一、府县建置与会城形胜
明朝建立后，福建行省称“福建承宣布政使司”，领福州、建宁、延平、邵武、兴化、泉州、漳州、汀州八府和福宁州。福州府辖九县：闽县、侯官、长乐、福清、连江、罗源、古田、闽清、永福。怀安县于洪武十二年（1379）移入郭内永安门外（今福州三角井附近），与闽县、侯官县同治；万历八年（1580）省入侯官。
《明史·地理志》载：闽县、侯官为倚郭之县。闽县地界南有钓台山（南台山）、方山（甘果山），东南有鼓山、滨海，南有闽江（亦曰建江），又东南有马头江，到五虎门入于海。侯官县西有旗山、雪峰山，有建江；西南有阳崎、吴山、凤冈等六浦；西北有竹岐，又有五县寨二巡检司。福州府城，于明洪武四年（1371），由驸马都尉王恭主持重砌石城，北跨越王山，并在山顶建样楼；东、西、南则循宋外城遗址修复，共开七大城门。嘉靖时，倭寇屡犯福州，然终不得破城，可见城池之坚固。
福州府治仍在屏山西南麓，闽县衙设于还珠门（布政司南）东侧，侯官县治在乌石山东侧。闽县有20075户，58448人；侯官县有10854户，22716人；怀安县有10957户，19153人。三县共4万余户，10万多人。
清承明制，设福建省，下辖延、建、邵、汀（上四府）及福、兴、漳、泉（下四府）。康熙二十二年（1683）增设台湾府（辖三县），后又增设福宁府与永春州、龙岩州，省会仍在福州，将军及总督、巡抚、布政使、按察使、提学使均驻节福州。福州府治下的闽县、侯官（约在清初改今名）仍共一城。闽县县衙移到于山西麓，侯官县仍在乌山北麓。以城内南大街（旧宣政南街，今八一七路）为界，东属闽县，西属侯官县。清乾隆时，闽县有31765户，侯官县有30174户。
清初，恢复行省制度，设福建省，康熙二十三年（1684）至光绪十年（1884），辖福建、台湾二省地。光绪十一年，台湾建省。自此福建省共领九府、二州、五十八县、四厅。
清福州知府李拔曾在府门照墙题“南天冠冕”；堂联：“九邑拱如星布，我疆我理，俾卤地岩城，具瞻福曜；三山环若屏依，克师克帅，望绿林丹荔，尽树棠阴。”概括了福州的地理形胜，同时也寄托其政治抱负与从政理想。
明清时期，福州府作为福建省会城，城市建设日渐完善。清乾隆《福州府志》记载：“东西广四百四十里，南北袤四百四十五里。”明工部侍郎董应举在《省城山川议》中说：“省城自龙腰过脉，建起为样楼山，再建为屏山、布政司山。中藏三山，为孕育地。乃自上分宗，西行一枝，转结乌石，横度平远，以收其灵秀，此城内山之定局也。”“若论省城水法，龙腰东北诸山之水汇于溪，送入汤门关；龙腰西北诸山之水汇于湖，送入北水关，此二送龙水也。最妙洪、台二江之水，挟潮统入西关，环注而东；而海潮又自水部门直入，环注城中，与送龙水会。进以钟其美，退以流其恶，最为吉利。”他分析了福州城内外山川的地理格局，主张保护城北高地龙腰，注意内河与江水、海潮的连通关系，以及对城区自然环境的影响。清乾隆《福州府志》云：“七郡之水朝宗会城，此全郡之形势也。”又说，郡城“水环束有九条：到任桥第一，安泰桥第二，九仙桥第三，洗马桥第四，虎策桥第五，沙合桥第六，万寿桥第七，江南桥第八，乌龙江第九。西北则诸山环绕，东南则双江带流，洪江内抱，台江外卫。此郡城之形势也。”《福州府志》还描述郡城的山陵形胜：“自郡城而论，则越王山为主脉”，“南面山有四案：横山第一，天宁山第二，高盖山第三，方山第四。”前人对福州的山形水势，作了精确的概括与精彩的描述，足见这方“江城福地”之得天独厚。
