市化是城中村集体经济改造的最佳选择
城中村集体经济改造的模式选择，必须符合城中村改造的整体目标。城中村集体经济的改制，不是一般意义上的集体经济改制，而是城中村改造过程中的集体经济改制。因此，城中村集体经济改制模式的选择应当服从于城中村改造的最终目标：彻底实现城中村的城市化。
城中村改造的过程，既是对城中村不符合城市规划的杂乱建筑的改革，也是被集体所有权限制的土地向允许市场流转的国有商业用地的转变，更是城中村居民从以亲缘、血缘关系为纽带的“集体农民”向城市居民身份的转变，从而实现“从身份到契约”的城中村社会变革。否则，城中村改造将不会彻底，有形的城中村是被拆除了，“无形的城中村”却依然被保留下来了。如果改造不彻底，不打破原先封闭的社会经济关系纽带，既不利于原城中村村民逐渐融入城市主流社会，又会因为城中村原居民的集体性排外而阻碍了该区域的发展。而采取公司制改造城中村集体经济，恰恰是拆除这道无形围墙的良好机制。
（一）城中村集体经济的公司化，彻底明晰了企业产权关系
无论将城中村集体经济改制成有限责任公司还是股份有限公司，尽管在管理体制和法人治理结构上两者略有差别，却都是产权明晰的资本的集合。在实际的改制过程中，不同地区甚至同一地区的不同的城中村改造，原集体经济产权的股份折价方式和股份分配方案都有所差别。有的是纯粹按人头均分资产份额，有的是以人口为基础综合贡献等因素在集体成员内部分配资产，再将这些资产份额折合成相应的股份，组成有限责任公司或者股份有限公司。这些股份分配到集体成员之后，持股人不再具有集体成员的身份，而是有限责任公司或者股份有限公司的股东，行使股东的各项权利。公司作为企业法人，对公司财产享有完全所有权。而持股股东则享有股东权。通过集体经济的公司制改造，企业股份的股权所有人彻底明晰，每一股东依其出资额对公司的债务承担责任，股东依据《公司法》和公司章程享有各项具体权利。彻底改变了原城中村集体经济产权不明的弊端，也克服了合作制和股份合作制产权模糊的残余。
（二）城中村集体经济的公司化，全面消除了企业的封闭性，有利于企业做强做大
原城中村村民依照一定的规则获得企业股份以后，他们成了新的公司的出资人。按照《公司法》的精神，无论是有限责任公司还是股份有限公司的股东，均有权按照自己的意愿向他人出让自己的股份，既可以将股份出让给公司的现有股东，也可以出售给公司现有股东以外的其他人（在有限责任公司中，现有股东享有优先购买权），不存在合作制企业或者股份合作制企业那样对股份转让的限制。在合作制企业或者股份合作企业中，任何股东都不得将股份进行市场交易。公司制的改造使得股东从原有经济强制关系中解脱出来，获得了经济关系的自由。使他们从团体性、闭锁性的一分子转化成为独立的市场经济关系的能动参与者。另外，由于公司资本的开放性，在营运过程中，公司可以根据企业的实际经营需要进行增资扩股，充实企业的自有资金，而不是单纯地依靠借贷作为唯一的融资渠道。这为公司的壮大发展提供了广阔的融资平台。而原本不属于集体成员的外人，无论是通过购买公司现有股份，还是在公司增资扩股时入股成为股东，改造了企业的封闭属性，使公司从社区性质的企业变成社会性质的现代企业。通过这种外来资本的渗入，进而逐渐改变城中村内部排外的社会结构，进而重新塑造改制后城中村居民的社会心理，使他们彻底地实现从农村村民向城市市民的心理转变。
我国目前理论界对城中村集体经济，对原有集体经济按经典股份制的要求进行改革的方案，还存在相当程度的疑虑。主要是担心股份制产权制度产权主体的广泛性，股东资格开放，任何人均可通过购股成为股东。这种观点认为，因为农村集体财产的一个重要组成部分是土地，土地的价值难以准确评估，而且价值会不断上升。目前，在村集体的资产总量中，土地价值没有得到准确反映。如果土地资产的价值不明，成员的资格不受限制，外部人入股就会占有土地财产的价值，从而损害社区天然成员作为真正土地所有者的权益。（陈志新，2009）殊不知，城中村改造的目标之一，就是将城中村改造成与周边城市完全一体化的城市社区。城中村改造以后，不宜再存在集体所有权的土地，所有土地必须转化成为可以进入市场流转的国有土地。如果在城中村改造中还留下集体土地，那么这种城中村改造无疑是失败的。在残留集体土地的情况下，由于我国法律的限制，集体土地不能作为生产要素进入市场进行流转，集体不能将其拥有的土地推向市场获取资金，外来资金也不能投资于城中村改造后的社区，改造后的城中村仍然是与周边不协调的“经济孤岛”，无法形成与周边城市的一体化，最终制约了改造后的城中村区域的发展。甚至随着时间的流逝，由于社会资本无法进入这一区域，该区域与周边城区的差距越来越大，最终再次形成低城市化、低水平化的贫民区，发展成为新型的“城中村”。
