其他反对者则不断提到他的离婚、他在对比利·米切尔的审判中投了赞成票。但不管怎么说，麦克阿瑟在威斯康星州的威望还是很高的，而且拥护他的大都是有钱人，拥有大量的竞选经费。因此，人们预料，他在威斯康星州定会大获全胜。然而，好像命运在有意捉弄他一样——预选结果几乎完全是1944年惨败的重演：史塔生获19票，独占鳌头，而麦克阿瑟只得了8票。
看到这一结果，民主党领袖麦格拉思开玩笑地说：“这使我得出这样的结论，要保证民主党在11月选举中获胜，只要时事评论员们都一致预言失败就行了。”
这虽是句玩笑话，但却被他言中了：曾被舆论界认为毫无希望的杜鲁门，果真再次当选总统。
事情本来该过去了，但命运之神非要再捉弄麦克阿瑟一下不可。当6月下旬共和党在费城召开全国代表大会时，偏偏有人又把他的名字列在提名人选中。结果在第一轮投票时，他获得1094张选票中的11票，在第二轮投票时得7票，在第三轮投票时就一票也没有了。杜威以全票被正式提名为共和党候选人。
这种悲惨的结局对爱面子的麦克阿瑟来说，无疑是一个沉重的打击，大大刺伤了他的自尊心。他没想到结果会这么惨，惨得让他无法接受。当惠特尼把选举结果告诉他时，麦克阿瑟顿时心情沉重地垂下了头。麦克阿瑟后来在回忆录中为这次竞选失败解嘲道：
“在美国，我的名字又被投入到共和党提名总统竞选的斗争中。我并不是候选人，我也拒绝参加这个公职的竞选活动。我丝毫不想成为国家首脑，因为在任职日本期间我已经干够了这种事情。我所犯的一个最大错误，是没有更明确地拒绝参加政治活动。不出所料，这个意图是失败了，它的惟一明显的后果是，执政党对我进行了大量的政治诽谤。……从这时候起，对我施加报复只是个时间问题而已。”
选举失败后，麦克阿瑟固有的偏执情绪和反共意识更加强烈了。他大肆侮辱国务院，恨不得把它看做是亲苏亲共的小集团。他常常非难那些批评他和占领当局的记者们，甚至把他们驱逐出境。他禁止日本新闻界发表任何不利于其政策和形象的报道。对来自美国报纸的批评，哪怕是最没有影响的小报，他都极为敏感地予以回击。
他对他起初所倡导的日本工会运动越来越不耐烦了。在竞选失败后的7月，他下令禁止公务员参加罢工，并责令日本政府就此修改公务员法，把工人编入公职机构，全面取消国家公务员的团体交涉权和斗争权，对团结权也加以限制，从而剥夺了作为工人运动核心力量的国家公务员的基本人权和政治活动的自由。工人们不喜欢这个酷似塔夫脱—哈特利法（1947年6月在美国施行）的法案，甚至美国有关人士也批评这一立法。但麦克阿瑟却认为，共产党人的渗透已对整个政府构成威胁，实施该法可以使共产党人不再以劳工代理人的面目出现。10月，走中间道路的芦田内阁垮台后，他再次把保守的反共分子吉田茂扶上台，组成自民党单独政权。吉田一上台，即召开临时国会，于11月通过了修改后的《国家公务员法》。
此时的日本，为了复兴垄断资本，在通货膨胀的情况下压制冻结工资，强制国民忍受艰苦生活，引起广大劳动群众的强烈不满。这种不满由于占领当局推行所谓“稳定经济九原则”而更加加剧了。所谓“九原则”，其核心内容是在政策上采取加强征税、压缩财政开支、冻结工资及加强劳动强度等措施，以达到预算的综合平衡、抑制通货膨胀、稳定社会经济的目的。上述政策的实施虽使国家财政状况有所好转并初步制止了通货膨胀，但也带来了银根吃紧、货物滞销、生产停滞、中小企业破产、失业者激增、人民生活恶化等消极后果。它只符合垄断资产阶级的利益，而使广大劳动群众成为受害者。据统计，当时有30％-40％的企业处于停产状态，有数十万工人失业。为推行合理化、节约开支，几十万国家公务员也遭解雇。在这种情况下，曾一度处于低潮的工人运动再次高涨，而共产党的影响也再次扩大。在1949年1月举行的大选中，共产党的得票增加了近200万张，在议会中的席位从4席增加到35席。
面对这种形势，在麦克阿瑟的指令下，吉田茂开始对共产党人采取公开镇压的政策。他在2月份的一次记者招待会上放风说：“听说共产党在税务署利用减少税收的方法来提高声望，获得支持，这是不合法的……此外，教师进行共产主义宣传，教唆破坏社会和进行革命，这是很成问题的，要严加管束。”
4月，吉田下令成立考察特别委员会，并发布团体等限制令，把反民主主义（左翼）团体列入取缔对象，同时要求团体成员进行登记，以限制共产党的活动。5月，在修改工会法和劳动关系调整法、整顿镇压体制以及分裂劳动阵线、削弱抵抗力量的基础上，吉田开始了他最重要的清共步骤，即进行行政整顿、公布定员法、大量解雇公职人员，企图以此驱逐登记在册的共产党员和左翼工会会员。7月4日，日政府向行政整顿中最大的关口——国营铁路发布了第一次解雇通告，第二天即发生了国铁总裁下山定则失踪、后发现已被车压死的“下山事件”。接着7月12日开始第二次解雇，三天后又发生中央线上三鹰站电车无人驾驶、冲出铁轨的“三鹰事件”。8月17日，在东北线的松川附近，再次发生列车颠覆的“松川事件”。对这一系列事件，吉田都认为是共产党和工会所为，并以此为借口逮捕了许多共产党人，判以重罪。直到15年后人们才弄清，上述判决实属冤案。那么，既然不是共产党所为，又会是谁呢？有人小心地提出，会不会是占领当局或日本政府抑或两家串通，为了孤立左翼势力、镇压共产党人而在背后故意捣鬼，然后栽赃陷害？
事情的真相无从得知，吉田在8月9日写信给麦克阿瑟：
“最近，有不少证据表明，如果政府对于赤色势力的破坏性、颠覆性活动，坚定推行果断无畏的政策，国民就将支持政府，并表现出坚强的团结。因此，我政府愿意表明，我们将主动发起进行这场反共斗争，履行自己的责任。考虑到日美关系，我不希望阁下的司令部直接卷入对共产党人的斗争。”
麦克阿瑟当即一口答应下来。吉田几乎在毫无阻力的情况下顺利地完成了他的大裁减。
“要像合众国的一个州那样确保日本”
到1949年秋，中国的解放战争已经取得决定性胜利。蒋介石的军队尽管有美国的援助，装备精良、数量众多，但其内部腐败、军无斗志，终于在人民解放军的强大攻势下迅即土崩瓦解，蒋介石本人则逃到台湾。10月1日，中华人民共和国的成立，标志着一个拥有数亿人口的社会主义国家的出现，并给世界形势带来了深刻变化。它不仅改变了世界政治力量的对比，也鼓舞了其他国家的民族解放运动。