清乾隆年间，福州知府李拔主修《福州府志？艺文志续篇》，永泰名儒黄任在书序中称赞：“公自临莅以来，承统宣化，百废俱兴。其大者如导民树桑、植棉，济渠引圳，著有《水利考》、《蚕桑记》、《种树》、《种棉》等说。”“十邑之民，胥安而悦服之。其浅而切于日用者，妇人孺子无不能习其说。”经其整顿治理，福州城廓郊野生机盎然，时人曾孙澜作《闽都赋》：“徒观其疆域之内，沃野蔓延，乡邑布濩。夹水临山，亩居无数。广陌连阡，畛畷舛互。浚亩郁云，沛渠引雨。人获两秋之稌，家蓄再熟之禾。”极力敷陈市井繁华：“若其城郭穹窿，都城竦立。”“通则巨街，曲则委巷。观宇鳞列，楼台云障。飞甍接瓦，比屋连扉。朱门对峙，绮橑交辉。”“乃若八通之衢，四达之邑。车击马驰，往来如织。”对士风民俗也有生动的描写：“乃其土俗驯柔，民风素质。工尽其力，女登其贾。士以礼仪自持，人以法度相固。洵媲美于中邦，信接踵乎邹鲁。”赞美福州为“东南沃宅，而形胜之隩都”，令人感受到有福之州与文化之都的瑰丽景象与人文气息。
二、政治局势起伏
大明王朝建立之初，明太祖朱元璋进行了从武化到文治政策的调整，整顿吏治，轻徭薄赋。至明代前期永宣年间，福建与其他省一样，进入了繁荣时期。到中晚期，政治局势则发生了变化。从明嘉靖中叶到清乾隆年间，前后20余年，中国沿海频遭倭寇侵扰，福建损失惨重。
明嘉靖年间，倭寇侵扰福州，四次包围福州城。第一次是嘉靖三十六年（1557）三月，从陆路进逼福州，四郊被焚，火照城中，死者枕藉，南台、洪塘悉为煨烬。第二次是翌年四月，倭寇劫掠、蹂躏连江县治，逾越北岭，逼近省城，侵犯闽安镇，于福州城外焚掠60天，白骨如山，洗劫一空。第三次在三十八年三月，倭寇由福宁渡鼓岭，焚劫闽县、侯官、怀安三县乡都，福州城门昼闭，各县戒严。五月陷永福，县令周焕等被杀。后倭寇自洪塘浮马江出洋。第四次在三十九年三月，倭寇大举进犯连江，屯驻沿海，复劫掠诸村，福州城门昼闭弥月。巡抚刘熹率士兵追击倭寇于闽安镇，倭寇遁去。至四十年四月，倭寇又犯长乐南北乡，杀掠无算，复往福清，并抵福州郊外抢劫。
嘉靖四十一年，戚继光统兵六千第一次入闽，扫荡了盘踞在宁德东北横屿的倭寇巢穴，倭寇退守福清牛田（今龙田镇），周围尽是泥沼地。戚继光下令，每人负草一束，明晨疾驰贼营，填草过泥沼。倭寇逃遁，投江死者上万人，余众溃奔兴化。戚继光乘胜急追，深夜军抵莆田林墩，连克六十营，尽歼敌人。继而奉檄回浙。是年十月，戚家军返抵福州，官民庆贺，并于于山平远台勒石纪功。
嘉靖四十二年，倭寇闻戚继光返浙，乘隙又陷沿海诸县。闽县内外七里遭倭寇劫掠，庐舍被毁，乡民流离失所。三月，戚继光第二次率兵万人入闽，大破倭寇于连江百丈岩。并与总兵官刘显、俞大猷等围剿平海倭寇，因风纵火，倭寇无逃脱者；又趋福州，合击倭寇于长乐，歼敌两万余人。残寇五百余人由北岭进犯省城，千总胡世斌率部穷追，寇多投海死。闽县尚干乡民配合戚家军，于凤港、洋下等地追歼倭寇。十月，倭寇复大举入侵，戚继光遣兵分路进剿。十一月，倭复犯连江东岱堡，同时袭扰福宁、莆田、晋江等沿海各地。十二月，戚继光率主力部队击破倭寇防线，遂解仙游之围。四十三年至四十四年，倭寇残部败走闽南及广东，戚继光、俞大猷率军会剿，终于荡平。
明末清初，朝代更迭，福州屡经战乱。明崇祯十七年（1644），清军入主中原，翌年占领南京。唐王朱聿键南奔福州，闰六月在福州称帝，改元隆武，升福州为天兴府，号“福京”，以布政使署为行宫。隆武帝接见郑芝龙之子郑森，赐以国姓，名朱成功。郑成功以反清复明为己任，誓师海上，以金（门）、厦（门）为基地，坚持抗清。清顺治十三年（1656），郑成功率部北伐，曾进占闽安镇，攻打福州、连江。北伐失利后，退守金、厦。翌年，郑芝龙降清，隆武政权覆亡。康熙元年（1662），郑成功东征台湾，驱逐荷兰殖民者，收复台湾，建立政权，奉明朝正朔。
