亚特兰蒂斯的故事，始见于古希腊哲学之祖——柏拉图（公元前427年～前347年），在其晚年的著作《克里特阿斯》和《提迈奥斯》两本对话录中都有提示。
故事开始于距今9000年前，创建亚特兰蒂斯王国的是海神波塞冬。在一个小岛上有位双亲俱殁的少女，波塞冬娶了这位少女，并生了5对双胞胎，于是波塞冬将整座岛划分为10区，分别让给10个儿子统治，并以长子为最高统治者。因为这个儿子叫做亚特拉斯，因此称该国为亚特兰蒂斯王国。
岛中央的卫城中，有献给波塞冬和其妻的庙宇及祭祀波塞冬的神殿，此神殿内部是以金、银、黄铜和象牙装饰。亚特兰蒂斯海岸设有造船厂，船坞内挤满了三段桨的军舰，码头都是来自世界各地的商船和商人。亚特兰蒂斯十分富强，除了岛屿本身物产丰富外，来自埃及、叙利亚等地中海国家的贡品也不断。10位国王分别在自己的领土握有绝对的权力，各自采用不同的国家组织，彼此间为了保持沟通，每隔五六年便在波塞冬神殿齐聚一堂，讨论彼此的关系及统治权力，当决议达成后就割断饲养于波塞冬神殿中的牡牛喉部，以其血液在波塞冬神殿的柱子上写下决议条文，以增添决议神圣不可侵犯的权威性。
10位国王都很英明，国家也都很富强，不幸的是这些国家不久以后便开始腐化。众神之首宙斯为惩罚人们的堕落，于是引发地震和洪水，亚特兰蒂斯王国便在一天一夜中沉入海底。
然而，关于柏拉图的亚特兰蒂斯故事，是否为历史事实，很早就有争论。
柏拉图的学生亚里士多德就认为：亚特兰蒂斯并不是历史事件，只是要唤醒世人远离腐化而虚构的故事。
因为附会的一些历史事件，于是就有人兴起寻找故事根据的行动。因为亚特兰蒂斯很容易令人联想到大西洋，人们就先由大西洋开始寻找亚特兰蒂斯，没有结果。于是又有人将传说中曾经存在于太平洋上的莫尔大陆，或印度洋上的列牟利亚大陆与亚特兰蒂斯故事相连接，也未找到类似的地方。
就在近乎绝望的时候，德国考古学家谢里曼发现了特洛伊遗址。由于人们原本认为特洛伊战争只是虚构的，没想到竟然也具有历史的背景，于是人们又兴起对亚特兰蒂斯的兴趣。
英国人艾凡斯依据谢里曼敏锐的直觉，在位于希腊南部的克里特岛，于1900年发掘出诺萨斯宫殿。诺萨斯宫殿面积大约2万平方米，主体分为4层楼，有1200～1500个房间，艾凡斯据此推测，包括宫殿周围大约有8万人居住于此。后来这个文明就叫做迈诺斯文明。
艾凡斯发现迈诺斯文明后，学者们发现这儿和柏拉图的亚特兰蒂斯有一些共通之处。例如，在克里特岛上除了诺萨斯宫殿外，北岸的玛莉亚，东岸的加都沙克罗斯，南部的费斯特斯等地也都找到宫殿遗迹，居住于这些宫殿的统治者之中，似乎以诺萨斯国王最具权力。这与亚特兰蒂斯故事中的状况相似。
另外，亚特兰蒂斯十分注重牛，在克里特岛，现存的壁画中可看到跳牛背的年轻人图案，酒器也有牛的图案，而黏土制棺材上的葬礼画中，所绘的牺牲品也是牡牛。克里特岛上关于牛的神话也很多，其中之一是大家耳熟能详的牛头人身怪物米诺陶洛斯，此怪物被囚禁于诺萨斯宫殿般的迷宫中，后来被雅典英雄忒修斯杀死。而在玛莉亚和加都沙克罗斯也发现码头的遗址，由壁画中可以见到华丽的船只。巧合的是迈诺斯文明也是铜器文化。这些事实与亚特兰蒂斯故事中的情景都相当吻合。公元前1400年时迈诺斯文化突然崩溃，其直接原因是来自希腊本土的迈锡尼人的入侵，但后人知道迈锡尼人入侵之前，克里特岛突然发生天灾地变，更加强了迈诺斯王国历史和亚特兰蒂斯故事的相似性。
1939年希腊考古学家马里那多斯调查克里特北岸的奥姆尼苏斯宫殿，发现该地的损害状况并不只是单纯的地震所造成。例如宫殿西壁的大石头掉落到外面，而且还有一些巨石找不到，大概是被随地震而来的海啸搬走了。此外，克里特岛其他地方也都可以发现同样是由海啸所造成的损害情形。
克里特岛的东北部也可看到火山爆发之后的火山灰和浮石。能造成地震、海啸和火山喷出物的天灾地变只有火山运动，不过克里特岛上并没有火山，而根据物理地理学确定，此地方的火山应该是位于克里特岛北方的圣多里尼岛。圣多里尼岛目前还有旺盛的火山活动。马里那多斯在1939年挖掘奥姆尼苏斯宫殿时，发现了很别致的百合花壁画，此壁画于中央划分为两段，百合花绘在上段。马里那多斯认为这象征着由两个岛屿形成的迈诺斯王国，较宽的下段是克里特岛，而上段则为圣多里尼岛。而在柏拉图的亚特兰蒂斯故事中，半径9公里左右的小岛，和其南方拥有广大平原的大岛，大概就是指圣多里尼岛和克里特岛。
我们可以推想：公元前1400年左右，圣多里尼岛的火山大肆活动，通常火山爆发之前会先发生相当频繁的小地震，随之而来的喷发则喷出大量的浮石和火山灰，顺着此地区夏季的地中海季风，西飘到克里特岛等地，这就是克里特岛东北部发现大量火山灰和浮石的原因。即使到现在只要一吹起西风，这附近的海面还会铺满火山灰和浮石，宛如亚特兰蒂斯故事中所述的情景。浮石和火山灰喷出以后，地底变成中空，地表因而下陷，成为广达直径10公里，断崖高度达数百米的破火山口。破火山口形成的同时也引起巨大的海啸，由破火山口的直径和深度可以推测，这次海啸的周期是数十分钟，海浪高达200米，如此大落差的海啸袭击克里特岛北岸必定造成极严重的损害，因此彻底摧毁了迈诺斯文明。
因此可以推测出，公元前1400年时期发生在圣多里尼岛的天灾巨变，很像是柏拉图亚特兰蒂斯故事的结尾。但是，柏拉图指出使亚特兰蒂斯王国灭亡的天灾，发生在由柏拉图时代算起的9000年前，但这么古老的时期，连人类最早的美索不达米亚文明、埃及文明都还没出现，更别说迈诺斯文明了。所以，柏拉图的亚特兰蒂斯故事的真实性还需要进一步的研究和探索。
