1510年春天，麦哲伦奉命护送香料船队回国时，不料船只在巴杜思沙放触礁。在4艘船中，有3艘船被珊瑚礁撞得粉碎，沉没海中。麦哲伦乘坐的那条船也沉没了，幸好无一人死亡。还剩下一只小船，但装不下4艘船上的所有船员，全部船队人员被困留在一个狭小的荒凉沙岛上，坐以待毙。船长、军官和贵族们私下打算抛弃水手、士兵和船员，乘坐唯一的小船离开荒岛。当水手们知道这个消息后，怒不可遏，一场危险的冲突即将发生。正在这千钧一发之际，平素默不作声的、出生贵族的麦哲伦当众宣称：如果船长、军官和贵族们以人格作担保，回国登岸后立即另派船只接应所有遇难人员，我准备同水手们一起留在沙岛上等待接应船只。船长、军官们答应了他们的请求。小舟扬帆逐渐在海面上消失了。而麦哲伦和海员们在沙岛上煎熬了许多个日日夜夜，克服了缺乏淡水、粮食的困难，忍受着烈日与高温，终于盼来了救援的船只，回到了里斯本。
这次高尚而果敢的行为，第一次引起了最高当局的重视和关注，当时只是一个“无名小卒”的麦哲伦，竟被国王多次表扬，后来不久，又被国王提拔为军官，随后又被提升为船长。此后麦哲伦便跟随达尔布克基的舰队出海航行，为谢凯拉在马六甲的惨败报仇雪耻。1510年，他参加了征服果阿的战争；1511年，第二次参加了对马六甲的远征，战斗历时6周，最后，达尔布克基击败了苏丹的顽抗。葡萄牙侵占马六甲之后，控制了整个东方世界，切断了伊斯兰贸易的主要交通命脉，使伊斯兰教和商业一蹶不振。从此，从直布罗陀到新加坡的所有海峡，都归葡萄牙一国所有。伊斯兰教受到了最严重的打击。这个事件轰动了全欧洲，也震动了日本和中国。因为他们把半个地球从伊斯兰教手中掠了过去，献给了基督教的统治，基督教为之狂喜。在世界基督教的中心罗马城，还举行了庆典活动，其隆重程度是空前的。
葡萄牙人夺取马六甲，并不是最终目的，他们又向“香料群岛”（即马鲁古群岛）进军了。探险队装备了3只舰船，麦哲伦的好友谢兰随舰队到了这绿叶婆娑的群岛。他们在返回马六甲的途中，谢兰指挥的那艘船触礁毁了，船员幸免一死，但船上物品全部损失殆尽。幸而谢兰施展了巧计，夺得一艘海盗船，当即乘船回到干那底岛。这次遇险使谢兰对血腥的战争感到厌倦子。他决定脱离舰队，在岛上过那种安逸、欢乐的田园生活。
谢兰的这段奇特的经历，对后来麦哲伦的环球航行有着深远的影响。在葡萄牙血腥的侵略战争史上，也有赏心悦目，独具和平色彩的镜头。
而麦哲伦与好友谢兰告别之后，于1512年和1513年初，去了苏门答腊、爪哇、马都拉、西里伯斯（苏拉威西岛的旧称）、布鲁、安汶和班达群岛等地进行探索和游历。麦哲伦虽然没有到过谢兰所在的干那底岛，但与谢兰通过书信，对群岛的富庶，盛产香料等知道得很多。当他得知岛的四周是一片汪洋大海时，就联想起哥伦布从欧洲西航发现了这一片土地。他相信地圆学说，对于他拟订将来的航海计划是很重要的。
1513年，麦哲伦终于回到葡萄牙的首都里斯本。麦哲伦在东方服役达8年之久，而财富和官阶对他无缘，他带回祖国的全部财产只有在马六甲买的一个马来西亚奴仆——亨利。葡萄牙的兴盛，里斯本的繁华，无一不是远航参战的将士们流汗流血和牺牲换来的，其中也包含了麦哲伦的三次流血负伤和千百次的含辛茹苦。