清顺治十七年（1660），耿继茂、耿精忠相继被派到福建，袭封靖南王，与平西王吴三桂、平南王尚可喜并升为清初的三大藩王。康熙十三年正月十五日，靖南王耿精忠在闽发动兵变，杀害侯官知县刘嘉猷等，囚禁福建总督范承谟，迫害致死。二十年，清廷平定“三藩之乱”，二十二年统一了台湾，政局逐渐稳定。
清王朝在经历康乾盛世之后，逐渐走向衰落。西方列强奉行侵略扩张政策，把中国作为重要目标。19世纪以后，英国资本实力在其政府的支持下，疯狂地向中国倾销鸦片，造成严重后果。
道光十八年（1838），林则徐奉命以钦差大臣身份赴广东查办烟毒。他到任后，深入调查研究，为了解“夷情”，派人收集翻译西方历史、地理、社会、经济等方面的信息资料。他采取断然措施，查缴英美商人走私鸦片共21500多箱，237万斤，于翌年6月3日，在虎门当众销毁。二十年，英国悍然发动侵华战争。腐败的清政府将林则徐革职流放，与英国签订了不平等的《南京条约》，福州、厦门遂成为最先开放的通商口岸。
帝国主义列强依靠坚船利炮打开中国大门。它们蚕食鲸吞、瓜分豆剖，中国面临“三千年未有之大变局”，很快便沦为半殖民地半封建社会。福建首当其冲，成为列强侵略的桥头堡。
道光二十五年，英国驻福州领事取得了租赁仓前山泛船浦一带地基盖房建屋的权力。光绪二十五年（1899），日本也要求在福州口岸天主堂码头至尾墩村一带设立专管租界。在列强入侵强占“租借地”扩大势力的过程中，传教士起了先锋的作用。由于思想文化与经济利益的冲突，因而引发多起教案，仅在福州比较重大的就有神光寺、川石岛、乌石山教案。
道光三十年，英国传教士札成和医生温敦来福州传教，由英国领事翻译金执尔向乌石山神光寺僧人租屋2间，由侯官知县兴廉用印核准。福州士绅纷起反对，闽浙总督刘韵珂和福建巡抚徐继畬迫于众议，以此前达成的只准英国领事官租用城内房屋的协议，照会英国驻香港总督文翰。在民众强烈的反对下，英国传教士终于退出神光寺。
同治七年（1868），教民林臻信将位于闽江口附近的川石岛土地永租给英国传教士胡约翰。在英国领事星察理支持下，胡约翰急欲动工建房，乡民以该地为军事要地为由而群起反对。冲突中一乡民被英国水兵打死，酿成大案。闽浙总督英桂对英方一再妥协退让，但乡民在乡绅王有树率领下据理力争，最终达成协议：由官府收买该地，起盖房屋，租给教士；教士不得转租他人，离去后即由官府收回。英国外交部指示驻北京公使，对擅用兵船打死人命一事予以谴责。但英领事仅派人访寻死者家属，给予若干抚恤金，而未惩办开枪的洋人。
光绪二年（1876），胡约翰又以长期租赁形式强占弥陀寺。福州士绅林应霖等起而制止。福建巡抚向英领事星察理提议以城外之地与之交换，交涉未果。四年五月，胡约翰又在弥陀寺内起盖学堂，林应霖、雷在南等绅耆具禀抗议。八月初三，胡约翰与民众发生冲突，民众怒将新建的洋楼拆毁，并放火焚烧，波及一旧洋楼。英驻华公使傅磊斯照会总理衙门，要求严拿查办动手者、主使者，双方会勘房屋地基界限，赔补焚毁房屋。英领事星察理态度狂妄，双方交涉未能达成协议。朝廷派大臣丁日昌到来后，交涉有了转机。五年二月，议结教案：对主使及动手者作斥革功名、流徒等处理；随同毁拆者枷杖；文武地方官分别摘取顶戴、撤销委任或记过。最后同意讨回弥陀寺，而以南台岛下渡东窑乡之洋楼园地租予。
光绪三十四年三月二十日，在仓山天安寺内成立闽南救火会。英领事署差役张泉泉占用寺内厨房，该会请张搬离。英领事竟说“天安寺在本国汉府租界之内”，责问“何故侵占大英国汉府租界”。当时桥南各社团中心人物，多半是福州同盟会骨干，他们撰写《福州英领事混争天安寺纪实》，印发省内外。上海环球学生会、省外福建同乡会纷纷响应，学生组织宣传队上街宣讲，群情汹涌。消息传到北京，英驻华公使特派参赞来闽调查，承认英领事的侵占行为，报由英国驻华公使电令驻闽英领立即恢复天安寺界址，归还救火会。
